基因概念的意义分析,本文主要内容关键词为:基因论文,意义论文,概念论文,此文献不代表本站观点,内容供学术参考,文章仅供参考阅读下载。
中图分类号:N02 文献标识码:A 文章编号:1674-7062(2015)06-0025-07 基因作为分子生物学中最重要的概念之一,从其产生至今已经经历了一个多世纪的发展。伴随着这一个多世纪中科学技术突飞猛进的发展,人们对基因结构和功能的研究也取得了重大的成果。然而,基因究竟是什么,人们到底应该如何定义基因,却在这些不断出现的成果面前变为一个大难题。 正如迈尔(E.Mayr)所言,“学习一门学科的历史是理解其概念的最佳途径。只有仔细研究这些概念产生的艰难历程——即研究清楚早期的,必须逐个加以否定的一切错误假定,也就是说弄清楚过去的一切失误——才能有希望真正彻底而又正确的理解这些概念。”[1]因此,文章首先分析了日常概念下,大众科学对基因概念理解的误区。之后,重点讨论了基因概念语义变迁的发展史,尝试厘清基因概念发展过程中的语义变化,以期对基因概念本质的讨论有所帮助。 一、基因的日常概念——一种大众科学的误区 概念作为人类和客观世界相互作用的结果,是人类通向未知领域的桥梁和阶梯,它包含了人类思想的奥秘。任何一个概念都结晶了我们对这个世界的认识。虽然,概念已经是人类认识活动中十分稳定的结构,但是,所有的概念都仍随着人类认识的发展处在不断地变迁中。基因的概念也同样如此。 根据人类认识和实践活动领域的不同,概念的形成也有不同的途径。例如,有些概念来自于人类的日常生活。如声、光、力、生命等。有些概念直接来自于科学的创造。如电子、夸克、光合作用、基因等。前者通常是以对事物的外部特征或实用属性的概括为依据。起初,它只为解决人类生活的需求而产生。我们称其为日常概念。后者是人类在对客观世界认识的科学活动中的结晶。它往往能反映事物的本质属性,是为了满足人类进一步认识客观世界的需求而形成。我们称其为科学概念。然而,无论是哪种概念,都会随着科学技术地进步、人类对世界图景认识的转变以及科学理论的发展而发生转变。 基因的概念最初就来自于科学创造,它作为一个科学概念指称具有遗传特性的物质。而随着科学技术的发展以及社会认识的进步,基因对于任何一个接受过初等教育的人来说,都是一个科学常识。基因又变为一个日常概念。(陈嘉映并不认为这是科学概念转变成日常概念,而称其为多数人了解的科学概念,或者是日常话语借用了某些科学词汇。)[2]但是,显然基因这种日常概念的科学常识表述与现代遗传学中基因概念表述的意义是绝对不同的。“基因”在日常生活中是怎样被人们所理解的?与当代遗传学中“基因”概念的内容和意义有什么区别?我认为,下面的几个问题应该是我们需要讨论的。 (1)基因——绝对的预言者 在日常生活中,当人们谈到基因时,它往往表示一种决定或控制某种性状的物质,它总是必然地限制生物的性状,并且生物所有的性状都被编码在基因中。当人们谈到“某某基因”(例如犯罪基因等)时,其实就包含了某个基因作为一个独立的个体,并且相对应地决定了该种性状的意义。因此,当某一个体的某种性状或性能的表现超越了或未达到人们的某种期望时,我们就经常会说“某某基因优良”或“某某基因不优良”。这些都表明了,在日常生活中,基因往往被看作是性状或性能的决定者。然而,在分子遗传学中,基因是否是独立的片段,单个的基因是否能够对应于某种特定的表现型?答案显然都不是肯定地。在分子遗传学中,当遗传学家谈到某个基因,或把某种性状归因于某个特定的基因时,那也仅仅只是为了实验研究而采取的一种语言上的方便表述。在分子遗传学中,出现这种方便式地语言表述在于研究者们有专业地技能对这种方便表述的科学内涵进行区分。 正如上文所言,日常概念是以对事物的外部特征或使用属性的概括为依据,是为了满足人类生活的需求而形成。因此,日常生活概念就具有实用性和含糊性的特点。[3]基因的日常概念就以其实用特性来反映基因与日常生活相关的遗传属性。从而就产生了某种基因决定或控制某种特性的表述。日常概念实用性就自然地会带来其含糊性。对概念实用性的要求就必然会带来认识上的不精确。