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目前学术腐败愈演愈烈，其原因除了学术行政化之外，就是评价体系本身出了严重问题。
一、对现行评价体系依据理念的分析
1.认为科研评价可以制定出明确的量化指标，并以此评出水平高低。实际上，这是比较困难的。
首先，科研本质上是一项个别人改变绝大多数人观念的创新活动，真理往往先由少数人掌握。当年共产主义学说作为一个“幽灵”出现在欧洲上空的时候，哪一项既有标准又有资格评说?因为它自己就是自己的标准，就是自己的价值尺度。但我国现行学术评价的主要方式如“同行评议”、“核心期刊”、“引用率”等，其原则都是少数服从多数，对于突破常规的创新成果，具有天然的否定倾向。少数服从多数并不是学术的原则，只有在代表个人或集团利益时，才能少数服从多数，科学研究的原则是多数服从少数。即使没有创立新标准、新范式，只是旧有成果基础上的增量，也要提供新资料，提出新看法，相对而言，虽然比较容易得到多数人的认可，但也首先是少数人的观点。在这种情况下，评价的公正只是一种可能而不是必然。
其次，只有同类事物才具有可比性。工业产品按统一标准成批生产，所以具有可比性。而每一项科研都是独特的与唯一的，无法批量生产，它们相互间缺乏共同性，不具可比性。同是历史学，研究中国史与研究世界史，如何比较?都是中国史，明清史与秦汉史又如何比较?即使相同的课题，也必然会因人因时因地以及因其他条件而异。科研与生产产品不一样，就在于他的唯一性，除了外在形式比如课题级别、经费额度、主持人职称、字数多少等，各个科研项目内在水平的高低很难或根本就无法比较。在这种情况下，很难制定出明确的评价标准。
2.以为不搞学术评比，不拉开档次，就无法促进学术发展。这又是一个认识上的偏差。
就学界实际来看，特别优秀者和特别差劲者都是少数甚至是极少数，绝大多数都属于平常之人，水平相差无几。对于那些确实得到学界公认的有重大突破性的成果，当然应予以特殊奖励。即使有异议，也涉及面很小；如果确实名不副实，也容易得到纠正。但对于那些水平和工作努力程度差不多的平常之人，就没有必要拉大距离，分出档次。若是强行将这些人拉开档次，评出高低，由于缺乏明确的指标，其后果必然是人为增加矛盾。这样做不仅不能促进学术发展，反而会因“窝里斗”而影响科研工作。
至于所谓“几年不发表文章”的学人，也不要急于先下什么结论。实践表明，搞研究的学人，只要按照基本规范踏踏实实去做，多少都会有所成就。而由于个人情况不一样，研究的项目有难易，必然是有少年得志，也有大器晚成；有人年年出成果，有人十年磨一剑；有人成果生前未被学界认可，过世之后才获殊荣；有人甚至一辈子不出成果，甚或出了错误“成果”……这在科研领域是十分正常的现象。因为科研就是探索，是探索就有成功也有失败。更何况，科研也需要有适合的生态环境。某科研领域保持一定数量的学者，是有关科研得以进行的前提，是科研发展的需要。许多默默无闻的科研工作者，他们都是保持良好的学术生态不可或缺的分子。在科研领域，即使没有成就，或失败了，也有教训可以吸取。这样的学人，也应当受到起码的尊重并得到相应的生存所需的物质保证。除非有明显证据，不适于搞科研，或尸位素餐，我们宁愿养几位勤奋的“懒汉”。这是两害相权取其轻，不然的话，被淘汰的很可能就是未来的诺贝尔奖获得者。
正是依据上述理念，管理部门才不断推出新的评比项目，不断制定新的评价指标，并论证只要规定得严密，程序公正，严格执法，就可以达到“科学”、“客观”、“公正”。然而，一个明显的事实是，随着有关规定的不断出台，新的评比项目的不断设立，评价指标的不断细化，不公正非但没有被遏制，反而有愈演愈烈之势。
