一、SSR分子标记的开发技术研究进展（论文文献综述）
吴梦丽[1]（2021）在《防己种质资源SSR评价及DNA条形码构建》文中指出
黄蕾[2]（2021）在《珍稀濒危植物四合木Genic-SSR标记的开发及种群遗传学研究》文中研究说明物种遗传变异是长期进化的产物,也是物种适应能力的体现。对物种遗传多样性和遗传结构的研究,有助于深入了解物种进化历史,充分剖析其进化潜力,这对探究珍稀物种的濒危机制具有至关重要的作用。四合木（Tetraena mongolica Maxim.）是蒺藜科（Zygophyllaceae）的强旱生肉质叶灌木,是内蒙古东阿拉善-西鄂尔多斯地区的特有珍稀植物。因起源古老、抗逆性强,成为研究生物多样性起源与生境适应的绝佳材料。近年来,四合木分布区受到人类活动的干扰与环境恶化的影响,其生态环境与景观均发生了显着变化,分布区面积不断缩小,生境破碎化现象严重,种群数量不断锐减,甚至消失。因此,对该物种进行保护、了解其遗传多样性及生存现状受到了当地政府与国内外学者的广泛关注。本研究通过转录组测序技术,构建了四合木基因表达数据库;通过多组转录组比较,系统识别多态性genic-SSRs,并对其进行了数目、频率及在基因中的位置等特性分析,开发了分子标记;最后利用所开发genic-SSR标记开展该物种的种群遗传学研究,解析幼株与成株群体遗传多样性和种群动态,主要成果如下:（1）经测序,共获得343.2百万条高质量读长,组装出119603条All-unigenes序列,平均长度与N50分别为1098 bp与1843 bp。（2）在6个四合木个体的646个All-unigenes中共识别出811个多态性genic-SSR位点。其中,三核苷酸的数量最多（522,64.36%）,其次是二核苷酸（261,32.18%）。对718个genic-SSRs进行定位分析,具有三核苷酸重复多位于基因编码区（Coding sequences,CDSs）（90.12%）、二核苷酸重复多位于非翻译区（Untranslated regions,UTRs）（91.33%）的特征。（3）对含genic-SSRs的All-unigenes进行注释,发现这些基因的功能多集中在“细胞过程”等GO条目与“植物激素信号转导”等KEGG代谢通路中,一定程度反映SSR变异可能对这些基因的功能具有潜在影响。（4）在随机挑选的39个genic-SSRs中,32个能成功扩增出相应PCR产物,在48个四合木个体中呈现一定多态性,其中观测杂合度（Ho）为0.462、期望杂合度（He）为0.579与多态性信息含量（PIC）为0.518,多态性位点占82.05%。（5）利用12个高多态性genic-SSR标记,对四合木分布范围内的363个体进行种群遗传学研究,发现四合木幼株与成株群体的遗传多样性无显着区别,HO与HE分别为0.428和0.509与0.435和0.526,具有中高等水平的遗传多样性。（6）通过对14个种群的遗传分化系数(FST)与基因流（Nm）值进行研究发现,幼株与成株群体的FST值均在0.4左右,Nm值均在3左右,两者均无显着变化。然后对幼株与成株群体的遗传结构进行研究,发现幼株与成株群体均分为3个亚群,两者的遗传结构均无显着变化。
邓家炜[3]（2021）在《植物多态性SSR数据库构建关键技术研究》文中研究指明SSR（Simple Sequence Repeats,简单重复序列）作为一种DNA分子标记,在生物的基因性状表达、种群遗传多样性等研究领域具有重要作用。近年来随着高通量测序技术的发展,已有大量的物种分别完成了基因组或转录组测序,在这些序列数据基础上使用SSR位点识别程序并结合引物设计工具进行标记开发,进而构建分子标记数据库已成为生物信息学相关领域的重要研究内容。本文将植物多态性SSR数据库构建中的关键技术作为研究对象,主要研究内容与成果如下:（1）提出基于序列偏移（SO,Sequence Offset）和模式匹配的SSR识别算法SO-SSR。分析SSR识别中的主要问题,如最大串联重复、约数重复与移码重复,并根据SSR序列的自身特点,设计了将传统模式匹配和序列偏移思想相结合的SSR位点识别算法,将之与其它类型算法相比较,分析得出SO-SSR在空间占用上更具优势。（2）研究了基于SO-SSR算法的植物多态性SSR标记开发方法。通过解析已有的多态性SSR标记开发工具的底层实现,结合相关参考文献进行植物SSR标记开发,并从量化角度评价标记的多态性。在此过程中,通过对网络爬虫进行数据采集时的问题分析,将深度优先与广度优先策略相组合,设计并开发了NCBI SRA数据采集筛选系统;研究了转录组组装的基本理论与核心算法,探讨了一条合适的从m RNA到转录组的组装流程;选取柑橘属和猕猴桃属的组装体进行处理分析后,确定方法的可行性,并验证了SO-SSR算法在进行SSR识别时的可靠性。（3）构建植物多态性SSR数据库PPSD及后台管理系统。使用基于SO-SSR算法的多态性SSR标记开发方法,在48个植物物种中获得了28943条物种SSR与6655条品种SSR,每条SSR提供三对引物。并在这些标记数据基础上,使用Spring Boot框架与Caffeine、Actuator组件构建了PPSD数据库,并开发对应的后台管理系统,使用Security进行安全控制,同时对PPSD进行实时性能监控。PPSD可为植物遗传多样性等领域的研究人员提供SSR标记的多态性信息检索,使用户能够有针对性的根据目标物种/品种进行潜在的SSR标记筛选工作。本研究提出了基于序列偏移的SSR识别算法SO-SSR,并结合序列比对与多态性评估指标验证了使用SO-SSR在多物种/品种的基因序列上进行植物多态性SSR标记开发的可行性,最终使用Java语言构建了植物多态性SSR数据库PPSD。研究旨在提供一种低内存占用的SSR识别算法,并为植物遗传育种、基因定位与品种鉴定等领域的研究人员提供多态性分子标记数据服务。
吴国芳[4]（2021）在《高丹草低氢氰酸性状主效QTL PA7-1和PA7-2的精细定位及其候选基因分析》文中指出高丹草（Sorghum-sudangrass hybrid）杂种优势强、营养价值高、适口性好、可多次刈割利用,是重要的一年生饲用作物。但因其幼嫩茎叶中含有一定量的氢氰酸,家畜采食过量易产生中毒现象。因而培育低氢氰酸含量的高丹草是重要育种目标。在课题组前期对高丹草低氢氰酸含量性状相关主效QTL PA7-1定位研究基础上,我们用高丹草（散穗高粱×红壳苏丹草）F2分离群体1200个单株对低氢氰酸含量性状定位研究发现了另一个相关的主效QTL PA 7-2。进而采用BSA-SSR方法和低氢氰酸含量目标性状QTL侧翼的SSR标记,从高丹草群体1200个分离单株中筛选建立了等位基因重组QIRs群体,经套袋自交得到F3分离群体,并从中筛选出130个F3重组株构建了精细定位群体。本试验重点对PA 7-1和PA7-2这两个主效QTL进行了精细定位及其候选基因挖掘和功能分析。主要结果如下:1.从散穗高粱×红壳苏丹草的1200个F2群体单株中各选10个低氰与高氰植株的DNA等量混合建立基因池,并以亲本为对照筛选得到SSR适宜引物11对。用这11对引物对F2分离群体1200个单株及其双亲的基因组DNA进行PCR扩增,共得到多态性条带位点253个。2.利用这253个多态性标记构建了一个基于高丹草F2群体的连锁群图谱,其覆盖基因组长度211.5 cM,标记间平均距离为0.84 cM。QTL定位检测到4个与低氢氰酸含量性状相关的QTLs,只有PA 7-1和PA 7-2为主效QTL,其遗传贡献率分别为57.4%和47.1%。3.采用QTL侧翼SSR标记对1200个F2单株进行筛选,分别建立了 2个PA 7-1和PA7-2的QIRs群体,各包含379和121个重组株。利用单粒传法分别获得了 F2:3群体,基于该群体再次进行QTL定位,验证了 PA7-1和PA7-2的稳定性。4.为缩短PA7-1和PA7-2的精细定位区间,利用高丹草130个F3重组单株的精细定位群体分别进行了精细定位。最终将PA7-1确定在标记SORBI4G4-120和SORBI4G4-680之间,包含8个SSR标记;将PA7-2确定在标记Sobic.8g1-600和XM00242-400之间,包含6个SSR标记。5.对PA7-1的8个和PA7-2的6个SSR标记片段进行回收、纯化、测序及与已知的高粱基因组比对分析,首次建立了PA7-1和PA7-2高分辨率的物理图谱。将PA7-1确定在高粱第4号染色体的203.6 kb基因组区域内,该区间包含了 18个候选基因;将PA7-2确定在高粱8号染色体上18.4 kb和25.5 kb的区域内,以及该染色体上克隆BAC 88M4基因AY661656.1上,它们共包含了 5个候选基因。6.通过RT-PCR表达水平验证发现,PA7-1有2个基因XM 021458168.1和XP021313843.1,PA7-2有1个基因AY661656.1,这3个基因在低氰的父本红壳苏丹草和F2植株的苗期、分蘖期和拔节期中均有显着表达,表明它们是调控高丹草低氢氰酸含量性状的重要候选基因。
