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一、现行分税制的缺陷
与国外成功的分税制相比，我国分税制改革是在保护地方既得利益的基础上“温和渐进式”的，是一种不彻底的分税制。
1.财权事权不够统一
从理论上说，一级政府有多大的事权，就该有相应的财权作保证。坚持二者的一致性，不仅可以充分调动中央、地方两个积极性，而且可以使国家的税收导向与国家的政治、经济导向趋于一致。在我国，中央政府负责国防、外交、中央直属行政事业单位的经费支出，国家重点建设投资，中央政府借入的内外债还本付息，调整国民经济结构、协调地区发展所必需的支出；地方政府主要承担本地区行政事业单位运转和经济发展所必需的支出。
根据上述事权来划分税种，总的指导原则是，哪一级政府管理税收的成本最低，效益最好，就由哪一级政府负责。有些税种对宏观经济产生影响的，宜于中央政府来掌握，作为中央税；有些税种具有明显区域性的，宜于地方政府来掌握，作为地方税；有些税种与经济发展直接相关，作为中央、地方共享税。但实际上，我国目前财权和事权相互交错，没有真正划分清楚，经常出现地方财权范围过小，事权范围过大的现象，有的属于中央政府的事却由地方出钱（如教育），于是地方开征“附加费”，不仅扰乱了税收制度，也影响政府运作效率。这种预算外资金不合法，但合理，因为地方政府需要财力完成中央政府下达的各种任务。有的应由地方掌握的部分财权全部收归中央掌握，如铁路、民航、邮电等部门的收入全部汇总上缴中央政府，而地方政府却要为其公交、供电、供水等负担很大一部分日常性支出，事权与财权不对等非常明显。致使上下级政府之间相互“钓鱼”的现象经常出现，特别是中央各主管部门习惯于按“条条”进行干预，影响了地方自主性和灵活性的发挥。
中央和地方的税种划分也不尽合理。如企业所得税，由于按行政隶属关系划分，不仅助长了地方保护主义的蔓延，也必然阻止了产业结构的优化调整；再如，证券交易税，由中央与地方各分享50%，当前我国的证券交易主要集中在上海、深圳，其税源却来自于全国各地，中央决定在沪、深两地开办证交所，本身就是对该地的特殊优惠和大力支持，以此带动经济的发展是无疑的，但证券交易税应全部上缴中央，而不应作为中央与地方共享税。将证券交易税划分为共享税，偏离了公平原则，必然招致其他地区的不满；再如资源税，除海洋石油的资源税归中央外，基本上就是地方税，不能反映国家对资源的所有权，从而使资源税调节经济的功能处于无政府状态，不利于国家对资源开发的宏观调控。
2.中央财政收入增长缓慢
在我国，为了保证分税制的顺利实施，采取了暂时保持地方的既得利益，逐步过渡的办法。具体体现为“税收返还”，即重新划分税种后，1993年归地方支配的财力有一部分上划归中央，对此中央财政当年全部返还给地方，返还数额按照本地区增值税和消费税的增长速度，以1∶0.3的弹性系数来计算，这就从理论上保证了在地方财政收入增长的同时，中央财政能拿大头。
应该指出，在改革中适当照顾地方既得利益是必要的，为赢得安定团结的政治局面也无可非议。但如果很少触动既得利益，改革就难以取得实质性的效果。现阶段不仅进行税收返还，而且税收返还的数量还是递增的，必然导致中央税的增长不尽如人意。同时由于各地财政收支差额越来越大，亟需中央政府利用资金转移方式弥补，这必然加剧中央财政收支的矛盾，使中央财政从宏观上调控国民经济的能力大大打了折扣。
3.转移支付制度仍欠规范
