一、骨骼DNA提取方法刍议（论文文献综述）
汤海峰,李佳伟,刘艳,吴斯豪,范林圆,滕利荣,崔银秋[1]（2021）在《文理交叉背景下分子生物学虚拟仿真实验项目建设》文中研究指明开发可兼顾文理科生的分子考古学虚拟仿真实验项目既可以弥补考古学专业本科生缺乏分子生物学实践学习机会的短板,还能为生物学专业本科生搭建专业性更强的实践学习平台。通过深入分析学校的学科优势、技术优势确定了实体课堂无法开展的"古DNA研究"作为内容载体进行虚拟仿真项目开发。项目的知识体系和内容架构兼顾文理科生对知识需求的差异。在教学实践中设计了兼顾文理科生的差异化教学目标,采用以"线上虚拟学习、实体课堂强化"为主的方法进行教学应用,取得了良好的教学效果。
牛帼豪,曹艳朋,韦蒙,朱树政,秦岭,孔昭宸,高天刚,王锦秀[2]（2021）在《基于基因组高通量测序方法精准鉴定植物遗存——河南崔寨遗址案例》文中进行了进一步梳理本研究尝试利用基因组高通量测序方法精准鉴定植物遗存,遗存来自河南周口市崔寨遗址。本项工作提取了植物遗存材料中的基因组DNA,使用Illumina测序平台对该植物遗存的基因组进行浅层测序,并拼装其质体基因组,然后将所得的质体基因组片段通过BLAST进行序列比对,获得了该材料的物种信息。为校验基因组高通量测序的结果,进行了植物形态学鉴定,首先结合植物遗存出土情况及其在显微镜下观察到的结构特点,对样品进行初步的物种判断,然后结合BLAST序列比对和形态学初步判断的结果,采集同一类群的活植物,进行两类材料的植物形态学解剖实验,将二者的形态进行对比;随后,将现生植物组织用Na OH溶液浸泡,用于模拟其在自然状态下的降解过程,并在显微镜下观察其形态结构。根据高通量测序和形态学两方面证据,将该植物遗存鉴定为禾本科植物芦苇（Phragmites australis）的根,并测得该植物遗存的14C年代为660±30 a B. P.。由此推测,在距今约700年前,自然分布的芦苇从崔寨遗址2019LCⅠ区M1墓室坍塌的顶部进入,扎根深入墓葬器皿中,得以保存至今。研究显示,利用基因组高通量测序的方法可以对出土的植物遗存进行精准物种鉴定。基因组高通量测序和形态鉴定方法的综合运用,可作为精准鉴定出土植物遗存的新方法。
杨暖,刘晓云,黄肖敏[3]（2021）在《土埋40余年股骨用于亲权鉴定的分析2例》文中研究表明陈旧骨骼是高度腐败或白骨化尸检中重要的生物检材,涉及多数为重要案件,如火灾、爆炸、地震、海啸等重大群死群伤案件,迁坟、寻根访祖、考古等民事或历史事件。因陈旧骨骼长期受复杂环境因素的影响,DNA高度降解,核DNA模板含量低、质量差,且存在较多抑制物,对其进行检验较为困难。本文结合日常检案,对2例土埋陈旧股骨在亲权鉴定中的应用进行分析,希望借此为相关研究提供参考价值。
李硕[4]（2021）在《抗阻运动改善绝经后女性骨密度效果个体差异的基因组学研究》文中研究说明研究目的:骨质疏松（osteoporosis,OP）是严重影响绝经后女性生存质量的主要疾病之一,OP的金标准骨密度是由遗传和环境因素决定。抗阻运动可有效改善骨密度,但干预效果存在较大的个体差异。本研究选取与OP关联的基因组合（panel）分析与骨密度关联的单核苷酸多态性（SNPs）和甲基化位点,构建骨密度抗阻运动干预个体效果的预测模型,通过生物信息学分析,探讨SNPs和甲基化在抗阻运动改善骨密度中的潜在功能。为绝经后女性选择个性化、精准化的运动健身指导方案提供理论依据。研究方法:研究1:本研究共招募441名绝经后女性（年龄:62±5岁,BMI:25.2±3.3kg/m2）。双能X射线骨密度仪进行股骨颈和腰椎骨密度（GE-Lunar Prodigy）测试。采集静脉血2ml,全血DNA提取采用中量全血基因组DNA提取试剂盒（Bio Te Ke）。质谱Massarray技术对90个候选基因位点进行SNP分型。利用阳性关联SNPs位点进行遗传易感分数（GPS）的计算。GTEx数据库分析阳性位点在人体各个组织中的表达情况。Massarray质谱DNA甲基化技术检测与骨密度相关基因的DNA甲基化。研究2:65名绝经后女性自愿参与抗阻运动干预（年龄:65±5岁,BMI:24.8±2.9kg/m2）。抗阻运动方案为每周2次,每次60分钟（热身5-10分钟,训练40-45分钟,收整5-10分钟）,训练周期16周。基因组合和生物信息学分析方法同研究1。PLINK和SPSS23.0软件对数据进行处理分析。研究结果:研究1:1)初始值时,6个SNPs位点（OPG rs3102735、rs3134069;RANK rs884205;DKK1 rs11001553;RSPO3 rs13209747;ESR1 rs2228480）与股骨颈骨密度存在显着关联（均p<0.05）,2个SNPs位点（ESR1 rs1801132;SOST rs851054）与腰椎骨密度存在显着关联（均p<0.05）。2)初始值时,GPS与股骨颈和腰椎骨密度呈显着正相关（均p<0.01）,GPS每增加一个“有利”等位基因,股骨颈和腰椎骨密度分别增加0.011g/cm2和0.024g/cm2。GPS可以解释4.7%和2.2%股骨颈和腰椎骨密度初始值个体间差异（R2=0.047,0.022,均p<0.01）。3)e QTL结果显示rs851054的次等位基因（T）与SOST在动脉中的低表达水平显着相关（p<0.05）。4)初始值时,DNA甲基化水平与股骨颈和腰椎骨密度均不存在显着关联（均p>0.05）。5)仅有GPS模型可解释0.5%和0.3%股骨颈和腰椎骨密度个体差异。仅有MS模型可解释2.4%和4.6%股骨颈和腰椎骨密度个体差异。联合GPS和MS模型可解释4.1%和7.7%股骨颈和腰椎骨密度个体差异,但没有达到统计学水平。研究2:1)16周干预后,6个SNPs位点（OPG rs1023968、rs2073618;DKK1rs1896367;SFRP4 rs1052981;RSPO3 rs13209747;MEF2C rs34316）与△股骨颈骨密度（%）存在显着关联（均p<0.05）,8个SNPs位点（ESR1 rs1062577、rs3798577、rs3798758;OPG rs2073617;SOST rs865429;Wnt5B rs2010851、rs3803164;SFRP4 rs1802074）与△腰椎骨密度（%）存在显着关联（均p<0.05）。2)16周干预后,GPS与△股骨颈和腰椎骨密度（%）呈显着正相关（均p<0.01）。GPS每增加一个“有利”等位基因,△股骨颈和腰椎骨密度（%）分别增加0.8%和0.786%。GPS可以解释36.5%和21.8%股骨颈和腰椎骨密度训练效果个体差异（R2=0.365,0.218,均p<0.01）。3)与GPS<6（n=31）组相比,GPS≥6（n=34）组16周干预后△股骨颈和腰椎骨密度（%）有显着提高（-1.37%vs.0.88%,-3.56%vs.0.05%,均p<0.05）。4)e QTL结果显示rs1896367的次等位基因（T）与DKK1在肾上腺中的低表达水平显着相关（p<0.05）;rs34316的次等位基因（C）与MEF2C在骨骼-肌肉中的低表达水平显着相关（p<0.05）;rs1802074的次等位基因（T）与SFRP4在动脉中的低表达水平显着相关（p<0.05）。