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自1979年以来，为了扩大对外开放，吸引外商和港澳台投资，扩大出口创汇，创造一个有利的投资小环境，中国建立了许多“特殊经济区”。
一、设立“特殊经济区”并不违背WTO规则
在现行WTO的各项协定和协议中，并没有明文规定不允许设立刺激外商投资的“特殊经济区”。事实上，无论是在发达国家还是在发展中国家，都设有许多不同类型的鼓励外商投资的“特殊经济区”，如自由贸易区、出口加工区、边境自由区、保税仓库等。从某种意义上讲，中国过去设立的各种“特殊经济区”，本身并不违背WTO的基本规则，也没有违背以“提高生活水平、保证充分就业、保证实际收入和有效需求的大幅稳定增长、实现世界资源的充分利用以及扩大货物的生产和交换”为目标的关贸总协定宗旨。
当然，国家对“特殊经济区”采取的各项政策，尤其是优惠政策，必须符合WTO的基本原则，并与中国在《WTO协定》和议定书中承担的义务相一致。WTO的基本原则是非歧视原则、透明度原则、自由贸易原则和公平竞争原则。其中，非歧视原则包括最惠国待遇原则和国民待遇原则。中国政府已经承诺，《WTO协定》的规定，包括议定书的规定，将在中国全部关税领土内统一适用，包括已建立特殊关税、税收和法规制度的经济特区和其他地区，并应适用于各级政府。
对外商投资给予特殊优惠待遇，这是各种“特殊经济区”采取的主要优惠政策。《关税与贸易总协定》第3条第2款规定：“任何缔约方领土的产品进口至任何其他缔约方领土时，不得对其直接或间接征收超过对同类国产品直接或间接征收的任何种类的国内税或其他国内费用”。将这一原则延伸到投资领域，就是外资企业的税赋可以等于或小于内资企业。这说明，国民待遇原则并不排除一国对外资企业的税收优惠。因此，中国加入WTO后，继续对某些“特殊经济区”内外资企业实行税收优惠，并不违背WTO协定对国民待遇原则的要求，尽管这种“超国民待遇”会在内外资企业间形成不公平竞争。
二、加入WTO对“特殊经济区”政策的影响
首先，“特殊经济区”现行一些政策尚不符合国际规范。目前，中国各种类型的“特殊经济区”五花八门，名称混乱，信息公布不充分，许多优惠政策都是以座谈会纪要、通知、暂行规定、管理办法等形式颁布，管理职权划分不清，有些地理界线不明确，存在所谓的政策延伸区，既无法与国际接轨，也无法满足加入WTO的要求。由于职权不清，以地方管理为主，各级地方政府在招商引资优惠政策上相互攀比，造成国家利益大量流失。加入WTO后，这些“特殊经济区”在管理上将面临很大冲击，相关政策法规也需要调整和规范。如我国的保税区定位不明确，目前尚不具备“境内关外”的特点，其名称也无法与国际接轨，既不同于国外的保税仓库，也不同于自由贸易区。
其次，“特殊经济区”与其他地区之间的政策落差逐步缩小。各种“特殊经济区”所以能获得迅速发展，并成为各级地方政府积极争取的目标，主要是因为在管理权限和优惠政策方面，这些“特殊经济区”与其他地区之间存在较大落差。加入WTO后，由于普遍降低关税，取消绝大多数的非关税壁垒，全面开放工业产品的贸易极及配销权，以及商贸服务业开放领域的扩大和政府行政审批制度的改革，“特殊经济区”提供的优惠条件将会减弱，经济特区、经济技术开发区等的政策优势将逐步烫平，以关税落差为其优势的保税区也将逐渐淡化。在这种情况下，“特殊经济区”对外商投资的吸引力将随之下降。尤其是，由于关税大幅度减让、取消非关税壁垒以及实施国民待遇，将削弱保税区现有的“保税效应”、贸易自由度优势及其在服务贸易和优惠政策方面的吸引力。经济特区也将出现“特区不特”的现象。
第三，一些鼓励外资企业出口的优惠政策不符合WTO规则。按照《补贴与反补贴措施协议》，禁止对进口替代和出口给予直接补贴。就是说，在“特殊经济区”中，不能将对外资企业的出口补贴或优惠同鼓励出口政策相挂钩，而我国现行的一些优惠政策并非如此。如对外商投资的出口企业，在减免税期满后，如果当年出口产品产值达到当年企业产品产值的70%以上的，可以按照税法规定的税率减半征收所得税。经济特区和经济技术开发区以及其他已经按15%的税率缴纳企业所得税的产品出口企业，符合上述条件的，减按10%的税率征收企业所得税。在高新技术产业开发区，高新技术企业实际出口产品产值超过70%的，减按10%的税率征收所得税。一些地方政府鼓励企业出口的政策更是五花八门，如对出口企业给予税收返还、税前还贷、工资奖励、外汇全额留成、财政补贴等，并提供相应的优惠条件。这种对出口企业特殊的优惠政策，构成了对本国出口产品的补贴，属于WTO协议中的禁止性补贴，需要逐步进行修改或者取消。
