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经济责任审计的程序运作方法
建立经济责任审计联席会议制度。建立起由组织人事部门、纪检监察部门、财政部门、国有资产管理部门与审计部门等主要负责人参加的经济责任审计联席会议制度。定期开会研究经济责任审计工作有关决策事宜。
成立经济责任审计工作领导小组。即成立由当地党政领导人任组长，组织人事、纪检监察、财政、国有资产与审计等部门主要负责人共同参加的经济责任审计工作领导小组，具体领导和协调经济责任审计工作有关事宜。
接受组织人事部门书面委托，抽调审计业务骨干，组成审计小组，制定审计方案，选择审计方式，进行审前调查。即向组织人事、纪检监察、国有资产管理、财税物价、被审单位干群等作调查做访问，设意见箱和举报电话，收集各方面反映。
书面通知被审单位做好审前准备。其内容有：
被审计人准备好述职报告，其内容是：任期内单位概况及主要业绩；任期内存在问题及责任情况；任期内资产安全完整与保值增值情况；任期内单位经济效益、社会效益情况；任期内单位各项计划指标完成情况；任期内单位内控制度设置及执行情况；任期内单位债权债务及责任情况；任期内单位遵纪守法和廉政建设情况；对单位今后改善管理的意见及建议；对单位提供的有关情况资料承诺其真实性。
做好清产核资，自查列报有关情况。具体包括：银行存款账户情况；资产、负债及悬案情况；盈亏增减变化情况；经济效益、社会效益指标完成情况；有无账外账及账外资产；有无重大关联交易事项；有无未决诉讼案件存在；有无抵押借款及替他人提供担保等。
准备好被审计的有关资料。主要包括：1、财政财务收支书面资料。即会计资料、统计资料、票据及银行对账单资料；单位投资项目及对外投资情况资料；财产物资的清盘与清产核资情况资料；债权、债务清理明细资料；2、单位内部控制及执行情况资料；3、历年工作总结及社会审计、内部审计、专业监督部门检查结论资料。
经济责任审计方式及特点的运作方法
将就地审计与报送审计相结合，以就地审计为主。
将被审单位自查列报有关情况与审计重点抽查相结合，以审计重点抽查为主。
将国家审计与被审单位的主管部门内部审计相结合，以国家审计为主。
将从银行存款账户审查入手与从会计账目审查入手相结合，以从会计账目审查入手为主。
将被审资料的审查与对审计关系人的调查相结合，以对被审资料审查为主。
经济责任审计要注意换位思考，充分体味被审计人的心情。
经济责任审计要注重以人为本的特点。要紧紧围绕被审计人的业绩、问题及责任去开展工作。要看被审单位钱的运作与被审计的领导干部这个人的关联性强弱，如蓄意捞钱是人的品质问题，决策失误是人的水平问题，从而给领导干部一个恰当的评价与结论。
经济责任审计要考虑业绩为先的特点。要让被审计人充分地摆成绩、诉苦衷，在对被审计人找成绩的过程中促进经济责任审计局面打开。有的被审计领导干部看到审计人员很重视收集他的成绩方面的材料，内心就很感动，处处事事配合审计工作，有的甚至主动地说出了自己存在的问题。
要认识经济责任审计鉴证为核的特点。在审计实务中不仅要查深查透被审计人的成绩、缺点或存在的问题，还要划清其责任界限，从而鉴证证明被审计人是个什么状况。
要认识经济责任审计涉及行业多、审计内容综合性大和审计对象人地位高、权力大、敏感性强的特点。审计时除了运用专设机构审计人员外，还要注意抽调有关行业的审计业务骨干参加，并要充分争取当地党和政府及有关部门（组织人事、纪检监察等）负责人的大力支持与协助。
