孙红英[1]2002年在《中华绒螯蟹线粒体基因组与16S rDNA遗传标记研究》文中研究表明测定了短尾类十足目动物中华绒螯蟹的线粒体基因组12940 bP的核苷酸序列。所有测定的27个基因的排列不同于所有其它的节肢动物线粒体DNA的基因排列顺序。中华绒螯蟹线粒体基因组与推测的泛甲壳类原始的线粒体基因顺序相比，至少有12个基因发生了重排，造成线粒体基因排列顺序显着的变化。发生重排的基因包括一个4基因块的重排、1个2基因的tRNA基因簇的重排和6个单一tRNA基因的重排，形成泛甲壳类线粒体DNA的另一种基因重排类型。十足目动物线粒体基因排列顺序的比较研究显示，在绒螯蟹中发现的4基因块的重排，对十足目高级阶元的系统发生研究是有用的信息。 测定了天津厚蟹和分布于中国和日本的绒螯蟹类线粒体16 rRNA基因的部分序列，探讨了弓蟹类厚蟹属、绒螯蟹属等的系统发生关系。系统发生分析结果支持将厚蟹属从相手蟹科移至弓蟹科。并支持新绒螯蟹属是一个有效属，但不支持平绒螯蟹属的有效性。基于线粒体16SrDNA部分序列的系统发生分析支持日本绒螫蟹、中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹合并为一个物种，即日本绒螯蟹(E.japonica)，分布于中国和日本冲绳的绒螯蟹与分布在日本大阪的绒螯蟹构成姊妹群，提示日本绒螯蟹可能包含2个亚种，即日本绒螯蟹指名亚种(E.j.japonica)和中华亚种(E.j.sinensis)。 绒螯蟹与淡水蟹是2个不同类型的非海洋蟹类，前者属于成体湖沼型；后者属于完全内陆型。基于线粒体16S rDNA部分序列，对这2个类型的非海洋蟹类与潮间带蟹类、海洋蟹类之间的系统发生分析提示，方蟹总科(Grapsioidea)、沙蟹总科(Ocypodioidea)、溪蟹总科(Potamoidea)和梭子蟹总科(Portunoidea)的蟹类起源于一个共同的海洋蟹类祖先，它们彼此之间的歧异时间基本一致。淡水蟹类的系统发生研究显示，华溪蟹属与仿溪蟹属起源于一个共同的海生蟹类祖先，二者之间的歧异时间在36～44Mya。绒螯蟹与其它方蟹类之间的系统发生关系显示绒螯蟹是一个单系群，估计绒螯蟹与其海洋弓蟹类祖先之间的歧异发生在8.9～10.9Mya。这一歧异事件的发生与中中新世时期台湾岛与日本岛的古地质变迁，以及海洋环境条件的变化有关。中华绒螯蟹向中国大陆淡水水域的扩散可能发生在第叁纪末至第四纪初。 通过对中国大陆东部6个水系110个绒螯蟹个体16S rDNA部分序列的测定和PCR／RFLP分析，发现在合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹之间存在3～4个固定的碱基替代，这种亚摘 要种特异性的限制性位点可以通过限制性内切酶 Dra进行快速检测，成为 2个亚种的分子鉴定标记。还有一个固定位点的碱基替代可以作为中华绒螫蟹2种单元型的分子鉴定标记。
胡鹏飞[2]2006年在《绒螯蟹的遗传差异和群体遗传多样性研究》文中研究表明实验利用限制性片段长度多态性(RFLP)技术,对中国大陆6水系15个地区及1个俄罗斯地区现有绒螯蟹16个自然群体和289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因进行了限制性片段长度多态性比较,探讨了不同水系绒螯蟹自然群体的遗传差异和群体遗传多样性,并针对长江水系中华绒螯蟹种质资源混杂、滥捕蟹苗和亲本杂交导致种质不纯等现象,着重对长江水系中华绒螯蟹的线粒体COI基因片段进行了限制性片段长度多态性(RFLP)和变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。研究结果表明:1.