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１、个人所得税的审计。注册会计师的审计范围应不限于工资单，应在了解企业薪酬制度的基础上，结合“其他应付款---个人所得税”明细账，掌握企业扣缴个人所得税的真实情况，尤其要关注中高层管理人员的薪酬结构及其个人所得税的扣缴情况，并表述适当的审计意见。除工薪所得，企业支付给职工个人的住房集资款利息、入厂风险保证金利息以及发送股东的股息、红利等项目，注册会计师税收审计时也应特别关注。根据“财务费用”、“未分配利润”与“其他应付款”明细账，复核企业利息和股利项目个人所得税扣缴的完整性、真实性。
２、房产税的审计。房产税有按价计征和按租计征两种计税方式。根据企业提供的纳税申报表，结合“固定资产---房屋”明细账，注册会计师可以审核按价计征的房产税计算的正确性；而结合“其他业务收入”明细账，可审核企业按租金收入的１２％计算的房产税是否有遗漏。由于房产税实行按年计算、分期缴纳的征收办法，所以，如果房产明细账的期初数与期末数不一致，而房产税各期仍以均数缴纳，就得考虑本期新增房产是否漏记了房产税。注册会计师在审计过程中，应合理运用专业判断，区别对待两种性质的职工住房---职工集资建设的住房和以企业名义购买并准备出售给职工的住房。前者已确定产权归属职工个人，所以，有关“在建工程”转入的房屋明细账，只是暂时存在的，无需缴纳房产税；但后者是应从建成次月起缴纳房产税的，待房屋产权转移，企业的纳税义务才得以解除。
３、印花税的审计。印花税适用按合同金额千分之几或万分之几的比例税率和每件５元的定额税率。税率低，加上确定计税依据时需要逐张累计合同标的额，工作量较大，因此，印花税常常被企业有意地隐瞒，审计时，注册会计师应取得企业的缴款书和完税证，复核印花税的申纳是否正确，并结合“管理费用”明细账户检查企业是否按规定进行了相应的会计处理，会计处理是否正确。
４、车船使用税和土地使用税的审计。车船使用税（涉外企业适用“车船牌照使用税”，其计税标准同“车船使用税”）与土地使用税都适用于单位固定税率，所不同的是：车船使用税按企业实际使用的应税车船的净吨位或辆数为计税依据，土地使用税按实际使用的应税土地面积为计税依据。注册会计师应获取企业自用车船数量、净吨位及土地面积等资料，并与“固定资产---车辆”、“无形资产---土地使用权”明细账核对一致，通过审核本期完税率，检查企业是否如实申报和按期缴纳，是否按规定进行了会计处理。
５、城市维护建设税和教育费附加的审计。由于城市维护建设税和教育费附加是作为流转税类的附加税而存在的，审计时，注册会计师应首先确定增值税、消费税和营业税
的当期账面发生额以及注册会计师审定后企业应补交的三税金额，结合“主营业务税金及附加”和“其他业务支出”等项目，按企业所适用的税率，计算复核企业本期实际应缴的城建税和教育费附加是否已足额缴纳，并且对照“应交税金---城建税”和“其他应交款---教育费附加”科目，检查企业是否进行了恰当的会计处理。
６、土地增值税的审计。审计时，注册会计师应首先了解有关房地产转让的现行税收政策法规，明确土地增值税的征税范围，然后获取企业的房地产转让合同、开发合同等原始资料，必要时还应与房地产评估机构取得联系，审定房地产的转让收入（包括货币收入、实物与无形资产形成的估价收入），复核计算扣除项目的金额，再结合主营业务税金及附加等项目，将增值额按适用的税率计算出“应交税金---应交土地增值税”明细账户的金额，最后与企业的账务处理对照，审验其正确性。
７、契税和耕地占用税的审计。按《契税暂行条例》，对境内转移土地、房屋权属的承受单位，以不动产成交价或交换价差为计税依据计算应纳契税额。注册会计师应在检查本年度“无形资产---土地使用权”和“固定资产---房屋”金额的增减变动的基础上，检查管理费用明细账，寻找疑点所在。
对审计年度占用耕地进行建设的企业，注册会计师应检查是否按规定以实际占用的耕地面积为计税依据，计算缴纳了耕地占用税。由于耕地占用税是一次性缴纳的，并一次性记入“在建工程”，所以，审计时应结合有关建设征地的批准文件、合同等资料，检查“在建工程”明细账上是否有足额缴纳耕地占用税的记录；如果有记录，还应核对是否足额缴纳。
８、非常规业务的税收审计。主营业务循环之外，企业也会发生一些涉及税收的非常规业务。例如：我国的《增值税暂行条例》规定，企业出售自己使用过的摩托车、游艇和应征消费税的汽车，应按简易办法依照４％的征收率计算增值税；用于集体福利或者个人消费的购进货物的进项税额不得从销项税额中抵扣；《营业税暂行条例》规定，企业转让无形资产、销售不动产、对外出租厂房、设备等，应按营业收入的５％计征营业税，等等。此类业务并非企业的常规事项，其计税常为企业有意或无意地省缺。注册会计师审计时，可以依靠专业判断和执业经验，从有关的固定资产明细账、存货明细账、无形资产明细账等入手，结合相关凭证及合同资料的勾稽关系，分析复核所涉及税收是否已被企业完整的计算和缴纳。此外，企业发展中出现的一些新问题，如关联交易、债务重组等所涉及的税收，也需注册会计师审计时给予特别关注。