【摘要】 目的:探讨PLAC4基因用于21三体综合征无创性产前诊断的可行性及SNP候选位点。方法:选择在潍坊市人民医院产前检查的7~16周正常单胎妊娠妇女30例为孕妇组,健康查体非妊娠女性30例为对照组,采用荧光定量PCR技术检测PLAC4基因mRNA的表达水平,用PCR和DNA测序技术检测PLAC4基因候选SNP位点的杂合度。结果:PLAC4基因mRNA仅在正常妊娠妇女外周血中检测到,浓度中位数为7.862×103copy/ml,对照组中未检测到,两组差异有明显统计学意义(P<0.01);PLAC4基因上3个SNP位点(rs4818219,rs8130833和rs59066201)的杂合度高于20%,分别为33.9%,25.5%,42%。结论:PLAC4基因mRNA是21三体综合征产前诊断的生物学标志物,PLAC4基因上3个SNP位点(rs4818219,rs8130833和rs59066201)可作为21三体综合征无创性产前诊断的候选位点。
【关键词】 PLAC4基因;杂合度;21三体综合征;无创性产前诊断
【中图分类号】R714.5 【文献标识码】A 【文章编号】2095-1752(2018)34-0155-03
21-三体综合征(Trisomy 21syndrome),又称唐氏综合征(Down's syndrome),是新生儿最常见的非整倍体染色体疾病[1-3]。主要临床特征是智力低下,特殊面容和多器官发育迟缓,对人类伤害极大且无有效的治疗方法。因此产前筛查和产期诊断是预防该疾病的重要手段[4]。目前临床常用的染色体核型分析需要依赖有创性手段获取胎儿细胞,对母胎均有一定的风险[5],因此无创性产前诊断为近年来的研究热点。
2007年,Lo等[6]发现21号染色体上的胎盘特异性表达(Placental Specific Expression Gene,PLAC4)基因仅在胎盘表达,具有胎儿特异性。这个发现为应用胎儿游离核酸进行21三体综合征无创性产前诊断提供了科学依据。随着基因组技术在产前诊断临床应用方面取得的最新进展[9,10],有研究者提出母体血浆中PLAC4基因mRNA的定量分析将会有助于胎儿21三体综合征的诊断[7,8]。
本研究通过检测妊娠妇女和非妊娠妇女外周血中PLAC4基因mRNA表达水平差异以及计算分析健康人群PLAC4基因多态性位点杂合度,来探讨PLAC4基因在21三体综合征无创性产前诊断中应用的可行性,为其临床应用奠定理论基础。
1.材料与方法
1.1 研究对象
选择2016年10月—2017年11月在潍坊市人民医院进行产前检查的7~16周正常单胎妊娠妇女30例为孕妇组,同期进行健康查体非妊娠妇女30例为对照组,均无内外科疾病和吸烟史。签署知情同意书后。抽取外周静脉血5ml,置于乙二胺四乙酸二钠(EDTA-Na2)抗凝管中,并于低温冰箱保存。
1.2 方法
1.2.1外周血PLAC4基因mRNA的表达水平检测
1.2.1.1全血RNA的提取 常规提取两组妇女样本的总RNA,终产物溶于20μl DEPC-ddH2O中,紫外分光光度计测定RNA的浓度和纯度,将提取的总RNA进行标记并保存于-80℃冰箱。
1.2.1.2 PLAC4基因mRNA表达水平的检测 抽取总RNA 10μl,荧光定量PCR技术检测两组PLAC4基因mRNA的表达水平,PLAC4基因PCR引物和探针序列如下:
PLAC4引物上游为5’-AAATGCAGATTCTCAGGTCCTAGTG-3’,下游为5’-TGCCGATGGTTCCTGGAA-3’;
PLAC4 Taqman探针为5’-CTGCAAGGTATTCCTG-3’。反应总体系为25μl,其中cDNA 5μl,2×Premix缓冲液12.5μl,上下游引物各0.2μl,Taqman探针0.2μl。为确保实验数据的有效性,每次实验都设阴性对照组和4个标准品,每个样本都平行做3个复孔。
PLAC4基因的PCR反应条件:94℃预变性2min,93℃变性45s,60℃退火15s。循环10次,最后93℃变性30s,59℃退火45s,30个循环。
1.2.2 PLAC4基因SNP位点杂合度检测
1.2.2.1外周血基因组DNA的提取 使用DNA抽提试剂盒(中量血液基因组DNA提取试剂盒-离心柱型,北京天根公司)提取基因组DNA。操作步骤严格按照说明书进行。紫外分光光度计测定DNA的浓度和纯度,OD值介于1.8和2.0之间的留用。将提取的基因组DNA进行标记并冷冻于-80℃冰箱。