要认识经济责任审计关系多元化、审计功能多元化、审计行动一举涉多家的特点。一是涉及到要给被审计的领导干部这个人下一个中肯的审计结论；二是涉及到要给组织人事部门提供一个被审计领导干部迁升去留使用的参考依据；三是涉及到被审计单位干部群众的满意度；四是涉及到接任人对被审计人单位家底的清楚度。审计中，除了审查死材料，还要多与审计关系各方（组织人事、纪检监察、被审单位干群等）多接触、多研究，多调查了解有关情况。
经济责任审计在写报告、作评价、做结论上的运作方法
经济责任审计写报告的运作方法：成绩要写足；缺点要含蓄；问题不掩饰；评价要恰当；结论要如实。经济责任审计报告关系到被审计人功过是非，敏感性很强，一定要把成绩摆足。对非原则的不足之处，可一带而过，概略地点到为止。
经济责任审计作评价的运作方法：在评价的原则上，要全面看待被审计人的功过是非，做到成绩要说够，问题要说透，比较功过大小和问题轻重，结合历史条件、政策背景和客观工作环境来评价其人，避免单纯地以审计结果作定性评价；在评价的内容上，要做到以审计事实为依据，以相关法规为准绳，对于审计未涉及或取证不足或法规标准不明确的审计事项，宁缺勿滥，不作评价；在评价方法上，要以计划指标与实绩相比较，本期与上年同期相比较，本单位与同行业横向相比较等，以增强评价的说服力；在评价指标选择上，要选择总体经济实力指标、投入产出指标、经济效益与社会效益指标；在评价业绩与责任方面，要分清前任与现任、主观与客观、直接与间接、集体与个人、违纪与失误等界限；在评价的用语上，要力求准确、严谨、慎重、不用扣帽子式语言，不用形容式语言。
经济责任审计做结论的运作方法：为使审计关系各方均能满意，一定要与审计小组内部人员反复讨论、协商；要与审计机关领导及有关同志反复讨论、协商；要与经济责任审计领导小组的领导反复讨论、协商；要与被审计人反复讨论、协商；要与组织人事部门反复讨论、协商；要与当地政府分管领导反复讨论、协商等。直到审计关系各方均能接受其审计结论的文字表述为止。
经济责任审计在处理审计关系上的运作方法
1、要以审计事实为依据，以有关法律和法规为准绳，来处理经济责任审计关系。即首先要依据确凿的审计事实，对照衡准的现行法律和法规，得出恰当的结论。在此前提下，可以根据实际存在的特殊情况，在审计诸方面关系人的充分磋商下，可作些非原则的让步。但决不可依附权势，患得患失，违背事实，迁就人治。
2、要以维护各方面正当利益为目标来处理经济责任审计关系。当前我国审计机关"三权"（人、财、物）系置于当地政府管辖之下，因而审计工作极易袒护地方政府利益。当审计涉及中央利益和地方利益关系时往往偏袒地方利益而丢弃中央利益或涉及到集体利益与个人利益关系时往往袒护个人利益而丢弃集体利益，从而使审计失去了它的本意。
3、要以发展生产力为标准，灵活地处理经济责任审计关系。对于虽然违规但用于发展生产建设事项的问题，可以给予灵活地处理。但这种灵活，不可由审计工作者自由决定，要充分征求审计关系各方面的意见，找拐杖、铺阶梯、担担子、多通气。要做到：审计要深刻、评价要透彻、结论要准确、处理要灵活。使审计关系各方得到尊重，使各方面根本利益得到维护。
4、要以平等协商的态度，来处理经济责任审计关系。不能见了上级领导就惟命是从，放弃原则迁就人治；见了被审计人就盛气凌人，高人一等。若如此会对处理审计关系极为不利。作为经济责任审计工作者，要做到"柔"中有"刚"、"谦"之有"则"、"正"之感人。要有审计一个单位，交上一群朋友的心态。
5、处理经济责任审计关系很重要的一条是要有平衡的观点。同一时期，对同一类型的问题，处理的口径要大致相同。不能畸轻畸重，否则人家不服气，会带来一系列的麻烦。