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一、股东会主导的治理审计
按照代理理论解释，经营者的利益目标与所有者可能不同。在经营者控制公司经营权、信息不对称的条件下，发生道德风险、逆向选择，损害股东利益，股东开展治理审计是维护其利益的一种必然选择。股东会主导治理审计的前提是股东会可以充分发挥其功能，以股东会为公司治理核心，由股东和其他利益相关者委托审计人对董事会、经营者责任审计，审计信息由审计人传递给股东和其他利益相关者。
股东会主导下的内部治理审计是由公司内部审计人开展的治理审计，包括监事对董事会、经营者开展财务审计、绩效审计等，检查评价其财务活动和绩效并向股东会报告；由董事会领导或授权财务总监领导内部审计对经营者责任履行审计。
外部治理审计是由公司外部审计人开展的治理审计，包括独立审计师审计、政府相关部门审计等。
股东会主导治理审计存在的问题：目前缺乏股东层面对董事会代理责任审计这一制度安排。美国ＣＯＳＯ委员会在《内部控制结构》中提出独立审计师要调查控制环境，包含了对董事会调查了解，但并未要求将董事会作为一个特定的实体，对其代理责任和绩效进行审计或考核评价。在法律上、制度安排上如果缺乏对董事会代理责任审计，则股东和其他利益相关者利益容易受到损害。
二、董事会主导的治理审计
股权分散的公司，股东会的控制力较弱，形成了以董事会为核心的治理结构。
董事会包括代表股东利益的董事和代表其他利益主体的独立董事，董事会上对股东会承担治理责任和管理责任，下对经营者代理责任审计。董事会主导治理审计的前提是董事会在公司治理中具有核心作用，董事会的职能到位，董事会与经营者权力制衡合理。在以董事会为核心的控制体系中，可供选择的治理审计途径有：董事会直接领导内部审计、设立专职财务董事并开展财务审计、授权财务总监领导内部审计、建立审计委员会、聘请独立审计师等。董事会主导的治理审计主要开展财务审计和管理审计。
（一）内部治理审计
董事会领导内部审计：内部审计具有监督、评价、控制等职能。内部审计不仅仅是监督，还协助经营者加强控制、改善管理、提高经营效率。建立董事会领导下的内部审计制度，确立新的审计委托关系，通过内部审计实现对经营者再控制。由董事会直接领导内部审计，赋予审计部门较大的权力，可以对整个公司财务活动、经营活动进行审计，有利于审计职能的发挥、改善监控效果。在治理结构规范的公司，董事长与总经理分设，内部审计由董事会领导是较为理想的模式。
董事会委派财务总监并授权其领导内部审计：由董事会决定财务总监人选，委派财务总监领导内部审计并对董事会负责。财务总监领导内部审计，可以加强对公司财务活动的审计控制。财务总监领导的内部审计必须与经营者主导的财务管理独立，这是实施审计控制的基本前提。
由独立董事组成的审计委员会开展治理审计：大股东可以委派董事参与公司管理，开展审计监督；而小股东如何实现其治理权力，是各国法律界、学术界、实业界关注的问题。建立独立董事制度，是小股东和其他利益相关者行使公司治理权力的重要途径。审计委员会的类型有两种：一类是由独立董事组成的审计委员会；另一类是由公司执行董事、管理人员组成的审计委员会。两者在性质上不完全相同，前者是一种外部力量为主导的治理审计模式，后者是一种以内部力量为主导的治理审计模式，审计委员会在财务报告、公司治理、内部控制三个方面发挥功能。审计委员会不参与企业的决策，但审计委员会与内部审计之间关系密切，通过内部审计和外部审计开展的一系列活动促使经营者提供真实会计信息、有效地履行其管理职责。
英美等国资本市场发达，有较为完善的经理人市场，法律制度健全。上市公司股权分散，股东会作用有限，甚至流于形式。在单层治理结构下，不设监事会，而是在董事会设置各种专门委员会进行专业化治理。审计委员会是普遍设置的委员会之一，其成员一般不少于３人。在美国，大公司普遍存在的现象是首席执行官（ＣＥＯ）兼任董事长，经营者权力高度集中，公司治理属于“市场控制主导型”，董事会所属的审计委员会由独立董事组成，是一种外部力量为主导的治理审计模式。审计独立性是开展治理审计的基本保证，由独立董事组成审计委员会，增强了内部审计相对于管理部门的独立性。