王琰琰[5]（2021）在《雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析》文中进行了进一步梳理烟草（Nicotiana tabacum L.）是我国重要的经济作物之一,是偏远地区脱贫的重要保障。雪茄烟是烟草的一种类型,近年来全世界雪茄烟产业呈现出蓬勃发展的趋势。目前,我国优质雪茄烟种质资源相对匮乏,品种混杂现象突出,且遗传背景不清晰,这给雪茄种质资源的收集编目、保存鉴定、新品种选育等工作造成了很大困难。因此,明确我国现有的雪茄烟种质资源遗传结构、资源间亲缘关系,系统构建我国首套雪茄烟SNP指纹图谱,对雪茄烟资源收集鉴定、选育和产业发展具有重要意义。本研究利用SSR、SNP对113份雪茄烟种质资源进行遗传分析,并开发出一套完整的SNP核心标记,对216份雪茄烟资源进行指纹图谱构建和二维条形码绘制工作。主要研究结果如下:一、明确了我国雪茄烟种质资源遗传多样性水平对113份雪茄烟种质资源进行简化基因组测序,进行SNP位点鉴定研究,过滤后得到580942个高质量SNP。同时,利用6个烟草品种从2000对SSR引物中筛选出了43对扩增效果好的SSR引物。利用高质量SNP的碱基连成的序列和43对SSR引物分别对113份雪茄烟种质资源进行了主成分分析、群体遗传结构分析和聚类分析。分析结果均表明了来源地相同的种质分布在不同亚群,即113份雪茄烟种质资源没有按地理来源进行聚类,说明我国雪茄烟种质资源具有丰富的遗传多样性,复杂多样的遗传背景,可为今后雪茄烟育种研究提供宝贵的资源材料。二、开发了首套雪茄烟SNP核心标记在获得的580942个高质量SNP位点中筛选均匀分布在24条烟草染色体上、没有基因型数据缺失、位点的未测通材料数<20、次要等位基因频率（MAF）≥0.34、多态性信息含量（PIC）>0.35、HWE检验p值为≥0.01、多态性位点前后100 bp无其他突变的SNP位点,最终获得163个SNP位点。将筛选获得的SNP位点转化为KASP引物,其中133个成功转化。利用133个KASP引物对96个雪茄烟种质进行基因分型,根据结果筛选出了76个KASP引物,之后利用43份雪茄烟种质验证筛选76个KASP标记,最终筛选到47个核心引物和24个候选核心引物。三、构建了雪茄烟种质资源SNP指纹图谱利用得到的47个核心标记,对216个雪茄烟种质资源进行基因型检测。利用基因型检测结果构建雪茄烟种质资源指纹图谱,并为每份种质编码了一份指纹图谱二维码。根据47个核心KASP引物对216份雪茄烟种质的分型结果,计算了遗传距离矩阵,发现部分品种为疑同品种。之后又利用24对候选核心引物对这些品种进行再次鉴定,并计算其遗传距离,结果表明,HN000129和HN000132,HN000137、HN000027和HN000192,HN000018和HN000019,沂水大弯筋和沂水大弯筋,古巴2号-1和古巴2号-2,HN000147、HN000148、HN000149和HN000177,HN000187和HN000188,HN000182和HN000083,HN000172、山东-1和HN000175,Havana 1号和HN000179,HN000100和HN000110,Connecticut Shade和Bad Geudertheimer Landsorte,HN000101和HN000102,Geudetthelmex、Havana10和Lanka 23,Havana 38和Philippin材料间的遗传距离依然为0。结合田间表型性状发现这些品种的各项指标数据差别很小,确为同一品种。
袁慧[6]（2021）在《基于miRNA的芥菜SSR标记开发及miR397功能的初步研究》文中研究说明芥菜（Brassicajuncea）为十字花科芸薹属植物,是世界各地广泛种植的重要油料作物和蔬菜作物,具有富集多种重金属的特性。微RNA（miRNA）是真核生物中普遍存在的一类小分子非编码RNA,在植物生长发育和逆境胁迫响应中具有重要的调控作用。本研究基于芥菜miRNA序列数据开发了芥菜miRNA-SSR标记,对miR397进行了分子进化分析、表达分析和靶基因全基因组分析,并构建了 miR397过表达载体转化拟南芥。主要研究结果如下:（1）芥菜miRNA-SSR标记开发。利用MISA程序对芥菜miRNA序列和转录组序列进行SSR位点搜索,在芥菜的pri-miRNA和pre-miRNA中分别发现了279个、11个SSR位点,在115228条Unigene中发现了 32987个SSR位点。这些SSR都以单核苷酸重复为主,SSR长度均介于12～19bp之间。利用Primer3.0程序开发SSR引物30513对,从中随机选取26对进行验证,其中6对在11个芥菜品种中具有多态性。上述结果说明,基于miRNA序列开发SSR分子标记是开发芥菜SSR标记的有效途径。（2）芥菜miR397生物信息学与表达特性分析。从miRBase数据库中下载来自68种植物中共143条miR397序列,对其进行多序列比对,构建系统进化树并绘制成熟序列保守性Logo图。结果表明,芥菜miR397在进化上与拟南芥miR397同源关系较近,且成熟序列中的大多数碱基非常保守。psRNATarget软件预测结果显示miR397靶基因主要为漆酶基因。芥菜miR397启动子区中发现存在脱落酸、水杨酸、甲基茉莉酸以及厌氧诱导、节律调控等作用元件。qRT-PCR结果表明在芥菜幼苗根系中miR397表达量高于叶片中的表达量,Cd处理条件下miR397表达水平显着上升,说明miR397参与了芥菜对镉胁迫的响应。（3）芥菜miR397靶基因LAC基因的全基因组分析。将拟南芥LAC基因家族与芥菜转录本数据进行BlastP比对,并结合蛋白质结构域分析鉴定出芥菜57个LAC基因,理化性质分析结果表明大多为亲水性的稳定碱性蛋白,其分子量平均为66.94 kD,系统进化树分析表明可将这些基因聚类为7个亚家族。芥菜LAC蛋白定位于细胞质膜和各种细胞器膜上。利用MEME程序对蛋白保守基序分析发现,芥菜LAC蛋白家族中基本含有1～19基序;GSDS分析表明芥菜LAC基因中的内含子数量为4～15个不等。芥菜LAC启动子区域中含有多个与植物生长发育和逆境胁迫响应相关的ABRE、ARE和ERE等顺式作用元件。（4）芥菜MIR397基因过表达载体构建及其转化拟南芥。构建芥菜miR397过表达载体,利用农杆菌介导法转化拟南芥。通过潮霉素抗性筛选以及PCR分子检测得到转基因植株,经自交传代获得纯合过表达株系。结果表明,过表达miR397的拟南芥的长势（根长和果荚数量）优于野生型;在一定镉浓度范围内,过表达miR397植株可提高拟南芥对镉的耐受性。上述研究结果为进一步揭示芥菜miR397功能奠定了基础。
