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随着化肥深施技术及施肥机具的推广，如何根据本地的自然条件、耕作制度、作物品种，因地制宜地选择最佳施肥深度，也就成了广大农户关心的话题。施肥的深度因肥料的种类不同而有所不同：
种肥 种肥一般是预先埋施在种子下部或侧下部，肥料与种子就要保持适当距离3－5厘米，避免烧伤种子。
追肥 施追肥时植株根须已初步发育，如采用机械追肥，应尽量减少伤根，施肥深度不宜太大，距植株的水平距离侧距也应适当。一般情况下，行间追肥，窄行作物的追肥深度6～8厘米为好，玉米等宽行作物的追肥8～12厘米为好，侧距10～15厘米。
底肥 底肥作用期是在作物生长的后期，这时作物根系已经成熟，植株高大密集，根区追肥较难操作，主要靠播前整地时预埋的底肥发挥作用。底肥深施常为15～20厘米或更深。犁底施肥是一种简便易行的好办法，主要方法有两种：一种是先将肥料撒于地表再犁翻入土。即犁前撒施；另一种是在犁耕作业的同时将肥料施入犁沟，即犁后沟施，两者相比，后者为优。
水田化肥深放主要是施底肥和追肥两环节，在旱耕地区底肥深施可按旱作方法操作；在水耕地区底肥深放必须是施肥与耕翻同步进行，水深为1～2厘米，既不影响耕整作业，又能保证施肥质量。水田追肥目前一般采用人力器械将颗粒状或液态化肥点施或穴施于植株根部。