陈晓佳[1]2000年在《养殖鲍及其杂交子代的生化遗传研究》文中认为鲍养殖在我国水产养殖业中占有重要地位,品种优劣是影响鲍产业发展至关重要的因素。因此根据我国鲍养殖特点,研究鲍杂交育种及其遗传基础,有重要现实意义,同时也为贝类杂交育种理论提供新资料 首先,本文运用聚丙烯酰胺凝胶电泳对我国叁种(含亚种)主要养殖鲍(皱纹盘鲍、盘鲍及杂色鲍)12种同工酶(LDH、ME、MDH、GPI、PGM、IDH、IDDH、SOD、EST、ODH、ADH、AAT)26个基因座位进行了分析。结果表明: 1、EST、PGM可以作为区分叁种鲍生化遗传标记。 2、在所分析的位点中,未发现多态现象,表明杂合子缺失严重,其主要原因可能在于哑基因、近交与自然选择。 其次,运用RAPD技术对叁种鲍之间遗传距离进行了分析,20个引物共扩增出239条DNA片段,分析结果表明:皱纹盘鲍与盘鲍遗传距离较近,为0.3028,而皱纹盘鲍与杂色鲍的遗传距离为0.7333,盘鲍与杂色鲍的遗传距离为0.6911。这与传统分类法中将皱纹盘鲍与盘鲍确定为同种不同亚种的分类结果是相符的。结合杂交亲本的选择标准及叁种鲍的遗传距离,皱纹盘鲍×杂色鲍、盘鲍×杂色鲍是较好的杂交亲本。 第叁,运用RAPD技术对盘鲍(♂)×杂色鲍(♀)的杂文子一代基因组DNA进行分析,结果表明,杂交子一代与杂色鲍之间的遗传相似度为0.8095,远大于与盘鲍的相似度(0.1795)。而且从表型上看,杂交鲍与杂色鲍也比较相似。研究结果还表明,RAPD在杂交预测上的应用是有效的。
周裕华[2]2007年在《人工雌核发育鲢及其近交后代微卫星分子标记研究》文中指出鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国四大家鱼之一,养殖面积大,在我国淡水渔业上占有重要地位。近年来,由于环境污染和缺乏科学的选种、保种,导致鲢一些优良品质的退化。获得抗病强,生长快等优良性状的鲢新品系是育种工作的首要问题。人工雌核发育是一种快速建立纯系的有效手段,常用于优良品种的选育,长江水产研究所从1987年开始采用人工雌核发育结合性别转化技术进行鲢优良品系的选育工作,现已获得了连续叁代人工雌核发育鲢。本研究采用鲢微卫星引物对人工雌核发育鲢及其近交后代进行的微卫星分析,并以野生鲢、养殖鲢、雄鲤做为对照群体。研究结果如下:(1)采用12对微卫星引物对人工雌核发育叁代鲢(CSC G_3)进行了遗传多样性分析,并以养殖鲢,长江野生鲢,雄鲤作对照。对叁个鲢群体进行了遗传参数统计,结果表明:叁个鲢群体的平均等位基因数在1.5833~4.3000之间,平均期望杂合度在0.1036~0.7561之间,平均观测杂合度在0.1136~0.9833之间,平均Shannon指数在0.1744~1.2807之间。分析表明人工雌核鲢G_3遗传多样性水平比养殖鲢,野生鲢均低,同时发现养殖鲢的遗传多样性水平要比野生鲢低。人工雌核发育鲢22个个体的UPGMA聚类树分析表明人工雌核鲢G3个体间遗传距离很小,遗传相似度高,多数个体间遗传距离为零,表明经过连续叁代人工雌核发育,人工雌核发育鲢后代进一步纯化,保持较高的纯度。(2)采用17对鲢微卫星引物对人工雌核发育鲢近交F_2及其亲本进行了微卫星分析,同时以长江野生鲢、人工养殖鲢、雄鲤作对照。结果表明:叁个鲢群体的平均等位基因数范围为2.1~4.0;平均观测杂合度范围为0.2762~0.9588;平均期望杂合度范围为0.2774~0.7360;遗传多样性指数范围为0.4500~1.2258。揭示人工雌核发育鲢近交F_2遗传多样性较低,纯合度较高。从遗传距离来看,人工雌核发育鲢近交F_2与对照群体之间的距离都要大于野生鲢与养殖鲢群体之间遗传距离,表明人工雌核发育鲢近交F_2发生了一定程度的遗传分化。(3)利用微卫星分子标记对人工雌核发育鲢及其近交后代的研究发现,人工雌核发育鲢遗传多样性水平比野生鲢、养殖鲢群体明显要低,表明采用雌核发育技术可以快速建立纯系,达到育种目的,同时为展优良品种选育及品种保存提供理论依据。
