应用基因芯片筛检维吾尔族宫颈癌相关基因的初步研究

应用基因芯片筛检维吾尔族宫颈癌相关基因的初步研究

刘开江[1]2003年在《应用基因芯片筛检维吾尔族宫颈癌相关基因的初步研究》文中研究表明目的 探讨新疆维吾尔族宫颈鳞癌发生、发展中相关基因群的差异表达和初步功能。方法 按一步法抽提宫颈癌和对照宫颈非癌组织(同一宫颈)的总RNA;将2048种人类基因PCR产物用点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照组织和宫颈癌组织RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 在3例宫颈鳞癌中有共同差异表达的基因64条,其中在宫颈鳞癌组织中基因表达增加(上调)的53条,基因表达减少(下调)的基因11条。生物信息学分析显示,该64条差异表达基因与肿瘤的发病机制可能存在相关性。结论 基因表达谱芯片在筛选宫颈癌发生相关基因的改变时,具有快速、高通量、高敏度等特点;新疆维吾尔族宫颈鳞癌的差异表达基因多是与肿瘤发生相关的一组基因群;对于相关基因群的研究有助于认识新疆维吾尔族宫颈鳞癌发病的机制。

佚名[2]2003年在《中华流行病学杂志2003年第24卷主题词索引》文中认为说明 :(1)主题词以汉语拼音字母为序。 (2 )在汉字相同的情况下 ,按数字、英文字母、西文字母顺序先后排序。 (3)缩略语未译出的原文按英文字母顺序排列在各 (字母 )部之首。 (4)作者姓名后括号内数字为期号 ,最后为文章起止页码。A阿尔茨海默病

李菁菁[3]2008年在《人乳头瘤病毒16型E2基因的克隆、表达及鉴定》文中提出宫颈癌是妇科恶性肿瘤死亡的主要病因。分子生物学研究发现,高危型人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染与90%以上的宫颈癌有着密切的联系,进而发现尤其是HPV16型在各地区HPV亚型分布中居于主导地位。高危型人乳头瘤病毒以两种方式途径感染宫颈上皮细胞。在HPV急性感染中,完整病毒DNA游离地存在于宿主细胞,并自主完成生活周期,产生新的感染病毒颗粒。而在少数HPV感染病人身上,病毒环状基因组整合进宿主细胞染色体,导致高级宫颈内皮瘤病变,甚至可能发展为浸润性宫颈癌。感染病毒的早期基因E2丧失功能,E6持续表达在诱发宫颈癌的过程中发挥着重要作用。目前,高危型HPVE2与宫颈癌细胞E6表达和细胞增殖的关系,以及其表达抑制宫颈癌发生发展的机制仍是尚待解决的问题。为了探讨HPV16型E2基因对宫颈癌发展过程的影响,本研究在原核表达系统中诱导表达并纯化E2蛋白,制备抗HPV16E2抗血清。同时,在SiHa细胞中表达外源基因HPV16E2,以鉴定E2蛋白表达对HPV16E6基因表达和SiHa细胞生长状态的影响。研究结果初步表明,E2蛋白能够在大肠杆菌BL21中表达,纯化蛋白在SDS-PAGE电泳上显示单一条带。ELISA和Western blotting检测表明获得的E2抗体具免疫特异性。半定量PCR和细胞计数结果可分别说明,HPV16E2在SiHa细胞中的表达能够抑制内源基因HPV16E6 mRNA表达,并显着降低SiHa细胞的增殖数。由上述实验结果推测,HPV16E2可以结合早期基因启动子,控制人乳头瘤病毒致癌基因的表达,抑制细胞无限增殖,从而对癌症治疗起到一定作用,这为进一步探索宫颈癌的基因治疗方案提供了线索。研究主要包括以下几部分内容:1. HPV16E2基因原核、真核表达载体的构建根据人乳头瘤病毒16E2基因cDNA序列设计一对引物,采用PCR的方法从新疆维吾尔族妇女宫颈癌样本中扩增HPV16E2基因的目的片段并将其插入到原核表达载体pMAL-p2X中。再由构建好的pMAL/HPV16E2重组质粒亚克隆目的基因片段,纯化回收后插入真核表达载体pCDNA3中,构建HPV16 E2基因的真核表达载体pCDNA3/HPV16E2。2. HPV16E2基因原核表达及抗血清的制备为进一步研究HPV16E2基因的功能,将构建好的重组质粒pCDNA3/HPV16E2,免疫小鼠。原核表达重组质粒转化大肠杆菌BL21,加入IPTG诱导表达MBP/E2融合蛋白,表达产物用麦芽糖亲和层析柱纯化。将纯化后的重组蛋白作为检测抗原,ELISA和Western blotting结果表明pCDNA3/HPV16E2免疫小鼠产生了特异性强的抗体。本研究所构建的真核表达载体pCDNA3/HPV16E2及所获得的抗HPV16E2抗体,为在细胞水平上研究HPV16E2基因表达及基因功能提供了有力的工具。3. HPV16E2表达对SiHa细胞生长的影响利用脂质体转染法将真核表达质粒pCDNA3/HPV16E2导入SiHa细胞,表达E2蛋白,观察转染SiHa细胞中HPV16E6 mRNA表达及细胞增殖的情况。RT-PCR和Western blotting结果分别显示E2在SiHa细胞中产生mRNA和蛋白质水平的表达。与转染pCDNA3空载体的对照组比较,转染pCDNA3/HPV16E2组的HPV16E6 mRNA表达明显受到抑制,且SiHa细胞增殖数显着低于对照组(P<0.05)。