各国审计委员会的职责不完全相同，但差异不大，一般包括三个大的方面：财务报告、公司治理、内部控制。具体工作有：对公司财务报告过程进行监督并审查财务报告；选择独立审计师：在审计工作开始前，与独立审计师讨论审计目的、范围和程序，并评价独立审计师工作及其能力；对内部审计负责人考核、评价，指导内部审计，就内部审计、外部审计和内部控制中的重要问题进行磋商，向董事会报告工作；评价财会人员能力，评价管理当局绩效。独立董事组成审计委员会，目的是协助董事会了解有关法律和公司内部审计等问题，提请董事把注意力集中到会计控制、审计控制和财务管理方面，使董事会审计控制功能得以发挥。在英美等国，总的趋势是审计委员会的职责范围逐渐扩大。
（二）外部治理审计
董事会直接委托独立审计师对经营者提供的财务报告审计、对内部控制审计，前提条件是董事会的功能能够正常发挥、保持足够的独立性、以维护公司利益和所有者利益为出发点。否则，独立审计师的独立性和治理审计效果难以保证。独立审计师除了对财务报告审计，还对公司内部控制进行审计。通过独立审计师对内部控制审计，客观上实现了对经营者主导的内部控制再控制。董事会通过内部审计促进独立审计师提高审计效率、效果。
三、监事会主导的治理审计
（一）内部治理审计
德国股份公司以监事会为中心的治理机制，有两大特点：一是职工对公司监控的参与程度很高，人力资本在治理机制占有重要地位，人力资本与货币资本有机结合，使得公司决策比较公开，有利于对经营者监督。公司各利益相关者结成长期契约关系，有助于保持长期合作，成为一种现实而又可行的共同治理模式；二是银行作为公司的主要股东或资金提供者，是公司治理的核心。监事会有权聘任或解聘经理、财务负责人和其他高级管理人员，因而是由股东、公司职工真正行使监督权与控制权的机构。
德国公司监事会是公司治理的中心，因而形成了以监事会为核心的治理审计模式。德国公司监事会的职责与日本以及我国监事会有明显不同，监事会下设执行董事会，执行董事会对监事会负责。德国《股份公司法》规定，监事会是公司股东、职工利益的代表，是公司的监督机构，具有任免执行董事会成员和主席的权力；监督执行董事会成员是否按公司章程行使经营权；对资本增减、筹资与投资等重要财务事项进行决策；审核账簿、核对资产，并在必要时召开股东大会。在监事人选和监事会组成上，监事会成员由股东大会选举的监事、委派监事和职工监事组成，其中股东选举监事、职工监事在比例上有明确规定，监事会主席由监事会成员选举。
（二）外部治理审计
监事会有权聘请独立审计师，监事和独立审计师从不同角度对公司内部控制、财务报告合法性审计，开展绩效审计和管理审计，分别向委托人提供审计信息。德国监事会主导的治理审计模式，审计效果得到各国公认。而在日本和中国，公司治理审计普遍存在的问题是，无论监事审计还是独立审计师审计，审计效果并未得到股东、政府等利益相关者认可。
四、监事会与董事会相结合的治理审计
（一）内部治理审计监事会与专职董事相结合的治理审计。由监事会和董事会对经营者的管理责任进行监督检查，这一治理审计模式在日本股份公司普遍采用。监事会是股份公司的机关之一，其任务是审查董事所执行的职务，评价公司的管理行为和管理决策是否妥当；关注内部控制，防止非法行为；检查信息披露，评价财会人员职能履行等。
日本许多大公司治理模式为“主银行控制主导型”，银行作为公司大股东或债权人，对经营者监控起着主导作用。主银行通过公司往来账户、短期信贷、商业伙伴关系等途径获得经营信息和会计信息。主银行作为公司的股东或债权人，常常派遣人员进入董事会，这些人员成为负责公司财务与计划事务的专职董事（即财务董事）。实证研究结果表明，专职董事主要任务是检查公司财务状况，监控公司重组过程等。
监事会与董事会所属的审计委员会相结合的治理审计。在双层治理结构的法律框架内，公司内部设立董事会、监事会、监事会对董事会负有监督职责。为了发挥董事会监控的功能，董事会中可以再设立审计委员会、财务委员会等专门委员会等，协助董事会开展专门工作。将决策权、执行权、监督权分离，并且相互制衡，防止经营者滥用权力。监事审计与审计委员会监督相结合，内部治理与外部治理相结合，无疑会增强监控力量。中国股份公司治理审计模式尚未成熟，可能的选择之一是监事审计与审计委员会相结合的模式。
监事会与审计委员会相结合的治理审计模式要求监事会与审计委员会进行合理分工、协调，以避免机构重叠、工作重复。这一治理审计模式的选择，主要是考虑法律法规的约束、公司治理的需要。
（二）外部治理审计
由董事会聘请独立审计师或由利益相关者对经营者提供的财务报告进行审计，对内部控制进行测试、评价和鉴证。为了提高监事审计效率和效果，应由外部审计对监事审计进行评价，在这一方面，无论是日本公司还是中国公司，均缺乏对监事审计效率和审计效果的评价，这是制度安排上的不足。
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