1.2.2.2引物设计 查找NCBI数据库,筛选PLAC4基因上杂合度较高的4个SNP位点,候选位点为rs8130833,rs9977003,rs4818219和rs59066201。依据NCBI数据库上PLAC4基因序列信息,合成引物序列。
1.2.2.3检测SNP位点杂合度 PCR成份组成:10XBuffer 2μl,Template 1μl,Primer F 0.5μl,Primer R 0.5μl,dNTP 0.5μl,TransStart Taq Polymerase 0.2μl,加ddH2O补至 20μl。
PCR反应条件:95℃预变性5min,95℃变性30s,58℃退火30sec,72℃延伸30sec,72℃ 终延伸5min,变性、退火和延伸进行35个循环。
4个位点(rs8130833,rs9977003,rs4818219和rs59066201)的扩增片段长度分别为492bp,487bp,576bp和474bp。
PCR产物经虾酶消化后,去除部分残留二聚体和杂质对测序的影响,将样本送去金唯智公司测序。
2.结果
2.1 外周血中PLAC4基因mRNA的表达水平
两组妇女外周血PLAC4 mRNA水平比较见表1。孕妇组PLAC4 mRNA表达水平的最小值为3.221×103copy/ml,最大值为13.657×103copy/ml,中位数为7.862×103copy/ml,对照组中均未检测到PLAC4 mRNA的存在。两组比较,差异有明显统计学意义(P<0.01)。因此,PLAC4mRNA可作为21三体综合征的无创性产前诊断的生物学标志物。
表1 两组标本PLAC4 mRNA 水平比较
。
2.2 PLAC4基因SNP位点杂合度分析
PLAC4基因4个SNP位点PCR产物扩增结果见图1,4个位点的原始碱基均为A,rs4818219,rs8130833,rs59066201和rs9977003 原始位点A的基因频率分别为0.7833,0.850,0.700和0.0167,可以计算得出PLAC4基因上3个位点(rs4818219,rs8130833和rs59066201)的杂合度较高,分别为0.339,0.255和0.420(表2),可作为本地人群21三体综合征无创性产前诊断的候选位点。
图1 PCR产物电泳结果
(自左至右分别为rs8130833,rs9977003,rs 4818219,rs59066201,Marker)
表2 SNP位点杂合度分析
3.讨论
21三体综合征是最常见的染色体病之一。近年来,染色体核型分析一直是临床上21三体综合征产前诊断的金标准[11, 12]。由于该方法是使用有创性手段获取胎儿细胞,有一定的风险,故不能在孕妇中广泛开展。因此无创性产前诊断已被大量倡导。近年来学者们致力于探讨应用母血中胎儿游离核酸无创性产前诊断21三体综合征的可行性。
本研究中,我们分别检测了孕妇组和非孕妇对照组外周血中PLAC4基因mRNA的表达水平,结果显示,孕妇组PLAC4基因mRNA浓度中位数为7.862×103copy/ml,而非孕妇组中均未检测到PLAC4基因mRNA的存在,因此PLAC4基因mRNA在两组妇女外周血中的表达水平存在明显差异,具有妊娠特异性,可视为21三体综合征产前诊断的生物学标志物。而且我们利用PCR和DNA测序技术对PLAC4基因上4个SNP位点的杂合度进行了分析。结果显示其中3个位点,即rs4818219,rs8130833和rs59066201的杂合度高于20%,可作为PLAC4基因21三体综合征无创性产前诊断的候选位点。
孕妇外周血中胎儿特异性mRNA的发现为无创性产前诊断的研究开辟了新的篇章,从母血中寻找母体不表达的胎儿特异性mRNA,即不存在胎儿有核红细胞微量的缺点,又成功避开了庞大的母体背景,实为从母血中无创性获取胎儿遗传物质的最佳途径。
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论文作者:胡春风,王翠艳,刘红英(通讯作者)
论文发表刊物:《医药前沿》2018年34期
论文发表时间:2018/12/13
标签:基因论文; 产前诊断论文; 综合征论文; 位点论文; 胎儿论文; 合度论文; 引物论文; 《医药前沿》2018年34期论文;