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在农业审计领域里，没有第二个项目像农业综合开发资金一样要求每年必审，每项目必审，每项目必交审计报告，每三年一度提交全省性的审计综合报告。
但从近年农业综合开发资金管理暴露出来的问题看，也折射出农业综合开发资金审计存在的一些不容忽视的问题，有必要进一步加强农业综合开发资金审计工作。
目前农业综合开发资金审计的问题
（一）缺乏创新
农业综合开发审计工作开展已有十几年的历史了，但农业综合开发资金审计仍停留在财务收支审计的基础上，仅从一个角度去看问题去查问题，是不全面的，难以反映不断出现的新情况。如果审计仍停留在查错防弊的阶段，而不去进行资金效益审计探索，审计工作就会在较低层次水平上徘徊，就跟不上时代前进的步伐。近年部分市县审计机关上报的农业综合开发资金审计报告，基本是查资金在收支方面存在的问题，对在项目管理和资金效益方面的问题几乎未涉及。
（二）审计的力度和深度不够
从近年农业综合开发资金审计工作开展情况看，审计的力度和深度不够。首先是人力时间安排不当。安排审计人员太少、审计时间太短，视作简单的审计工作，未认识到农业综合开发资金对建设新农村、解决“三农”问题的巨大作用。其次是审前调查工作不细。未按审计准则要求认真做好审前调查，导致审计实施方案粗糙，甚至不可行。再次是审计重点不突出。未能抓住审计重点，失去方向。再次是深度不够。工作粗放、蜻蜓点水，未把资金项目管理中深层次的问题挖掘出来，影响审计质量。
（三）未实行审计问题问责制
近年审计署特派员办事处及财政部专员办事处对我省农业综合开发资金进行了审计和检查，发现我省农业综合开发资金存在一些严重的违纪违规问题之后，在对存在问题进行了处理的同时，还建议对有关责任人和当事人进行处理并得到落实。在我省引起较大的震动。这是一个令地方审计机关深思的问题：为什么上级部门的审计和检查的效果就那样好呢？除受审计体制制约的客观原因外，主要是我省一些审计机关未严格实行审计问题问责制。对花了大量审计资源查出的问题，就事论事，未对有关责任人和当事人在违纪违规的行为中应承担何种责任作出严格、明确的确认，致使有关责任人和当事人逃脱了责任，这也是农业综合开发资金违纪违规问题屡查屡犯的原因之一。
进一步加强农业综合开发审计工作的思路
（一）探索农业综合开发效益审计
农业综合开发作为政府支持农业发展、提高农业综合生产能力的战略政策措施，在“三农”问题日益受到重视的今天，其作为公共财政资金的效益情况也同样引起关注。按审计署2003～2007年审计工作发展规划，要求各级审计机关年度审计项目要有一半实行效益审计。所以，如何探索农业综合开发效益审计是摆在审计机关和审计人员面前的一项新的任务。
如何开展效益审计？目前在理论和实践中均有不同的说法和做法。我认为，在目前的条件下，“拿来主义”也许是最好的办法，即农业综合开发资金效益中计应走绩效审计的路子。目前，农业综合开发部门已制定了一套农业综合开发绩效评价指标体系，审计人员可以通过学习、消化、运用、提高，在实践中探索农业综合开发效益审计的路子。
（二）从资金审计向项目审计过渡
只对资金进行审计，就不能完全揭示资金支出所建成的项目内容，也容易给虚假配套、虚列工程量、虚列成本、挪用项目资金提供机会。而如实行项目审计，就能把握资金支出与收益的天平，多少钱办了多少事，通过项目审计就会更加明了。项目审计的最关键的地方，就是对农业综合开发完成量的核实。可以这样说，除了明显的挤占挪用项目资金的违纪违规外，可能有的问题都隐藏在项目的支出中了。与此同时，农业综合开发项目本身已有一套管理制度，审计人员要认真检查其制度的执行情况。所以，不搞项目审计，就容易使审计工作变成走过场，该发现的问题未发现。
（三）适当实行上审下的制度
为了克服由于审计体制上的缺陷，建议适当实行上审下的制度。所谓适当实行上审下的制度，是指在适当的时候实行，平时不实行。农业综合开发资金项目建设期一般是一年，每年都有进行验收的资金项目，三年对年内资金项目实行一次全省性的总验收。鉴于目前审计人员力量，可选择平时由当地审计机关审计，在总验收年由地市级审计机关实行上审下的制度。其理由有二：一是目前农业综合开发县审计机关的地位不超脱，难以完成农业综合开发资金审计任务。当地审计机关的人财物权掌握在当地政府手中，而审计揭露的问题，往往跟当地有千丝万缕的关系，这种利益的冲突是明摆着的；二是资金使用情况，事关地级市乃至全省的农业综合开发工作。所以，在三年一度的总验收年由地市级审计机关实行上审下的制度，有利于让市级审计机关加强宏观经济监督职能的发挥，也有利于促进县级审计机关做好前面两年的审计工作。
（四）实行审计问题问责制度
如前所述，实行审计问题问责制度，主要是为了追究责任人和当事人违纪违规的责任，制止违纪违规屡查屡犯的问题。但如何问责？建议按2005年2月1日起实施的《财政违法行为处罚处分条例》的有关规定执行。
（五）加大审计培训力度
农业综合开发资金审计有其鲜明的特点，一是要掌握熟悉政策法规。虽然仅一项资金，但其有一整套资金和项目管理规章制度，要真正掌握熟悉并能融会贯通是要花时间和刻苦努力的。目前，一些地方已建立了农业综合开发资金信息管理系统，审计人员只要把这个系统掌握，审计就会事半功倍。二是加强项目审计培训。农业综合开发项目主要是进行小水利、机耕路、一般建筑物、绿化、改良农田等建设内容。