通过对绒螯蟹16个自然群体的RFLP分析表明,限制性内切酶Tas I-RFLP标记可作为区分合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹、日本绒螯蟹、狭额绒螯蟹的分子遗传标记;瓯江、长江、黄河、海河和辽河水系中华绒螯蟹各群体间最大遗传距离为0.015,最小遗传距离为0,可定义为中华绒螯蟹的不同地理种群;狭额绒螯蟹与上述群体间的遗传距离介于0.147～0.195之间,定义为绒螯蟹属种间的遗传距离。2.在289个绒螯蟹个体的11个群体中,共检测到15种复合单倍型,其中复合单倍型1为除合浦绒螯蟹以外的群体所共有,均以该复合单倍型为主,复合单倍型4在合浦绒螯蟹群体中占有较大的比例;合浦绒螯蟹与黄河、海河、辽河水系中华绒螯蟹的遗传差异最为明显(Pnet=0.060～0.061);不同水系中华绒螯蟹及合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹具有一定的群体内遗传多态性(π=0.0002～0.0167)。3.长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹共61个个体的8种(识别4碱基)和11种(8种识别4碱基和3种识别6碱基)限制性内切酶RFLP分析表明,在8种限制性内切酶的分析中,南京和江都群体的线粒体COI基因多态度π值分别为0.008和0.019,与11种限制性内切酶分析的结果一致(0.007和0.016),说明长江水系中华绒螯蟹具有一定的群体内遗传多样性。4.首次应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对长江水系南京地区中华绒螯蟹线粒体COI基因进行分析,比RFLP技术能检测出更多得DNA的多态性,结果更为精确。
孙恩涛[3]2007年在《传疟媒介大劣按蚊和斯氏按蚊基因组DNA遗传多态性研究》文中研究表明目的比较对约氏疟原虫不易感的大劣按蚊和易感的斯氏按蚊基因组DNA遗传多态性,探讨媒介按蚊基因型与疟原虫基因型间的相互关系。方法应用随机扩增多态性DNA(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对大劣按蚊和斯氏按蚊雌性成蚊基因组DNA进行分析,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,分析比较结果。从5条随机引物中筛选出重复性好、谱带清晰并呈多态性的引物,对迁移率相同的DNA条带进行回收、纯化,与pMD-18T载体连接,转化入大肠杆菌XL1-blue,经PCR鉴定后,目的基因测序,采用相关在线程序及软件进行序列比较分析;同时,对大劣按蚊和斯氏按蚊核糖体基因内转录第二间隔区(rDNA ITS_2)进行PCR扩增,应用限制性片断长度多态性分析(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)技术分析PCR产物,并回收、纯化扩增的目的基因片段,经TA克隆后测序鉴定,采用相关软件进行序列比较分析。在GenBank数据库中查找其它传疟按蚊的rDNA ITS_2序列,用Clust W软件进行多序列比对,MEGA软件构建分子系统树。结果大劣按蚊和斯氏按蚊RAPD谱带具有明显的种间差异,其中引物P3、P4和P5对两种按蚊成蚊基因组DNA进行RAPD扩增,均扩增出清晰、稳定性好、多态性丰富的谱带。引物P4对两种按蚊基因组DNA扩增,有4对迁移率相同的DNA条带。序列比较分析显示此4对DNA条带在序列长度和组成上均呈现多态性,碱基差异水平为60.0%～61.9%;序列的GC含量和简单重复序列(SimpleSequence Repeat,SSR)具有明显多态性。同时,大劣按蚊和斯氏按蚊ITS_2序列的PCR扩增产物经限制性内切酶Xho I消化,产生不同的酶切图谱,存在基因多态性。测序结果显示大劣按蚊和斯氏按蚊ITS_2基因分别为715bp和466bp,两者碱基差异水平为53.5%;两种按蚊ITS_2序列的GC含量和简单重复序列也存在明显的多态性。分子系统树显示,大劣按蚊和斯氏按蚊形成单独的支系。结论大劣按蚊和斯氏按蚊基因组DNA序列间存在多态性,其基因的多态性可能与大劣按蚊和斯氏按蚊对约氏疟原虫产生不同的易感性相关。大劣按蚊和斯氏按蚊间存在不同的遗传背景,为进一步研究按蚊基因型与疟原虫基因型之间的相互作用奠定基础。