因此,基因的日常概念也就不要求其反映基因的本质属性,而只要求其与常识不相矛盾,便于使用即可。有时候对日常概念的精确定义,反而对其日常运用是有害的。 (2)基因与DNA相互混淆 究竟DNA或基因的化学本质是什么?基因是DNA的一部分抑或基因是DNA上有遗传效应的功能片段?日常生活中人们几乎不对其进行区分,往往是将其混为一谈。人们只会谈论“种瓜得瓜,种豆得豆”的生物界遗传规律。但遗传物质的本质属性是什么的问题已经超越了其日常概念的范畴。例如,进行亲子鉴定时,我们可称其为“DNA检测”,又可称其为“基因检测”。究竟检测的是DNA核苷酸的序列,还是DNA上有效片段的编码序列?日常生活中,我们从不精确其定义。也正是这种概念上的含糊性明确了其对遗传信息检测表述的实用性。 (3)对基因物质实体的忽视 日常概念的含糊性从来就不要求其对事物本质属性的反映。基因的日常概念同样如此。对于基因是否是连续的、独立的、线性排列的DNA片段,甚或是基因的化学成分是什么的问题都不在其日常概念的范畴。即便是现在的中学教育中,对基因实体的认识也仅限于其基本结构的化学本质。 通过以上的论述可以发现,虽然,基因概念最初来源于科学的创造,但是,伴随着社会认识图景的改变,基因概念经历了一个常识化的过程。然而,无论基因日常概念与科学概念二者之间的距离有多远,日常事物与科学事物之间的连续性,都要求我们使用相同的术语对其进行表述。这时候,理论越远离经验,基因日常概念在人们日常生活中实用性地描述作用反而越重要。 二 基因概念的语义变迁 遗传和变异是生命有机体的基本现象之一。长期以来,对遗传和变异机制的探讨和争执,一直为人们所关注。究竟是从什么时候开始,人类就意识到性状特征世代相传和遗传的问题,这无史可查。但是,史前期人类对家禽、家畜的驯养,就说明从那时起人类已经开始有意识或无意识地注意性状选择。直到古希腊时期,人类就已经很明确地意识到进化和遗传的问题。 在这里我们主要讨论基因语义变迁过程中的三个阶段:古希腊时期人们对遗传问题的主要观点和认识;从19世纪60年代后,颗粒遗传学说提出到DNA双螺旋结构发现过程之间的5个经典案例;DNA双螺旋结构发现之后,当代分子生物学中基因概念语义的发展。 (1)古希腊时期人们对遗传问题的主要观点和认识 古代关于遗传概念的意义与现代是完全不同的。遗传只是指生育具有相同特性或相似特性的同类后代。这是无法用现代生物学的词句来解释的。古希腊初期,遗传的概念包括了体质和精神这两方面的特征。到了希波克拉底、亚里士多德以及他们之后,人们注意到特性、畸形和疾病等的遗传问题。在古希腊哲学中,这类问题是同生殖以及男女双方在生儿育女中所起作用等臆想紧密结合在一起的。但是随着医学,特别是解剖学知识的发展,逐渐澄清了关于男女配偶在生殖、受精中所起作用的这类观点,以及性分泌物对新个体生成的重要性的观点。古希腊人就试图对这种现象给予哲学的说明。其中最具代表性及影响力的有希波克拉底学派的泛生理论以及亚里士多德的内在目的论的论题。 希波克拉底和他的学派中的许多人提出了一个原理,即生殖物质来自于身体的每一个部分。这一新的原理为研究遗传问题,提出了许多完全不同的方法。他们着重强调生理活性液体(体液)是遗传性状的负荷者。例如,在《论生育》中就有写道“男性精液是由体内所有体液形成的”,“精液是从身体的硬的和软的各个部分中抽取出来的,是从体内各种体液中抽取出来的。体液有四种:血液、粘液、黄胆和黑胆,它们都是与生俱来的。它们是疾病的来源”[4]。从以上的文字就可以看出,当时人们认为体液可以把双亲的性质传递给发育的孩子。同时,他们还提出了与早期学说相反的一个观点——男子和妇女都有参与男女性别形成的生殖物质。两种性别在功能上是相等,它们以同样的方法对精液的形成起作用。 可以看出,当时的这些说法已经很接近当代遗传学中关于性别决定的两种根本性见解:生殖物质和性别决定因子,具有发育成任何一种性别的潜力。更重要的是从这些说法中,我们可以看到,在公元前500年到400年之间,希腊人关于科学思想发方法已经发生了明显变化。他们从最初的哲学猜测开始,逐渐发展到对科学定律的认识。