徐艳虹[3]2007年在《皱纹盘鲍遗传多样性的研究及遗传图谱构建》文中认为本文通过分析皱纹盘鲍AFLP分子标记的遗传模式,利用AFLP技术对皱纹盘鲍养殖与野生群体进行了遗传多样性及遗传分化研究,并对皱纹盘鲍单对交配的亲本及其F1子代进行AFLP和微卫星作图标记筛选,建立了初步的遗传连锁图谱。皱纹盘鲍3个不同家系(♀467×♂447,♀467×♂431,♀570×♂431)的115个F1代个体,由1对AFLP引物扩增共得到45个位点大小的119个片段。F1代的表型分离比率及显性子代频率,经双侧尾二项式检验和二项式95%置信区间检验,结果显示所有位点的分离比率只有一种可能,并且119个位点全部符合1:0、3:1或1:1的分离比率,没有出现偏分离的位点(P≥0.053),有效表明AFLP标记的孟德尔显性遗传模式。皱纹盘鲍群体多样性研究中,选取的6对AFLP引物组合在8个皱纹盘鲍群体内均能扩增出清晰、可重复的扩增产物,扩增带型差异明显。8个群体的多态位点比率分别为:大连养殖群体48.65%、烟台养殖群体50.50%、青岛胶南养殖群体51.17%、青岛崂山养殖群体50.51%、山东长岛野生群体58.90%、山东俚岛野生群体60.07%、日本岩手野生群体68.92%、大连野生群体54.05%;预期杂和度分别为0.2291、0.2438、0.2442、0.2374、0.2626、0.2723、0.3137和0.2802。与野生群体相比,养殖群体的多态位点比率和杂合度都有不同程度的降低。皱纹盘鲍群体间遗传分化指数Fst为0.036,不同群体间及群体内均存在遗传分化。皱纹盘鲍两两群体之间的遗传相似度范围为0.9623-0.9886,而遗传距离介于0.0115-0.0385之间。根据遗传距离绘制UPGMA聚类图,野生群体和养殖群体各自聚成一支。皱纹盘鲍作图家系的亲本和88个子代个体共产生542个多态并且在一个亲本产生分离的标记(58个微卫星位点、484个AFLP标记):267个在母本中分离,275个在父本中分离(包括部分相同的微卫星位点)。经过顺序邦弗朗尼校正之后,雌性标记中有260个,雄性标记中有265个符合孟德尔分离定律(P≥0.05)。除去偏分离标记,利用其它有效标记分别构建了皱纹盘鲍的雌性和雄性连锁图谱。雌性框架图谱有220个标记定位在20个连锁群上,覆盖基因组的长度为2733.8 cM,平均间隔为13.7 cM;雄性框架图谱有248个标记定位于19个连锁群上,覆盖基因组2860.2 cM,平均间隔12.5 cM。皱纹盘鲍雌、雄框架图的覆盖率分别为83.4%和85.8%。此外,雌性和雄性连锁图谱上有10组连锁群通过共有的微卫星位点对应。
亓海刚[4]2008年在《皱纹盘鲍基因组单核苷酸多态标记开发与应用》文中提出本研究利用皱纹盘鲍的EST序列进行单核苷酸多态(SNP)标记开发;对等位基因特异性PCR(AS-PCR)方法进行了优化,使之适合SNP基因型分析;对一个作图家系开发基因相关SNP标记,并对标记在子代个体中的分离情况进行了分析,探讨了借助SNP在遗传连锁图谱上定位功能基因的方法。对大约5800条EST序列进行拼接,共获得含有4条以上序列的contig 150个,在86个含有单碱基突变位点的contigs中发现SNP 302个,碱基置换类型A/G(C/T)、A/C(G/T)、A/T、C/G的位点数目分别为147、90、21、16个。50个contigs在BLASTx分析后具有匹配(E值小于1E-5),其中的220个SNPs全部为同义cSNPs,位于遗传密码子的第叁简并位。粗略估算,皱纹盘鲍核基因组中SNP的平均分布密度不低于1%。通过扩增DNA pool后产物直接测序共验证了28个SNP。PCR直接测序法操作简单,结果可靠,一次测序可能验证多个位点,有时还可以发现新的突变位点。