马猛[7]（2021）在《紫甘薯SSR标记遗传图谱构建及主要农艺性状QTL定位》文中研究指明分子遗传图谱构建及QTL定位是基因克隆、比较基因组学研究和分子标记辅助选择育种的基础。因此构建甘薯遗传图谱对于甘薯育种工作具有重大意义。目前,甘薯遗传图谱构建主要以白肉和黄肉甘薯为主,关于紫肉甘薯遗传图谱构建的研究还很少。QTL定位的性状以淀粉含量、干物质含量以及β-胡萝卜素含量等品质性状为主,其次是抗性性状和产量性状,这与我国甘薯的育种目标和趋势是一致的。理想的农艺性状也是甘薯育种的重要目标,而关于甘薯理想农艺性状的研究还很缺乏。本研究以SSR分子标记技术构建了徐紫薯8号和美国红的遗传连锁图谱,并对甘薯5个地上部农艺性状和2个品质性状进行了QTL定位。主要结果如下:1.对徐紫薯8号转录组测序结果中的8854个EST-SSR序列进行分析,这些SSR主要集中在单、二和三核苷酸重复类型上,占总SSR数目的88.86%,分析的SSR长度范围为10bp～240bp,平均长度为30.3bp,重复基元数目为127。用双亲及其杂交F1代的两个随机单株对三个来源的439对SSR引物进行多态性筛选,共筛选到110对条带清晰、稳定的多态性SSR引物,其中70对为自主设计。以双亲及F1代分离单株对筛选到的110对SSR引物进行多态性评估,每对引物能扩增出1～10条不等条带,平均每对引物扩增4条,多态性信息含量平均值为0.5653,这说明本研究开发的SSR引物多态性较好,具有较高的应用价值。2.以甘薯品种徐紫薯8号（母本）和美国红（父本）杂交F1代分离群体的274个单株为作图群体,利用筛选的110对多态性好的SSR引物对F1群体进行标记基因型检测,分别获得220个和219个多态性标记用于徐紫薯8号和美国红图谱构建。其中母本徐紫薯8号图谱由24个连锁群组成,包括144个标记,图谱总长1325.8 c M,标记间平均距离9.2 c M;父本美国红图谱由21个连锁群组成,包括132个标记,图谱总长1088.6 c M,标记间平均距离8.2 c M。3.用Map QTL 5.0软件对甘薯地上部分枝数、茎蔓直径、最长蔓长、叶柄长度和节间长度以及地下部块根干物质含量和花青素含量7个农艺性状进行QTL分析,共检测到16个QTL。其中与分枝数相关的QTL1个,能够解释表型变异的53.2%;与茎蔓直径相关的QTL1个,解释表型变异的16.7%;与最长蔓长相关的QTL2个,解释表型变异的9.5%和13.7%;与叶柄长度相关的QTL2个,解释表型变异的8.8%和11.3%;与节间长度相关的QTL5个,解释表型变异的9.6%～28.1%;与干物质含量相关的QTL1个,解释表型变异的5.8%;与花青素含量相关的QTL4个,解释表型变异的8.3%～54.9%。
倪鹏程[8]（2021）在《高加索三叶草EST-SSR引物的开发及异交率的测定》文中进行了进一步梳理高加索三叶草（Trifolium ambiguum M.Bieb.）作为一种兼具耐寒耐热、抗旱抗病等优良特性的豆科牧草,具有饲用、水土保持、绿化、蜜源植物等多种用途。但由于高加索三叶草遗传育种数据的缺乏,限制了其种质资源保护和遗传育种改良等方面的研究。本研究利用Illumina Hi Seq2000测序平台对高加索三叶草转录组进行测序,根据测序结果进行SSR标记的开发,并利用筛选出的多态性引物测定高加索三叶草异交率,为后续遗传育种工作做好基础。结果表明:（1）对高加索三叶草转录组进行测序,共获得6.36 Gb数据量。经过组装后共获得75117条Unigene（基因簇）,对1 kb以上的13678条Unigene进行识别鉴定,共鉴定出5374个SSR位点,总体上,发生频率为18.20%。其中单核苷酸重复最多,占比49.55%,其次为三核苷酸重复,占30.15%,两者中丰富基元分别为A/T与GAA/TTC。此外,串联重复数为5的位点数量最多,占总数的18.61%。（2）随机挑选485对EST-SSR引物进行扩增,能够扩增出理想产物的引物有349对,扩增成功率为71.95%,多态性的引物为99对。99对多态性引物共扩增等位基因数量为385,PIC范围在0.08～0.86内,平均为0.61,认为高加索三叶草具有丰富的遗传多样性。（3）将99对多态性较好的引物进行双重组合,共筛选出27组双重引物能扩增出理想产物,可用于后续研究。利用其中8组双重引物对2018～2019年采集的高加索三叶草29个亲本及620个子代进行异交率的测定,开放授粉环境下,高加索三叶草异交率为84.75%。
王晨瑜[9]（2021）在《基于蚕豆转录组数据的TNGS基因分型平台的开发与应用》文中研究指明蚕豆（Vicia faba L.）是一种重要的食用豆类作物,在世界范围内广泛种植。由于蚕豆基因组巨大（约为13Gb）、单核苷酸多态性（SNP）标记有限,高效的基因分型工具匮乏,目前其基因组学与遗传学研究进展相比于其他豆类较为缓慢。本论文基于102份国内外蚕豆种质资源的花和叶转录组测序结果,243,120个unigene从头组装并且完成功能注释。利用生物信息学方法共鉴定出1,579,411个SNP标记,经过高标准的过滤进一步筛选,获得130k高质量SNP分子标记,用于开发高通量、高灵活性且低成本的蚕豆靶向下一代测序（Targeted Next Generation Sequencing）基因分型平台。利用该平台对69份国内蚕豆品种进行基因分型,将捕获得到的片段与参考转录本比对,统计靶向捕获率,并通过PCR扩增以及Sanger测序验证靶向捕获的准确性。将该平台应用于69份蚕豆品种的群体遗传分析,确定了4个与地理分布相关的遗传亚群。本论文提供了宝贵的蚕豆基因组数据和可靠的基因分型工具,可用于遗传和分子育种研究,以加快蚕豆新品种的开发和遗传改良。主要研究结果如下:1.分别构建了102份国内外蚕豆品种花和叶的RNA-seq文库,并采用Illumina双末端测序技术进行转录组测序,获得了2.1T Clean bases,将测序结果进行转录组组装,共获得了287,450条transcripts和243,120条unigene,其N50长度分别为889bp和954bp。利用NT、NR、KO、Swiss Prot、PFAM、GO、KOG七个公共数据库对拼接得到的unigene进行功能注释,七个数据库中至少一个数据库注释成功的unigene有149,990个（61.69%）,七个数据库都注释成功的unigene共有1,025个（6.18%）。其中NT数据库注释的基因最多,共有103,479个（42.56%）unigene,KOG数据库注释的基因最少有31,156个（12.81%）unigene。将204份花和叶RNA-seq数据比对到组装的参考转录本上,通过生物信息学方法共鉴定出1,579,411个SNP标记。2.分别经过单拷贝基因过滤、个体缺失率和基因型缺失率过滤、最小等位基因频率过滤以及连锁标记的合并,共获得130,514个SNP标记,开发了蚕豆130K TNGS液相探针。用该探针对69份国内蚕豆品种进行基因分型,将捕获到的序列与组装的转录本比对,结果显示比对回参考转录本的平均率为93.14%,其中比对到靶向区域的占52.24%。此外,基因分型结果可以在不同过滤条件下生成不同的SNPs数据集,为了验证蚕豆液相探针靶向捕获的准确性,本研究随机选择了15个包含SNP的unigene,对69份蚕豆品种中的10份进行了PCR扩增及Sanger测序,测序结果与TNGS液相探针靶向捕获的结果平均一致率可达93.6%,研究表明蚕豆130K TNGS液相探针的基因分型结果是高度可靠的。3.将TNGS液相探针技术应用于蚕豆品种的群体遗传分析。通过SNP标记构建系统发育树、主成分分析以及群体结构分析。69份参试蚕豆品种明显的划分为四个群体,群体界限清晰,且与地理来源具有密切的关联,国内春性蚕豆与冬性蚕豆也相互分离,表明所研究的蚕豆品种具有较为狭窄的生态适应性和较强的区域生态特征。
孙菲菲[10]（2021）在《豇豆疫霉致病力分化及基因组特征分析》文中提出绿豆是我国主要的杂粮作物之一,因具有较丰富的营养物质、良好的保健作用、生育期短、固氮肥地等特点而在我国广泛种植。病害一直是造成绿豆减产的重要原因。近年来随着全球气候变化、种植业结构的调整以及种植品种的单一化,绿豆上病害不断加重。绿豆疫霉茎腐病是近几年在安徽省明光市新发现的一种病害,随后在田间病害调查中相继在湖北、江苏等地也观察到该病害的发生。本研究通过形态学比较、系统发育分析及寄主范围鉴定,明确引起绿豆疫霉茎腐病的病原菌豇豆疫霉的寄主专化性;通过对3个豇豆疫霉专化型基因组测序组装及比较分析,从分子水平明确三个专化型之间的差异;通过开发SSR标记,对豇豆疫霉绿豆分离物进行遗传多样性分析,并开发出能够有效区分豇豆疫霉不同专化型的特异性标记;通过抗病品种筛选,建立一套鉴别寄主进行豇豆疫霉绿豆专化型致病力差异分析,明确其致病型,主要的研究结果如下:1.将引起绿豆疫霉茎腐病的病原菌豇豆疫霉鉴定为新的专化型,豇豆疫霉绿豆专化型（Phytophthora vignae f.sp.mungcola）:通过对从安徽省明光市、安徽省合肥市、湖北省武汉市和江苏省南京市分离得到的20、23、5和6个分离物与豇豆疫霉豇豆专化型和豇豆疫霉小豆专化型进行形态学比较、部分生物学特性分析、致病性测定及多基因系统发育分析,将绿豆分离物鉴定为豇豆疫霉。寄主范围测定结果表明,豇豆疫霉绿豆分离物对绿豆和小豆均具有致病性,豇豆疫霉豇豆专化型分离物和小豆专化型分离物仅对各自的寄主豇豆和小豆致病,表明绿豆分离物与豇豆疫霉其它两种专化型具有不同的寄主范围,命名为豇豆疫霉绿豆专化型。2.