遗传物质的概念也由最初的完全臆想,发展到精液将双亲的可遗传特征传递给下代。 亚里士多德是第一个对泛生说提出批判的思想家。他认为泛生理论不能解释上几代比如祖父母的特征也可以遗传下来,也不能解释上下代之间在声音、指甲、毛发和行走姿态方面的相似等。他根据自己的经验和观察提出了内在目的论的论题,并强调用辩证的术语进行概念分析。他强调一个个体的内在本性决定了这个个体的发育途径,而不是发育途径决定了个体的本性。也就是说,个体的天性是在先天赋有规律决定的发育过程中实现的。他把支配一个个体的本性的动力原理称之为“形式因”。这是这个形式因在发育过程中控制了物质,并使物质成型。与柏拉图的外在目的论不同,柏拉图假定一个超自然的存在,有一个主宰宇宙的万能的上帝。但是,亚里士多德则认为,自然是具有内在目的的,宇宙是一个有机的统一整体,它的一切创造物是合目的性的。例如,燕子做窝,蜘蛛结网,植物长叶子等,无意图也可能有目的。[5] 通过对亚里士多德的分析,我们可以发现,他提出的“先天赋有的规律”或“形式因”,本质上已经很类似于现代遗传学中的DNA指导蛋白质合成的遗传程序——胚胎包含有生物体各个部分的发育程序,并控制着各个部分的生长发育。这一点是亚里士多德与他的先驱者所不同的。之前的人们只是注意性别的区分和子代与亲代相似的程度,而亚里士多德已经开始注意特殊性状和一般性状的遗传本性,并试图用精液传送的运动成分所固有的不同结合力来加以解释。 亚里士多德对遗传理论的另一个创新是,他首次将先天的、能动的运动归因于母亲月经血中所含的物质。在此之前,月经血仅仅是被动得到的和接受形式的本原,精液才是能动地起作用的、赋予形式的本原。这样一来,把形式因和物质之间的对立就变得模糊了。 总而言之,亚里士多德对遗传问题的主要贡献是收集了他那个时代关于生殖和遗传的各种看法,并按目的论的思路作了系统阐述。将遗传的概念由最初的只关注于生殖物质和性别决定因子,推进到尝试对遗传程序的思考。 (2)从泛生论到DNA双螺旋结构 自古希腊之后,人们对遗传问题讨论的重点一直没有离开弄清楚人和动物精液的来源,以及性在生殖、受精和遗传方面的作用。随着解剖学和外科学的发展,17世纪的哈维发现血液循环的动力学,扩展了人类关于生理学的知识,促进了人类对胚胎的认识;随着显微镜技术的发展,一些生物学家,提出了遗传机制的预成论和渐成论假说等。这些认识及假说在人类认识遗传物质及遗传机制的过程中都曾起到过积极的作用。但是,所有的这些讨论都没有脱离形而上学的意念层面。直到19世纪60年代,生物学家和遗传学家从各自工作的立场出发,提出了颗粒遗传学说,使得人类对遗传问题的认识实现了突破。我们主要通过表1中的5个案例来讨论这一阶段中基因概念的语义变迁。当然,在这一段时期中,还有许多重要的实验和理论都为基因概念的发展做出了不小的贡献。但是,表1中的5个案例,作为关键的案例,都可以突出地反映出当时基因概念的语义特点。 由表1可以看出,随着生物学纵向理论的发展,基因从假定的“泛生子”和承担专一遗传作用的“种质”,到孟德尔实验中推导出的遗传因子,再到摩尔根通过果蝇杂交后代中出现的重组频率推导出基因重组的存在,把基因落实到染色体上作直线排列的颗粒。最后,到DNA双螺旋结构模型的建立,人们最终找到了遗传和发生变异的实在物,找到了生物遗传和变异的机制。 (3)当代分子生物学中基因概念的发展 通过上面的讨论中可以看到,基因作为遗传学的基本概念经历了其自身的发展历程。从简单臆想到抽象假定,从对事物表面现象地狭隘归纳到对经验事实地统计概括,从约翰逊第一次提出基因的名词到双螺旋结构模型的发现,随着相关科学理论和技术的发展,基因概念的内容变得日益丰富化、具体化和纯化。直到20世纪60年代,基因由最初一个抽象的名词,成为一段具体的,可以编码蛋白质或RNA的双螺旋结构的DNA序列。虽然,1961年雅克(F.Jacob)和莫诺(J.Monod)发现了有些DNA片段不编码任何产物,但是,当时的许多生物学家们都非常乐观地认为,基因已经被成功地还原到分子水平。虽然,还有一些具体的问题需要解决,但是,基因作为一个实体已经毋庸置疑,对生命的研究需要从基因入手。