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近年来，随着环境保护意识的不断增强，人们在关心工业污染的同时，也将目光投向农业污染。
化肥的污染
在我国，化肥的利用率较低，以氮肥为例，大约有30％甚至更多的氮素由于暴雨或灌溉不当等原因，随着雨水或灌溉水流入江河湖泊，导致水体的富营养化问题，最终造成鱼类的成批死亡。
除此之外，水体及作物的硝酸盐污染也是一个不容忽视的大问题。人体摄入过多的硝酸盐及亚硝酸盐可导致癌症的发生。对地下水氮素污染调查表明，某些市郊农村井水中的NO[－][,3]（硝酸根）含量超标达50％以上。另外，对一些主要蔬菜基地的多种蔬菜进行硝酸盐污染程度分析表明，硝酸盐和亚硝酸盐在蔬菜中均有不同程度的积累，超标率竟分别达到47％和29％。
有些肥料如磷肥中的杂质，特别是质量较差的磷肥中含有的较多的氟元素、重金属元素和放射性元素，对农业环境及人体也具有明显的危害作用。
农药的污染
除草剂、杀虫剂和杀菌剂等农药的使用，使农药在农作物体内大量残留，给人、畜的肌体健康带来了众多问题。近年来经常发生农药中毒事件。同时，农药也灭杀了许多对作物有益的生物，如青蛙、燕子等。我国已加入WTO，农药污染问题应尽快解决， 否则我们的农产品只会被拒之门外。
农用薄膜的污染
我国每年有几十万吨的农膜投入到农田。但是，目前使用的农膜绝大部分为不可降解塑料，其分子量高达2万以上， 这类薄膜在土壤中自然降解需要200年以上的时间。年复一年， 农膜的碎片不断地累积在土壤中，土壤的结构和可耕作性遭到破坏，地力下降，不仅影响农业生产，而且严重污染农业环境。
农业废弃物的污染
数量庞大的农业废弃物主要包括畜禽的粪便和农作物的秸杆。畜禽粪便中含有多种矿物质和有机养分，是农作物的上好肥料，但由于某些养殖场布局的不合理和粪便处理能力较差等原因，作为肥料的畜禽粪便实际上只占很小的比重，绝大部分粪便在露天堆放，由于降雨导致粪便的大量淋失，遂成为污染周围环境的源头，从而引起人畜共患病的发生，并加剧了水体的富营养化。
此外，由于石油液化气的大量使用，造成了秸杆的过剩。农民往往在收获作物后将秸秆焚烧掉，于是大量的有机养分以气体的形式散失到大气中，既造成了资源的严重浪费，又造成了新的环境污染，特别是二氧化碳等温室气体的大量释放，加剧了气候的变暖。
城市污泥的污染
城市污泥是城市污水处理厂净化污水后产生的沉积物。以往城市污泥主要通过填埋、焚烧等方式来解决。由于污泥中含有丰富的有机物质和作物生长必需的氮、磷、钾等元素，很多农业比较发达的国家将污泥应用到农业生产中。某些国家的污泥农用率已达到80％，我国污泥的农业利用率不足10％。
但是，污泥也会对农业环境造成污染。城市污泥除含有较多的对农业生产有利的物质以外，还含有不少的有毒、有害物质，这些物质具有致癌、致畸和致基因突变的特性，如果不经处理直接拿到农田中使用，无疑会造成较大的环境污染问题。事实上，在有些地区这种污染已经存在。
农业污染的控制
农业污染的程度在逐年加深，对农业污染的治理已刻不容缓。人们开始改进施肥方法，尽量使养分的淋失降低到最小程度；利用现代生物技术，科研人员已经开发出能自行降解的塑料，在不久的将来有望取代现有的农用薄膜；通过宣传，农民在农技人员的引导下开始使用秸秆还田技术；一些养殖场开始利用有效微生物菌群处理鸡粪，从而大幅度地减少粪便臭味、氨味，猪粪开始用来喂牛、喂羊和喂鱼；一些污水处理厂通过种植水葫芦等水生植物来吸收水中的重金属元素，铬、钴、镉、镍等的含量大幅度降低，在有的地方污泥还被加工成无害肥料。
农业污染的治理是一个系统工程，需要很长的时间。但随着环保意识的增强及科学的进步，这个问题一定会很好地解决。