5)运动干预前后ESR1和SOST基因DNA甲基化水平存在显着差异（91.03±2.01%vs.90.07±2.51%;81.95±3.85%vs.83.29±2.91%,均p<0.05）。6)16周干预后,△DKK1甲基化（%）与△股骨颈骨密度（%）呈显着正相关（均p<0.05）,△DKK1甲基化（%）每增加一个百分比,△股骨颈骨密度（%）增加0.025%。△DKK1甲基化（%）可以解释6.1%△股骨颈骨密度（%）的个体差异（R2=0.061,p<0.05）。7)仅有GPS模型可解释3.4%和6.9%的股骨颈和腰椎骨密度训练效果差异;仅有MS模型可解释2.5%和4.8%的股骨颈和腰椎骨密度训练效果差异;联合GPS和MS模型可解释4.8%和7.4%的股骨颈和腰椎骨密度训练效果个体差异,但没有达到统计学水平。研究结论:研究1:GPS可预测股骨颈和腰椎骨密度初始值的个体间差异,绝经后女性的GPS越高,股骨颈和腰椎骨密度初始值越高。研究2:1)GPS对运动后股骨颈和腰椎骨密度变化值的增加具有显着预测价值,GPS≥6的受试者可通过抗阻运动方式来提高骨密度,表明抗阻运动对骨密度的改善效果可能与基因型相关。2)DKK1基因甲基化可作为预测股骨颈骨密度训练效果差异的表观遗传标记。
孙晓萌[5]（2021）在《基于血液DNA甲基化的年龄推断模型验证与优化研究》文中研究表明目的:本研究旨在对前期基于中国汉族平原男性人群建立的9个CpG位点年龄推断模型在不同海拔地域、民族和不同性别人群中年龄推断的适用性进行验证及优化,以提升年龄推断的准确性和应用范围;分析检测体系的灵敏度,为实际案件检验提供数据支撑;比较Epi TYPER技术平台和焦磷酸测序检测DNA甲基化差异,探讨跨平台年龄推断模型计算方法研究。方法:1.将模型建立时选取的517份汉族男性样本分15～24岁、25～34岁、35～44岁、45～54岁、55～64岁、65～75岁六个年龄段,评估各年龄段预测差异及性能。2.采集367份不同海拔地域、民族、性别个体的血液样本,使用Epi TYPER技术平台检测9个CpG位点的甲基化值,利用年龄推断模型预测样本供者的年龄,综合评估年龄预测的准确性。3.将平原区与高原低氧区作为变量,利用AIC方法重新拟合模型,对比前后两个模型之间的年龄预测差异。4.将100%DNA甲基化标准品设置为1000ng、500ng、250ng、125ng、63ng转化梯度,研究体系灵敏度。5.应用Epi TYPER技术平台和焦磷酸测序测定65份外周血样本的9个CpG位点的甲基化值,评估模型年龄预测差异;对比z-score转化前后基于两种平台的年龄预测差异。结果:1.所有测试样本均获得相对准确的年龄预测值（N=367,MAD=4.0岁,R2=0.83）。2.65～75岁模型预测偏差与其他年龄组有显着性差异,预测偏差增高。3.9个CpG位点甲基化程度在青海汉族、藏族、回族间无显着性差异,且模型预测偏差在各个民族间无显着性差异。4.TRIM59、CCDC102B上的DNA甲基化值分布在男性与女性间有显着性差异,但年龄预测模型在男性和女性样本间预测偏差无显着差异（MAD男=3.39岁,R2=0.83,;MAD女=3.63岁,R2=0.88）,将性别作为变量纳入模型,预测性能未发生明显变化（训练集MAD=3.39岁,R2=0.82;测试集MAD=3.25岁,R2=0.88）。5.9个CpG位点年龄预测模型应用于高原低氧区男性样本和平原区男性样本,其中平原区男性样本（N=123）MAD=3.42岁,R2=0.83;高原低氧区男性样本（N=204）MAD=4.42岁,R2=0.86。年龄预测偏差（︱预测年龄-真实年龄︱）在高原与平原间有显着差异,高原地区预测偏差整体高于平原。chr10:22334463/65、PDE4C上的DNA甲基化位点在平原与高原样本间表现出显着差异。6.加入平原与高原变量,新建立了8个CpG位点的年龄推断模型,MAD=2.90岁,R2=0.86（验证集MAD=3.31岁,R2=0.83）。新建立的模型提高了高原地区样本年龄预测准确性。7.灵敏度分析中转化前最低DNA用量为250ng（转化后最低DNA用量约为8ng）可获得9个位点完整甲基化信息。8.65份血液样本应用9个CpG位点年龄推断模型,基于Epi TYPER技术平台检测MAD=2.49岁,R2=0.95,z-score转换后MAD=2.44岁,R2=0.94;基于焦磷酸测序平台检测MAD=4.20岁,R2=0.93,z-score转换后MAD=2.79岁,R2=0.94。结论:本研究证明了9个CpG位点年龄推断模型预测精度在不同性别间及同一地区汉族、藏族、回族间无显着差异。同一模型应该考虑高原低氧区和平原区人群血液样本DNA甲基化差异。加入平原与高原变量,新建立8CpG年龄推断模型可提高高原地区人群年龄预测准确性。z-score转化方法能够有效的消除不同平台间DNA甲基化值之间的系统性批次效应。
郝婷[6]（2021）在《利用头发DNA甲基化状态建立推断个体年龄模型的研究》文中指出目的:筛选在头发DNA中与中国北方汉族个体年龄显着相关的DNA甲基化位点并构建年龄推断模型。方法:结合近年来研究结果及现有文献,筛选出21个可能与年龄相关的多组织通用的甲基化候选位点。基于SNaPshot技术,利用低年龄组和高年龄组的6个样本再次进行筛选,选择出10个峰型正常且具有年龄相关性的CpG位点用于构建多重甲基化SNaPshot分析方法。并对该体系进行种属特异性及灵敏度的检测。运用该方法检测130名北方汉族人口头发毛囊的10个DNA甲基化位点的状态。利用Pearson相关分析对每个CpG位点甲基化状态与年龄进行相关性分析,并利用多元线性回归、后退逐步回归、多层感知器、径向基函数四种方法进行年龄推断模型的构建。为进一步检测年龄预测是否会受到性别影响,我们对所有男女样本数据进行了Mann-Whitney U检验。为确定颜色是否会影响年龄预测,采集6名志愿者的黑发与白发,测定其甲基化状态,通过Mann-Whitney U检验进行分析比较。为评估来自不同身体部位的毛发是否会影响年龄预测精度,对6名健康志愿者头部、小腿、阴部、腋窝四个部位的毛发进行甲基化状态的测定,通过Kruskal-Wallis H检验进行统计分析。结果:本研究最终筛选出10个与年龄高度相关的DNA甲基化位点进行SNaPshot体系的构建。CpG1-10这10个位点分别为cg01820374（LAG3基因）;cg06493994（SCGN基因）;Chr6:11044628（ELOVL2基因）;cg14361627（KLF14基因）;Chr1:207823681（C1orf132基因）;cg07547549（SLC12A5基因）;cg24724428（ELOVL2基因）;cg25148589（GRIA2基因）;Chr7:130734357（KLF14基因）;cg17861230（PDE4C基因）。将样本按照性别及年龄（1-19岁、20-39岁、40-59岁和≥60岁）进行分组。按照7:3的比例进行随机分层抽样将130份样本分为训练组与检验组。将90份训练组样本利用多元线性回归、后退逐步回归、多层感知器、径向基函数四种方法进行年龄推断模型的构建,40份检验样本进一步验证了上述4种模型的预测能力。结果显示基于10个CpG位点构建的多元线性年龄推断模型预测性能最好。R2=91.70%,训练组平均绝对偏差（mean absolute deviation,MAD）为3.68岁,检验组MAD为5.06岁。该模型预测准确率随着年龄的增加而下降。年龄最小的组（1-19岁）显示出最高的年龄预测准确度,MAD为3.25岁,而年龄最大的组（≥60岁）MAD值为4.68岁。本实验研究显示,CpG位点的甲基化状态和年龄预测不受性别、头发颜色或毛发类型的影响。当我们的模型应用于预测年龄时,无需考虑上述因素。结论:本研究基于SNaPshot方法对中国北方汉族人群的头发的10个CpG位点的甲基化状态进行了研究,并构建年龄预测模型。该年龄预测模型不受性别、头发颜色或毛发类型的影响。可用于犯罪案件中的年龄推断,缩小侦查范围,具有实际应用价值。为促进该年龄预测模型在实践中的应用,应进一步研究来自更多不同民族或地区的样本,提高模型的预测性能。