就像克里克曾认为:根据物理学和有机化学解释生物学将会是当代生物学运动的最终目标。[6] 但是这一段时期并没有持续太长时间。从20世纪60年代开始,跳跃基因、断裂基因、重叠基因、垃圾基因……相继被发现。这些分子生物学中的新发现,都造成了对基因概念语义的挑战。如下图所示: 图1 分子生物学中基因概念的语义变化 还有假基因:与功能基因具有相似的序列,但由于个别位点的突变导致失去了原有的功能;套装基因:一个基因包含于另一个基因的内含子之中;组装基因:不同的DNA序列在生物体生长发育的过程中重新组合成一个新的基因…… 总而言之,人们对基因的结构和功能了解的越多,反而越不了解基因究竟是什么。基因不再是具有固定的位置,不再是连续的片段,不再是彼此分离的片段,也不再是具有独立确定的产物。相信,随着科学技术的发展,人们对基因的结构和功能还会有新的认识。那么,究竟我们该如何对待基因的概念。 有的人提出,用其他的概念来取代基因的概念。例如,用基因组的概念代替基因。但是,这种整体主义的探讨方式只能起到一种思辨的意义,对于遗传学具体的实验研究并没有实际的指导意义。因为,无论我们如何的谈论基因组的概念,都无法避免我们对基因具体组成、结构和功能的分析研究。还有一些生物学家提出其他一些新的概念。例如,布罗希(J.Brosius)和古尔德(S.J.Gould)提出一个新的单位——纽恩(nuon),用它来代表任何具有结构或功能的DNA片段。同样,这些概念都无法替代基因在遗传学中的作用。 一个科学概念之所以有价值,是因为它有助于具体的研究。虽然,约翰逊提出基因概念的时候,并不承认基因的物质性。但是,他将基因作为一种计算或统计的单位,满足了表明遗传单位技术术语的要求。因此,基因一词通过常规化的过程很快地成为遗传学范式的基本要素。之后,随着人们对基因结构和功能的认识,基因的概念不断地得到丰富,也不断地受到挑战。但是,无论怎样,基因作为遗传学范式的基本要素,一直在被使用,也丝毫没有被摒弃的迹象。事实上,到目前为止,我们并不能根据DNA的序列确定其编码序列。再者,如上文所言,编码的序列也不是单一的,固定的。因此,我们还是只能由编码序列表达的产物来确定编码的序列。换句话说,不是通过基因来确定产物,而是通过产物来认定基因。这一点就很类似于摩尔根在1993年,接受诺贝尔奖时所说的:“在遗传学家当中,对基因是什么——它们是真实的还是纯粹虚构的——并无统一的意见,因为在遗传实验的水平上,不管基因是假想的单位,还是一种物质颗粒,并不会造成最轻微的差异。”[7] 也就是说,基因的概念由最初的理论构建又重新回到了最初的理论构建。然而,无论如何,基因概念都经历其自身的发展与进步。我们认为,这种发展和进步与基因概念解释语境的变化是无法分离的。 三 基因概念解释语境的变迁 纵观生物学历史的发展,生物学解释模式的多样性是其学科进步的一个重要因素。如果按照解释类型的划分,生物学中有适应解释、发生学解释、目的论解释或功能解释、因果解释等。[8]其中,适应解释是进化生物学家持有的模式。它关注个体性状与适应性的问题。如索伯所说:“适应解释首先而且更重要的是一种研究纲领。适应主义的纲领应做如下理解:大多数种群中的大多数性状都可以通过一个在其中仅考虑选择因素而其他非选择因素被忽略的模型而得到解释。”[9]发生学解释又被称为历史解释。它通过对特定历史事件的具体分析,来论证特定的生物学理论。这种解释模式往往处于古生物学的研究传统中。目的论解释或功能解释是以整体论的思维特征为基础,通过对生命现象不同层次的分析,实现对生物体整体特征的解释。它属于生物学中博物学的研究传统。因果解释的模式强调因果决定的演绎特征,它关注于不同层次理论间的逻辑演绎,认为解释就是从解释项中合规律地导出被解释项的一种逻辑关系。它是分子生物学的一种研究传统。 不难看出,不同的生物学解释模式是由研究者的专业领域以及其所处的社会背景、历史背景、理论背景等因素限制的。生物学解释模式的多样性本质上是由生物学解释语境的多样性决定的。每一种解释模式都是在其特定的解释语境下,对其理论的语境性分析。同样,基因概念的发展也离不开其解释能力的进步。