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知识经济的到来，使人类社会进入了一个新的时代——知识经济时代。知识经济的崛起，无疑对社会的政治、经济、文化各个领域将产生很大的冲击，对人们的思想和行为也将产生广泛的影响，对政府的管理也提出了严峻的挑战。作为政府，面对知识经济的挑战，当务之急是重建和完善国家创新体系，使政府和市场互补，科研院所、高等院校和企业紧密结合，切实提高知识生产、应用和传播的效率，增强国家的创新能力。在技术创新活动中，政府应从直接组织技术创新活动为主，转向宏观调控、创造条件和环境、制定法律和法规、提供政策指导和服务上来。政府要从过去直接干预知识的产出过程中解放出来，通过加大对科技的投入，通过制定科技发展规划，制定政策和法律，对创新活动加以引导。政府职能的转变和明确，使得政府对于新高技术产业的发展的宏观指导作用加强。
第一是重塑技术创新主体。企业是市场竞争的主体，技术进步是市场竞争的最主要的手段之一。而目前，我国科技创新的主体是政府而不是企业。政府重要的职能不是直接去扶持大企业，而是要让企业真正成为自主发展的独立运行的主体，亦即要成为创新的主体。因为只有通过企业，才能将各种生产要素组合起来，进行生产；只有企业重视科技进步，才能提高我国的经济技术基础，并进而增强国家的经济实力；只有企业重视创新，才能向科技提出强劲的需求。只有真正确立起企业的创新主体的地位，科技投资主体单一化的格局、经费结构的不合理化、科技与生产脱节的问题才会迎刃而解。政府必须把生产经营权真正交给企业，使企业通过依靠技术进步、知识创新，同高校联姻，达到提高劳动生产率、实现经济集约化增长的目的。其次，政府要帮助企业培养一批懂技术、会管理、善经营的企业家队伍，因为只有企业家才能在技术创新企业化、制度化方面起到积极的推动作用。
第二是创造良好的创新环境。创造一种良好的环境，这是政府在国家创新体系中最基本的职能。首先要制定和完善有关促进创新的法律体系。在执法上，要坚决打击知识侵权和地方保护主义，使国家创新体系牢固地建立在法律的基础上。其次要制定合理的倾斜政策，包括科学研究政策、人才培养政策、技术供给政策、基础设施政策、企业创新政策等，要通过政府行为激励创新。再次，要加强基础设施建设，特别是技术类的基础设施建设，包括科研基地、工程中心、企业的技术中心以及信息网络建设。最后还要创造良好的社会氛围，形成有利于建设国家创新体系的社会舆论环境和重视知识创新、技术创新的社会风气。
第三是加强对政府所属科研院所的改制。目前我国政府所属科研院所数量过多，科研机构规模庞大，由此带来了人均科研经费太低、国家财政压力过大、科技与经济缺乏联系等弊端。同时由于条块分割，各个科研机构是从产品经济的需要出发，由政府和行政单位兴建的，由此造成了机构和专业设置的低水平重复，科研力量分散，科研经费严重浪费，各科研机构之间缺乏必要的联系与合作。各科研院所也存在着重奖励不重专利，重学术水平不重市场水平的倾向。
加强对政府所属科研院所的改造，并非要取消政府的科研机构，而是要在人力资源、设备资源、财力资源上进行重组，组建精干、高效、创新能力强、能迅速占领学术前沿的科研队伍。对有些科研机构，政府可以把它们推向市场，让它们自主经营，自负盈亏，自我发展。科研机构可以充分发挥知识创新的能力，将科技与市场联系在一起，积极推动经济的发展；有的科研机构可以转让给企业，让它们的科研与经济紧密结合，增强企业的技术创新能力；政府要鼓励科研人员“下海”办企业，因为他们有知识、有能力，在企业创新中会有所作为。
第四是政府要建立对人才资源市场的宏观调控体系。知识创新的关键在于具有创新意识和创新能力的高素质的人才，而人才资源的社会拥有者是政府。目前，政府现行的人事管理制度，是高度集权的管理体制，对人才的限制太死，严重束缚了人才的自主流动，造成了许多专门人才想走走不了，想进进不来；同时，我国的人才市场还没有形成完整的体系，职业介绍所的服务也无法律、政策的保障，因此出现了一方面急需的人才短缺，另一方面又有很多的人才浪费。政府要转变的最大职能就是为人才松绑，政府要通过建立人才资源市场，通过市场进行人才资源的合理配置，促进人才资源的合理流动。
第五是加大对科技和教育的投入，培养具有创新能力的高素质的人才，为技术和知识的创新增加后劲。加大对科技和教育的投入，一方面政府要增加投入，要逐步提高教育经费所占GDP的比重，另一方面，政府要通过制定政策，拓宽投资渠道，要突破单一的国家办教育的模式，鼓励社会各方面力量和公民个人投资办学、集资办学、合作办学，形成办学主体的多元化，多元化的办学模式必然推动共同投资体制的建立，形成国家、集体、个人共同参与教育投资的局面。
第六是加强横向联系。包括加强政府部门之间的联系，加强政府与企业之间的联系，加强产业部门和科研院所、高校之间的联系，加强国内与国际技术合作与交流。通过这样一种联系，以增进了解、加强合作，促进各种要素的有效组合。特别是要加强“产学研”的结合，高校和政府、院所的科研项目，坚持由企业中来，到企业中去，才能有利于科技成果迅速转化为生产力。