朱庆, 李亮[1]2003年在《不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析》文中提出利用家禽基因组中的10个微卫星标记,对位于不同地区6个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析,并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明,各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富,并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离,UPGMA聚类分析表明,黑凤乌骨鸡与白凤乌骨鸡最先被聚在一起,四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类,草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。
李亮[2]2001年在《不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星分析》文中提出本研究利用选自家禽基因组中的10个微卫星（Microsatellite）标记，对四川7个乌骨鸡种群及一个非乌骨鸡种群在这10个微卫星标记座位上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量（PIC）、各群体的遗传杂合度（Heterozygosity）、群体间的遗传距离等进行了分析，并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了UPGMA聚类分析。 结果表明，所选择的10个微卫星标记在所检测的群体中均表现出较好的多态性，每个微卫星标记平均检测到4.2个等位基因（2—6个），10个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.5154（0.3587—0.5853）。乌骨鸡群体的各项指标与非乌骨鸡群体（海兰蛋鸡，HL）有较明显的差异，如乌骨鸡群体在10个微卫星位点的平均群体杂合度从0.5383（四川山地乌骨鸡白羽系，SB）到0.6659（黄忠山地乌骨鸡，SC），而海兰蛋鸡平均杂合度仅为0.3685，所计算的遗传距离和聚类分析结果也表明了乌骨鸡与非乌骨鸡群体间较大的遗传差异。各乌骨鸡群体内较高的遗传杂合度表明不同乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。对遗传距离的计算结果表明各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离，以四川山地乌骨鸡白羽系与草科乌骨鸡（CK）间的遗传距离较高（0.2118），而黑凤乌骨鸡与白凤乌骨鸡间的遗传距离较低（0.0298）。UPGMA聚类分析表明，黑凤乌骨鸡与白风乌骨鸡最先被聚在一起，四川山地乌骨鸡黑羽系与黄忠鸡场山地乌骨鸡被聚为一类，草科乌骨鸡与绿壳蛋乌骨鸡被聚为一类。这些聚类结果与根据形态学及育种历史等进行的预期结果基本一致，表明微卫星标记适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究，是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。
朱庆, 李亮[3]2002年在《四川地方乌骨鸡种群遗传变异的微卫星DNA分析》文中进行了进一步梳理利用10个微卫星标记,对四川不同地区5个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析,并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明,各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富,并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离,UPGMA聚类分析表明,四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类,草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。
