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在2001年11月份举行的多哈会议上，大陆与台湾先后“入世”。两岸入世不仅对各自经济的发展带来重大影响，而且为两岸的科技产业合作也带来了新的机遇与广阔的发展前景。因此，两岸可以此为契机，进行全面的科学技术合作。
一、两岸科技产业合作与发展的基础
海峡两岸科技产业合作是伴随着两岸经贸关系的开展而发展的。十几年来，两岸科技领域经历了尝试接触、相互了解、专业交流的过程。台资企业对大陆投资从鞋、伞、成衣等行业，发展到个人电脑及其周边设备；从传统产业跨入科技含量较高的产业。1998年以来，科技领域全面合作成为两岸产业合作的新热点。
两岸科技产业的合作与发展源于双方的优势互补，利益共享。
1、台湾科技产业的优势与差距
台湾科技发展实力雄厚、国际竞争力强。台湾经过几十年的发展，现已跻身世界新兴工业化地区行列，而台湾的高科技产业已成为经济竞争力的重要来源。台湾在一些高科技领域，特别在电子、信息产业部门，部分产品的设计、生产、制造的水平已开始接近世界水平。台湾在科技产业发展领域中也已成为全球资讯科技产业的主要生产地，主要资讯产品中有主机板、显示器等11项产量称冠全球，国际市场占有率皆逾4成。个人电脑市场占有率排名仅次于日本。
台湾科技在市场化、商品化方面比较成功。台湾在吸收外来技术，面对国际市场进行再开发，在科技与产业、科技与市场结合上，走出了自己的道路，新竹科学工业园区也在高新技术产业化发展上取得了可喜的成绩。台湾技术产品加工体系完整、市场导向强烈、资讯取得容易及竞争力强，能将科研成果迅速转化成商品。在开发风险投资上，也取得了世界瞩目的成就。台湾企业机制灵活，适应性强。国际视野较宽，具有国际化的经验和经营管理能力，也习惯国际的竞争机制。高科技产业与国际大企业密切合作、全球产销分工及全球运筹体系的建立，及台商赴大陆和东南亚投资构建跨岛生产方式，均使台湾具备吸引跨国企业来台投资或设立制造运销中心的相对优势，也是台商在大陆投资时得以掌握主要技术与原料供应的主动权的依据。
但是，台湾科技基础研究薄弱、研发深度不足、人力资源有限。台湾的科研成果少，科技的“自有技术”低，一直停留在加工技术层次，并没有发展出属于自己的关键技术。因而无法发展出有带头性质、具有专利的科学技术。基础研究人才不足，只有加工技术人才，因此一直没能产生主导性产品，即使是台湾最辉煌的电子资讯产业也是如此。虽然上中下游体系完整、竞争力超强，但却一直未能打造出真正的自有技术来。
2、大陆的优势与差距
大陆科技发展潜力大、前景好。2001年大陆高新技术产品出口创历史纪录，已成为拉动外贸出口增长的中坚力量。高新技术产品出口额464.57亿美元，比2000年增长25.4%，增幅是总出口增幅的2倍多；出口增量占55.5%，对外贸出口增长的贡献率首次突破一半。①计划到2004年后，经高科技改造后的传统产业产品，可以占传统产业产品的50%，至2010年，科技产品的出口值，占出口总额的30%左右，使大陆出口产品结构，可以由低附加价值和低科技含量，走向高附加价值和高科技含量。
在政府的扶植与鼓励下，大陆具有相对较强的研发力量。现在，大陆已建立起一个较为完整的科技体系，造就了一大批科技人才，在若干高技术和基础研究领域中取得了明显成就，甚至某些技术在世界上处于领先地位。
大陆具有强大的市场驱动力。如大陆软件市场发展之快，令外国投资者惊叹不已。据台湾有关部门调查，仅1997年大陆软件市场规模已达112亿元人民币，1999年成为亚太地区的第二大软件市场。2000年市场规模成长至321亿元，成长率为42%，是台湾市场的3.5倍。台湾业界认定，大陆软件市场庞大的潜力规模，正是台湾软件业发展的机会所在。它已是全球软件商家必争之地。台湾通过在大陆设立研发中心，与大陆合作研究开发，正是提高其软件业国际竞争力的捷径。