初步完成豇豆疫霉3个专化型的基因组组装,分析到3个专化型在效应蛋白及基因家族方面存在差异:通过对豇豆疫霉绿豆专化型PVMG4、小豆专化型Pa V1和豇豆专化型Pc V2进行de novo测序组装,得到基因组大小分别为89.9 Mb、84.5 Mb和84.0 Mb。对基因组中与致病性相关的效应蛋白进行预测,共从PVMG4、Pa V1和Pc V2中分别预测到207、187和194个含有RXLR基序的效应蛋白。对这些蛋白进行分类分析发现,在PVMG4中存在120个特有的候选效应蛋白,这可能与豇豆疫霉绿豆专化型特有的致病性相关。基因家族分析显示PVMG4、Pa V1和Pc V2中共鉴定到121、34和47个特有的基因家族。基因组共线性表明三个专化型之间虽然共线性较好,但也存在大量的结构变异（染色体易位和染色体倒位）和Indel差异。结合这些差异位点和效应蛋白进行分析,可以更好的解析豇豆疫霉寄主专化性的形成机制。另外,系统进化和共线性分析均表明豇豆疫霉豇豆专化型和豇豆疫霉小豆专化型亲缘关系更近。3.开发了豇豆疫霉基因组SSR标记,解析了豇豆疫霉绿豆专化型的遗传变异:通过对豇豆疫霉全基因组微卫星位点发掘和多态性引物的筛选,获得了12对具有代表性的多态性标记用于豇豆疫霉的遗传多样性分析。通过UPGMA聚类发现,在遗传相似系数为0.59时54个豇豆疫霉绿豆专化型分离物被分为3个类群,表明分离物之间存在较丰富的遗传多样性。另外,开发出一个标记能够将豇豆疫霉豇豆专化型、豇豆疫霉小豆专化型和豇豆疫霉绿豆专化型进行区分。4.筛选出抗绿豆疫霉茎腐病品种,建立了一套用于豇豆疫霉绿豆专化型生理分化研究的鉴别寄主:对288份绿豆品种和资源进行抗性鉴定,筛选获得到17份抗病材料和25份中间型材料。通过对筛选到的抗病品种进行遗传背景及抗性稳定分析,建立了包括潍绿6号、郑8-4-6、冀绿0816和鄂绿1号共4个抗病品种作为豇豆疫霉绿豆专化型鉴别寄主。利用鉴别寄主对54个豇豆疫霉绿豆专化型分离物进行致病力分化研究,鉴定到3个致病型（或生理小种）,其中pathotype 1包含29个分离物,17个分布在安徽明光,占比58.6%,为该地区的优势致病型。Pathotype 2包含22个分离物,17个分布在安徽合肥,占比77.3%,为该地区的优势致病型。Pathotype 3仅包含江苏南京的其中3个菌株:PVNJ-2、PVNJ-3、PVNJ-6。综上,在本研究中我们将引起绿豆疫霉茎腐病的病原菌豇豆疫霉鉴定为新的专化型,豇豆疫霉绿豆专化型。通过对3种豇豆疫霉专化型分离物的基因组测序和组装结果分析,在豇豆疫霉绿豆专化型中鉴定到120个特有的效应蛋白,这可能与其寄主专化性的形成相关。进一步对豇豆疫霉绿豆专化型基因组开发标记,筛选到能够有效区分豇豆疫霉不同专化型的特异性标记。最后通过抗性筛选,建立了一套能够用于豇豆疫霉绿豆专化型致病力分化研究的鉴别寄主,将54个分离物划分为3种致病型。上述结果为豇豆疫霉绿豆专化型的寄主特异性研究奠定基础。
二、SSR分子标记的开发技术研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、SSR分子标记的开发技术研究进展（论文提纲范文）
（2）珍稀濒危植物四合木Genic-SSR标记的开发及种群遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词Abbreviations |
| 一、引言 |
| 1.1 种群遗传学研究 |
| 1.1.1 遗传多样性研究概况 |
| 1.1.2 遗传结构研究概况 |
| 1.2 基于转录组测序的分子标记开发 |
| 1.2.1 转录组测序技术概况 |
| 1.2.2 分子标记开发 |
| 1.2.3 Genic-SSR及其功能 |
| 1.3 四合木研究进展 |
| 1.3.1 四合木分布区的概况 |
| 1.3.2 系统地位与分类学 |
| 1.3.3 形态学与生物学特征 |
| 1.3.4 化学成分的活性分析 |
| 1.3.5 生理生态学特征 |
| 1.3.6 遗传多样性研究 |
| 1.4 研究内容、目的与意义 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 研究目的 |
| 1.4.3 研究意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样本采集 |
| 2.1.2 试剂与药品 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 RNA提取与质量检测 |
| 2.2.2 cDNA文库构建及测序 |
| 2.2.3 数据过滤及质量评估 |
| 2.2.4 转录组拼接及de novo组装 |
| 2.2.5 Unigene的功能注释 |
| 2.2.6 多态性Genic-SSR位点的识别 |
| 2.2.7 CDS区预测 |
| 2.2.8 多态性Genic-SSRs的定位 |
| 2.2.9 多态性Genic-SSRs关联Unigene的功能注释 |
| 2.2.10 多态性Genic-SSR位点引物设计 |
| 2.2.11 基因组总DNA的提取与质量检测 |
| 2.2.12 SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 |
| 2.2.13 多态性SSR引物验证 |
| 2.2.14 DNA提取及PCR扩增 |
| 2.3 数据处理与统计分析 |
| 2.3.1 标记开发的数据分析 |
| 2.3.2 遗传多样性分析 |
| 2.3.3 遗传结构与遗传分化分析 |
| 三、结果与分析 |
| 3.1 四合木转录组测序、组装及功能注释 |
| 3.1.1 四合木测序RNA样本质量分析结果 |
| 3.1.2 测序数据产出及质量控制 |
| 3.1.3 转录组de novo组装结果 |
| 3.1.4 All-unigene的功能注释 |
| 3.1.5 GO注释结果 |
| 3.1.6 COG注释 |
| 3.1.7 KEGG注释 |
| 3.2 基于比较转录组的Genic-SSR标记识别与开发 |
| 3.2.1 多态性Genic-SSR位点的识别 |
| 3.2.2 多态性SSR位点定位 |
| 3.2.3 多态性SSR位点频率分析 |
| 3.2.4 多态性SSR关联基因的功能注释 |
| 3.2.5 DNA质量检测 |
| 3.2.6 多态性引物的初步筛选 |
| 3.2.7 梯度PCR确定引物最佳退火温度 |
| 3.2.8 SSR引物验证及标记开发 |
| 3.3 基于Genic-SSR的四合木种群遗传学分析 |
| 3.3.1 幼株与成株群体的遗传多样性分析 |
| 3.3.2 幼株与成株群体的遗传分化分析 |
| 3.3.3 幼株与成株群体的遗传结构分析 |
| 四、讨论 |
| 4.1 四合木转录组de novo测序及序列组装 |
| 4.2 基于比较转录组的Genic-SSR数据分析、功能注释及标记开发 |
| 4.2.1 四合木转录组中SSR鉴定、定位与频率分析 |
| 4.2.2 四合木Genic-SSR在环境适应中功能分析 |
| 4.2.3 Genic-SSR标记的开发 |
| 4.3 四合木群体遗传多样性及遗传结构分析 |
| 4.3.1 Genic-SSR标记在种群遗传学中应用 |
| 4.3.2 四合木幼株与成株群体的遗传多样性 |
| 4.3.3 四合木幼株与成株群体的遗传结构 |
| 五、结论与创新性 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新性 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（3）植物多态性SSR数据库构建关键技术研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景与意义 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 研究意义 |
| 1.2 研究内容与论文结构 |
| 1.2.1 研究内容 |
| 1.2.2 论文组织结构 |
| 2 国内外研究现状及进展 |
| 2.1 SSR识别基本算法研究现状 |
| 2.1.1 后缀树 |
| 2.1.2 后缀数组与最长公共前缀 |
| 2.1.3 重复模式匹配 |
| 2.2 SSR标记开发技术研究进展 |
| 2.3 SSR标记数据库研究进展 |