通过重点研究引物3’端不同错配对PCR扩增的影响,对AS-PCR的引物设计原则及反应条件进行了探讨及优化,发现在AS引物的3’端倒数第二位引入额外的强错配后,AS-PCR检测SNP的特异性会得到很大的提高,从而使AS-PCR可以满足小规模的SNP基因型分析。根据EST-contig或者单一的EST序列设计PCR引物74组,其中43组可以特异扩增皱纹盘鲍基因组DNA。用这些引物扩增一个作图家系的父母本,并对PCR产物纯化后分别进行双向直接测序,在18个基因片段中发现了86个SNP,其中82个是新SNP,并且绝大多数SNP位于内含子序列中。这些SNP在父母本中的基因型,在多数情形下,是一方为纯合(AA),而另一方为杂合(AB);父母本均为杂合和均为纯合的形式则较少。在父母本中杂合形式的SNP位点,理论上可以在子代中发生分离。在每个基因的内含子中选择父母本基因型为AA×AB或者AB×AA的SNP位点,设计AS-PCR分型引物并检测123个子代个体的基因型。在对9个基因中的11个SNP位点(包括5个母本标记和6个父本标记)进行子代基因型分析后发现,2个位点不符合孟德尔1:1分离(P < 0.05),符合预期分离比率的9个位点存在较大可能定位于遗传连锁图谱。通过分析两组父母本标记(F142和M142,F459和M459)发现,在根据父母本序列设计SNP分型引物时,可以设计指向同一基因的成对的父母本标记,从而使两个单亲标记可作为一个共同标记使用。
刘贤德[5]2005年在《皱纹盘鲍遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位》文中研究说明利用AFLP、RAPD和微卫星标记,以皱纹盘鲍日本岩手一个野生雌性个体(J)和中国大连雄性个体(C)杂交F1为作图群体,构建皱纹盘鲍遗传图谱并对生长相关的9个性状进行了QTL分析。亲本和86个子代个体共产生8个微卫星位点,41个RAPD标记,2688个AFLP标记。在这些标记中,有383个(包括365个AFLP标记,10个RAPD标记,8个微卫星位点)是多态标记并在其中一个亲本产生分离:241个在母本中分离,146个在父本中分离(包括部分相同的微卫星位点)。经过顺序邦弗朗尼校正之后,在雌性标记中有232个,雄性标记中有134个符合孟德尔分离定律(p≥0.05)。利用雌雄性的分离标记分别构建了皱纹盘鲍的雌性和雄性连锁图谱。雌性图谱框架图有119个标记定位到22个连锁群上,覆盖基因组的长度为1773.6 cM,平均间隔为18.3 cM。雄性框架图谱有94个标记定位到19个连锁群上,覆盖基因组1365.9 cM ,平均间隔为18.2 cM。性别标记定位到雄性图谱但没有定位到雌性图谱上,推测皱纹盘鲍的性别决定机制可能XY型,其中雄性为异配性别。偏分离标记显示为纯合子过剩并成簇排列,说明这些标记可能与鲍鱼某些基因的不兼容性有关。利用该图谱进行了生长相关性状的QTL定位,在雌性图谱和雄性图谱上,共定位了28个关于壳长、壳宽、肌肉重等生长相关性状的QTL,单个QTL可解释的表型变异为8.0%~35.9%。9个性状的表型相关均达到极显着水平(p<0.001),Pearson相关系数均超过0.81。共检测到4个与壳长和壳宽相关的QTL,均定位到J3、J12、J19和C9连锁群上。与全湿重有关的2个QTL,定位到J1和C1上。与壳重相关的1个QTL定位到雌性第15连锁群上。共检测到4个关于软体部重的QTL,分别定位到J4、J5和C1、C7连锁群上。肌肉和头部重的QTL分别定位到J4和C1连锁群上,其中在J4连锁群上定位了两个QTL。4个关于性腺和消化腺的QTL,分别定位于雌性J1,J5、J10和C9连锁群上。有关外套膜重的4个QTL分别定位到J4、C1、C9和C12上,鳃重的QTL定位在J1和C9上。与生长相关的QTL在连锁图上存在成簇分布的特点,28个QTL主要集中在