杨宣[7]（2021）在《晋南地区横水西周墓地古代人群的基因组学研究》文中认为晋南地区是中华文明的发祥地之一,在这里存在诸多商周时期的遗存,其中,横水墓地的发现使一个失去记载的西周邦国——倗国浮现在世人眼前。该墓地体现出丰富的文化内涵,出土的青铜器显示了等级分明的周文化,腰坑和殉人又体现出商文化特征,同时陪葬器具还反映出一定的自身文化特征。葬俗文化的多样及人群等级的划分让该地域的人群特征变得扑朔迷离。目前该墓地的相关研究较为全面,但是对于墓主人和殉人的社会阶层所对应的遗传关系仍无定论。针对这一问题,我们借助古基因组学从遗传学的角度来分析古代人群的遗传结构。由于以前提取方法和测序技术的限制,横水墓地古代人群的基因组研究主要集中于单亲遗传标记（线粒体和Y染色体短片段）,但是该标记不足以反映出人群的遗传结构及混合模式,随着实验方法和测序技术的进步,古代全基因组学的研究可以一定程度上解决这个问题。因此本文以横水墓地的古代人群作为研究对象,旨在揭示墓葬文化多样、人群结构复杂的倗国古代人群的遗传结构和社会结构。此次研究一共获得41个古代个体的全基因组数据,其中11个数据可用于下游的常染色体分析;获得12个Y染色体捕获数据,全部可用于单倍群分型。常染色体主成分分析（PCA）表明横水墓地个体间的遗传结构无明显差别;F3,F4分析表明横水人群与古代中原地区的龙山人群遗传成分高度相似,与现代的东亚人具有最近的遗传关系,体现了该地区遗传成分的连续性。线粒体单倍群多样性较高,相比较而言,Y染色体单倍群中Q1a1a1a最为高频且只存在墓地非殉人阶层中,表明倗国社会各阶层的男性Y单倍群具有明显差异,说明社会阶层以父系血统为依据严格划分。墓地两代倗伯的Y染色体都是Q1a1a1a且具有二级亲缘关系,表明了权力和财富的继承以父系亲缘关系为单位,且线粒体单倍群也相同,推测在西周时期不同邦国的贵族阶层间可能存在固定的联姻关系。贵族和庶民的Y染色体单倍群都为Q1a1a1a,暗示了主体人群的北方来源,结合单亲标记与常染色体结论,推测横水人群可能在周王朝分封的时候,从北方迁移到晋南地区,在保留父系血统的同时,又不断地与当地人群进行文化和基因的交流,并对现代东亚人群的遗传成分有一定的贡献。本研究填补了西周时期黄河中下游古人类基因组数据的空白,同时对西周时期邦国的社会结构做出了推测,并为以后的学术研究提供了对照数据。
苗曼宁[8]（2021）在《Myostatin基因编辑牛肌肉转录组学分析及相关circRNA对牛成肌细胞作用机制研究》文中认为骨骼肌生长发育是动物产肉品质的决定性因素,其调控机制是由众多因素影响下高度协调的生物学过程。近年来,骨骼肌生长发育的研究一直被视为畜牧业动物育种改良的切入点和突破口。然而,先前的研究主要集中在m RNA、miRNA及Lnc RNA层面调控动物肌肉生长发育,关于circRNA对肌肉发育调控的研究鲜有报道。因此,研究调控牛肌肉发育的circRNA及其作用机制,对了解牛肌肉发育的过程和分子育种提供新思路。本研究采集同一遗传背景下MSTN基因编辑型与野生型鲁西黄牛腿臀肌肉样品进行转录组测序分析。Myostatin（MSTN）即肌肉生长抑制素,主要在动物的骨骼肌中表达,对骨骼肌生长具有负调控作用,能够通过抑制骨骼肌细胞的增殖和分化来抑制肌肉的生长和发育。敲除MSTN基因会促进实验组牛肌肉的生长及性状的变化,利用该变化通过转录组测序技术筛选在肌肉生长状态具有差异的基础上差异表达的circRNA,研究其差异的表现是否是因其对肌肉生长同样具有调控作用甚至独特的作用调控机制。实验筛选到一个具有时空表达特异性的新环状RNA,由牛FAM120A基因的第1、2外显子反向剪接形成,将其命名为Bos-circFAM120A。本实验以牛骨骼肌卫星细胞为主要研究材料,分析circFAM120A对骨骼肌卫星细胞增殖分化的调控作用与机制。主要结果如下:（1）通过转录组分析各试验样品中检测的circRNA数据,共筛选显着差异表达的circRNAs 259个。随机选择了5个不同表达趋势的circRNAs,根据序列信息显示的反向结合位点序列前后150bp设计环状结构特性的引物,验证其在干扰MSTN的细胞模型中表达量均与测序报告结果一致,证明了circRNA数据的可靠性。（2）获得了全长330nt的牛circFAM120A序列。核酸外切酶酶消化实验证明其具有较强的核酸外切酶抵抗能力。放线菌素D抑制转录实验证明其在前体RNA之后形成具备作为circRNA的特性。进一步确认circFAM120A为circRNA。（3）circFAm120A在牛骨骼肌卫星细胞的增殖分化过程中从增殖期（DM）到诱导分化后（DM1、DM2、DM3）4个阶段中,表达量表现为逐步上升的趋势,且在分化期第三天表达量最高。在胎牛3、6、9月龄和成年牛的组织表达谱中,circFAM120A在各组织中均广泛表达。其中,在肌肉的表达中背最长肌的表达量在成年牛中极显着地高于其他组织表达。在干扰MSTN的细胞模型中,circFAM120A表达量在增殖期降低,分化期显着增加,并且随着细胞分化程度而增加。circFAM120A对牛骨骼肌卫星细胞的增殖与分化具有反向的调节作用。（4）在circFAM120A干扰后,促进了骨骼肌增殖相关标志因子的表达,抑制了骨骼肌分化相关标志因子的表达。在显微镜下观察在干扰circFAM120A后牛骨骼肌卫星细胞在增殖期细胞密度明显高于对照组,分化期肌管的直径与分化状态低于对照组。CCK8细胞增殖检测试验结果进一步说明干扰circFAM120A促进了牛骨骼肌卫星的分化。在分化第三天流式细胞进程实验检测结果进一步说明干扰circFAM120A后抑制了牛骨骼肌卫星细胞的分化。（5）circFAM120A过表达后,促进了骨骼肌分化相关标志因子的表达,抑制了骨骼肌增殖相关标志因子的表达。显微镜下观察、CCK8、流式细胞术结果进一步表明过表达circFAM120A显着促进了牛骨骼肌细胞的分化抑制了增殖。（6）经生物信息学线上工具与软件分析预测,牛circFAM120A与包含miR-128的5个miRNA具有结合位点。亚细胞定位结果表明,绝大部分circFAM120A位于细胞质中。表明circFAM120A可能具有“海绵”吸附miRNA的作用。