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基因研究的成果固然会让人们受益不浅，但基因带给人们的烦恼也正在凸现。研究基因是为了应用，而正是在应用中，人们感到了基因的不准确和误差。
断案的不准确性
过去认为，利用基因断案万无一关，因为测定基因可以准确地认定罪犯、亲缘关系等。虽然国内外司法利用基因断案的结果表明，大多数案件利用基因和其他证明可以比较准确地断案，但是如果仅依靠DNA断案却并不保险。
最近，国内的一起民事亲子认定案件，就让基因鉴定陷入尴尬境地。1995年，未婚女性瞻娟到河南崇州市某加油站打工，认识了有妇之夫汪楠。两人由接近到关系密切，最后同居。1998年7月23日，瞻娟在当地一家医院生下一名女孩，取名汪小楠。后来，汪楠与瞻娟关系恶化并分手，瞻娟要求汪楠承担女儿汪小楠的抚养费，但汪楠拒不承认汪小楠是自己的女儿。2000年5月，瞻娟将汪楠告上了法院。
法院让汪楠、瞻娟与汪小楠去做亲子鉴定，瞻娟委托的鉴定单位是河南医科大学遗传研究所。在交纳了3000元鉴定费后，遗传所经过9个STR位点扩增，进行DNA图谱分析。6月22日，遗传所拿出了鉴定报告，其关键性结论是：支持汪小楠、瞻娟在生物学上具有亲缘关系，不支持汪小楠、汪楠在生物学上具有亲缘关系。
瞻娟拿到这份报告只觉得天旋地转，她不相信科学会如此作弄人。她只与汪楠有过性关系，从未让其他男人染指。瞻娟认可河南医大遗传所的亲子鉴定不准确。理由是：遗传所的结论是“不支持”汪小楠与汪楠在生物学上有亲缘关系，她要的是鉴定汪楠是不是汪小楠的亲生父亲。最后，该研究所又申明他们的鉴定无法律效力。
争议焦点和其他案件的相似性
姑且不论其他事实和证据，仅仅围绕汪楠与汪小楠的亲子关系，DNA测试是否准确的确存在疑问。关键在于两点：一是河南医大的DNA测试是否准确。即使是最精确的DNA测定也会有0.01%的误差率，瞻娟是否恰好就是这0.01%？如果是，以中国12亿人计，误差的绝对人数理论上讲是12万人。这对于要求司法鉴定不冤枉一个好人、不放过一个坏人来说，是否差距太大了？
其二，如果确定这种基因鉴定的科学性和可靠性，那么法院将不会支持瞻娟的事实陈述，也不会支持她的诉讼请求，那么瞻娟不仅无法为女儿找到亲生父亲，而且自己还有可能被认为是有许多性伴侣的荡妇。在此情况下，法律是相信瞻娟除汪楠之外从未让其他男人染指的陈述事实，还有确信DNA测试的结果？由于这影响到一个人的一生，法院将不得不慎重考虑是否全部采信这样的DNA测试结论。
支持这种怀疑的是国外的典型案例。最典型的是1995年美国著名的棒球名星O·J·辛普森杀妻案。尽管很多人都认定罪犯除辛普森外再无二人，但陪审团还是认定辛普森无罪。这个案件的结果除了种族原因以及律师提出的两点理由（作案工具没找到和没有证人）外，DNA检测也受到了否定。法官和陪审团认为，尽管在杀人现场提取的血样与辛普森的有相似性，但是这一DNA的相似性概率太大，不能采信。再加上犯罪现场的血手套太小，无法与辛普森的手匹配等证据，陪审团认定辛普森无罪。正是这个轰动全球的案件让人们不得不怀疑，到底基因测试是否准确。
另一个典型的例子也来自美国。1996年12月26日，年仅6岁的女孩班尼·兰西在其家中死亡，验尸表明是他杀。从这名小女孩手指甲中提取到了犯罪嫌疑人的DNA样本，但是迄今也没有发现这一样本与任何人的DNA相符。这说明两个问题：一是DNA测试可能并不准确，二是可能还没有找到更多的嫌疑人进行基因测试，这一问题又引出了基因应用的另一个难题，是否对所有人进行DNA留样，以备将来刑侦和亲子认定。
建立DNA库的争议
2001年2月，在德国首都柏林附近的树林中，警方发现了一名少女的尸体，经查她叫乌尔里克，年仅12岁，显然受到性暴力，警方结论是死于谋杀。
乌尔里克的死也许并不是特别地让人奇怪，因为这样的凶杀案不仅在德国，在世界各个国家都存在一定的发生率。只是乌尔里克的死引发了德国人的一场大争论，强暴乌尔里克的只有男性，有人提出要对全德国4100万成年男性进行一次基因普查，并以此建立德国的男性基因库。这不仅有利于未来的打击罪犯，减少男性对女性的性犯罪，而且也有利于亲缘认定、财产继承等司法认定。
这个提议当然遭到了许多人的反对，第一是伦理问题。因为这个提议的基点就是所有德国男人都是嫌疑犯。很多人不同意这样的做法，道理很简单，不能因一人犯罪而怀疑所有人。而且这样做是侵犯了绝大多数人的隐私权。
反对者认为，在英美国家，不要说建立全民DNA库，就是建立罪犯DNA库也遭到了反对。谁也不怀疑建立罪犯DNA库所能达到的有效鉴别罪犯和保护公民的作用，但是建立多大范围的罪犯DNA库才是适宜的和不侵犯他人隐私，这是值得研究的问题。
1998年美国联邦调查局就已经建立了美国“国家DNA索引系统”(NDIS)，即美国的罪犯DNA库。迄今该DNA库收录了21万名罪犯的DNA特性数据，其范围覆盖美国18个州，余下的32个州也将加入到这一DNA库中来，这为打击犯罪和保护公民安全提供了有利又有效的条件。但是美国的NDIS收录对象是有较严格的限制范围的，只收集重罪罪犯的DNA，如犯有蓄意谋杀、过失杀人、强奸和殴斗者的DNA。但是即使这样，美国警方也认为还有约79万名罪犯的DNA库样本未建立，不能有效打击犯罪。
与美国相反，英国的罪犯DNA库却被批评为范围太大，侵犯了公民的隐私权利。2000年8月30日，英国首相布莱尔宣称，将额外拨款109万英镑建立英国罪犯和嫌疑人DNA库，但是这一计划当即就受到人们的批评，原因在于该DNA库包括了太多的嫌疑人。
英国的罪犯DNA库包含哪些嫌疑人呢？这个范围大致包括，严重的有涉嫌谋杀，轻微的有涉嫌偷车甚至驾车闯红灯等，大约有300万人的样本。批评这一计划的首先是基因研究方面的专家。英国人类遗传委员会副主席史密斯认为，把犯罪较轻甚至无辜的公民的DNA进行保存是没有必要的，而且也是侵犯公民权益的。对诸如闯红灯这样的行为者也要取其DNA留档备用完全是不必要的大动干戈。建立罪犯DNA库当然是必要的，但应当有一个标准，既能发挥最大作用，又不矫枉过正。史密斯的意见得到了英国国内许多人的支持。
基因检测作为一项高科技手段当然有其独特和有效的作用，但是如果仅仅依赖基因是不可靠的，必须结合其他证据和其他司法鉴定才能断案。另一方面，为了打击犯罪，建立罪犯DNA库是必要的，但是必须要有一个范围。划定这个范围的原则是不能侵犯大多数人的急私，同时也必须建立在国民收入财力能够负担的基础上。