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（一）香港审计机关的组织机构
香港实行特殊的行政体制，除特区行政长官统管全港事务外，行政管理系统由三个层次组成：最高决策层是政务司、律政司、财政司三个司的司长；制定政策层是司下属的１１个局（２００２年７月１日前是１６个局）；执行政策层是分别隶属于各司的署、处、局等职能部门。审计署就是第三层职能部门中的一个，但它直属特别行政区行政长官领导。署长直接向行政长官述职，向行政长官和立法会提交审计报告。审计署级别不高，但地位特殊，独立性较强。
审计署的最高行政长官称为署长，而不称审计长。按照《基本法》，署长人选由行政长官提名，报中央人民政府批准后，由特区行政长官任命。审计署的工作人员属于公务员，受政府公务员法规的约束。审计署实行署长负责制，设署长一人主持全面工作。另设副署长一人，下设总部行政科、中央财务审计科、一般财务审计科、工程及土地审计科和社会服务审计科，工作人员约２００人。
（二）审计署的职责和权利
其具体职责是：
１．审查和审计政府年度的财务账并向行政长官报告。财政司所属的库务署长在每个财政年度结束后的５个月内，将各种年度账表送交审计署长审核。送审的账表不仅包括政府资产负债表、政府现金收支总表等一般收支账目，而且包括基本工程、发展贷款基金等各种政府性基金账表。审核目标主要从整体上对政府财政收支、财务状况进行审查，以确保政府会计账项的真实可靠，准确完整和合规妥当。审核后要写出审计报告书，由署长呈交行政长官，以立法会的身份进行审议。
２．根据法令规定对个人、法人、团体等的账目进行审计、审查或调查。香港的《税法》、《公司法》等许多法例中，都明确审计机关对任何个人、法人团体或其他团体及其成员、官员及雇员的记录和账目进行审计、审查或调查。个人包括政府的要员和经管公共款项的公职官员，还包括纳税人、公司合伙人等一般市民。团体是指具有法人资格的公司企业、公共团体和受政府资助的社会团体。审核及调查的内容主要是其财务活动合规合法性和真实准确性。这项工作也可以授权执业会计师或其他任何官员去完成。被授权人按规定的方式向署长提交审计报告。
３．由行政长官授权对个人、法人、团体等的账目进行审计、审查或调查。这是临时性的工作，行政长官从公众利益出发可授权审计署长对接受政府资助营造工程、开发项目等进行查核。这项工作也可以由署长授权执业会计人员或公职人员去完成。
４．向行政长官报告严重的不正常行为。在公共款项的收讫、支付、保管和任何印花、证券、储存品及其它政府财产的收讫、发出、保管、出售、转让、处理上所发生的严重的违法失职行为，署长应查明事实，找出原因，向行政长官报告。
审计署长的权力。
１．以书面形式授权任何公职官员（包括本署官员）代表他进行任何查究、审核或审计，并要求该公职官员向他提交报告。
２．要求任何公职人员作出署长认为适当的解释，或提供有关的资料。
３．可以安排对任何政府部门的任何簿册、文件记录、凭证、物品等进行详细检查，并作摘要、复制，为此不支付任何酬金。
４．可以对任何认为适当的任何人进行有关公共款额和政府财产方面的质询，了解任何其他事情，有关人员必须如实回答，提供情况。
５．可随时向律政司司长报告他认为适当的任何事项。
６．署长和由他授权的公职官员、会计人员可以深入现场，检查被审计单位所有记录、账簿、证件文件、现金、收据、印花、证券、储存品和其他政府资产，任何单位不得拒绝。
７．署长在执行其职责和行使其权利时，不受任何人或主管当局指示和控制。
（三）香港审计机关的主要工作
１．审计政府账目是否妥善审计对象除政府财政收支和政府性基金外，还包括房屋委员会、６０多个受政府资助的法定和非法定基金，以及５个运营基金。每年的３月３１日，上一财政年度结束后，财政司的库务署将政府各部门一般收支账目和８个基金账目以及必要的文件报送审计署。审计署经审核后，于每个财政年度结束后的７个月内以审计署长的名义提交审计报告。立法会的账目委员会负责研究审计署长提交的报告。必要时，账目委员会要求有关政府官员、公共机构管理人员及有关人士对审计报告中的问题做出解释或提供证据，这称为公开聆讯。记录员对每个人的讲话原原本本地记录下来并向社会公布。对审计报告所提及问题进行审查和研究后，账目委员会要另外撰写一份报告，对审计署提出的意见和建议做出回应。该报告连同审计署的报告一并提交立法会审阅。
２．衡工量值式审计是香港政府审计的特点
衡工量值式审计的工作范围是：凡有关法例规定审计署对其账目加以审计的个人、法人、团体超过５０％以上收入来自公款的机构，以及行政长官依法指定的单位。个人包括港府要人，也包括公职官员。法人、团体是指具有法人资格的公营公司、企业、公共团体和受政府资助的社会团体。也就是说，审计署进行财务审计所涉及的对象和范围就是衡工量值式审计的工作范围。
衡工量值式审计的原则是：审计署无权评论政策目标的利弊，也不过问政策目标的制定方法，但可以就这些政策、目标的节省程度、效率高低和效益大小提出质询，可以确定被审计单位和个人是否经济有效地利用了人、财、物资源，取得经济效益和社会效益的好坏，指明造成效率不高不经济的原因。
衡工量值式审计结果要写成报告书，由审计署长每年向立法会报告两次。第一次报告与政府账目年度审计报告合并报告，于每个财政年度结束后的７个月内完成。第二次报告为纯衡工量值式审计报告，最迟于每年４月３０日前提交立法会。署长在向立法会报告衡工量值式审计结果时享有很大的自由，他可以促请当局注意他在审计过程中发现的情况，并提出所涉及的财政问题，还可以提出行政和立法会决策所产生的影响。