分别过表达5个miRNA检测circFAM120A表达量,结果显示circFAM120A可能与miR-128/miR-378具有互作结合作用。干扰、过表达circFAM120A后miR-128的表达与对照组相比趋势相反,结果说明circFAM120A与miR-128有互作关系。（7）通过双荧光素酶报告基因系统验证,miR-128能够与circFAM120A结合。（8）检测miR-128在牛骨骼肌卫星细胞的时序表达情况,结果显示miR-128随细胞生长进程逐渐上升。miR-128 mimics转染牛骨骼肌卫星细胞,过表达miR-128通过CCK8实验检测,实验结果显示与对照组相比miR-128抑制牛骨骼卫星细胞增殖。促进了骨骼肌分化相关标志因子的表达,抑制了骨骼肌增殖相关标志因子的表达。说明miR-128在牛骨骼肌卫星细胞中发挥抑制增殖促进分化作用。说明circFAM120A是通过吸附miR-128调控靶基因表达而发挥作用。（9）通过生物信息学分析与miR-128具有结合作用的靶基因,过表达miR-128后MSTN表达量显着下降。过表达circFA120A后MSTN表达量显着上调,干扰下调。通过双荧光素酶报告基因系统验证,miR-128能够与MSTN结合。过表达MSTN后circFAM120A无明显的表达量变化。进一步说明circFAM120与MSTN不存在直接的互作的关系,circFAM120A通过miR-128作为“桥梁”调控其靶基因MSTN的表达发挥影响骨骼肌生长发育的作用,而MSTN是通过发挥肌肉抑制素的抑制作用后促进了circFAM120A的生成。总之实验结果表明circFAM120A是通过靶向吸附miR-128减弱对MSTN的抑制作用来调控牛骨骼肌卫星细胞增殖分化的。通过本试验,我们发现了一个在牛肌肉中对生长过程具有调控机制的新的circRNA（Bos-circFAM120A）,预测并验证了circFAM120A通过竞争性结合miR-128阻碍MSTN表达来抑制增殖的ce RNA网络调控机制。本研究结果丰富了环状RNA所参与的功能研究,对进一步阐明动物肌细胞分化的分子机制具有重要的意义。
武茜[9]（2021）在《南海北部盾形陀螺珊瑚的群体遗传学研究》文中认为全球气候变暖和人为活动导致珊瑚礁急剧退化,相对高纬度地区可能为热带珊瑚提供避难所,如南海北部。为了探索相对高纬度珊瑚对气候变化的适应机制及其高温耐受性,本文对来自南海北部的5个盾形陀螺珊瑚（Turbinaria peltata）,共81个样品进行研究,得出以下主要结论:（1）借助宏转录组测序能够较好地开发盾形陀螺珊瑚微卫星标记。本文开发了449对引物,随机筛选验证得到10对中度多态性位点用于遗传学分析,结合一个核标记（内转录间隔区,ITS）、一个线粒体标记（线粒体细胞色素氧化酶I基因,mt COI）构建了完整遗传分辨率的研究体系。（2）基于微卫星标记发现南海北部盾形陀螺珊瑚种群的遗传多样性较低,暗示该种群的遗传适应性不足。该种群间存在中等程度的遗传分化,Mantel test结果显示该分化与其平均海表面温度（SST）、地理距离显着正相关,表明平均SST和地理隔离是影响该种群遗传结构的重要因素。（3）两个序列标记结果均表明该种群的遗传多样性较低。核标记结果显示该种群间存在中等程度的遗传分化,且该分化受地理隔离的显着影响。（4）东方群体因靠近渔港码头而暴露于强烈的人为活动当中,这可能造成了东方群体最低的遗传多样性和最高程度的遗传分化,未来该群体可能面临局部灭绝的风险。（5）高温胁迫实验结果表明涠洲岛群体的高温耐受性可能比大亚湾群体的高,两者应对高温胁迫的响应机制可能相同。（6）面对未来气候变化,高纬度盾形陀螺珊瑚种群的遗传适应性潜力不足,生态系统较为脆弱,需要针对其遗传多样性降低、基因交流受限等特点采取相应的保护措施。
李松播[10]（2020）在《PCR技术及质谱法在生化药品动物源性成分鉴定中的应用》文中指出生化药品是指从动物的器官、组织、体液、分泌物中经前处理、提取、分离、纯化等制得的安全、有效、质量可控的药品。这类药品的原材料来源自生物体,因此,相比于化学合成药品,前者的成分更为复杂,在药品质量控制方面也存在很多难点,其中,明确制药所用原材料的动物来源是生化药品质量控制的第一步。因为不同动物来源的药品其药效可能存在一定差异,并且不同来源的动物制品滥用可能会导致人畜共患疾病的传播以及宗教冲突的发生。中国药典严格规定,来源于动物组织提取的药品,必须明确所用动物种属。但是目前,现行标准中并没有针对生化药品中动物源性成分的具体鉴别方法。传统的形态学鉴别方法简单、便捷,但对于外观形态没有明显差异的样品,或者因加工导致丧失形态学特征的样品并不能进行准确的区分。为此,本课题尝试建立聚合酶链式反应法（Polymerase Chain Reaction,PCR）和质谱法对生化制药不同环节的中间体和成品制剂中的动物源性成分进行分析和鉴定。基于DNA水平的种属鉴别方法研究:DNA作为生物体最主要的遗传物质,储存着大量的遗传信息。本文首先基于DNA水平,以PCR方法为基础,建立了多种分子生物学方法来鉴定生化药品中的动物源性成分。首先,本文建立了常规PCR方法对混合动物骨粉和骨肽类制剂热压提取中间体中含有的动物源性成分进行了鉴定,确定9家企业提供的共19批热压提取中间体样品均只含有猪源性成分,未检出牛、羊源成分。随后,本文又建立了可对PCR扩增结果进行确证的限制性片段长度多态性方法（Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP）和操作更加简便的实时荧光定量PCR方法（Real-time Fluorescence Quantitative PCR,q-PCR）分别对垂体前叶、垂体后叶、玻璃酸酶、糜蛋白酶原四种生化药品粗品和小牛血清、小牛脾匀浆两种动物脏器原材料进行了鉴定。结果表明,两种方法均可用于这六种样品的动物源性成分,其中,在羊源玻璃酸酶样品中检测到了牛源性成分,证实了对生化药品原材料中动物源性成分进行鉴定的必要性。本文还建立了可在一次PCR扩增中同时鉴定猪、牛、羊三种动物源性成分的多重PCR方法和技术准确度较高的DNA条形码分子鉴定法,并成功运用于具体样品的种属鉴定。基于DNA水平建立的五种方法均具有良好的特异性和灵敏度且各有优点,同一份样品采用不同的方法进行鉴定所得到的结果一致,这些方法可被用于生化药品动物源性成分的鉴定。基于特征肽段分析的质谱鉴定方法:某些样品如动物血清,其本身核酸含量过低,采用分子生物学方法进行种属鉴定存在局限性。根据不同动物来源的同一种蛋白质其氨基酸组成存在差异这一理论基础,本文尝试建立了基于特征肽段分析的动物血清质谱鉴定方法。首先通过比对家猪（Sus scrofa）、黄牛（Bos taurus）、绵羊（Ovis aries）、山羊（Capra hircus）、马（Equus caballus）五种常见家畜的血清白蛋白氨基酸序列,找出种属特异性特征肽段,然后将血清样品经过还原烷基化和胰酶酶解处理后,利用UPLC-Q-TOF-MS分离肽段混合物并进行检索和鉴定,成功鉴别出三份血清样品的种属来源。本文还尝试采用类似的前处理方法,对因高度加工导致核酸被严重破坏的骨肽注射液中的胶原蛋白肽的种属来源进行鉴定,质谱分析结果表明,该方法确实在骨肽注射液中鉴定到了部分猪源胶原蛋白肽。综上,本文基于DNA水平建立了多种鉴定生化药品动物源性成分的分子生物学方法,并对利用质谱法鉴定蛋白特征肽段区分种属做了探索性的研究。另外,本文所研究的样品涉及到原材料、粗品、中间体和制剂,扩大了方法的适用范围。上述方法的建立对更好地保障生化药品的安全性具有积极作用,可为生化药品生产企业和药品监督检验机构提供一定的参考价值。
