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校本课程开发工作目前正在各地如火如荼地进行，一些地方的研究和开发已经向纵深发展，各地也积累了不少有创造性的经验。要科学、有效地开发校本课程，首先要对校本课程、校本课程开发的内涵有正确的理解。
校本课程不等于四课
校本课程与活动课、选修课、兴趣小组、课外活动（下面简称“四课”）之间既有联系又有区别。
联系在于：四课可以转变成校本课程。我国一些校本课程的开发，是在四课的基础上，运用校本课程开发的程序、理念，继承、发展、提升、转化而来的。从这个意义上说，校本课程是四课的进一步发展，特别是一些从学生实际需要出发，根据学校实际情况设置的，具有学校特色并形成一定品牌，具有相对稳定内容和独特功能的四课更是如此。可以说，让四课走向校本课程，也是学校校本课程建设的有效途径。
区别在于：第一，四课虽是全面发展教育的重要组成部分，但由于其长期处于随意的、无序的状态，所以还不能称之为课程，还不具有课程应有的意义，即没有课程意识、课程目标、课程内容、课程实施、课程评价等；第二，一般来说，四课的开设是因教师的主观愿望或教育主管部门的行政要求而进行的，不是从学生的角度，不是基于学生的学习兴趣、爱好而开设的，无法真正满足学生的需求；第三，即使是运用校本课程开发的程序、理念，继承、发展、提升、转化而来的四课，也只是校本课程开发的形态之一，而不是校本课程开发的全部形态。
校本课程不等于综合实践活动课
新一轮基础教育课程改革非常强调在综合实践活动课中要采用研究性学习的方式。在校本课程开发的过程中，有的学校也是设定一个或多个主题，让学生围绕这些主题进行探究，包括查阅资料、实地考察、课堂讨论等环节，然后对探究结果分组汇报。这种做法强调校本课程开发过程中的实践性、探究性、体验性，它完全是将校本课程上成了综合实践活动课。还有一些地方的做法是把校本课程和综合实践活动课这两种课程的内容融合起来，活动时空统一安排，甚至直接提出了“校本课程综合化、综合课程校本化”的口号。
到底两者是怎样的关系？两者可以等同吗？笔者认为，两者既有联系又有区别。应该说，校本课程也可能要运用到探究的手段、方法，但校本课程不一定都要探究，或者说探究不是校本课程开发的唯一形式。如电子琴课、文明礼仪课都有必要让学生去探究吗？都有可能让学生去探究吗？那种把校本课程上成综合实践活动课的做法，是混淆了校本课程与国家课程（综合实践活动课属于国家课程）的区别。
校本课程不等于特色课程
有人认为，“校本课程是针对学校、地方实际开发出来的特色课程”。换句话说，他们认为开发校本课程就是为了形成学校的特色。现实中有的学校确实非常重视校本课程开发工作，但他们完全是出于功利性的考虑，而不是为了学生个性特长、兴趣爱好的发展，也不是为了教师的发展。应该明确，开发校本课程的目的有三：一是促进学生的发展，二是促进教师的发展，第三才是促进学校的发展和学校特色的形成。在这“三个发展”目标中，最重要、最核心的目标是促进学生个性特长、兴趣爱好的发展。那种认为校本课程等于特色课程的看法窄化了开发校本课程的功能，是非常片面的。
校本课程不等于校长课程
有的学校在开发校本课程前没有先对学生的需求进行调查，就凭校长自己主观上对学生需求和对校本课程的理解，凭校长自己已有的教育观念，凭个人的兴趣爱好，开设了所谓的校本课程。这种没有真正关注学生需求的做法违背了校本课程开发的本义，是伪校本课程开发。
校本课程不等于国家课程的延伸
为了兼顾学生的兴趣和考试的需要，也考虑到教师现有的水平和能力，有的学校开设的校本课程多是围绕国家课程特别是国家课程中的主科展开的，如设立了趣味语文、写作技巧、书法欣赏、趣味数学、奥林匹克数学、趣味英语、英语口语、民族音乐欣赏等学科，有人称之为“国家课程校本化”。那么，这种所谓校本化了的国家课程是属于国家课程还是校本课程呢？笔者认为，这些课程的开设确实有利于延伸、拓展和补充国家课程，但就其性质来说仍然属于国家课程。应该明确：国家课程、地方课程和校本课程有其对学生发展的不同价值和功能，不能互相替代，否则就失去了开发校本课程的意义。
校本课程开发不等于让教师自己编教材
在校本课程开发的过程中，如果教师有能力编教材当然是好事，但校本课程开发不要求教师一定要自己编教材，也就是说，编写教材不应该是校本课程开发的终极目标。如果教师没有足够的能力却硬要编出粗制滥造的教材，反而贻害无穷。
校本课程开发不等于增加学生负担
有人认为，现在学生的课业负担已经够重了，加了一门校本课程，学生的负担不是更重了吗？笔者认为，要一分为二地看待这个问题：如果学生所选择的校本课程真正是其兴趣爱好之所在，学生就不会觉得是负担；如果是额外地给学生增加了一门他们不喜欢的课，学生就会感到负担加重了。
校本课程不等于校园文化
两者既有联系又有区别。区别是：校本课程开发的主要目的是为了满足学生个性发展的需求；学校进行校园文化建设的主要目的是为了形成学校特色，主要侧重点是满足学校发展的需求。联系是：当学校发展的需求与学生发展的需求一致时，两者就能相得益彰，形成双赢的势态，此时校本课程开发就为特色学校的形成搭建了平台，学校的传统和优势项目就可以得到充分的利用和挖掘。但即使如此，学校的传统和优势项目也只能是校本课程开发内容的一部分，绝不可能是校本课程开发的全部，更不能因为学校有了传统和优势项目而忽视了对那些学生真正感兴趣的课题的开发。