财政管理体制改革要求建立一套规范的中央向地方的转移支付制度，但我国现行的转移支付制度在很大程度上仍沿袭了1994年前“包干制”的不规范特点，采用“基数法”和“比例分成法”，依靠双方的讨价还价来实施。靠体制补贴、专项拨款等弥补地方税收的不足，严重偏离了财政收入再分配的效率优先原则。从其运行结果看，基本没有起到减少地区差距的作用，贫富两极分化现象并未得到有效的控制。按照同等收入同等贡献的税收公平原则，经济发达地区的财政贡献应明显高于经济相对落后的地区，地区之间的财政负担率应大致相等。而实际情况恰恰相反，据测算，目前我国100元GDP在西部重工业地区负担财政收入6 元多，在东部沿海集体和乡镇企业较多的地区却只有3元多。 这种地区间财政收入负担的不平衡，给尚需高速发展的西部地区造成了超额负担，不仅于国民经济长远发展极为不利，也与转移支付制度所需求的横向平衡的目标背道而驰。
4.税收征管乏力
由于税收征管乏力，各类经济组织和个人非法截留、偷、漏税现象十分普遍。据统计，有上述违法行为的，国有经济为50%左右，乡镇企业约为70%，个体经济约为90%，无证摊贩为100%。每年被截留、 偷漏的税款至少在1000亿元以上。这对我国日益窘迫的财政境况犹如雪上加霜。从税收征管角度看，主要原因可归为税务征管人员的政治素质、业务能力尚有较大差距，机构设置不尽合理，征管手段落后等。
二、完善分税制的思路
1.统一各级政府的事权与财权
在由计划经济向社会主义市场经济转轨过程中，政府职能也要相应转换，即由过去的直接管理向间接管理过渡，由批项目、定指标、分财物转向定规划、组织协调和监督服务。政府职能界定了，财政的职能自然也就清楚了。随着事权的确定，进而调整税种税权的划分格局。从原则上讲，中央税和共享税的税收立法权、解释权、征收权和管理权完全集中于中央，以保证其税收征管权限的完整，增强中央宏观调控的能力；对宏观经济影响较小或具有明显地方特点的地方税，可把各种税收管理权诸如开征、停征权，税目、税率调整权限划归地方，由地方决定征与不征，征多征少，以充分调动两个积极性。要在各级政府之间形成一定规模的、能够支持财政局面的主体税种。在划分税种时，尽量以经济因素为依据，淡化乃至消除行政隶属关系对税种划分的影响。
2.调整税收影响点
所谓税收影响点指的是在国民经济运行过程中征税的地方。当前应侧重于：
第一、加快“生产型”增值税向“收入型”增值税的转化，并逐步扩大其征收范围，将建筑业、交通运输业、邮电业以及娱乐服务业纳入增值税的征收范围。
第二、把所得税划归共享税体系。企业所得税、个人所得税在西方国家均为国家的主要税种，要么属于中央税，要么属于共享税。
第三、抓紧开征遗产税和社会保障税。
3.规范转移支付制度
我国现行转移支付制度必须尽快走出“基数法”和“比例分成法”的误区，实行“因素法”，可将原有基数作为一个“历史因素”，与其他客观因素诸如土地面积、人口、教育、人均收入水平、经济结构以及民族特点等综合进行考虑，把一般需求和特殊需求结合起来，以一般需求为基础，用特殊需求来修正一般需求，以后随客观因素的比重逐步扩大，“历史因素”将逐步缩小，最终完全实行因素法，即找到一种公平而科学地衡量各地区收入能力与支出需要的方法，据此确定中央对地方实施转移支付制度的规范化公式。
4.强化税收征管
重要的是进一步建立健全税收法规、制度和机构，实行收入申报和财产登记制度，实行规范的代扣代缴制度，加强对重点行业、项目的扣缴管理，加大对偷漏税的惩罚力度。目前应把税务稽查从国税、地税机构中分离出来，使其形成独立体系，达到税收立法、执法、监控相互制约。既监督纳税人履行纳税义务的情况，维护税法的统一性和严肃性，又监督税务中介机构代理事项的正确性，促进公正、合法的代理行为，还要监督征收机关贯彻税法的情况，兼顾国家、集体、个人三者利益。法规、制度和机构建立健全后，关键就要提高税收征管队伍自身的素质，通过有效的激励机制和惩罚机制，促使税务人员职业道德水平和业务能力迅速适应分税制的需要，确保实收税额与应收税额相一致。