二、骨骼DNA提取方法刍议（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、骨骼DNA提取方法刍议（论文提纲范文）
（1）文理交叉背景下分子生物学虚拟仿真实验项目建设（论文提纲范文）
| 1 虚拟仿真实验对学生操作技能形成的促进作用 |
| 1.1 虚拟仿真实验可以实现操作定向阶段的学习目标 |
| 1.2 虚拟仿真实验可以实现操作模仿阶段的部分学习目标 |
| 2 分子生物学虚拟仿真实验项目的设计与制作 |
| 2.1 分子生物学虚拟仿真实验项目的选题 |
| 2.2 项目定位与教学目标设计 |
| 2.3 项目的内容设计 |
| 3 分子生物学虚拟仿真实验项目的教学应用 |
| 3.1 “线上线下”混合式教学 |
| 3.2 学习效果综合评价 |
| 4 结语 |
（2）基于基因组高通量测序方法精准鉴定植物遗存——河南崔寨遗址案例（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 研究地点 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 植物样本的预处理 |
| 2.3 样本DNA提取和测序数据获取 |
| 2.4 测序数据处理与比对 |
| 2.5 植物样本的对比观察和形态学鉴定 |
| 2.6 现生植物样本的高通量测序与比对 |
| 2.7 年代学研究 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 形态学初步鉴定结果 |
| 3.2 高通量测序及序列比对结果 |
| 3.3 植物遗存样本与现生植物的对比观察结果 |
| 3.4 现生植物组织样本的测序与比对结果 |
| 3.5 年代学测定结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 崔寨植物遗存的来源推测 |
| 4.2 高通量测序在考古遗存物种精准鉴定中的重要价值 |
| 5 结论 |
（3）土埋40余年股骨用于亲权鉴定的分析2例（论文提纲范文）
| 1 案例材料 |
| 1.1 简要案情 |
| 1.2 样本形态 |
| 1.3 DNA检验 |
| 1.3.1 骨骼处理 |
| 1.3.2 DNA提取与定量 |
| 1.3.3 PCR扩增与电泳 |
| 2 结果 |
| 2.1 STR基因位点检测结果 |
| 2.2 分析说明 |
| 2.3 鉴定意见 |
| 3 讨论 |
| 3.1 检材特殊性 |
| 3.2 实验关键性 |
| 3.3 案件风险性 |
（4）抗阻运动改善绝经后女性骨密度效果个体差异的基因组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 引言 |
| 1.1 问题的提出 |
| 1.2 选题的目的意义 |
| 1.2.1 选题目的 |
| 1.2.2 选题意义 |
| 1.2.3 选题的思路和总体方案 |
| 2 文献综述 |
| 2.1 骨质疏松概述 |
| 2.2 运动干预对骨密度改善效果的研究 |
| 2.3 骨质疏松症候选基因关联研究 |
| 2.3.1 维生素D通路相关基因 |
| 2.3.2 雌激素内分泌途径相关基因 |
| 2.3.3 Wnt/β-catenin信号通路相关基因 |
| 2.3.4 OPG/RANKL/RANK信号通路相关基因 |
| 2.4 骨质疏松症全基因组(GWAS)关联研究 |
| 2.5 骨质疏松症表观遗传学研究 |
| 2.5.1 DNA甲基化介导成骨细胞特异性表达 |
| 2.5.2 DNA甲基化调控破骨细胞的活性 |
| 2.5.3 骨质疏松症全基因组DNA甲基化研究 |
| 2.6 运动诱导DNA甲基化水平变化的研究 |
| 3 研究 1:绝经后女性骨密度个体差异的基因组合(panel)研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 研究对象、方法和技术路线 |
| 3.2.1 研究对象 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.2.3 技术路线 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 研究对象基本特征 |
| 3.3.2 SNP位点分型检出率及哈温平衡情况 |
| 3.3.3 骨密度初始值的个体间差异 |
| 3.3.4 基因多态性与骨密度初始值的关联研究 |
| 3.3.5 遗传易感分数(GPS)预测骨密度初始值个体间差异 |
| 3.3.6 利用GTEx数据库进行多组织e QTL比较分析 |
| 3.3.7 GO功能注释、KEGG信号通路富集分析及PPI网络分析 |
| 3.3.8 DNA甲基化水平与骨密度初始值的关系 |
| 3.3.9 建立GPS与MS模型预测骨密度初始值的个体间差异 |
| 3.4 研究讨论 |
| 3.4.1 基因多态性与绝经后女性骨密度初始值的关联分析 |
| 3.4.2 遗传易感分数(GPS)预测绝经后女性骨密度初始值的个体间差异 |
| 3.4.3 阳性关联基因生物信息学分析 |
| 3.4.4 DNA甲基化与绝经后女性骨密度初始值的关系 |
| 3.4.5 联合GPS与MS模型预测绝经后女性骨密度初始值的个体间差异 |
| 3.4.6 研究小结 |
| 4 研究 2:绝经后女性骨密度训练效果个体差异的基因组合(panel)研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 研究对象、方法和技术路线 |
| 4.2.1 研究对象 |
| 4.2.2 研究方法 |
| 4.2.3 技术路线 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 研究对象基本特征 |
| 4.3.2 16 周抗阻运动后骨密度训练效果的个体差异 |
| 4.3.3 基因多态性与抗阻运动对骨密度训练效果的关联分析 |
| 4.3.4 遗传易感分数(GPS)预测骨密度训练效果个体间差异 |
| 4.3.5 利用GTEx数据库进行多组织e QTL比较 |
| 4.3.6 GO功能注释、KEGG信号通路富集分析及PPI网络分析 |
| 4.3.7 DNA甲基化与抗阻运动对骨密度训练效果的关系 |
| 4.3.8 建立GPS与MS模型预测骨密度训练效果个体间差异 |
| 4.4 研究讨论 |
| 4.4.1 骨密度训练效果的个体间差异分析 |
| 4.4.2 基因多态性与抗阻运动对骨密度训练效果的关联分析 |
| 4.4.3 遗传易感分数(GPS)预测绝经后女性骨密度训练效果个体间差异 |