王光跃[4]2005年在《从线粒体细胞色素b基因全序列探讨中国大陆绒螯蟹种群遗传变异》文中研究说明绒螯蟹类是方蟹总科(Grapsoidea)中具有生殖洄游习性的一个特殊类群。本研究共分叁章，以中国大陆绒螯蟹为主要研究对象，通过比较线粒体Cyt b基因全序列差异，初步探讨中国大陆绒螯蟹种群遗传变异。 1、介绍了绒螯蟹类的地理分布及中国大陆绒螯蟹遗传多样性研究概况。 2、测定了中国大陆7个水系(鸭绿江、辽河、长江、瓯江、闽江、九龙江和南流江)的73个绒螯蟹样品的线粒体Cyt b基因全序列(1135bp)，共发现68个变异位点，定义了29个单元型。用MEGA 2.0(Kumar et al.,2001)软件计算结果，发现南北种群间的遗传距离远大于种群内部水系间或水系内部个体之间的遗传距离)。以日本绒螯蟹指名亚种为外群，用PAUP4.0软件构建MP、ML和NJ系统树，3种树均得到相似的拓扑结构，即分成2大支，一支主要由闽江、九龙江和南流江水系单元型组成，一支全部由鸭绿江、辽河、长江和瓯江水系单元型组成。并用ARLEQUIN 2.0软件绘制最小跨度网络图，结果与系统树分析一致。基于DnaSP软件与分子变异分析软件AMOVA计算得到的各种群的核苷酸多样性和单元型多样性。并对北方水系中的合浦亚种单元型的形成提出3种可能性解释。 3、主要采用PCR/RFLP和DNA测序技术对南流江水系50只绒螯蟹样品进行DNA分型研究，以探讨南方水系中是否存在中华亚种单元型。结果在50只绒螯蟹中检测出2个具有中华亚种单元型的样品。经对该2个样品Cyt b基因全序列的测定，并与已测得的绒螯蟹Cyt b基因的29个单元型进行序列比对，发现其中一个属于ES2单元型(为长江、辽河和瓯江3水系共享单元型)，另一个属于ES15单元型(为瓯江特有单元型)。认为这可能是近期由于携带这些中华亚种单元型的绒螯蟹通过人类活动，如引种或其它方式从北方水系扩散南方水系的结果。
毛瑞鑫, 鲁翠云, 刘福军, 赵莹莹, 谷晶晶[5]2009年在《中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选》文中指出利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库。并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5(;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8(。经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到叁碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,15对具有多态性。本研究对中华绒螯蟹基因组资源的开发利用提供了相关资料。