而这种解释能力的进步正是建立在其解释语境的变迁之上。 孟德尔通过豌豆杂交实验,实现了基因概念语境的确立。这个实验的成功主要在于其精密的实验设计以及复杂的统计学定量分析。虽然,直到20世纪后,孟德尔遗传定律才被重新发现。但是,这种科学的实验方法却开创了生物学研究转变的先河。在近代第一次科学革命时期,科学的方法进入了科学家以及哲学家的视野。同时,化学和物理的方法进入生物学实验的研究中,奠定了在这一阶段中,基因理论分析的语境基础。例如,缪勒(H.J.Muller)通过使用X射线对果蝇的照射发现了突变的性质。格里菲斯(F.Griffith)、艾弗里(O.Avery)等通过肺炎双球菌的体内、体外转化实验确定了核酸为遗传的物质基础。在这一阶段中,物理、化学的方法在生物学中的使用引发了生物学解释的突破。人们对基因的解释由最初归纳分析的模式进入了物理化学分析的解释模式。因此,当时的生物学家大多数都持有一种强烈的信念:只要将物理和化学的方法应用于最简单的生物体上,生命的原理就能得到解释。在当时,分子生物学也被定义为综合应用物理学、化学和遗传学研究生命过程的科学。[10]然而,由于当时认识水平的限制,人们对基因的解释并没有真正进入分子水平的因果解释模式。 孟德尔遗传因子的确立拉开了基因理论分析模式解释的序幕。但是,直到DNA双螺旋结构的确立才开启了基因理论分子水平因果解释模式的新时代。DNA双螺旋结构的确立不但符合之前所有解释对基因的描述,成功的承袭了对基因已有的解释,同时还打开了生物学解释领域一扇新的大门。DNA双螺旋结构确立之后,克里克在1958年提出了分子生物学的理论基础——中心法则。之后,生物学家用A、T、C、G四个字母表示DNA链上的四种碱基。并且,在任意一段双链DNA上都满足A+T=C+G,A=T、G=C。四种碱基可以以任意的序列排列。碱基排列的多样性以及特异性决定生物体性状的多样性和特异性。与此同时,“遗传密码”的概念自然地被引入。每三个连续的核苷酸组成一个三联体,对应于蛋白质的一个氨基酸。并且,所有的生物都遵循同一套遗传密码。所有的这一切都为形式化的逻辑体系在基因研究中的成功引入奠定了基础。形式化逻辑体系在基因研究中的确立就使得生物学家可以通过对符号形式的分析研究解释微观的生命现象。DNA芯片、PCR技术、生物信息学等基因技术与理论都是在这种形式化逻辑体系的基础上存在和发展的。在这一阶段中,生物学家对基因的研究虽然早已进入了复杂性的阶段,对任意基因的研究都必须采用综合的手段。但是,还原主义的解释模式依然是这一阶段研究的基础。物理、化学的层次依旧被认为是解释的起点。 随着人们认识水平的进步,人们对基因结构和功能的认识也越来越透彻。如,跳跃基因、断裂基因、重叠基因、垃圾DNA、蛋白质修饰……一系列的新发现。这早已使得基因与性状之间不再是一对一的关系,DNA片段与DNA片段之间不再是独立的关系……随着对基因研究内容的深入和研究范围的扩大,之前实验室的研究模式已经被如今大规模集约型的研究模式所替代。很多时候出现的都是多个实验团队之间合作的模式。此时,人们不仅提出了“基因组”的概念,甚至还提出了“后基因组时代”的概念。“‘后基因组时’代并不意味着人们已经知道了所有生物种类的基因组序列,而是说应该在测定基因组序列‘后’开展研究。”[11]在这一阶段中,生物学家对基因的研究已经从局部观发展到了整体观,由之前的逻辑演绎的线性思维发展到系统论的复杂性思维,从之前的注重还原分析的方法发展到分析综合相结合的方法。 综上所述,对基因的研究经历了归纳分析、化学分析、分子水平的解释模式、形式化的逻辑分析、分析与综合相结合的方法等阶段。通过分析,我们可以发现,在每一阶段中,生物学家对基因的研究都是在其特定解释范围的平台上展开的。特定解释范围的解释平台就构成了基因分析的解释语境。正是这种特定的解释语境规定着生物学家对基因的解释与描述。也正是在这种特定解释语境的变迁中实现了基因概念的发展。基因概念的意义分析_基因合成论文
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