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政府改革不但要破除计划经济的体制，还需破除在已有改革中形成的违背现代市场经济体制的各种制度。目前，恰恰是对这些“问题体制”关注得不够。因此，政府改革的内容和目标仍是一个需要深入讨论的问题。
政府改革的推进状况
政府改革从上世纪80年代算起，已经进行了五次政府机构改革，还进行了一些涉及政府职能的改革。从改革的内容看，第一项是最早开始的精简机构。这项改革一直持续到1998年，算是基本结束(这是指中央政府，地方政府的精简到2002年才结束)。第二项是按照政企分开的原则转变政府职能，把政府经济管理职能与经营资产的职能分开，撤销了大量管理直属企业的行业管理部门，成立了国有资产监督管理委员会。经济管理方式由直接管理向间接调控转变。第三项改革从2003年开始，加强公共服务职能占据了重要地位。以《行政许可法》的实施和减少审批权的改革为标志，依法行政的实施目标开始指向政府部门的既得利益，这是改革的第四项内容。第五项内容，从1994年分税制开始，中央和地方各级政府的职能划分开始处于调整和改革的过程中。
从政府改革的具体内容分析，破与立并不都是相对应的，有许多政府职能的建立并不存在破除旧体制的内容。从现实看，政府改革不但要破除计划经济的体制，而且还必须破除在改革过程中形成的违背现代市场经济体制的各种制度。对于在改革过程中所形成的“问题体制”目前人们还注意不够。总体上讲，在经济基础已经变为市场经济后，作为上层建筑的政府如何适应市场经济这个基础就成为关键性问题。如果说在建立市场经济基础的过程中是以“破”为主，那么在政府改革这一上层建筑的改革中，“立”则成为改革的主要内容。
对照现代市场经济国家的政府，我国的政府改革应主要包括如下几个方面的内容：承担起在市场经济条件下必须由政府承担的所有公共产品提供的职能；消灭部门利益，基本取消行政事业性收费，使政府变为真正的公益性单位；重新安排中央和地方政府的分工，凡是涉及维护统一市场秩序的职能都应由中央政府统一管理。
建立政府的公共服务职能
改革前，城乡居民在教育、医疗、养老等方面享有不同的保障体制，水平虽然不高，但普及程度较高。在市场化改革中，随着所有制的改变，这几项旧有的保障制度也随之不复存在，而新的与市场经济体制相适应的体制还未建立起来，于是就出现保障的大范围缺失。
在市场经济体制下，必然会出现一些“市场失灵”的情况。针对这种情况，一些经济学家提出了“公共产品”的概念和政府干预的理论。在发达的市场经济体制国家中，由政府承担提供公共产品的职能已经成为普遍的规律。而对这个规律，我们有一个逐步认识的过程。上届政府还把企业减员增效当作由政府推动的工作，而本届政府在巨大的社会问题积累中提出了建立和谐社会的口号，并开始大力发展政府的公共服务职能。
建立政府的公共服务职能受到认识水平、财力条件还有经验积累的制约，将是一个逐步完善的长期过程。比如，《义务教育法》是在1986年制定的，但是义务教育必须要均衡发展，义务教育阶段不应举办重点学校却是在20年以后，2006年修改《义务教育法》时才列入法律中的。目前，我国只对农村学生实行免费的义务教育，全部学生都实行免费义务教育要等2015年以后。
承担提供公共产品职能现已成为政府改革中的一个重要方面。这种观点也已经被各个方面所接受，所以，除了在教育、医疗、养老、失业等方面之外，还会有更多的应由政府承担的公共职能被不断提出，已经建立的公共服务职能也会不断改进和完善。
铲除部门利益，使政府成为公共利益的体现者
“部门利益”是一个颇具中国特色的现象。在计划经济时代，部门利益并不严重。中国的部门利益是在计划经济向市场经济体制的变化过程中逐步加强的。其制度因素在于：
在开始改革开放后，为了解决国家机关干部收入与企业职工及个体私营业者的收入差距，从改革开放最早的地区开始，机关自己创收，给机关职工谋福利的现象就逐步蔓延。这种情况是在计划经济体制下所没有的。现在，所有公职单位人员的工资都由两部分组成：一部分是财政拨款，一部分是单位自己组织的创收。在实行“阳光工资”后，这个问题并没有彻底解决。公职人员的工资不是全部由财政承担，而要由单位自己解决一部分，这是部门利益存在的一个重要制度基础。
