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深港两地在过去十多年间形成的“前店后厂”的合作模式不仅表明了两地间产业的垂直分工格局和经济关系，还隐含两地间的科技合作方式。它决定了深港两地间以水平转移为主要形式的科技合作方式。十多年后的今天，“前店后厂”、“大进大出”、“两头在外”的松散式合作方式的局限性日渐显露，两地间的科技合作方式也面临挑战。深港科技的进一步合作面临四个问题：
问题之一：两地企业对科技合作的动力和压力不足。深港两地的经济特点和优势决定了两地间的科技发展以适用型的科技为主，这就要求企业在两地科技合作中应处于主体地位。企业选择技术、开发技术和应用技术，其动机和目的不在于推动技术高级化，促进社会科技水平的发展，而是利用技术的高级化来实现其资本的增值，资本增值才是企业推进技术进步和寻求科技合作的真正动因。处于优越地理位置的香港企业具有众多的发展机会，在能给企业主带来丰厚资金回报具有投资规模弹性大、资金回收期短的特点金融、地产、贸易、商业、运输等面前，具有资金需求密度大、风险大、回收期长特点的科技工业显然没有多少吸引力，与香港类似的深圳企业有类似投资趋向，这是一方面。另外一方面，深港仍然具有低层次企业向内地迁移的机会，生产要素和现有生产技术的水平移动使两地企业在同样技术水平下保持其产品竞争力不衰，企业以对低成本生产要素的追求替代了对能带来高附加值的高技术的追求，科技合作的欲望降低。
问题之二：两地科技的互补性不强。其一，两地科技发展水平接近，难以形成“科技洼地”，两地发展科技的相互辐射、带动作用弱小。香港科技发展经历了50年代的形成、产生时期、60～70年代的发达国家技术引进时期和80年代至今的自动化时期四个阶段，其科技发展主要产生在较先进的生产工艺、流程和生产过程的自动化和管理。深圳自80年代初开始主要从香港引进了大量较先进的生产技术和管理经验，随着70%左右的香港企业的转移及转移过程的完成，香港技术特别是制造业技术也已完成了向内地的转移，两地间的科技梯度已大为缩小，其二，从先进科技的内容看，先进的制造业技术超越了传统制造业技术和工厂、车间的边界，它是市场需求、创新设计、工艺技术、生产过程组织和监控、市场信息反馈等工程系统的集合，具有现代设计理论与方法、先进制造工艺、自动控制技术、信息技术和综合自动化与管理技术等构成要素。香港技术主要为西方发达国家的转移、更新技术，在世界科技领域处于中低层次。深圳承接了香港的这种技术，因此两地均处于同一技术层次上。在从科学到生产力的转移过程中，香港拥有产品包装、市场调查拓展、产品销售的优势，深圳可能具有的优势（如能与内地很好结合的话）为科技成果、应用研究。深港两地结合仍然缺乏科技向生产力转化过程中的几个中间环节：产品和工艺流程开发、批量生产、工业配套（包括品质控制、环保等）。中间环节的缺乏是至今两地科技合作进展缓慢的重要内在原因。
问题之三：企业小而多的特点延缓了两地企业成为科技合作主体的进程。小而多是香港企业的主要特点，受香港企业的影响，深圳企业也具有了香港企业小而多的特点。由于企业规模小，人员和资金雇用和占有少，企业难以进行新产品、新工艺的研究与开发，同时，由于资金规模小，承担的投资风险小，无法满足高科技产业化过程中高投入、高风险的需要。由于香港企业的特点和因此而形成的投资经营意识，在发展高科技产业中难以利用香港企业的资金。香港高科技工业村发展缓慢和深圳高科技产品的主力并非来源于香港两例说明这一点。
问题之四：两地人才资源和技术贮备不足。香港作为世界上著名的自由港，科技的研究与开发由于政府的“积极不干预”政策而未得到政府有效扶持，重适用而轻基础研究，“引进”是香港科技的最主要来源，长此以往，形成了今天香港基础研究十分薄弱，技术贮备不足的局面。深圳仅有十几年经济高速发展的历史，本地科技研究力量不足，无法为两地科技合作提供技术来源。如果说在深港科技合作中深圳仍要依赖于内地获得技术来源的话，今后两地合作过程中现存的“三点一线”模式将面临挑战，随着香港与内地间经济关系的进一步密切，香港完全有可能跨越深圳直接与内地合作，利用内地雄厚的科技、人才优势，走一条“香港—内地”两点一线的合作模式，在深港科技合作中，深圳应意识到这种危机。
深圳建成高新科技产业基地目标的实现和香港服务型经济的持续发展均要求加强深港两地科技合作。在上述四个问题上，我们应采取相应的对策，首先是政府的支持，这包括机制的建立和资金、土地、税收等的优惠，将香港企业的资金引投到高科技产业上来；其次，强化内地技术和人才的引进，人才和技术引进的成功与否直接关系到在两地科技中深圳优势的形成，进而影响“三点一线”战略的实施，因此，依托内地雄厚的科技实力是克服两地科技互补性不强的有效途径。