| 2.3.1 物种SSR数据库 |
| 2.3.2 综合型SSR数据库 |
| 2.4 存在问题分析 |
| 2.5 本章小结 |
| 3 基于序列偏移的SSR识别算法研究 |
| 3.1 序列偏移方法概述 |
| 3.1.1 串联重复定义 |
| 3.1.2 算法基本思想 |
| 3.1.3 问题与难点分析 |
| 3.2 SO-SSR识别算法理论设计 |
| 3.2.1 算法核心理论 |
| 3.2.2 算法执行步骤 |
| 3.3 SO-SSR识别算法实现 |
| 3.4 SO-SSR算法分析 |
| 3.4.1 示例分析 |
| 3.4.2 性能分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 基于SO-SSR的植物多态性SSR标记开发方法研究 |
| 4.1 多态性SSR标记开发技术路线 |
| 4.2 数据来源与采集方法研究 |
| 4.2.1 数据筛选标准 |
| 4.2.2 网络爬虫基本策略 |
| 4.2.3 问题分析及采集策略优化 |
| 4.2.4 SRA采集系统搭建与使用示例 |
| 4.3 转录组数据处理方法 |
| 4.3.1 NGS序列质控过滤 |
| 4.3.2 组装转录组 |
| 4.3.3 聚类去冗余 |
| 4.4 基于SO-SSR的多态性SSR标记开发 |
| 4.4.1 多态性SSR标记开发关键问题 |
| 4.4.2 多态性SSR位点检测与差异评估 |
| 4.4.3 标记开发设计实现 |
| 4.5 多态性SSR标记开发实例分析 |
| 4.6 本章小结 |
| 5 植物多态性SSR数据库系统开发与应用 |
| 5.1 PPSD系统设计 |
| 5.1.1 系统整体架构 |
| 5.1.2 PPSD功能设计 |
| 5.1.3 PPSD后台管理系统功能设计 |
| 5.1.4 PPSD系统数据库设计 |
| 5.2 PPSD系统开发与测试 |
| 5.2.1 开发环境及相关技术 |
| 5.2.2 PPSD数据库实现 |
| 5.2.3 PPSD后台管理系统实现 |
| 5.2.4 系统功能测试 |
| 5.3 植物多态性SSR数据库应用实例 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 总结与展望 |
| 6.1 工作总结 |
| 6.2 未来研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（4）高丹草低氢氰酸性状主效QTL PA7-1和PA7-2的精细定位及其候选基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 前言 |
| 1.1 高丹草概述 |
| 1.2 氢氰酸 |
| 1.2.1 非生氰糖苷类氰化物 |
| 1.2.2 生氰糖苷类氰化物 |
| 1.3 QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位原理及步骤 |
| 1.3.2 QTL定位的方法 |
| 1.3.3 QTL定位验证 |
| 1.3.4 QTL精细定位 |
| 1.3.5 精细定位区间候选基因分析 |
| 1.4 高丹草QTL定位研究进展 |
| 1.5 本研究的目的及意义和技术路线 |
| 1.5.1 本研究的目的及意义 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 高丹草低氢氰酸含量QIRs群体构建 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料与种植 |
| 2.1.2 氢氰酸含量测定 |
| 2.1.3 DNA提取及BSA基因池的建立 |
| 2.1.4 SSR适宜引物的筛选及PCR扩增 |
| 2.1.5 数据统计与处理 |
| 2.1.6 高丹草低氢氰酸含量相关SSR分子标记的开发 |
| 2.1.7 遗传群图谱的构建和QTL定位分析 |
| 2.1.8 高丹草低氢氰酸含量QIRs等位基因重组群体的构建 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 氢氰酸含量测定 |
| 2.2.2 基因组DNA纯度的电泳检测 |
| 2.2.3 高丹草低氢氰酸含量相关SSR引物的筛选及多态性分析 |
| 2.2.4 高丹草低氢氰酸含量相关SSR分子标记的获得 |
| 2.2.5 高丹草遗传图谱构建及氢氰酸含量QTL定位 |
| 2.2.6 QIRs群体获得 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 BSA法评价 |
| 2.3.2 SSR分子标记及遗传图谱研究 |
| 2.3.3 QTL定位准确性 |
| 2.3.4 等位基因重组株QIRs分析 |
| 2.4 小结 |
| 3 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7-1 的精细定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 群体构建 |
| 3.1.2 精细定位区间内标记的开发 |
| 3.1.3 F_3精细定位群体DNA提取、氢氰酸含量测定 |
| 3.1.4 高丹草连锁群构建 |
| 3.1.5 主效QTL PA7?1 的精细定位 |
| 3.1.6 主效QTL精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 散穗高粱×红壳苏丹草F_(2:3)群体氢氰酸含量性状分析 |
| 3.2.2 F_(2:3)群体氢氰酸含量性状QTL定位 |
| 3.2.3 F_3群体氢氰酸含量性状变异 |
| 3.2.4 PA7?1 精细定位区间内标记的SSR特异引物的筛选 |
| 3.2.5 基于高丹草F_3精细定位群体连锁群构建及QTL定位 |
| 3.2.6 PA7?1 的精细定位 |
| 3.2.7 精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 3.2.8 精细定位区间序列比对、物理图谱建立与候选基因分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 主效QTL PA7?1 的稳定性 |
| 3.3.2 主效QTL PA7?1 精细定位的准确性 |
| 3.3.3 低氢氰酸含量性状候选基因 |
| 3.4 小结 |
| 4 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7-2 的精细定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 群体构建 |
| 4.1.2 精细定位区间内标记的开发 |
| 4.1.3 F_3精细定位群体DNA提取、氢氰酸含量测定 |
| 4.1.4 高丹草连锁群构建 |
| 4.1.5 主效QTL PA7?2 的精细定位 |
| 4.1.6 主效QTL精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 散穗高粱×红壳苏丹草F_(2:3)群体氢氰酸含量性状分析 |
| 4.2.2 F_(2:3)群体氢氰酸含量性状QTL定位 |
| 4.2.3 F_3群体氢氰酸含量性状变异 |
| 4.2.4 PA7?2 精细定位区间内标记的SSR特异引物的筛选 |
| 4.2.5 基于高丹草F_3精细定位群体连锁群构建及QTL定位 |
| 4.2.6 PA7?2 的精细定位 |
| 4.2.7 精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 4.2.8 PA7?2 精细定位区间序列比对、物理图谱构建与候选基因分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 PA7?1 和PA7?2 的加性效应 |
| 4.3.2 精细定位可行性分析 |
| 4.4 小结 |
| 5 PA7?1 和PA7?2 精细定位区间候选基因表达水平验证 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 植物总RNA的提取 |