程汉良[6]2006年在《几种主要海洋经济帘蛤种质鉴定及种群遗传结构研究》文中提出1.4种帘蛤科贝类同工酶研究 采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对文蛤(Meretrix meretrix L.,1758)、青蛤(Cyclina sinensis G.,1791)、硬壳蛤(Mercenaria mercenaria L.,1758)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum A.,1850)的4种组织(肝、鳃、后闭壳肌和外套膜)的酯酶(EST)、苹果酸脱氢酶(MDH)和超氧化物歧化酶(SOD)同工酶进行了研究。结果表明,不同帘蛤的同工酶谱有明显的差异;同种帘蛤不同组织间的EST和MDH同工酶有一定的组织特异性;EST和MDH同工酶位点丰富,可用于不同物种的鉴定;肝、鳃EST和闭壳肌MDH酶活性较高,是进行同工酶分析的理想材料。 对硬壳蛤5种组织(足、外套膜、闭壳肌、鳃和肝)的酯酶(EST)、苹果酸脱氢酶(MDH)和乳酸脱氢酶(LDH)同工酶进行了比较研究,并对酶谱表型及位点表达进行了分析。结果表明,硬壳蛤上述组织的EST和MDH同工酶存在不同程度的组织特异性,而LDH没有组织特异性。在EST酶谱中,肝组织染色最深,说明其EST活性最高,这与肝脏是重要的消化腺和解毒器官相适应。在MDH酶谱中发现了s-MDH和m-MDH所形成的谱带,闭壳肌的MDH谱带染色很深,这与肌肉需要由叁羧酸循环提供大量ATP相适应。 2.4种帘蛤群体遗传多样性和种间关系及文蛤4个地理种群遗传结构的fAFLP分析 利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对4种帘蛤(文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤)的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ进行酶切,使用6个E+3/M+3引物组合进行扩增,共获得1096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50-456bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681、715、702和694个位点,各物种相应的多态位点比率为76.8%、81.7%、83.0%和75.1%,得到17个物种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.6709),遗传多样性指数最低(0.2360);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低
许新[7]2010年在《杂色鲍微卫星DNA标记筛选和广东沿海养殖群体遗传多样性分析》文中研究说明20世纪80年代末杂色鲍因其生长较快而成为我国南方最主要的养殖鲍。在鲍养殖业迅速发展的同时,由于海洋环境污染,养殖群体遗传结构单一、近交机率增加,同时,海域养殖过度、养殖污染,赤潮频发等外在因素更是严重的制约了鲍养殖业可持续发展。如何增强鲍的抗逆能力,提高其品质和质量,改良种质资源状况已经成为当前我国重要的研究课题。随着分子生物学技术的不断发展完善,分子标记技术不仅用于遗传多样性调查和种群遗传结构分析,也为种质评价、鉴别、溯源提供了条件,同时,也为分子标记辅助育种技术体系的建立奠定了基础。本论文以中国重要海洋经济贝类杂色鲍(Haliotis diversicolor Reeve)为对象,研究了杂色鲍微卫星标记的分离,分析了杂色鲍养殖群体的遗传多样性与遗传分化,主要研究结果如下:(1)由于有关杂色鲍在公共数据库中的基因序列信息比较少,特别是EST序列,且有关杂色鲍的微卫星标记研究方面几乎是空白。故本实验室构建了杂色鲍的肌肉组织和内脏组织的cDNA文库,构建了一个高质量的cDNA文库。共测序获得了8016个表达序列标签(Expressed Sequence Tag, EST),经聚类分析共得到1087个contigs和3694个singletons序列,既4781个unigene序列。