| 4.4.4 与训练效果相关阳性基因的生物信息学分析 |
| 4.4.5 DNA甲基化与抗阻运动对骨密度训练效果的相关性分析 |
| 4.4.6 研究小结 |
| 5 研究结论 |
| 5.1 研究 1:绝经后女性骨密度个体差异的基因组合(panel)研究 |
| 5.2 研究 2:绝经后女性骨密度训练效果个体差异的基因组合(panel)研究 |
| 6 研究创新 |
| 7 研究局限与展望 |
| 7.1 研究局限 |
| 7.2 研究展望 |
| 附录 |
| 附录A 知情同意书 |
| 附录B 伦理委员会审批申请表 |
| 附录C 骨骼健康与体力活动调查问卷 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）基于血液DNA甲基化的年龄推断模型验证与优化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试剂与仪器 |
| 1.2 DNA甲基化位点信息 |
| 1.3 样本信息及样本制备 |
| 1.4 血液样本DNA提取 |
| 1.5 纱布血斑样本DNA提取 |
| 1.6 双链及单链DNA定量 |
| 1.7 引物设计及测试 |
| 1.8 灵敏度测试 |
| 1.9 EpiTYPER平台重亚硫酸盐转化DNA |
| 1.10 EpiTYPER平台DNA甲基化检测 |
| 1.11 焦磷酸测序平台DNA甲基化转化 |
| 1.12 焦磷酸测序检测DNA甲基化 |
| 1.13 引物测试重复性试验 |
| 1.14 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 互补CpG位点甲基化值测试研究 |
| 2.2 年龄预测体系的灵敏度研究 |
| 2.3 多年龄段人群样本年龄预测研究 |
| 2.4 多民族样本人群年龄预测研究 |
| 2.5 不同性别人群样本年龄预测研究 |
| 2.6 高原低氧区与平原地区人群样本的年龄预测研究 |
| 2.7 适用于不同海拔的年龄推断模型研究 |
| 2.8 年龄推断方法跨平台应用研究 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 DNA甲基化年龄推断应用研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（6）利用头发DNA甲基化状态建立推断个体年龄模型的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 年龄相关CpG位点的筛选及SNaPshot方法的建立 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 样本 |
| 1.1.2 主要仪器 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 毛发DNA提取 |
| 1.2.2 DNA的重亚硫酸盐转化 |
| 1.2.3 年龄相关CpG位点的筛选 |
| 1.2.4 引物设计 |
| 1.2.5 多重PCR反应扩增体系和SNaPshot体系的构建 |
| 1.2.6 CpG位点的甲基化水平计算方式 |
| 2 结果 |
| 2.1 年龄相关CpG位点筛选结果 |
| 2.2 构建SNaPshot复合检测体系 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 第二部分 年龄预测模型的建立及性能评估 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 样本 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA的提取、定量与转化 |
| 1.2.2 用SNaPshot技术检测DNA甲基化 |
| 1.2.3 年龄推断模型的构建 |
| 1.2.4 种属特异性检测 |
| 1.2.5 灵敏度检测 |
| 1.2.6 性别、头发颜色及毛发类型对所选CpG位点的甲基化状态影响 |
| 2 结果 |
| 2.1 10 个CpG位点的年龄相关性分析 |
| 2.2 年龄预测模型的建立 |
| 2.3 年龄预测模型性能的检测 |
| 2.3.1 不同模型年龄预测性能的检测结果 |
| 2.3.2 不同年龄组间的年龄预测性能检测结果 |
| 2.4 种属特异性检测结果 |
| 2.5 灵敏度检测结果 |
| 2.6 性别、头发颜色及毛发类型对所选CpG位点的甲基化状态影响 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 基于 DNA 甲基化推断年龄的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间承担/参与的科研课题与研究成果 |
| 个人简介 |
（7）晋南地区横水西周墓地古代人群的基因组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 晋南地区的研究现状 |
| 1.1.1 晋南地区的考古学研究 |
| 1.1.2 方伯与方伯制的研究 |
| 1.2 横水墓地研究进展 |
| 1.2.1 横水墓地考古研究 |
| 1.2.2 横水墓地与同时期墓地考古文化的对比研究 |
| 1.2.3 横水墓地多学科研究进展 |
| 1.3 古基因组学研究概述 |
| 1.3.1 古DNA的特点 |
| 1.3.2 古DNA研究对象 |
| 1.3.3 古DNA研究方法 |
| 1.3.4 古DNA研究进展 |
| 1.4 立题依据 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 污染的防治 |
| 2.3 样本前处理 |
| 2.3.1 样本打磨 |
| 2.3.2 样本孵育 |
| 2.3.3 DNA的提取 |
| 2.3.4 DNA的文库构建 |
| 2.3.5 文库的质量检测 |
| 2.4 Y染色体的液相杂交捕获 |
| 2.5 下机数据的处理与分析 |
| 2.5.1 序列数据处理 |
| 2.5.2 结果的真实性评估 |
| 2.5.3 性别判定 |
| 2.5.4 单亲标记的分型 |
| 2.5.5 个体间亲缘关系判断 |
| 2.5.6 主成分分析(PCA) |
| 2.5.7 F3检验 |
| 2.5.8 F4检验 |
| 2.5.9 Admixture分析 |
| 2.5.10 Beast构建系统进化树 |
| 第3章 西周时期山西横水墓地人群的分子遗传结果 |
| 3.1 基因组数据基本信息 |
| 3.2 验证实验结果真实性 |
| 3.2.1 片段长度 |
| 3.2.2 末端损伤 |
| 3.2.3 污染率计算 |
| 3.3 亲缘关系的确定 |
| 3.3.1 Pairwise mismatch计算亲缘关系 |
| 3.3.2 ROH计算近亲系数 |
| 3.4 单亲遗传标记结果 |
| 3.4.1 线粒体基因组分析结果 |
| 3.4.2 Y染色体DNA分析结果 |
| 3.5 常染色体遗传分析 |