宋英[6]2006年在《鳋科和锚头鳋科寄生桡足类的系统发育》文中提出鳋科与锚头鳋科是危害我国淡水养殖鱼类的两大主要寄生桡足类,本论文利用分子生物学的方法对鳋科和锚头鳋科的寄生鳋类进行了系统发育分析,并通过分析鳋科中华鳋属叁种中华鳋与其宿主的协同进化关系,探讨中华鳋物种的形成机制。以18S、28S和18S-28S rDNA的联合片段为遗传标记研究鳋科4属共14种和锚头鳋科2属3种鳋之间的系统发育关系,支持鳋科和锚头鳋科为单系。在鳋科内部,中华鳋属与叁指鳋属为单系,鳋属为复系,除了掘凿鳋和雅鲁藏布鳋的进化位置不十分明确外,所有的结果都支持将整个鳋科分为叁个大类群,中华鳋属-鳋属类群为中华鳋属和鳋属的固着鳋,假鳋属-鳋属类群为假鳋属和部分鳋属的种类,叁指鳋属-鳋属类群为叁指鳋属和鳋属的奇异鳋。不同的是以18S rDNA为标记用最大似然法、邻接法和贝叶斯法建树的结果都支持中华鳋属-鳋属类群与假鳋属-鳋属类群的亲缘关系更近些,以28S rDNA为遗传标记支持假鳋属-鳋属类群与叁指鳋属-鳋属类群的亲缘关系更近些,根据寄生桡足类的演化规律从半寄生到完全寄生状态,18S rDNA的建树结果更支持这一结论。Kishino-Hasegawa检验的结果支持将掘凿鳋和奇异鳋归为假鳋属-鳋属类群的假设,不支持将固着鳋归为假鳋属-鳋属类群的假设。在锚头鳋科内部,以28S rDNA为标记用最大似然法、邻接法和贝叶斯法建树的结果都支持狭腹鳋属为单系。以部分18S rDNA序列为遗传标记进行寄生桡足类和自由生活桡足类的系统发育研究,支持杯口水蚤目、剑水蚤目、管口水虱目、猛水蚤目和哲水蚤目为单系。经典支序分类支持管口水虱目与怪水蚤亚目先形成姊妹群,然后与杯口水蚤目聚在一起,而剑水蚤目与上述叁目的亲缘关系较远些,本实验用叁种建树方法所建成的树都支持杯口水蚤目和剑水蚤目的亲缘关系更近,然后与管口水虱目的种类聚在一起,说明管口水虱目、杯口水蚤目和剑水蚤目有共同的祖先。另外,分子进化分析的结果也支持锚头鳋科应归为剑水蚤目,鱼虱科应归为管口水虱目。为了探讨中华鳋的分子系统进化关系和物种形成机制,将采自鲢、鳙上的鲢
姜黎明[7]2013年在《半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建及染色体定位的初步研究》文中提出半滑舌触<iCynoglossus semilaevis、是我国黄激海区珍稀、名贵的大型养殖鱼类，其野生资源日益减少，渔业资源形势严峻。目前该物种工厂化养殖主要采取捕获野生亲鱼后驯化的方式获得苗种，十分不利于其养殖业的长期发展。育种工作中急需解决如何将人工繁殖子代培育成可繁殖亲本的问题，解决这一问题需要将传统的选择育种与分子辅助育种的工作相结合。本研宄针对这一现状开展了叁个方面的工作：半滑舌鳎微卫星分子标记的开发；遗传连锁图谱的构建；染色体定位的初步研宄。为半滑舌鳎分子标记辅助育种工作的开展奠定了基础。1.半滑舌鳎微卫星分子标记的开发本部分利用叁种方法针对半滑舌鳎开发微卫星分子标记：富集文库+菌落原位杂交法、cDNA文库序列筛选法、Fosmid文库序列筛选法。通过富集文库+菌落原位杂交法，筛选了1718个阳性克隆，经过进一步的筛选送测了1192个克隆，在得到的序列中共设计了784对引物，在6尾野生半滑舌鳎个体中检测标记多态性，共得到474对多态性引物；通过cDNA文库序列筛选法，在908条本实验室构建的cDNA文库序列中设计了71对引物，得到12对多态性引物；通过Fosmid文库序列筛选法，在768条Fosmid文库双末端测序序列中设计了117对引物，得到74对多态性引物。对这叁种方法筛选微卫星标记的效率的比较中发现：富集文库+菌落原位杂交法的标记获得率（65.8%)远高于其他两种方法（8.5%和15.2%)； Fosmid文库序列筛选法的引物多态率（63.2%)稍高于富集文库+菌落原位杂交法（60.5%)，远高于cDNA文库序列筛选法（15.6%)。2.半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建本部分利用本研宄开发的半滑舌鳎多态性微卫星标记及少量本实验室发表的微卫星标记，以一个全同胞n代家系为作图群体，构建了半滑舌鳎首个完全由微卫星标记构成的性别特异遗传连锁图谱。