| 5.1.3 cDNA的合成 |
| 5.1.4 半定量RT?PCR |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 氢氰酸含量差异 |
| 5.2.2 总RNA的提取和检测 |
| 5.2.3 候选基因的RT?PCR表达验证 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论 |
| 6.1 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7?1 的精细定位和候选基因分析 |
| 6.2 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7?2 的精细定位和候选基因分析 |
| 6.3 主要创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 作者简介 |
（5）雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 烟草种质资源概况 |
| 1.1.1 烟草种质资源研究进展 |
| 1.1.2 雪茄烟种质资源现状 |
| 1.2 分子标记技术研究进展 |
| 1.2.1 分子标记技术概况 |
| 1.2.2 SSR标记在烟草育种中的应用 |
| 1.2.3 SNP标记及检测方法 |
| 1.2.4 SNP在育种上的研究进展 |
| 1.3 简化基因组测序 |
| 1.3.1 简化代表库 |
| 1.3.2 SLAF-seq技术 |
| 1.3.3 RAD-seq技术 |
| 1.3.4 GBS技术 |
| 1.4 DNA指纹图谱 |
| 1.4.1 DNA指纹图谱的发展 |
| 1.4.2 DNA指纹图谱在烟草中的研究进展 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 第二章 雪茄烟种质资源群体遗传分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 |
| 2.1.3 利用SNP进行群体遗传分析的方法 |
| 2.1.3.1 GBS测序 |
| 2.1.3.2 SNP鉴定 |
| 2.1.3.3 数据处理 |
| 2.1.4 利用SSR标记进行群体遗传分析的方法 |
| 2.1.4.1 SSR引物 |
| 2.1.4.2 PCR扩增 |
| 2.1.4.3 银染法电泳 |
| 2.1.4.4 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 SNP位点发掘 |
| 2.2.2 基于全基因组SNP的群体遗传分析 |
| 2.2.3 SSR引物的筛选 |
| 2.2.4 基于SSR分子标记的群体遗传分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 基于SSR和 SNP标记分析雪茄烟种群体遗传的优越性 |
| 2.3.2 基于SNP标记进行雪茄烟群体遗传分析 |
| 2.3.3 基于SSR标记进行的雪茄烟群体遗传分析 |
| 2.3.4 基于SSR和 SNP标记的群体遗传分析比较 |
| 第三章 雪茄烟种质资源SNP指纹图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 SNP标记筛选 |
| 3.1.4 KASP分型验证 |
| 3.1.5 性状调查 |
| 3.1.6 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SNP位点的筛选 |
| 3.2.2 KASP引物设计及核心位点的挑选 |
| 3.2.3 DNA指纹图谱的构建 |
| 3.2.4 216 份雪茄烟种质资源品种鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 雪茄烟种质资源SNP核心引物开发 |
| 3.3.2 雪茄烟种质资源SNP指纹图谱的构建 |
| 3.3.3 216 份雪茄烟种质资源品种鉴定 |
| 第四章 全文结论 |
| 4.1 雪茄烟种质资源群体遗传分析 |
| 4.2 开发了首套雪茄烟SNP核心标记 |
| 4.3 构建了雪茄烟种质资源DNA指纹图谱 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 附录 C |
| 附录 D |
| 附录 E |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（6）基于miRNA的芥菜SSR标记开发及miR397功能的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 1 绪论 |
| 1.1 miRNA的概述 |
| 1.1.1 miRNA的生物合成机制 |
| 1.1.2 miRNA的作用机制 |
| 1.2 SSR的研究进展 |
| 1.2.1 SSR分子标记及其特点 |
| 1.2.2 miRNA-SSR分子标记 |
| 1.2.3 SSR分子标记的在芥菜中的应用 |
| 1.3 miR397研究进展 |
| 1.3.1 miR397的靶基因 |
| 1.3.2 miR397在植物生长发育中的作用 |
| 1.3.3 miR397在非生物胁迫中的作用 |
| 1.3.4 miR397在生物胁迫中的作用 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 1.5 研究方案 |
| 2 芥菜miRNA-SSR标记的开发 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 植物材料 |
| 2.2.2 仪器与试剂 |
| 2.2.3 DNA提取 |
| 2.2.4 序列组装与筛选 |
| 2.2.5 芥菜miRNA-SSR的鉴定与分析 |
| 2.2.6 SSR引物设计及筛选验证 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 芥菜SSR位点的分布特点 |
| 2.3.2 芥菜miRNA-SSR与转录组SSR比较 |
| 2.3.3 芥菜SSR引物的有效性检测 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 3 芥菜miR397的生物信息学分析与表达分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 仪器和试剂 |
| 3.2.3 芥菜总RNA的提取 |
| 3.2.4 miR397序列获取 |
| 3.2.5 miR397的成熟序列和前体序列的保守性和进化分析 |
| 3.2.6 芥菜miR397的靶基因预测 |
| 3.2.7 实时荧光定量(qRT-PCR)表达量分析 |
| 3.2.8 芥菜miR397启动子顺式作用元件分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 miR397物种分布 |
| 3.3.2 miR397保守性和进化关系分析 |
| 3.3.3 芥菜miR397的靶基因预测 |
| 3.3.4 芥菜miR397表达水平分析 |
| 3.3.5 芥菜miR397启动子顺式作用元件分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 4 芥菜miR397靶基因LAC的全基因组鉴定与分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 芥菜LAC基因家族成员的鉴定 |
| 4.2.2 芥菜LAC基因家族的理化性质分析 |
| 4.2.3 芥菜LAC基因家族的进化分析 |
| 4.2.4 芥菜LAC基因家族的蛋白序列保守性分析 |
| 4.2.5 芥菜LAC基因结构和启动子区顺式作用元件分析 |
| 4.2.6 芥菜LAC基因家族成员受调控的miRNA预测 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 芥菜LAC基因家族的鉴定 |
| 4.3.2 芥菜LAC基因家族的蛋白理化性质和亚细胞定位分析 |