张晶鑫[4]2007年在《中国13个地方乌骨鸡品种遗传多样性研究》文中指出本研究分析了中国13个地方乌骨鸡品种在30个微卫星位点上的遗传多样性。计算了等位基因频率、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量等指标。并利用两种遗传距离(DS、DA)和两种聚类方法(UPGMA、NJ)分别进行聚类分析。结果表明:1共检测到248个等位基因。其中等位基因数最多的位点为ADL136、LEI0094:12个;最少的为MCW150:4个;平均等位基因数为8.2667,平均有效等位基因数为4.1403。2 30个微卫星位点均表现为多态性,平均多态信息含量为0.6851,其中有17个标记的PIC值在0.7以上,除ADL201、MCW147、LEI0166位点为中度多态外,其余27个微卫星位点均为高度多态。3各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富,并具有较高的选择潜力。平均期望杂合度最高的是略阳鸡,为0.6954;最低的是旧院黑鸡,为0.6410。4平均基因分化系数Fst为9.95%,表明9.95%的遗传变异源自品种间的差异,而另外90.05%则因个体的差异而产生。除MCW0330位点为杂合子缺失外,其它29个位点均为杂合子剩余,13个乌骨鸡品种在30个微卫星位点上的基因流为2.2628。5两种遗传距离得出的结果完全一致,遗传距离最近的是金湖乌凤鸡与丝绒乌骨鸡,分别为0.1552(DS)和0.1459(DA);遗传距离最远的是金湖乌凤鸡与旧院黑鸡,分别为0.4419(DS)和0.4337(DA)。6两种聚类方法得出的聚类结果基本一致,13个地方乌骨鸡品种均被聚为5个类群。金湖乌凤鸡、江山乌骨鸡、丝绒乌骨鸡、兴文乌骨鸡聚为一类;盐津乌骨鸡、沐川乌骨鸡、郧阳白羽乌鸡聚为一类;略阳鸡、丝毛乌骨鸡聚为一类;唯一的区别是余干乌骨鸡在UPGMA聚类中与旧院黑鸡聚为一类,而在NJ聚类中与竹乡鸡、乌蒙乌骨鸡聚为一类。
向德标[5]2008年在《雪峰乌骨鸡遗传多样性与起源分化研究》文中提出雪峰乌骨鸡是湖南省优质肉药兼用地方品种,具有抗逆性强、药用价值高、肉质细嫩、品味特佳等特点.对雪峰乌骨鸡的遗传性能与群体结构的研究具有重要的学术价值和经济价值。为了研究雪峰乌骨鸡的起源、进化及遗传多样性,本研究通过对雪峰乌骨鸡95个个体线粒体DNA的提取,PCR扩增D-100p区序列并进行测序分析。结合GenBank中提供的56条家鸡和原鸡的mtDNAD-loop区序列,应用分子进化遗传分析软件MEGA version 2.1进行序列比对:利用Dnasp4.0软件进行单倍型多样度,核苷酸多样度、核苷酸差异均数等分析;应用MEGA 4.0软件以Kimura双参数模型构建系统发育树;运用Network 4.0软件绘制所研究个体所有单倍型的中介网络图,研究各单倍型可能的进化途径。主要结论如下:1、首次获得11条雪峰乌骨鸡mtDNA D-loop区基因序列,长度为539bp。所测序列己被Genbank接收,序列号为:EU598205、EU598206、EU598207、EU598208、EU598209、EU598210、EU598211、EU598212、EU598213、EU598214、EU598215。2、雪峰乌骨鸡mtDNA序列539bp存在13个单倍型,同标准序列(序列号NC001323)相比较,得到25个变异位点,所有序列变异位点只有颠换(transversion)发生,没有发现转换、缺失和插入变异,平均颠换发生率为4.638%。3、在雪峰乌骨鸡和其它鸡种的23种单倍型中,单倍型H1、H3、H5为主体单倍型;在雪峰乌骨鸡中存在7种独特的单倍型(H11-14、H19-21)。4、雪峰乌骨鸡的单倍型多样度(H)为0.97500,核苷酸多样度(P_1)为0.01364,核苷酸差异数(K)为7.32500,结果表明:雪峰乌骨鸡与其它家鸡相比,有着较为丰富的遗传多样性。5、根据序列间的遗传距离构建的NJ进化树,雪峰乌骨鸡13个单倍型共分为四支进化方向,由此推断雪峰乌骨鸡可能有四个不同的母系来源。6、雪峰乌骨鸡、余干乌骨鸡、盐津乌鸡之间表现出较近的遗传关系,它们与原鸡之间的遗传关系较其它群体与原鸡之间的遗传关系相对要近。7、雪峰乌骨鸡与余干乌骨鸡、盐津乌骨鸡乌可能共同起源于泰国红色原鸡、老挝原鸡和越南红色原鸡,并且在进化的过程中和其它家鸡有一定的基因交流。