仇小强[4]2008年在《先天性心脏病和神经管畸形分子流行病学研究》文中研究说明研究目的1、探讨父母亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T、胱硫醚β-合成酶(CBS)基因T833C、环境因素与子代先天性心脏病(CHD)发生的相关性;了解CHD及室间隔缺损(VSD)类型的危险因素;分析危险因素交互作用对VSD发生的影响。2、筛选单纯性VSD血清标志蛋白并构建其血清诊断模型,为进一步从蛋白质分子水平研究单纯性VSD的致病机理及发展其血清学诊断方法奠定基础。3、了解广西神经管畸形(NTDs)的基本分布情况,分析环境及行为危险因素。4、了解广西健康育龄人群MTHFR基因位点突变的分布及其与妊娠结局的联系。5、了解育龄妇女对NTDs的认知度、增补叶酸的依从性和评价宣教效果,为预防NTDs寻求更有效的干预模式。研究方法1、采用1∶1配对病例对照研究方法,对来自广西的115对CHD患儿与对照儿父母进行访谈式调查并抽取父母静脉血3ml作基因型分析,应用PCR限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测MTHFR基因C677T,PCR扩增阻滞突变体系(PCR-ARMS)方法检测CBS基因T833C。对CHD、VSD可能的危险因素进行Logistic回归分析,对筛选出VSD的危险因素之间作交互作用分析,其他数据分析作x~2检验。2、用CM10芯片检测56例单纯性VSD、85例儿科常见病患儿及23例其它CHD患儿血清,用Biomark Wizard软件分析数据、筛选VSD血清差异蛋白,用BiomarkerPatterns软件构建诊断模型。3、以入户或电话采访的方式对NTDs和对照的双亲进行调查,获取他们是否暴露于相关环境危险因素的资料,对暴露因素进行Logistic回归分析。4、抽取早孕妇女静脉血,提取全血DNA,用PCR-RFLP方法检测MTHFR基因位点多态性,再比较其妊娠结局。5、对参加NTDs知识学习和未参加学习的新婚育龄妇女按调查表内容展开调查,比较两组调查结果;并收集孕妇服用叶酸情况,追踪其妊娠结局。结果用卡方检验和方差分析进行统计分析。研究结果1、115例CHD各类型组成VSD 46例、PDA 14例、F4 13例、ASD 6例、其他单纯类型8例、复杂型CHD 28例。广西健康人群的MTHFR基因C/C、C/T、T/T叁种基因型构成比分别为64.8%、29.6%、5.7%,C等位基因频率为79.6%,T等位基因频率为20.4%,CBS基因T/T、T/C、C/C叁种基因型构成比分别为42.6%、47.8%、9.6%,T等位基因频率为66.5%,C等位基因频率为33.5%。母亲MTHFR基因的C与T等位基因频率比较差异具有统计学意义(P=0.036,OR=1.595,95%CI:1.029~2.471);对于VSD类型,父母组合的MTHFR基因C与T等位基因频率比较差异具有统计学意义(P=0.032,OR=1.724,95%CI:1.043~2.849)。Logistic回归分析表明,母亲孕早期接触农药、妊娠合并症、孕早期感冒、孕期情绪状况、母MTHFR基因型、母CBS基因型为子代发生CHD的危险因素;妊娠合并症、孕早期服中成药、孕期情绪状况、母MTHFR基因型为子代发生VSD的危险因素。交互作用分析表明妊娠合并症与孕期情绪状况、母MTHFR基因型与妊娠合并症、孕早期服中成药、孕期情绪状况间对VSD的发生存在交互作用。2、25例壮族单纯性VSD与36例壮族儿科常见病儿血清蛋白质谱比较,有7个蛋白成分在VSD血清中高表达,5个蛋白下调;21例汉族单纯性VSD与33例汉族儿科常见病儿血清蛋白质谱比较,有7个蛋白成分高表达,1个蛋白下调;不分民族56例单纯性VSD与85例儿科常见病儿血清蛋白质谱比较,有10个蛋白成分高表达,11个蛋白下调;不分民族56例单纯性VSD与23例其它CHD血清蛋白质谱比较,有9个蛋白成分高表达,16个蛋白下调;不分民族56例单纯性VSD、85例儿科常见病儿与23例其它CHD血清蛋白质谱比较,有25个蛋白成分在叁组之间有统计学差异;3、在单纯性VSD与儿科常见病的血清诊断模型中,完整模型ROC曲线下面积为0.984,预测准确率为96.51%,灵敏度为