| 4.3.3 芥菜LAC基因家族的染色体定位分析 |
| 4.3.4 芥菜LAC基因家族的进化分析 |
| 4.3.5 芥菜LAC基因家族的蛋白序列保守性分析 |
| 4.3.6 芥菜LAC基因结构和启动子区顺式作用元件分析 |
| 4.3.7 芥菜LAC基因家族成员受调控的miRNA预测 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 5 芥菜miR397过表达载体的构建及转化拟南芥 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 仪器与试剂 |
| 5.2.3 芥菜基因组DNA提取 |
| 5.2.4 芥菜MIR397基因克隆 |
| 5.2.5 表达载体构建与农杆菌转化 |
| 5.2.6 花序浸染法转化拟南芥 |
| 5.2.7 转基因拟南芥的筛选与鉴定 |
| 5.2.8 转基因拟南芥植株表型分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 芥菜miR397过表达载体构建 |
| 5.3.2 转基因拟南芥阳性植株的鉴定 |
| 5.3.3 过表达miR397对拟南芥植株表型的影响 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 6 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录 攻读学位期间的主要研究成果 |
| 致谢 |
（7）紫甘薯SSR标记遗传图谱构建及主要农艺性状QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 甘薯概况 |
| 1.2 分子遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2.1 分子遗传连锁图谱构建的步骤 |
| 1.2.2 作图群体的构建 |
| 1.2.3 遗传标记的选择 |
| 1.2.4 数据整理及软件分析 |
| 1.2.5 甘薯分子遗传连锁图谱的研究进展 |
| 1.3 QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位的方法 |
| 1.3.2 QTL定位的软件 |
| 1.3.3 甘薯QTL定位研究进展 |
| 1.4 遗传多样性研究与指纹图谱构建 |
| 1.4.1 甘薯遗传多样性研究进展 |
| 1.4.2 甘薯指纹图谱构建研究进展 |
| 1.5 本研究目的及意义 |
| 第二章 甘薯SSR多态性引物的筛选和评估 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 甘薯基因组DNA的提取与检测 |
| 2.1.3 甘薯SSR引物的获得 |
| 2.1.4 甘薯SSR的 PCR反应体系及程序 |
| 2.1.5 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.1.6 甘薯SSR多态性引物的筛选 |
| 2.1.7 甘薯SSR多态性引物的评估 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 甘薯基因组DNA的浓度和质量检测 |
| 2.2.2 徐紫薯8号EST-SSR序列的获得及特征分析 |
| 2.2.3 甘薯SSR多态性引物的筛选 |
| 2.2.4 甘薯SSR多态性引物的评估 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 徐紫薯8号EST-SSR的特征 |
| 2.3.2 甘薯SSR引物的多态性及应用价值 |
| 第三章 徐紫薯8号和美国红SSR分子连锁图谱的构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 甘薯基因组DNA的提取与检测 |
| 3.1.3 甘薯SSR的 PCR扩增及电泳检测 |
| 3.1.4 甘薯SSR多态性分子标记的整理与分析 |
| 3.1.5 徐紫薯8号和美国红SSR分子连锁图谱的构建 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 甘薯SSR多态性引物的群体检测 |
| 3.2.2 多态性SSR标记的整理与分析 |
| 3.2.3 徐紫薯8号和美国红SSR分子连锁图谱的构建 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 甘薯倍型分析 |
| 3.3.2 甘薯作图群体的选择 |
| 3.3.3 分子标记的偏分离现象 |
| 3.3.4 甘薯遗传图谱的构建 |
| 第四章 徐紫薯8号和美国红主要农艺性状的QTL定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 田间实验设计 |
| 4.1.3 甘薯主要农艺性状的测定 |
| 4.1.4 甘薯主要农艺性状的表型分析及QTL定位 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 主要农艺性状的表型分析 |
| 4.2.2 主要农艺性状的QTL分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 数量性状的超亲分离 |
| 4.3.2 甘薯主要农艺性状的QTL定位 |
| 4.3.3 甘薯主要农艺性状QTL与分子标记辅助育种 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）高加索三叶草EST-SSR引物的开发及异交率的测定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 高加索三叶草育种研究进展 |
| 1.1.1 细胞学及系统分类 |
| 1.1.2 育种方法 |
| 1.1.3 栽培与管理 |
| 1.2 分子标记技术 |
| 1.2.1 分子标记概述 |
| 1.2.2 分子标记技术的类型 |
| 1.2.3 分子标记技术的应用 |
| 1.3 EST-SSR标记 |
| 1.3.1 EST-SSR标记概述 |
| 1.3.2 EST-SSR标记的应用 |
| 1.4 研究目的意义及技术路线 |
| 1.4.1 研究目的及意义 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 高加索三叶草转录组测序 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 RNA提取 |
| 2.1.3 cDNA文库建立及测序 |
| 2.1.4 序列的组装及注释 |
| 2.1.5 EST-SSR序列识别 |
| 2.2 高加索三叶草EST-SSR引物的开发 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 单株DNA提取 |
| 2.2.3 DNA浓度检测 |
| 2.2.4 引物筛选及稀释 |
| 2.2.5 PCR扩增 |
| 2.2.6 凝胶电泳 |
| 2.2.7 凝胶显影 |
| 2.2.8 仪器及试剂配制 |
| 2.2.9 数据处理 |
| 2.3 高加索三叶草异交率的测定 |
| 2.3.1 试验材料 |
| 2.3.2 DNA提取 |
| 2.3.3 双重引物的组配及筛选 |
| 2.3.4 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 转录组测序及从头组装 |
| 3.2 基因功能注释 |
| 3.3 高加索三叶草EST-SSR分布及频率 |
| 3.4 EST-SSR引物的多态性 |
| 3.5 双重引物的筛选 |
| 3.6 高加索三叶草异交率的测定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 转录组测序结果 |
| 4.2 EST-SSR引物的开发 |
| 4.3 EST-SSR引物的多态性 |
| 4.4 双重引物的组配 |
| 4.5 高加索三叶草异交率的测定 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（9）基于蚕豆转录组数据的TNGS基因分型平台的开发与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 蚕豆概述 |