王帅豪[6]2012年在《淅乌骨鸡群体遗传多样性及绿壳蛋性状相关基因SNP分析》文中认为淅川乌骨鸡原产于河南省南阳市淅川县，具有“乌喙、乌胫、乌皮、乌骨、乌肉”等特征，所产蛋的绿壳比率高（73%），目前已经被认证为国家地方鸡遗传资源，被收录在《中国畜禽遗传资源志-家禽志》。本研究分别对同一淅川乌骨鸡群体在产蛋初期的不同周龄进行了蛋壳色素变化规律研究，验证了其蛋壳色素类别。采用微卫星标记手段对该群体进行了群体遗传多样性分析，并计算了与丝毛乌骨鸡和卢氏绿壳蛋鸡之间的遗传距离，并与该群体22个体尺、蛋品质性状、蛋壳颜色进行了关联分析。混合DNA池法对绿壳蛋性状相关基因血红素加氧酶‐1进行了SNP扫描分析，并与蛋品质性状关联分析，探讨了其遗传通路和代谢机理。研究结果如下：（1）对淅川乌骨鸡群体在23周、25周、27周、31周四个周龄所产绿壳蛋进行蛋壳色素含量测定，结果表明：蛋壳色素含量在波长350nm-750nm区间内吸收曲线符合文献报道的蛋壳色素紫外分光光度吸收曲线。在410nm-420nm处有明显的波峰，最高峰在410nm-580nm之间，另在680nm左右有不太明显的小波峰，波峰比较平稳。与文献报道中胆绿素的光谱和原卟啉的光谱相符，说明淅川乌骨鸡蛋壳色素的主要成分是胆绿素和原卟啉。（2）对不同周龄蛋壳色素紫外分光光度吸收值比较发现，随着周龄的增加，27周、31周两组内色素含量明显高于23周、25周两组的结论（P<0.05）。同时发现，胆绿素的含量随周龄增加呈稳步增加态势，而原卟啉的含量在稳步升高后，在27周后有所下降，但仍旧略高于前两批（23周龄和25周龄）。（3）16个微卫星位点在淅川乌骨鸡、丝毛乌骨鸡和卢氏绿壳蛋鸡叁个群体中进行遗传多样性分析后发现。叁个群体在基因频率数上存在差异，在相同位点和相同基因型上也存在着差异，淅川乌骨鸡在16个微卫星标记位点上的平均有效等位基因数为3.2个，丝毛乌骨鸡为3.4个，卢氏绿壳蛋鸡为3.3个，淅川乌骨鸡群体杂合度为0.2089-0.8305，平均杂合度H=0.661，多态信息含量为0.1198-0.7995，平均多态信息含量PIC=0.515，丝毛乌骨鸡群体杂合度为0.4884-0.8162，平均杂合度H=0.690，多态信息含量为0.1852-0.7608，平均多态信息含量PIC=0.523，卢氏绿壳蛋鸡群体杂合度为0.4765-0.7953，平均杂合度H=0.675，多态信息含量为0.2035-0.7641，平均多态信息含量PIC=0.537。另外，淅川乌骨鸡在16个微卫星标记上大部分为中度或高度多态，多态信息含量丰富，该特征符合自然闭锁群体特征。（4）利用16个微卫星标记的基因型，分析了叁个群体之间的遗传距离和遗传相似度，其中，丝毛乌骨鸡与卢氏绿壳蛋鸡之间遗传距离为0.1154，遗传相似度为0.8910:；淅川乌骨鸡与丝毛乌骨鸡之间遗传距离为0.2210，遗传相似度为0.8017,；淅川乌骨鸡与卢氏绿壳蛋鸡之间遗传距离为0.2116，遗传相似度为0.8093；可见，相比而言，淅川乌骨鸡与卢氏绿壳蛋鸡遗传距离更近一些。（5）在16个微卫星标记中选择了14个多态信息含量较高的位点，与淅川乌骨鸡蛋品质性状、蛋壳色素含量、蛋壳颜色、体尺指标性状关联分析，结果表明：位点LEI0194的基因型与蛋壳强度、胸深存在显着相关（P<0.05）；位点LEI0192的基因型与蛋黄重存在极显着关联（P<0.01）；位点MCW206的基因型与蛋黄颜色存在极显着关联（P<0.01）；位点ADL0137的基因型与鸡蛋横径存在极显着关联（P<0.01）；位点LEI0073的基因型与鸡蛋横径、蛋重、胸宽存在显着关联（P<0.05）位点ADL0136的基因型与鸡蛋横径、胫围、趾长存在显着关联（P<0.05）；位点ADL0143的基因型与蛋壳中端厚度存在显着关联（P<0.05）；位点ADL185的基因型与原卟啉含量、胆绿素含量、盆骨宽存在显着关联（P<0.05）；位点ADL266的基因型与胫长存在显着关联（P<0.05）；位点ADL260的基因型与蛋黄重存在显着关联（P<0.05）；位点MCW0276的基因型与胆绿素含量、龙骨长、盆骨宽存在极显着关联（P<0.01）。（6）在16个微卫星标记中选择了15个基因型清晰地位点，与淅川乌骨鸡群体蛋壳颜色性状进行卡方检验，结果发现，位点MCW0206、LEI0073、ADL260、MCW0276、ADL225与蛋壳颜色存在显着关联（P〈0.05），其中ADL260位点为极显着关联(P〈0.01)。（7）在淅川乌骨鸡群体中，对血红素加氧酶-1基因进行SNP搜索分析，在本实验中搜索到的两个SNP位点，与绿壳蛋性状SPSS关联分析后，结果发现均为不显着关联。（8）将两个SNP位点基因频率与蛋品质性状进行关联分析发现后，发现SNP1位点与蛋品质性状关联分析后，没有显着关联（P>0.05），SNP2位点与蛋品质性状关联分析后，该位点与蛋黄重呈显着关联（P<0.05）。由于该位点中杂合型AB显着高于纯合型AA/BB，杂合型不能有效遗传下一代，故不能作为育种选择位点。
李亮, 朱庆[7]2006年在《四川常羽乌骨鸡群体遗传多样性分析》文中研究说明利用选自家禽基因组的10个微卫星标记,对四川常羽乌骨鸡5个群体(四川山地乌骨鸡白羽系、黑羽系;黄忠山地乌骨鸡;黄忠山地乌骨鸡绿壳蛋系;草科乌骨鸡)的遗传多样性进行了检测,计算了各群体的群体杂合度、群体间遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明所选择的微卫星标记在各群体中表现出较高的多态性;四川5个乌骨鸡群体遗传多样性比较丰富,群体平均杂合度为0.5383到0.6659;各群体间的遗传距离有一定的差异;聚类分析将5个群体聚为叁类。