改革开放后，许多部门的职能不断增加，但财政无法提供足够的经费，于是就采取了“给政策不给钱”的办法。所谓给政策，就是允许该单位在履行职能时收取费用，这种办法的泛滥，造成目前政府部门几乎没有不收费的。部门收费使得政府部门有了自己实实在在的经济利益，其后果是政府部门不再是公益性单位。行政性收费与政府的公益性质发生了根本性冲突。这种情况也是在计划经济体制下不曾有过的。
目前，财政部的意见是：对行政事业收费进行规范。财政部计划出台统一的非税收入管理条例，并在各地筹建非税收入管理局，这项工作已列入财政部2007年的立法工作计划。国务院也接受了财政部的意见，温家宝总理在十届全国人大五次会议上政府工作报告中说，要“建立规范的政府非税收入体系”。据说，行政收费法也列入了全国人大的立法计划。财政部及一些单位的做法实在令人担忧。因为这样做会使行政收费合法化、长期化，起到固化部门利益的效果。这种做法与市场经济体制下政府的公益性、公正性是完全背道而驰的。
在发达的市场经济国家，几乎没有行政性收费。所以，对我国普遍存在的行政性收费必须予以彻底废除：应该并入税收的并入税收，其他收费一律取消。这样才能使政府部门成为真正的公益性单位，使其公正地为人民服务。
行政性审批过多过滥，缺乏公开透明的标准。这也成为一些部门追求部门和个人利益的制度基础。尤其是在部门由自己组织收入给职工发钱的体制下，审批权必然成为部门利益的一个重要来源。虽然行政性审批已清理多次，压减的数量也很多，但是真正“含金量”高的审批权依旧保留，这项改革并不理想。
以上三个方面的制度结合在一起，使得部门利益成为中国政府的一大特点，同时也使政府在市场经济中难以保持公正性、公益性。因此，必须通过改革，使公务人员工资(包括所有国家机关、事业单位及公办学校、医院等)全部由财政发放，坚决彻底地取消单位自筹部分。同时取消行政性收费。对行政性审批，要制定公开透明的标准，使所有符合标准者都可以得到批准。这项改革并不是所有市场经济体制国家都要做的事，而是针对中国改革过程中的某些特点提出来的。
在事关统一市场秩序领域建立中央政府的统一机构
近些年来一直流行“小政府大市场”的口号，并被一些人认为是政府改革的方向。相对于计划体制的政府，市场经济体制下的政府管的事是要少一些，但政府人员占公民的比重并不一定就小。因为维护全国统一市场的秩序是中央政府的一项重要职能。考察一下市场经济体制国家的政府机构就可以看到这一点。
在美国，凡是涉及维护全国统一市场秩序的部门和职能都由中央政府承担，所以在实行联邦制的美国，比我们这个所谓中央集权国家的中央政府的人员数量要多许多。比如美国农业部有工作人员近10万人，其数量远远超过我国中央政府机构的全部人员。美国农业部在全国的所有县派驻农业办公室，负责农业补贴的发放；所有批发市场农产品质量管理人员和屠宰场质量管理人员都是联邦政府的工作人员。联邦农业部还在各州派有市场信息采集人员。总之，凡是涉及维护全国统一市场秩序的职能都由联邦政府承担，并派出工作人员。
美国的经验告诉我们，要建立全国的统一市场，必须要有一支统一的管理队伍。比如我国的工商管理部门、税务部门、技术监督部门、环境管理部门，还有海关、商检、卫生检疫等等。目前这些部门中只有少数归中央政府统一管理，多数是中央和省两级管理，省以下由省管。还有一些部门归各级政府分别管理。这种情况是造成地方保护主义非常严重的基本体制因素。要建立健全市场经济体制，形成全国统一的市场，必须要有全国统一的管理机构。这其中还应包括法院、检察院等执法部门。必须在各地方之间建立跨省的巡回法庭，并且赋予相应的审判管辖权。
在对关系统一市场秩序的领域建立中央政府的统一机构方面，国内还缺乏舆论的呼声，在理论界也缺乏这类提议。但这是中国建立社会主义市场经济体制的必要组成部分，早晚都是要实行的，应该引起各方面的高度关注。