97.06%,特异度为96.15%,阳性预测值为94.29%,阴性预测值为98.04%,简化模型分别为0.913、88.37%、97.06%、82.69%、78.57%和97.73%,两模型各主要诊断指标比较,除特异度为完整模型优于简化模型外,其它均无统计学差异;在单纯性VSD与非VSD的血清诊断模型中,完整模型ROC曲线下面积为0.988,预测准确率为95.00%,灵敏度为100.00%,特异度为92.42%,阳性预测值为87.18%,阴性预测值为100.00%,简化模型分别为0.948、94.00%、88.24%、96.97%、93.75%和94.12%,两模型主要诊断指标比较无统计学意义。4、广西七城市NTDs发生率为9.87/万,无脑儿、脑积水占的比例较高,居住地在农村占的比例比城市略高。母亲营养缺乏、患有妊娠并发症、孕期发烧和父亲饮酒是NTDs发生的危险因素。5、MTHFR基因多态性检测结果为野生基因型59.5%,杂合突变型34%,纯合突变型6.5%,叁组基因型围产儿的出生体重和新生儿评分异常率的差别无统计学意义。6、554名妊娠妇女中,在孕前和孕后3个月每天服用叶酸的83名,占15.0%,怀孕后开始服用的122名,占22.2%,断续服用的27名,占4.9%,未服用叶酸的322名,占57.9%;文化程度初中和初中以下的妇女服用叶酸率较低,分别为33.3%和33.1%,大专的是48.996,大学及以上是65.096。7、育龄妇女知道叶酸可以预防NTDs的有48%,知道服用叶酸预防NTDs从孕前开始的只有13.4%,计划服用叶酸的只有23%,知道NTDs类型的有15%,知道NTDs发生的可能原因有26.2%,经过宣传讲解后,对NTDs和叶酸的认知率都提高到78%以上;文化程度为初中及以下的知道叶酸可以预防NTDs的只有14.28%,计划孕前开始服用叶酸的只有7.12%,而大学及以上的分别是86.96%,73.91%。8、服用叶酸组出生缺陷检出率为8.96‰,平均出生体重为3237.0克,早产儿发生率为6.43‰;未服用叶酸组分别为13.33‰、3119.3克和8.50‰,其中平均出生体重的差别有统计学意义。研究结论1、母亲MTHFR基因677TT型与子代CHD发生有关,父母双方MTHFR基因677C→T突变与子代VSD发生有关,父母CBS基因833T→C突变与子代CHD无相关性。母亲孕早期接触农药、妊娠合并症、孕早期感冒、孕期情绪状况、母MTHFR基因型为子代发生CHD的危险因素;妊娠合并症、孕早期服中成药、孕期情绪状况、母MTHFR基因型为子代发生VSD的危险因素。不分型CHD总的危险因素与VSD的危险因素不尽相同,交互作用分析提示危险因素共同引起子代VSD发生的过程中,存在着主要由某两个危险因素交互作用影响的可能,亦提示各类型CHD的发生存在相同的情况。2、单纯性VSD、儿科常见病儿与其它CHD血清蛋白质存在差异,质荷比6441、6640、8570及8700的蛋白质可能是VSD的血清蛋白标志物。3、两种VSD血清简化诊断模型具有较高的准确性,有较好的应用前景。4、表面增强激光解吸/电离飞行时间质谱技术是寻找VSD标志蛋白和发展VSD血清学诊断技术的有效工具。5、为了减少NTDs的发生,育龄妇女除了增补叶酸以外,还应避免暴露于某些环境危险因素。6、不同地区、不同人群MTHFR基因分布各有特点,存在明显的群体差异,检测得到广西健康人群的MTHFR基因C677位点突变分布可为今后优生保健的健康筛查工作提供依据。7、育龄妇女对叶酸和NTDs的知晓率较低,叶酸预防NTDs知识尚未得到很好的普及,叶酸利用率较低,通过健康干预使育龄妇女对NTDs的知晓率和叶酸的利用率均显着提高。

参考文献:

[1]. 应用基因芯片筛检维吾尔族宫颈癌相关基因的初步研究[D]. 刘开江. 新疆医科大学. 2003

[2]. 中华流行病学杂志2003年第24卷主题词索引[J]. 佚名. 中华流行病学杂志. 2003

[3]. 人乳头瘤病毒16型E2基因的克隆、表达及鉴定[D]. 李菁菁. 新疆大学. 2008

[4]. 先天性心脏病和神经管畸形分子流行病学研究[D]. 仇小强. 华中科技大学. 2008

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