雌性图谱由21个连锁群组成，总长1041cM，共有193个标记，定位了174个位点，21个连锁群中长度最短的2cM，最长的88cM，包含四个二联体，平均间隔最小的2.0cM，最大的17.0cM，图谱平均间隔6.8cM，平均每个连锁群含有8.3个标记，预期长度1356.9cM，推算其图谱的覆盖率为76.7%。雄性图谱也由21个连锁群组成，总长1154cM，共有195个标记，定位了181个位点，21个连锁群中长度最短的6cM，最长的102cM，包含叁个叁联体和两个二联体，平均间隔最小的3.5cM，最大的16.5cM，图谱平均间隔7.2cM，平均每个连锁群含有8.6个标记，预期长度1477.3cM，推算其图谱的覆盖率为78.1%。雌雄重组率的比例大约为1:1.02。3.半滑舌触染色体定位的初步研宄本部分利用FISH技术定位了3个含有微卫星标记的Fosmid克隆；对克隆B106-62通过Fosmid文库步移筛选得到2个克隆，并对这两个克隆进行了FISH定位，验证了利用Fosmid-FISH技术整合微卫星遗传连锁图谱与染色体定位的可能性，同时找到了3个能够同时定位于W染色体和一对常染色体的Fosmid克隆。设计PCR探针定位了半滑舌鳎的18S rDNA和5S rDNA，结果发现18S rDNA的定位结果在半滑舌鳎雌鱼和雄鱼中略有不同：雌鱼中存在7个杂交信号，其中6个信号定位于叁对常染色体着丝粒区域，另外1个信号定位于W染色体臂末端；雄鱼中存在6个杂交信号，定位于叁对常染色体着丝粒区域，与雌鱼中常染色体上定位形式类似。5S rDNA的定位结果在半滑舌鳎雌鱼和雄鱼中相同：共有12个信号定位于6对常染色体的着丝粒区域，W染色体上没有发现信号。对18SrDNA和5S rDNA进行双色杂交时发现：两对常染色体上相近的位置存在共线性的18S rDNA和5S rDNA信号，其余的杂交信号都位于不同的常染色体对上，W染色体上有一处18S rDNA信号。通过对克隆B106-62及其步移得到的另外两个Fosmid克隆进行FISH定位发现：W染色体上存在至少两个较大的重复片段富集区域。利用上述杂交结果推测半滑舌鳎原始性染色体在进化过程中可能发生了染色体融合、重复片段积累及非同源染色体易位，经过一个渐进的过渡过程形成了现在W染色体的形态。
程汉良[8]2006年在《几种主要海洋经济帘蛤种质鉴定及种群遗传结构研究》文中进行了进一步梳理1．4种帘蛤科贝类同工酶研究 采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，对文蛤(Meretrix meretrix L．，1758)、青蛤(Cyclina sinensis G．，1791)、硬壳蛤(Mercenaria mercenaria L．，1758)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum A．，1850)的4种组织(肝、鳃、后闭壳肌和外套膜)的酯酶(EST)、苹果酸脱氢酶(MDH)和超氧化物歧化酶(SOD)同工酶进行了研究。结果表明，不同帘蛤的同工酶谱有明显的差异；同种帘蛤不同组织间的EST和MDH同工酶有一定的组织特异性；EST和MDH同工酶位点丰富，可用于不同物种的鉴定；肝、鳃EST和闭壳肌MDH酶活性较高，是进行同工酶分析的理想材料。 对硬壳蛤5种组织(足、外套膜、闭壳肌、鳃和肝)的酯酶(EST)、苹果酸脱氢酶(MDH)和乳酸脱氢酶(LDH)同工酶进行了比较研究，并对酶谱表型及位点表达进行了分析。结果表明，硬壳蛤上述组织的EST和MDH同工酶存在不同程度的组织特异性，而LDH没有组织特异性。在EST酶谱中，肝组织染色最深，说明其EST活性最高，这与肝脏是重要的消化腺和解毒器官相适应。在MDH酶谱中发现了s-MDH和m-MDH所形成的谱带，闭壳肌的MDH谱带染色很深，这与肌肉需要由叁羧酸循环提供大量ATP相适应。 