| 1.2 分子标记的发展概况 |
| 1.2.1 第一代分子标记技术 |
| 1.2.2 第二代分子标记技术 |
| 1.2.3 第三代分子标记技术 |
| 1.3 RNA-seq的研究进展 |
| 1.4 SNP基因分型平台的研究进展 |
| 1.5 本研究目的及意义 |
| 第二章 蚕豆转录本的拼接及分子标记的开发 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 RNA的提取及检测 |
| 2.2.2 文库构建及检测 |
| 2.2.3 序列质量评估及拼接 |
| 2.2.4 基因功能注释 |
| 2.2.5 SNP分子标记的开发 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 测序数据质量评估 |
| 2.3.2 转录本拼接 |
| 2.3.3 基因功能注释结果 |
| 2.3.4 SNP分子标记的开发 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 蚕豆TNGS基因分型平台的开发 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 蚕豆SNP的来源 |
| 3.2.2 蚕豆SNP的过滤 |
| 3.2.3 TNGS液相探针的设计 |
| 3.2.4 DNA样本的提取、质检 |
| 3.2.5 TNGS液相探针杂交捕获 |
| 3.2.6 TNGS靶向捕获的验证 |
| 3.3 结果分析 |
| 3.3.1 SNP筛选结果 |
| 3.3.2 蚕豆130K TNGS液相探针的开发与验证 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 蚕豆TNGS基因分型平台的应用 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 主成分分析 |
| 4.2.2 群体遗传结构分析 |
| 4.2.3 群体聚类分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 国内69 份蚕豆品种的主成分分析 |
| 4.3.2 群体结构分析 |
| 4.3.3 聚类分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（10）豇豆疫霉致病力分化及基因组特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 植物病原卵菌 |
| 1.2 疫霉菌研究进展 |
| 1.2.1 疫霉病危害及疫霉菌分类地位 |
| 1.2.2 疫霉菌种类及系统进化 |
| 1.2.3 疫霉菌的寄主范围及致病力分化 |
| 1.2.4 疫霉菌基因组研究 |
| 1.2.5 疫霉菌效应分子研究 |
| 1.3 分子标记技术在疫霉菌研究中的应用 |
| 1.3.1 分子标记在疫霉属遗传多样性研究中的应用 |
| 1.3.2 分子标记在疫霉菌抗性基因研究中的应用 |
| 1.3.3 分子标记在疫霉菌DNA指纹图谱构建中的应用 |
| 1.3.4 分子标记在疫霉菌亲缘关系分析方面的应用 |
| 1.4 疫霉病发病规律及防治 |
| 1.5 豇豆疫霉研究进展 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 第二章 绿豆疫霉茎腐病病原菌专化型鉴定 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 病原菌分离 |
| 2.1.3 形态学观察 |
| 2.1.4 温度范围鉴定 |
| 2.1.5 致病性测定 |
| 2.1.6 寄主范围鉴定 |
| 2.1.7 数据分析 |
| 2.1.8 病原菌分子鉴定 |
| 2.1.9 系统发育分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 形态学鉴定 |
| 2.2.2 菌丝生长温度范围鉴定 |
| 2.2.3 致病性和寄主范围鉴定 |
| 2.2.4 系统发育分析 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 小结 |
| 2.3.2 讨论 |
| 第三章 豇豆疫霉基因组测序及比较分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 测序菌株 |
| 3.1.2 菌株基因组测序 |
| 3.1.3 基因组组装及注释 |
| 3.1.4 PHI注释分析 |
| 3.1.5 候选效应分子预测 |
| 3.1.6 物种进化分析 |
| 3.1.7 全基因组共线性分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 基因组组装及注释 |
| 3.2.2 基因组特征分析 |
| 3.2.3 致病相关基因 |
| 3.2.4 候选效应分子 |
| 3.2.5 基因家族及物种进化分析 |
| 3.2.6 全基因组共线性分析 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 小结 |
| 3.3.2 讨论 |
| 第四章 豇豆疫霉SSR标记开发 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 供试菌株 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.2 结果分析 |
| 4.2.1 基因组中不同SSR分布类型 |
| 4.2.2 多态性SSR引物筛选 |
| 4.2.3 不同地理来源豇豆疫霉的群体遗传分析 |
| 4.2.4 绿豆疫霉的SSR聚类分析 |
| 4.2.5 豇豆疫霉特异性引物的开发 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 4.3.1 小结 |
| 4.3.2 讨论 |
| 第五章 豇豆疫霉绿豆专化型致病力分化研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 抗性资源筛选 |
| 5.1.2 致病力分化研究 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 抗性鉴定 |
| 5.2.2 鉴别寄主筛选 |
| 5.2.3 致病型鉴定 |
| 5.2.4 回接鉴定 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 5.3.1 小结 |
| 5.3.2 讨论 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、SSR分子标记的开发技术研究进展（论文参考文献）
- [1]防己种质资源SSR评价及DNA条形码构建[D]. 吴梦丽. 广西中医药大学, 2021
- [2]珍稀濒危植物四合木Genic-SSR标记的开发及种群遗传学研究[D]. 黄蕾. 内蒙古大学, 2021
- [3]植物多态性SSR数据库构建关键技术研究[D]. 邓家炜. 安徽农业大学, 2021(02)
- [4]高丹草低氢氰酸性状主效QTL PA7-1和PA7-2的精细定位及其候选基因分析[D]. 吴国芳. 内蒙古农业大学, 2021(01)
- [5]雪茄烟种质资源SNP指纹图谱构建及群体遗传分析[D]. 王琰琰. 中国农业科学院, 2021
- [6]基于miRNA的芥菜SSR标记开发及miR397功能的初步研究[D]. 袁慧. 中南林业科技大学, 2021(01)
- [7]紫甘薯SSR标记遗传图谱构建及主要农艺性状QTL定位[D]. 马猛. 中国农业科学院, 2021
- [8]高加索三叶草EST-SSR引物的开发及异交率的测定[D]. 倪鹏程. 内蒙古农业大学, 2021(02)
- [9]基于蚕豆转录组数据的TNGS基因分型平台的开发与应用[D]. 王晨瑜. 中国农业科学院, 2021
- [10]豇豆疫霉致病力分化及基因组特征分析[D]. 孙菲菲. 西北农林科技大学, 2021