| 3.5.1 主成分分析(PCA) |
| 3.5.2 F3检验 |
| 3.5.3 F4检验 |
| 3.5.4 Admixture分析 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 西周时期倗国社会各阶层的遗传学特征 |
| 4.2 横水人群的形成过程的基因组学分析 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）Myostatin基因编辑牛肌肉转录组学分析及相关circRNA对牛成肌细胞作用机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 骨骼肌生长发育 |
| 1.2 骨骼肌发育相关调控因子 |
| 1.2.1 Pax基因家族 |
| 1.2.2 MRFs和 MEF2 |
| 1.2.3 肌肉生长抑制因子(MSTN) |
| 1.3 MSTN及其在骨骼肌生长发育中的作用 |
| 1.3.1 MSTN的发现及研究现状 |
| 1.3.2 MSTN基因作用机制 |
| 1.3.3 MSTN是骨骼肌生长发育的负调控因子 |
| 1.4 CircRNA研究进展 |
| 1.4.1 CircRNA概述 |
| 1.5 miRNA研究进展 |
| 1.5.1 miRNA的来源及分类 |
| 1.5.2 miRNA作用机制 |
| 1.5.3 miRNA与骨骼肌发育 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 总体设计思路和技术路线 |
| 第二章 转录组数据差异circRNA鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 原始数据整理过滤及序列特性分析 |
| 2.2.2 数据过滤及质量分析 |
| 2.2.3 基因组比对分析 |
| 2.2.4 circRNA比对鉴定及注释 |
| 2.2.5 差异表达circRNAs分析 |
| 2.2.6 CircRNA互作miRNA分析 |
| 2.2.7 circRNA来源基因富集分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 转录组差异mRNAs挖掘及鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 转录组数据的过滤及评估 |
| 3.2.2 基因组比对结果 |
| 3.2.3 表达量分析结果 |
| 3.2.4 表达差异分析结果 |
| 3.2.5 差异表达mRNAs的 GO和 KEGG富集分析 |
| 3.2.6 差异表达的 mRNAs的 qRT-PCR验证与筛选 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 显着差异表达circRNAs的鉴定及验证 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 差异cirRNAs具体信息 |
| 4.2.2 差异表达circRNAs的鉴定及验证 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 circFAM120A调控牛骨骼肌卫星细胞增殖分化 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 circFAM120A鉴定 |
| 5.2.2 干扰circFAM120A对牛骨骼肌卫星细胞增殖分化的影响 |
| 5.2.3 过表达circFAM120A对牛骨骼肌卫星细胞增殖分化的影响 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 circFAM120A结合miR-128 发挥“海绵”吸附作用对牛骨骼卫星细胞的影响 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 circFAM120A互作miRNA筛选 |
| 6.2.2 miR-128靶基因的筛选与验证 |
| 6.2.3 circFAM120A、MSTN与 miR-128 对牛骨骼肌卫星细胞增殖影响 |
| 6.2.4 circFAM120A在牛的不同年龄组织表达谱 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的论文 |
（9）南海北部盾形陀螺珊瑚的群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 珊瑚礁生态系统概述 |
| 1.1.1 造礁石珊瑚 |
| 1.1.2 相对高纬度珊瑚群落概述 |
| 1.2 南海北部珊瑚群落概况 |
| 1.2.1 东山岛 |
| 1.2.2 大亚湾 |
| 1.2.3 涠洲岛 |
| 1.2.4 陵水和东方 |
| 1.3 群体遗传学研究进展 |
| 1.3.1 线粒体标记 |
| 1.3.2 核标记 |
| 1.3.3 微卫星标记 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 1.4.1 研究目的 |
| 1.4.2 研究方案 |
| 1.4.3 研究意义 |
| 第二章 盾形陀螺珊瑚微卫星标记的开发与验证 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 实验试剂与仪器 |
| 2.1.3 Illumina HisSeq~(TM)高通量测序 |
| 2.1.4 微卫星标记的筛选与验证 |
| 2.1.5 数据分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 盾形陀螺珊瑚的转录组分析结果 |
| 2.2.2 盾形陀螺珊瑚微卫星位点的验证及其多态性 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 基于微卫星标记盾形陀螺珊瑚的群体遗传学特征 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样品采集和环境数据 |
| 3.1.2 实验试剂与设备 |
| 3.1.3 DNA提取、PCR扩增和测序 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 遗传多样性 |
| 3.2.2 遗传分化 |
| 3.2.3 环境因素与地理因素对盾形陀螺珊瑚遗传分化的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 南海北部盾形陀螺珊瑚的遗传适应能力可能较低 |
| 3.3.2 由于受到较强的环境压力,东方成为一个特殊的群体 |
| 3.3.3 平均SST和地理隔离影响了盾形陀螺珊瑚群体间的遗传分化 |
| 3.3.4 盾形陀螺珊瑚应对未来气候环境变化的趋势及保护建议 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 基于序列标记盾形陀螺珊瑚的群体遗传学特征 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验样品 |