名目繁多的评比，将学者对学术的关注引向了对名利的追逐，排座次争资源成了学术最终的目标。在耗费宝贵资源的同时，为学术腐败制造了可乘之机。长此以往，势必阻碍学术发展。
二、减少学术“评比”，强化学术批评
1.彻底清理各项评比指标。无数事实表明，程序的公正并不能保证结果的公正。目前的问题不仅仅是不少学人的道德水平下降，也不仅仅是规定不严密，更不仅仅是缺乏有效监督。当然，上述这些都是问题，但根本性的问题是整个方向搞偏了。在“评比学术”大泛滥的环境下，即使制定再多的规则，设立再多的奖项，如果不改变评价方向，而是一门心思盯在评比排座次上，离学术繁荣的目标会越来越远。因此，“评比”要多做减法，该废止的坚决废止，还学术以本来面貌，让学界从评比的狂躁中冷静下来，以彻底改善我们的学术环境，净化我们的学术空气。
由于在目前“单位所有制”条件下，评委很难完全做到凭良心投票，在不得不进行级别划分（比如评职称）时，作为一种有效的激励方式，在绝大多数学人中实行类似公务员晋升的“年资制”也就是论资排辈，或许更符合实际。他们在学术水平上的差别以服务时间的长短衡量更为客观，时间长在经验上在贡献上正常说来都要更大些。这样做的优点是，标准比较明确，易于操作，减少了不必要的矛盾，最终为学术发展创造了一个宽松的环境。其中如有脱颖而出者，则特殊安排——特优人才超常拔擢，平常之人搞点“论资排辈”，既鼓励了人才脱颖而出，又稳定了科研队伍。
2.开展真正的学术批评。批评是学术的生命，没有学术批评，科研就是一潭死水。只有在充分批评的基础上，才有可能进行正确的学术评价。而学术批评与学术评比的不同之处在于，虽然它很难制定出严密而又精确的指标，但它更有助于问题的深入探讨。一项成果，一篇论文，一部专著，要有其他学人提出看法，作出评价。被批评者对于批评可以认同，也可以不认同：可以自我批评，也可以反批评。对于那些一时难以辨清的问题，未被内行普遍认可的创新成果，也必须在不断的批评中为学界所认识，而不是找几个同行简单评一下、查查引用率就可以匆忙做出结论的。
3.在充分批评的基础上进行评价。什么是充分批评?就是要让大家评头品足。而要大家评头品足，就得有充分的公示。目前已进入网络时代，真正的公示，就要在网上公布。我们上面提到同行评议的不足，但同行毕竟是内行。现在的同行评议，实际上已经蜕变为外行评议，是同一小单位里不同专业、不同学科、不同领域的学人们凭着感觉走。所以我们必须实行网上公示，打破单位所有制，向全世界的同行公示。而且至少公示几个月，因为你总得给人家深入检验、研究和批评的时间。评委的评论必须同时具名发表，要对自己的评价负连带责任，不然就别做这个评委。
4.评价指标要实事求是。现在学术评比中不仅程序很难保证公正，更糟糕的是，许多评比规则尤其评比指标本身就是“歪经”。其最突出表现就是不根据工作性质确定评比指标，而是大搞“万般皆下品，唯有科研高”。只要是与学术沾点边的职业，高校辅导员甚至行政人员也好，图书管理员甚至资料员也好，中小学甚至幼儿园教师也好，统统都要发表论文作为评比条件。这种不鼓励做好本职工作，而是鼓励学术泡沫的做法，到底有什么科学依据?评比指标的不实事求是，可能有着更深层次的思想根源，这就是对科研特殊性缺乏基本的认识和尊重。我们不反对行有余力搞科研，工人也可以成为发明家。问题是我们设计的评价指标到底要鼓励什么?
5.建立网络互动评价机制。参加评价的论文要在网上“公示”，任何人都可以从学术角度予以评论。而且，只要言之有理，持之有据，有价值的批评意见皆应作为该论文评价的一部分附录其后。这样既可以吸纳全国甚至国外学者参与，打破“单位所有制”，使学术评价“社会化”，又可以促使作者与推荐者更加规范。更重要的是，批评是学术的生命，只有真正实现批评与被批评的良性互动，才能促进学术进步。网络的飞速发展，已经为我们准备好了充分的技术前提，就看我们如何利用。