比对分析显示1882个EST序列在GenBank数据库中没有同源性,占EST总数的23.5%;2899个EST序列在数据库中有同源序列,占EST总数的36.2%。(2)从4781个unigene序列中,经过软件筛选发现161个ESTs序列共含有173个微卫星,占整个EST序列的3.72%。双碱基重复序列110个,占63.6 % ;叁碱基类型的47个,占约27.2 %.从161个含有微卫星的EST序列中初步选取141条序列用引物设计软件prime prime 5进行微卫星引物设计。其中51对序列由于没有足够的侧翼序列不能用来设计引物,共设计93对引物由上海生工合成。在93对引物中,78对引物扩增出微卫星条带,其他15对引物在不同的温度和Mg2+浓度下不能得到扩增产物(无扩增产物、杂带过多或只能在部分个体中出现扩增产物)。在这78对可扩增的引物中,有53对的扩增产物是预期片段,25对引物的产物远超过预期片段可能是错配的缘故。我们用这53对引物通过上述选取的8个个体用聚丙烯酰胺凝胶电泳来检测多态性。通过检测,19对引物具有多态性。用40个采集样品检测的结果显示每个位点的等位基因数从2个到16个不等,平均为7.84个;观测杂合度介于0.412-0.748之间,期望杂合度的变化范围为0.653-0.846。(3)以7个养殖群体分别来自广东汕头(ST,36个体),汕尾(SW,36个体),惠东(HD,36个体),湛江(ZJ,36个)和徐闻(XW,36个体,深圳野生驯养(SY,36个体)和日本(RB,36个体。实验所采取汕头,汕尾和惠东养殖群体为汕头与日本千叶杂交一代群体的杂交群体。利用7个微卫星位点ZSB2 ,ZSB4,ZSB6,ZSB8,ZSB10,ZSB13和ZSB17的引物进行了遗传多样性和种群遗传结构分析,统计分析了等位基因数、基因频率、杂合度、平均多态信息含量等遗传参数,并检测了群体是否符合Hardy-Weinberg平衡的状况。结果显示:7个位点产生的等位基因数从8-16个不等,共检测到76个等位基因,平均每个位点10.87个。有效等位基因数目范围为3.8-10.8,平均观察杂合度范围0.472-0.914,平均期待杂合度范围为:0.748-0.920。7个群体的每个位点多态信息含量变化范围为0.645-0.889,PIC值均在0.500以上,表现为高多态。相比两个野生驯养的养殖群群体而言,其他5个养殖群体整体存在不同程度的遗传多样性的降低。本研究中Fst值的范围为0.013-0.167。两个野生驯养的养殖群体之间以及与养殖群体之间Fst值都大于0.08,表明两野生驯养的养殖群体与养殖群体之间都存在明显的遗传分化。养殖群体遗传距离与地理距离不相关,可能是杂色鲍人工养殖过程中各育苗厂之间亲鲍和苗种频繁交流交换所造成的结果.从总体上说,杂色鲍养殖群体目前仍具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,可以作为良好的育种材料.
参考文献:
[1]. 养殖鲍及其杂交子代的生化遗传研究[D]. 陈晓佳. 厦门大学. 2000
[2]. 人工雌核发育鲢及其近交后代微卫星分子标记研究[D]. 周裕华. 华中农业大学. 2007
[3]. 皱纹盘鲍遗传多样性的研究及遗传图谱构建[D]. 徐艳虹. 中国海洋大学. 2007
[4]. 皱纹盘鲍基因组单核苷酸多态标记开发与应用[D]. 亓海刚. 中国科学院研究生院(海洋研究所). 2008
[5]. 皱纹盘鲍遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位[D]. 刘贤德. 中国科学院研究生院(海洋研究所). 2005
[6]. 几种主要海洋经济帘蛤种质鉴定及种群遗传结构研究[D]. 程汉良. 南京农业大学. 2006
[7]. 杂色鲍微卫星DNA标记筛选和广东沿海养殖群体遗传多样性分析[D]. 许新. 广东海洋大学. 2010