张勇, 肖礼华, 陈祥, 孙鹃, 张明忠[8]2006年在《利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系》文中研究表明利用7个微卫星标记对12个贵州地方鸡种及1个引入鸡种的遗传多样性进行了检测,分析了各标记座位上的等位基因及频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间的亲缘关系。结果表明:13个种群在7个标记座位上的等位基因及频率等均存在一定差异。其中,瑶山鸡的平均基因杂合度最高,引入鸡种隐性白洛克的平均基因杂合度最低,其余鸡种介于其间。平均多态信息含量的分析结果与此类似,说明瑶山鸡的遗传多样性最为丰富。模糊聚类的结果表明,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自为1个类群,12个贵州地方鸡种构成1个类群。12个贵州地方鸡种又可进一步分为2个小类群:其中1个小类群由兴义土鸡、矮脚鸡首先聚在一起,然后依次聚上黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡构成;高脚鸡、瑶山鸡、威宁鸡、竹乡鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡则构成另一个小类群。
韩凌霞, 曲连东, 关云涛, 李昌文, 刘怀然[9]2004年在《微卫星标记在鸡遗传性状检测中的应用》文中研究表明微卫星DNA具有高度多态性位点而被用来绘制数量性状位点(QTL)图谱、评价种群的遗传变异、决定生物的亲本和后代的基因型。本文综述了微卫星在鸡上的研究概况和微卫星标记在鸡基因组变异检测中的应用。
李亮[10]2004年在《乌骨鸡肝脏差异显示（DD）表达序列标签（ESTs）的筛选及分析鉴定》文中提出乌骨鸡是我国独特的家禽品种，丝羽乌骨鸡更以其特有的外貌特征而名列国际标准品种之一，国内长期以来都将乌骨鸡视为药用品种。基因及表达的差异是导致生物性状多样性的根本原因，乌骨鸡与其他鸡种相比所表现的各种独特性状必定也是由于基因及其表达的差异所引起。目前，差异显示逆转录聚合酶链式反应(DDRT-PCR)技术已经成为筛选差异表达基因的有效手段之一，在生物学领域中的应用范围不断扩大。本试验应用DDRT-PCR技术研究乌骨鸡与普通蛋鸡及肉鸡在成年阶段肝脏组织中基因表达的差异，筛选乌骨鸡差异表达的表达序列标签(ESTs)，将所得ESTs与现有核酸序列数据库进行比对，找到与乌骨鸡特异性状表达的相关基因或者作为新的ESTs添加到现有核酸序列数据库，并通过电子延伸和电子定位等方法对乌骨鸡差异表达基因进行分析。 本试验成功地从丝羽乌骨鸡(SK)、常羽乌骨鸡(NP)、苏禽96型蛋鸡(SQ)以及爱拔益加肉鸡(AA)的成年鸡肝脏组织中提取到质量较高的总RNA，首次采用DDRT-PCR技术对四个家鸡品种肝脏中差异表达的基因进行了研究。试验采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染方法分离差异片段，利用单链构象多态性(SSCP)技术验证差异显示片段的重扩增产物成分的单一性，采用反向Northern斑点杂交和Northern斑点杂交技术相结合对获得的乌骨鸡差异显示cDNA片段进行差异真实性的鉴定。经过克隆测序，试验最终得到10条乌骨鸡差异表达的表达序列标签。将序列提交到Genbank中的dbEST数据库，分别获得登录号(CN606328～42N606329、CN606331～CN606338)。 将乌骨鸡差异显示的ESTs通过BLASTn工具对Genbank的nr数据库和dbEST数据库中所有家鸡(Gallus gallus)的核酸序列进行相似性搜索，发现所获得的10条乌骨鸡差异表达的EST中，有3条EST序列(CN606332、CN606333、CN606336)与家鸡2个已知基因具有很高的相似性，可认为是这2个已知基因的同源序列。其余7条EST序列中，有3条(CN606328、CN606331、CN606338)与家鸡已有核酸数据库中的cDNA克隆或EST具有较高相似性，可认为是家鸡已知EST，但功能未知；另外4条EST序列(CN606329、CN606334、CN606335、CN606337)在家鸡已有核酸数据库中未找到同源已知基因和EST，认为是家鸡四川农业大学博.士论文的新ESTs。 与已知基因同源的乌骨鸡差异表达ESTs中，CN606332和CN606336与家鸡的185 rRNA基因同源，差异显示片段CN606333与编码家鸡热休克蛋白70的基因(月叹只4J)同源。