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胡锦涛总书记在党的十七大报告中指出，要“加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的大部门体制”。所谓大部门体制，就是为推进政府事务综合管理与协调，按政府综合管理职能合并政府部门，组成超级大部的政府组织体制。与按政府专业管理职能设置政府机构的“小部制”不同，大部门体制是按政府综合管理职能设置政府机构。大部门体制是一种大职能、宽领域的政府事务综合管理体制。
一、实行大部门体制是解决我国政府机构设置中存在问题的主要途径
当前，由于我国政府机构设置过多过细，管理对象与管理事务重叠，机构重叠、职能交叉、协调困难的情况十分普遍，多头管理、政出多门现象十分突出，成为我国政府职能转变和机构改革的重点与难点问题。
目前，除国务院办公厅外，国务院共有组成部门28个，特设机构1个、直属机构18个、办事机构4个、部委管理的国家局10个、直属事业单位14个，另外还有100多个议事协调机构，数量多、类型多，且分工过细、性质趋同。不少部门职能相近或相似，既造成部门之间的职责交叉、推诿扯皮，又导致职能分散、政出多门，削弱了政府的决策职能，也不利于集中统一管理。据不完全统计，目前国务院部门之间有80多项职能交叉，仅建设部门就与发改委、交通部门、水利部门、铁道部门、国土资源部门等24个部门存在职能交叉；农业产前、产中、产后管理涉及14个部委(局)，劳务输出也存在多头对外的问题。又如，在人力资源管理方面，劳动保障、人事、教育部门职能交叉；在城市供水、地下水管理方面，水利、建设、国土资源等部门职能交叉；在信息产业管理方面，信息产业、国信办、广电等部门(单位)职能交叉；等等。
职能交叉导致了我国政府管理中协调困难、战略管理能力较弱、监管不力、执行力不高、管理成本过高、难以进行经济社会统筹等严重问题。职能交叉导致各部门之间职责分工不够明确，遇到问题往往难以协调一致，如在卫生检疫中，国内是卫生部门管，出入境是质检部门管，容易出现监管脱节。职能交叉影响了国家整体利益的实现，比如在涉外管理方面，由于具体分工与职责界定上存在的职能交叉，导致各自为战，多头对外。职能交叉还严重影响了经济社会统筹发展，如信息、通信领域的职能交叉影响了“十一五规划”提出的“三网合一”的顺利推进。有些工作由于多个部门管理，相互牵制扯皮问题突出，影响决策效率。如食品卫生监管中，卫生部门管餐馆、质检部门管产品、工商部门管市场，造成监管脱节。一些领域机构重复设置，管理成本较高。如目前党委、人大、政府、政协都设有机关事务管理机构，存在管理分散、资源重复配置、成本高等问题。由于存在职能交叉，导致行政管理成本上升，出现重复建设、资源浪费现象。如水资源监测，涉及卫生、水利、环保、城建、农业、检验检疫等多个部门，各个部门都有一套监测资源。要解决这些问题，就要加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的大部门体制。
二、实行大部门体制是国外政府机构设置的主要经验
为优化政府组织结构，提高政府效能，西方发达国家普遍重视理顺政府机构内部关系，推行政务综合管理，实行大部门体制。
在市场经济条件下，随着政府职能的演变，政府机构的设置起初是普遍增加的。以英国为例，从艾德礼政府到麦克米伦政府近20年间，政府机构扩张，最高峰时曾达到27个。政府职能与机构的增加，造成政务协调困难，从而又迫使英国政府精简机构，合并业务相近的部门，综合组建“超级大部”。改革从20世纪60年代中期开始，陆续合并的部门有：教育部与科学部合并为教育和科学部；国防部、海军部、陆军部和空军部重新组建成一个新的国防部；国家保险部、抚恤部和国家救济局合并为社会保险部，并与卫生部再度整合成为卫生和社会保险部；外交部与联邦关系部合并为外交和联邦事务部等。在20世纪70年代，又有海外发展署合并到外交与联邦事务部，贸易部和技术部合并为贸易工业部；住房和地方政府部、运输部、公共建筑工程部重组为环境事务部。从而最终形成了英国政府职能部门的总体框架，尽管后来英国政府机构为适应经济社会发展需要而作过部分调适，但政府职能机构数量始终控制在15至18个之间。
在大部门体制下，政府部门的管理范围较广，职能综合性强。如德国内政部的管理范围涉及公务员、机构编制、移民、统计、文化、新闻、体育、国家安全、警察、救灾等诸多方面。又如西班牙中央政府机构设置精干，管理范围广，管理对象多，其职能以宏观管理为主，主要负责规划、协调、服务、监督方面的工作。以公共工程与交通运输部为例，该部的职能大体相当于我国铁道部、交通部、水利部、信息产业部和建设部的一部分，以及国家环境保护局、中国民用航空总局、国家质量监督检验检疫总局、国家海洋局等十余个部门。
发达国家的经验表明，大部门体制具有重要的作用与优势，能够避免职能交叉，提高行政效率；便于内部协调，防止相互隔绝；便于进行战略管理，提高对社会经济生活的统筹安排能力；便于部长承担政治责任与行政责任，有利于责任政府建设；同时，也有利于形成强政府、大社会的社会治理格局。
三、加大机构整合力度，实行大部门体制
实行大部门体制，要坚持全面、统一、精干、效能的原则，基本解决政府部门分工过细、职能交叉的问题。相近和相关的职能要由一个部门承担，不能一事由多个机构来办，同类机构尽可能合并。传统的让多个部门负责同一项工作的做法，看起来是在加强领导，实际上是减轻了部门应承担的责任。因此，必须改变目前适应计划经济体制的“小部门体制”，实行综合管理，整合、归并相关、相同或相近的职能，综合设置政府机构，实行市场经济条件下的“大部门体制”，使政府部门逐步向“宽职能、少机构”的方向发展，向大农业、大交通、大文化、大科技的管理方式过渡，以切实减少部门职能交叉事项，变部门之间“扯皮”为部门内部协同。在2003年进行的行政管理体制改革中，我国组建的商务部实行的就是统一管理内外贸的大部门体制。
落实十七大精神，加大机构整合力度，就要按照市场经济的要求综合设置政府部门。例如，实行“大农业”管理，打破部门分割，按照精简、统一、效能和权责一致的原则，重点解决农业和农村事务管理机构与职能分散的问题，减少管理层次和环节，实现农业产前、产中、产后的一体化管理；农业行政管理机构的管理范围不仅包括种植业、畜牧业和渔业，还应包括与农业密切相关的一些领域，如农田水利、林业、自然资源管理、农村发展等等；不仅管理农产品生产过程这一“产中”环节，还应包括为农产品生产提供生产资料的“产前”环节，农产品加工、储存、运输、销售、质量、消费服务指导等“产后”环节。又如，要实行“大卫生”管理，加强对卫生事务的集中统一管理；通过整合行政资源，归并管理机构，减少职能交叉，实现集中统一管理，提高行政效率。