第四，对外资企业的限制性规定违背了WTO的非歧视原则。目前，中国各种“特殊经济区”都对外商投资提供了十分优惠的条件，使外资企业享受着“超国民待遇”。然而，在外资投向、产品销售方向、审批管理以及本地化要求等方面，却又存在着一些限制的规定，使外资在某些方面所受待遇低于国民待遇。例如，有的“特殊经济区”鼓励企业生产进口替代产品，要求外资投资企业产品全部或者大部分出口，优先购买本地原材料，提高零部件国产化比例，实现外汇平衡。显然，这些限制性规定不符合WTO关于非歧视和国民待遇的规定，需要进行调整或者取消。
三、对调整我国“特殊经济区”政策的建议
首先，要明确发展目标，合理确定功能定位。加入WTO后，随着经济市场化和全球化进程的加快，国内经济环境已经发生了很大变化，过去对“特殊经济区”提出的一些方针需要及时加以调整和完善。如开发区以加工工业为主、以吸引外资为主和以出口创汇为主的“三为主”发展方针、经济特区的“四个窗口”作用等，目前都面临着很大的挑战。今后经济特区要依靠综合环境优势和制度创新，加快产业升级的步伐，在率先基本实现现代化方面走在全国面前。国家开发区的发展目标将不再单纯是吸引外资、换取外汇，应该对“三为主”方针进行创新，不断扩展利用外资的渠道和领域，大力发展先进加工制造业，使之成为全国重要的先进加工制造基地。保税区应按照“境内关外”的基本定位，加强和完善规范化管理，取消关税和其他贸易限制，逐步向自由贸易区过渡。
其次，对现行“特殊经济区”政策进行全面清理。中国政府已经承诺，对“特殊经济区”内企业提供的优惠安排，将全面遵守WTO关于非歧视和国民待遇的规定。为此，需要按照WTO的要求，对现行“特殊经济区”政策进行一次全面清理。一是继续保留高新技术产业开发区、边境经济合作区和贫困地区政策，适当调整经济特区、经济技术开发区和保税区政策，逐步取消各种开放城市和沿海经济开放区政策；二是对国家有关“特殊经济区”政策进行归类清理，对于那些不符合WTO规则和市场经济原则的优惠政策，该取消的要坚决取消，该调整的要及时调整；三是对各级地方政府出台的各项政策法规和优惠措施进行清理，及时废止与WTO规则及中国义务不一致的地方性法规、地方政府规章和其他地方性措施。
第三，调整和完善外商投资企业的税收优惠政策。目前，中国对外资企业的所得税优惠过于宽泛，即有特定新办企业的减免优惠，又有再投资的退税优惠；既有不同地区的优惠，又有出口企业和先进技术企业的减免优惠等。尤其是在“特殊经济区”，对外资企业的所得税优惠大都采取普惠制的形式，并以低税率和减免税等直接优惠为主，很少采用加速折旧、延期纳税、特定准备金等国际通行的间接手段。这种全面涉外税收优惠，不仅减少了财政收入，刺激了避税和偷逃税，导致税收优惠效益低下；而且造成了内外资企业竞争环境的不平等，人为加剧了地区间收入差距的扩大。为此，必须尽快统一内外资企业所得税，改变外资企业享受的“超国民待遇”。今后国家对外商投资的区域性优惠应以中西部地区为主，税收优惠形式应从主要侧重直接优惠转向侧重间接优惠。在沿海地区，要着重鼓励外商投资发展高新技术产业和先进加工制造业，促进产业结构升级。
第四，逐步把区域优惠政策的重点转移到中西部地区。WTO协议并不反对在国内实行有差别的区域优惠政策。但这种政策应以刺激不发达地区的经济发展为目标，而不能以此作为某些地区获取额外收益的手段。同时，国家实施的区域优惠政策对内外资企业应该平等，并要求采取符合WTO规则的方式进行。区域优惠政策实施的时间也不能过长，一般在实行10～15年后即应进行调整。调整的标准视区域经济发展水平而定，一般以达到或者超过全国经济发展的平均水平为标准。为建立和完善社会主义市场经济体制，支持国家西部大开发战略，今后应把区域优惠政策的重点逐步转移到中西部地区，尤其是那些需要帮助的经济落后地区。当前国家实施的西部大开发战略，不仅没有背离反而更加符合WTO的根本宗旨。在社会主义市场经济条件下，国家区域政策的目标应更多地注重公平目标，即对落后地区雪中送炭，而不是像过去那样对发达地区锦上添花。