根据反向Northern杂交和Northem杂交的结果，CN606332仅在丝羽乌骨鸡中表达，CN606336和CN606333仅在丝羽乌骨鸡和常羽乌骨鸡中表达，表明与它们同源的2个基因的在成年乌骨鸡与普通鸡种(蛋鸡和快大型肉鸡)的肝脏中的表达情况有差异。对两个基因分别利用BLASTh对家鸡基因组数据库(Chicken wgs--contig)进行检索，发现家鸡的1 85核糖体rRNA基因在4、6、14和26号染色体上都有分布，家鸡产不夕剐J基因位于17号染色体上。 对叁条与家鸡核酸序列同源但功能未知的EST序列(CN606328、CN606331、CN606338)，分别利用电子延伸的方法寻找与它们同源的cDNA序列，各自获得长度为556bp、1276bp的两个重迭群(contigs)序列和一个长1374bP的开放阅读框(O盯)。对叁条cDNA序列进行的功能分析表明，与CN606328同源的556bPcDNA片段所编码的151个氨基酸与人类、大鼠、小鼠等物种的核糖体蛋白513的氨基酸序列完全一致，表明该序列是鸡的核糖体蛋白513的cDNA序列，我们将其命名为c尺尸513(ehieken ribosomal protein 513)并提交到GenBank数据库，登录号为(AY626809)。通过与家鸡基因组数据库的比较，我们发现基因cRPS13位于家鸡的5号染色体上。分析与CN606331同源的1276bp的contigs序列，发现该序列的正向第二阅读框(Frame=十2)翻译得到的蛋白质序列(1 40个氨基酸)与人、大鼠、小鼠核糖体蛋白L19的196个氨基酸中的140个氨基酸上仅有一个氨基酸的变异，表明该序列为鸡的核糖体蛋白L19基因的一部分。根据与基因组数据库的比较结果，我们认为鸡的核糖体蛋白L19基因位于27号染色体上。对CN606338进行电子延伸的结果表明，它属于一个长为1374bp的开放阅读框 (ORF)，根据该ORF翻译得到的蛋白质序列与恒河猴(Macaca mulatta)及其他生物的异常纺锤型小脑畸形症(abnormal sPindle mierocePhaiy，ASpM)蛋白有一定的相似性，表明该O舒有可能是家鸡ASPM基因序列的一部分，但根据现有数据，尚不能得到家鸡ASPM基因的全序列。 对于4条新EST序列(CN606329、CN606334、CN606335、CN606337)，分别通过BLASTx和TBLASTx工具对nr数据库中所有蛋白质序列进行了相似乌骨鸡肝脏差异显示(DD)表达序列标签(E sTs)的筛选及分析鉴定性搜索，结果表明CN606329可能与一种细胞膜蛋白基因同源，CN606334可能与Y一谷氨酞转肤酶(gamma一glutamyl transpeptidase)基因同源，eN606335可能与ATp一binding cassette transporter基因同源，而eN606337与人的假设蛋白 (hyPothetieal Protein)MGC27019有一定的相似性。对这几个EST进行基因组序列的比较，发现CN606329、CN606335、CN606337
参考文献：
[1]. 不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析[J]. 朱庆, 李亮. 畜牧兽医学报. 2003
[2]. 不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星分析[D]. 李亮. 四川农业大学. 2001
[3]. 四川地方乌骨鸡种群遗传变异的微卫星DNA分析[J]. 朱庆, 李亮. 四川畜牧兽医. 2002
[4]. 中国13个地方乌骨鸡品种遗传多样性研究[D]. 张晶鑫. 扬州大学. 2007
[5]. 雪峰乌骨鸡遗传多样性与起源分化研究[D]. 向德标. 湖南农业大学. 2008
[6]. 淅乌骨鸡群体遗传多样性及绿壳蛋性状相关基因SNP分析[D]. 王帅豪. 河南农业大学. 2012
[7]. 四川常羽乌骨鸡群体遗传多样性分析[J]. 李亮, 朱庆. 黑龙江畜牧兽医. 2006
[8]. 利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系[J]. 张勇, 肖礼华, 陈祥, 孙鹃, 张明忠. 畜牧兽医学报. 2006
[9]. 微卫星标记在鸡遗传性状检测中的应用[C]. 韩凌霞, 曲连东, 关云涛, 李昌文, 刘怀然. 全国首届动物生物技术学术研讨会论文集. 2004
[10]. 乌骨鸡肝脏差异显示（DD）表达序列标签（ESTs）的筛选及分析鉴定[D]. 李亮. 四川农业大学. 2004
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