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南京坐落在长江下游，西据长江之险，东南宁镇山脉环绕，形势显要，龙盘虎踞。历史上有10个王朝在此建都，素有“十朝都会”之称。
南京有人类活动的历史，可追溯到距今6000年左右。50年代发掘的位于城区中心北阴阳营遗址，考古学上命名为北阴阳营文化，为长江下游地区新石器时代文化类型。文化特征以红陶为主。发现有居址、大量石器、陶器、玉器，清理出253座墓葬。从出土物判断， 当时居民以从事农业为主、渔猎为辅；石器的磨光及穿孔技术较高；制玉工艺发达。估计年代为公元前4000年至前3000年。同一时期的遗址还有江宁县陶吴乡咎庙、湖熟文化、窨子山、泰岗寺、锁金村等200余处遗址。
公元前1100年左右，南京属西周贵族周章的封地句吴。春秋战国时，吴国、越国、楚国先后占有过南京地区。周敬王二十五年（前495 年），吴王夫差在今朝天宫筑冶城，开办了官营冶铸铜器的手工业作坊。此地遂被称为冶城山或冶山。周元王四年（前472年）， 越王勾践灭吴后，派大臣范蠡在今中华门外的秦淮河南岸筑越城，又名范蠡城。这是南京最早的古城，据此，南京建城2400多年。越城范围很小， 城周长942米。但地理位置重要，控制秦淮河入长江的孔道，越王以此作为攻楚的根据地。周显王三十六年（前333年），楚夺越地， 楚威王熊商于石头山（今清凉山）筑金陵邑，南京遂有“金陵”之称。南京地区出土的金爰、蚊鼻钱、铜砝码等，反映了楚国手工业和商业的发展。秦始皇三十七年改金陵邑为秣陵县，属鄣郡。秦始皇南巡时经丹阳（今江宁县小丹阳镇），到钱唐（今杭州）和会稽（今绍兴），开驰道以通丹徒，来回都路过南京。南京与境外的通衢大道自此开通。公元211年， 吴国孙权由武昌迁来这里建都，改名为建业，并在石头山楚国金陵邑旧地筑石头城。依山筑城，因江为池，形势险要，有“石城虎踞”之称。
西晋统一后，太康三年（282年）改建业为建邺。建兴元年（313年），为避司马邺之讳，改建邺为建康。建武元年（317年）， 司马睿偏安江左，建立东晋。以建康为都。此后，宋、齐、梁、陈相继在此建都，史称南朝。
东晋改建的建康都城和宫城，布局仿魏晋洛阳城，基础仍为建邺城，自后南朝无大改动。据《建康实录》记：“城周廿里十九步”，宫城“周约八里”，初皆以土墙竹篱为之，东晋末始部分用砖，自南齐建元二年（480年）正式建都墙始用砖。梁天监十年（511年），又增建第三重宫城。像这样有三重城的宫城，在城市发展史上尚属罕见，应与当时政治动荡、皇室惶恐不安有关。
南朝时期，建康仍为冶铸中民，此时冶铁技术提高，创造了生熟铁混合冶炼法。东晋时，因冶铸业的迅速发展，造成城市污染，被迫将坐落在市区冶城的冶炼工场迁到县东南3.5公里的地方。
南朝的建康，商业繁荣。“大市百余”个，市场名目繁多，且专业分工，一些商品有专门的市场。商品有三吴地区的粮食、丝帛、青瓷、纸张，长江中游来的铜铁矿石，海外的香料、珍宝等等。
建康文化事业兴盛，城市设有儒学、玄学、文学、史学4所学馆， 培养人才。南朝时期的几部著名文史传世之作，均成书于建康。如刘宋刘义庆《世说新语》、南梁刘勰《文心雕龙》、钟嵘《诗品》、萧统《文选》、刘宋范晔《后汉书》、斐松之《三国志注》、南齐沈约《宋书》、南梁萧子显《南齐书》等。宋泰始元年（465年）， 在今朝天宫建立了我国第一个科学研究机构——总明观，出现了祖冲之、葛洪、范缜、王羲之、顾恺之、法显等文化名人。分布于南京及其附近计33处六朝墓前石刻，以石兽居多，风格独特，既体现生动优雅的风格，又流露出六朝繁华颓废的气息。
南朝的建康，纸醉金迷，畸形发展。在方圆20公里的区域内，聚居着28万户，若按每户5口计算，竟超过140万人，相当于现在南京人口的一半。
建康是当时佛教中心，梵刹林立，释子成行。钟磬之声，不绝于耳。《南史·郭祖深传》有“都下佛寺500余所，穷极宏丽。僧尼十余万， 资产丰沃”的记载。唐杜牧有“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”的诗句。
589年，隋文帝灭陈后荡平建康城邑，摧毁六朝宫苑， 在石头城置蒋州。唐代，置蒋州为升州。
北宋时称江宁府，南宋建炎三年（1129年），改为建康府，为抗金前线。岳飞、韩世忠曾在此抗金。金兵于1130年火烧建康城，城内建筑大都化为灰烬。
南京地区的再度繁荣是在明朝。1368年，朱元璋在应天称帝，改称南京。这是南京第一次成为全国的政治中心。明代的南京城，可称为世界古代第一大城。其外郭城周长60公里，18个城门。内城周长33.7公里，城墙平均高14～21米，基宽14米。开13座城门。以聚宝门（今中华门）最大。
明成祖迁都北京后，南京作为明代两京之一，府部犹存，地位重要。南京丝织业、造船业、印刷出版业居全国首位。郑和下西洋的“宝船”多为今下关三叉河附近“宝船滩”的龙船厂所造。其中长132米、 宽54米的平底大沙船，为当时世界上最大的船。设立在鸡笼山南麓的国子监，中外学生多达万人。
清初改应天府为江宁府，设江宁织造。南京云锦名闻中外。1840年鸦片战争，近代史上第一个不平等条约《南京条约》在下关江面签订。
1853年太平天国革命军攻克南京后，在此建都，改称天京。太平天国在天京前后十一年，洪秀全利用清两江总督旧址建天王府，后被清军焚毁，今西花园内石舫系当年旧物。
1912年元旦，孙中山在此就任临时大总统，改江宁府为南京府，定都南京。孙中山当年的办公起居室，位于现长江路292号，保存完好。 1925年，孙中山逝世，葬于南京紫金山，依山建起气势宏伟的中山陵。
1927年后，蒋介石以南京为国民政府所在地。抗日战争时期，南京沦陷，日军南京大屠杀，30万平民惨死。1949年4月23日，南京解放。
南京历史悠久，名胜古迹遍布城内外。钟山有紫霞洞、黑龙潭、昭明太子读书台、杨梅岩等。山前正中为中山陵，左为明孝陵及廖仲恺、何香凝墓。右为灵谷寺、邓演达墓。还有明开国功臣徐达、常遇春、李文忠等人墓。
城西清凉山上，有清凉寺、扫叶楼、崇正书院。城东北隅栖霞山，有栖霞古寺、舍利塔、千佛岩、禹王碑、大佛阁等，还有曹觉寺、宏觉寺塔、摩崖造像等，为昔日佛教圣地。
燕子矶兀立江边，玄武湖、莫愁湖，秀丽婉约，均为金陵胜景。
南京金银线为千年传统工艺品。南京云锦有1500年的历史，以色彩富丽、织工精致驰名中外。南京雨花石光滑剔透，色彩绚丽。南京板鸭肉嫩味美。南京香肚历史悠久，闻名全国。
1982年国务院公布南京为中国历史文化名城。