| 4.1.2 实验试剂与设备 |
| 4.1.3 DNA提取、PCR扩增和测序 |
| 4.1.4 数据分析 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 遗传多样性 |
| 4.2.2 遗传分化 |
| 4.2.3 盾形陀螺珊瑚群体间遗传分化与海温、地理距离的相关性分析 |
| 4.2.4 盾形陀螺珊瑚种群的历史动态 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 盾形陀螺珊瑚种群的遗传适应性较低 |
| 4.3.2 地理隔离可能影响了盾形陀螺珊瑚种群的遗传分化 |
| 4.3.3 盾形陀螺珊瑚种群历史动态的分析 |
| 4.3.4 用mt COI和 ITS标记分析盾形陀螺珊瑚遗传分化的可行性 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 两个盾形陀螺珊瑚群体高温耐受性的区别 |
| 5.1 实验材料与方法 |
| 5.1.1 实验样品 |
| 5.1.2 实验试剂与设备 |
| 5.1.3 实验方法 |
| 5.2 生理生化指标测量 |
| 5.2.1 共生虫黄藻密度的测定 |
| 5.2.2 最大光量子产量的测定 |
| 5.2.3 酶活的测定 |
| 5.3 数据处理 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.4.1 盾形陀螺珊瑚的形态变化 |
| 5.4.2 盾形陀螺珊瑚共生虫黄藻密度的变化 |
| 5.4.3 盾形陀螺珊瑚最大光量子产量的变化 |
| 5.4.4 盾形陀螺珊瑚SOD酶和CAT酶活性的变化 |
| 5.4.5 盾形陀螺珊瑚LPO活性的变化 |
| 5.4.6 盾形陀螺珊瑚GSH活性和GS活性的变化 |
| 5.5 讨论 |
| 5.5.1 涠洲岛群体的盾形陀螺珊瑚可能比大亚湾群体更耐高温 |
| 5.5.2 盾形陀螺珊瑚对高温胁迫的响应机制 |
| 5.6 本章小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 论文创新点 |
| 6.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（10）PCR技术及质谱法在生化药品动物源性成分鉴定中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写说明 |
| 1.绪论 |
| 1.1 生化药品的定义与代表性药物 |
| 1.2 国内生化药品的发展 |
| 1.3 生化药品质量控制难点 |
| 1.4 生化药品建立种属鉴别方法的必要性 |
| 1.5 课题研究内容和研究目的 |
| 2.种属鉴别在各领域的应用 |
| 2.1 食品中动物源性成分的鉴定 |
| 2.2 动物源中药材的真伪鉴定 |
| 2.3 饲料中动物源性成分的鉴定 |
| 2.4 野生动物制品的种属鉴定 |
| 2.5 皮革制品的种属鉴定 |
| 2.6 细胞种属来源鉴定 |
| 2.7 法医学物证鉴定 |
| 3.基于DNA水平的种属鉴别方法研究 |
| 3.1 常规PCR法 |
| 3.1.1 引言 |
| 3.1.2 仪器与试药 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.1.4 阳性对照品种属来源的确认 |
| 3.1.5 方法学验证 |
| 3.1.6 实验结果 |
| 3.1.7 讨论 |
| 3.2 限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法 |
| 3.2.1 引言 |
| 3.2.2 仪器与试药 |
| 3.2.3 实验方法 |
| 3.2.4 方法学验证 |
| 3.2.5 实验结果 |
| 3.2.6 讨论 |
| 3.3 多重PCR法 |
| 3.3.1 引言 |
| 3.3.2 仪器与试药 |
| 3.3.3 实验方法 |
| 3.3.4 方法验证 |
| 3.3.5 实验结果 |
| 3.3.6 讨论 |
| 3.4 实时荧光聚合酶链式反应(q-PCR)法 |
| 3.4.1 引言 |
| 3.4.2 仪器与试药 |
| 3.4.3 实验方法 |
| 3.4.4 方法学验证 |
| 3.4.5 实验结果 |
| 3.4.6 讨论 |
| 3.5 DNA条形码分子鉴定法 |
| 3.5.1 引言 |
| 3.5.2 仪器与试药 |
| 3.5.3 实验方法 |
| 3.5.4 实验结果 |
| 3.5.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 4.基于特征肽段分析的质谱鉴定方法 |
| 4.1 血清的种属鉴定 |
| 4.1.1 引言 |
| 4.1.2 仪器与试药 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.1.4 实验结果 |
| 4.1.5 讨论 |
| 4.2 骨肽注射液中动物源性成分鉴定 |
| 4.2.1 引言 |
| 4.2.2 仪器与试药 |
| 4.2.3 实验方法 |
| 4.2.4 实验结果 |
| 4.2.5 讨论 |
| 4.3 本章小结 |
| 5.全文总结 |
| 参考文献 |
| 对进一步研究工作的设想和建议 |
| 攻读学位期间发表的学术论文、专利申请 |
| 致谢 |
四、骨骼DNA提取方法刍议（论文参考文献）
- [1]文理交叉背景下分子生物学虚拟仿真实验项目建设[J]. 汤海峰,李佳伟,刘艳,吴斯豪,范林圆,滕利荣,崔银秋. 生物学杂志, 2021(05)
- [2]基于基因组高通量测序方法精准鉴定植物遗存——河南崔寨遗址案例[J]. 牛帼豪,曹艳朋,韦蒙,朱树政,秦岭,孔昭宸,高天刚,王锦秀. 第四纪研究, 2021(05)
- [3]土埋40余年股骨用于亲权鉴定的分析2例[J]. 杨暖,刘晓云,黄肖敏. 广东公安科技, 2021(02)
- [4]抗阻运动改善绝经后女性骨密度效果个体差异的基因组学研究[D]. 李硕. 上海体育学院, 2021(09)
- [5]基于血液DNA甲基化的年龄推断模型验证与优化研究[D]. 孙晓萌. 山西医科大学, 2021(01)
- [6]利用头发DNA甲基化状态建立推断个体年龄模型的研究[D]. 郝婷. 山西医科大学, 2021(01)
- [7]晋南地区横水西周墓地古代人群的基因组学研究[D]. 杨宣. 吉林大学, 2021(01)
- [8]Myostatin基因编辑牛肌肉转录组学分析及相关circRNA对牛成肌细胞作用机制研究[D]. 苗曼宁. 天津农学院, 2021(09)
- [9]南海北部盾形陀螺珊瑚的群体遗传学研究[D]. 武茜. 广西大学, 2021
- [10]PCR技术及质谱法在生化药品动物源性成分鉴定中的应用[D]. 李松播. 中国医药工业研究总院, 2020(06)