2．4种帘蛤群体遗传多样性和种间关系及文蛤4个地理种群遗传结构的fAFLP分析 利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对4种帘蛤(文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤)的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoR Ⅰ／Mse Ⅰ进行酶切，使用6个E+3／M+3引物组合进行扩增，共获得1096个位点，多态位点比率95.1％，片段长度50-456bp。其中，文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681、715、702和694个位点，各物种相应的多态位点比率为76.8％、81.7％、83.0％和75.1％，得到17个物种特异性位点，可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明，硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.6709)，遗传多样性指数最低(0.2360)；菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低
贾燕青[9]2014年在《羊细颈线虫的分子鉴定及其遗传变异研究》文中进行了进一步梳理细颈线虫（Nematodirus spp.）主要寄生在牛、山羊、绵羊、骆驼等反刍动物的小肠内，种类多，且分布广。我国北方地区寄生在山羊和绵羊体内的主要细颈线虫虫种包括奥拉奇细颈线虫（N. oiratianus）、扁刺细颈线虫（N. spathiger）和微黄细颈线虫（N.helvetianus）。动物感染细颈线虫，可引起消化紊乱、胃肠炎症、腹泻、食欲不振、贫血消瘦等症状，严重时甚至可以导致死亡，给养殖业带来巨大的经济损失。基于此，准确鉴定细颈线虫，弄清其遗传变异及种群结构特征，对细颈线虫病的防治和疫苗研制有着重要的意义。本论文从以下四个方面研究了羊细颈线虫的分子鉴定方法和遗传变异特点。1.对来自我国内蒙古自治区和陕西省四个地区自然感染的山羊或绵羊的叁种细颈线虫（奥拉奇细颈线虫、扁刺细颈线虫及微黄细颈线虫）进行核糖体DNA内转录间隔区（ITS rDNA）PCR扩增和测序。结果表明，奥拉奇细颈线虫、扁刺细颈线虫及微黄细颈线虫的ITS rDNA的长度依次为772bp、766bp及764bp～766bp，ITS1和ITS2rDNA的种内差异分别为0～4.4%和0～6.1%、0.3%～1.8%和0～0.4%，以及0～6.5%和0～5.4%，种间差异分别为5.2%～9.7%和5.2%～12.8%。序列比对发现共有98个碱基突变位点，其中包含转换（50个）、颠换（32个）、替换（10个）及碱基插入（6个），为细颈线虫虫种鉴定提供了有效的分子标记。2.根据叁种细颈线虫的序列差异，建立了两种区分细颈线虫种类的分子生物学鉴定方法，结果表明，PCR-RFLP方法可以将叁种细颈线虫有效地区分开，扁刺细颈线虫可被限制性内切酶Apal I及Bstp I同时切成两个大小不同的片段，微黄细颈线虫只能被限制性内切酶Apal I切成600bp和300bp左右大小的两个片段，而奥拉奇细颈线虫对两种内切酶均无明显反应。基于奥拉奇细颈线虫ITS rDNA序列特性，对其建立特异性PCR鉴定方法，结果表明该方法在模板浓度较低（0.69pg）时，对区分奥拉奇细颈线虫依然有较高的灵敏度及特异性，为细颈线虫虫种的鉴定提供了新思路。3.对两省四个地区的扁刺细颈线虫和奥拉奇细颈线虫部分线粒体细胞色素c氧化酶第1亚单位基因（pcox1）进行扩增、测序及分析，结果表明，奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫的pcox1基因片段长度均为400bp。奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫的种内差异分别为0.3%～4.0%和0～1.5%，而种间差异为9.0%～12.8%。此外，基于pcox1序列构建的遗传进化树结果显示，两种细颈线虫分别聚集在两个独立的分支上，可有效地将这两种相似的细颈线虫虫种进行区分。这些结果表明pcox1基因为细颈线虫遗传变异及种群进化研究提供了一种理想的分子标记。4.本研究对奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫的线粒体全基因组进行测序，获得奥拉奇细颈线虫线粒体全基因组完整序列长13765bp，扁刺细颈线虫长13519bp。两个全基因组均为环形，共包含36个基因，其中有12个蛋白编码基因（cox1～3、nad1～6、nad4L、atp6及cytb），22个tRNA基因和2个rRNA基因，但是不包含atp8基因，且两种细颈线虫的基因排列顺序是一致的。对两组基因组数据进行分析发现，奥拉奇细颈线虫与扁刺细颈线虫线粒体全基因组序列之间的差异是16.3%。基于12个线粒体蛋白的氨基酸序列进行系统进化分析表明，本研究中的奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫样品聚在一起，且与网尾科进化关系较近。综上所述，本研究对我国北方地区细颈线虫优势种的ITS rDNA、pcox1及线粒体全基因组进行了分析研究，并依据序列差异建立了两种鉴定细颈线虫的分子生物学方法，这些结果比较详细地分析了几种细颈线虫的遗传变异和种群结构，不仅丰富了羊寄生虫学的研究，同时也为细颈线虫病的防治及疫苗的研发提供了理论基础。
吴群, 姬可平[10]2008年在《rRNA基因内转录间隔区作为遗传标记的应用现状及前景》文中指出随着分子生物学技术的不断发展,rRNA基因内转录间隔区(ITS)作为一种遗传标记,已经被广泛应用于微生物菌种分类与鉴定、中药材鉴定和品质评价、植物种质资源鉴定、动物种系发生、遗传多样性与亲缘关系、病原诊断、系统发育研究等不同方面的研究。文章就近年来rRNA基因内转录间隔区的应用现状及前景进行综述。
参考文献：
[1]. 中华绒螯蟹线粒体基因组与16S rDNA遗传标记研究[D]. 孙红英. 南京师范大学. 2002
[2]. 绒螯蟹的遗传差异和群体遗传多样性研究[D]. 胡鹏飞. 东北农业大学. 2006
[3]. 传疟媒介大劣按蚊和斯氏按蚊基因组DNA遗传多态性研究[D]. 孙恩涛. 安徽理工大学. 2007
[4]. 从线粒体细胞色素b基因全序列探讨中国大陆绒螯蟹种群遗传变异[D]. 王光跃. 南京师范大学. 2005
[5]. 中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选[J]. 毛瑞鑫, 鲁翠云, 刘福军, 赵莹莹, 谷晶晶. 上海海洋大学学报. 2009
[6]. 鳋科和锚头鳋科寄生桡足类的系统发育[D]. 宋英. 中国科学院研究生院（水生生物研究所）. 2006
[7]. 半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建及染色体定位的初步研究[D]. 姜黎明. 中国海洋大学. 2013
[8]. 几种主要海洋经济帘蛤种质鉴定及种群遗传结构研究[D]. 程汉良. 南京农业大学. 2006
[9]. 羊细颈线虫的分子鉴定及其遗传变异研究[D]. 贾燕青. 西北农林科技大学. 2014
[10]. rRNA基因内转录间隔区作为遗传标记的应用现状及前景[J]. 吴群, 姬可平. 时珍国医国药. 2008