但是，大陆现在人均GDP只有800美元，资金不足，科技投入、发展受到制约。科技研发机制不够灵活，虽然大陆具有完整的科技体系与充沛的科技人力资源等优势，但由于其科技研发机制僵化、缺乏国际市场观、商品化与市场拓展能力不足等因素，使其研发绩效不明显。科学技术的自有技术高，但发展成本也偏高，且市场化、国际化程度较低。
两岸在发展科技产业方面各有优势，使得双方有相当的互补性。因此，这一客观条件为两岸加强科技合作共创双赢的局面，奠定了坚实的基础。
二、加入WTO后，两岸科技产业合作与发展的契机
两岸加入WTO后为双方科技产业合作提供了新的规范化框架，从而为两岸科技产业合作迈向新的境界开创了契机。
1.面对WTO的冲击，两岸携手并进、共同应对。两岸加入WTO，即将各自的经济融入国际经济之中，对两岸科技产业均会带来一定程度的冲击。根据中美世贸协议，大陆承诺在加入WTO后，外资可持有电讯增值服务30%的股权，入世1年后，外资持股比例可增加至49%，入世2年，外资可持50%的股权，另按ITA的协议，大陆最迟在2005年必须全面取消信息产品关税。因此短期内，大陆部分科技产业难免受到市场开放的冲击；而台湾电子、信息及通讯产业为出口型产业，加入WTO后，可以享受欧盟等国关税降低带来的好处，但也会因关税降低而遭受岛外进口产品的冲击。两岸若能加强合作、优势互补，就能增强竞争能力，从而最大限度地消除其不利影响。因此，加强两岸科技合作，使两岸的生产资源、人才资源、市场资源充分有效地结合起来，使两岸的产业与科技形成垂直和水平分工的较完整体系，必将更增强两岸的经济实力和竞争力，有利于共同对付国际上的强大竞争对手，迎接经济、科技国际化、一体化、全球化的挑战，创造中华民族的辉煌。
2.加入WTO后，两岸减少科技合作的障碍。加入WTO后，两岸必须遵守WTO所规范的游戏规则、经济规则，如非歧视待遇原则、互惠原则等等。因此，两岸因政治上所带来的不确定因素和一些限制性的政策所形成的障碍，会在加入WTO后相对降低。两岸经贸的间接关系也将变为直接关系、单向交往变为双向交往。
3.加入WTO后，两岸科技产业合作前景更为广阔。大陆加入WTO不仅大大降低科技产品关税，科技产品贸易相应增加，而且开放服务等领域，市场容量将大为扩大，从而为台商提供更大商机。加入WTO后，两岸投资实现双向，投资领域和投资规模将更加扩大。投资领域和规模也不再受政治因素过多的干预，而由市场来调节。此外，由于台湾和大陆同根同种，语言相通，文字相同，这样实现资金、技术、管理的一体化、本土化比较容易，有利于共同创造科技品牌、领先技术，走向世界，也有利于改变台商将大陆仅仅看作加工基地的情形。通过科技合作，可以变产品加工向设计、研发、销售这样的方向发展。
因此，两岸加入WTO后，在WTO的机制和框架下，两岸的经贸、投资、技术等等，势必会更加频繁、更加积极主动，科技合作在广度和深度上都会有巨大的发展。在不断的互补和竞争的交替和演进中，促使两岸的产业步入良性循环的轨道，从而促进两岸经济实力的增强。
三、在WTO架构下，推动两岸科技产业的合作与发展
进入新世纪，世界经济竞争更明显地呈现为高新技术产业的较量。我们应当从这个大趋势去展望两岸科技关系的前景，抓住加入WTO给予我们中华民族的机遇，迎接挑战，共同开拓高新科技产业的新纪元。
1.优势互补，合理配置两岸科技资源。
在经济一体化、全球化的大趋势下，两岸产业势必趋向于国际化的发展，面临着激烈的国际竞争。为此，必须充分发挥两岸在科技产业各个环节上的优势条件，进行科技资源的合理配置。
合理利用科研成果，加快科技产业化发展。大陆与台湾在科学技术和基础研究上各自形成独特优势，大陆的科研基础较好且自有技术高，结合大陆在部分高技术和基础研究领域的成果，结合台湾运用科技与产业、结合科技与市场以及拓展国际市场的能力，应有助于两岸产业竞争力的提升。台湾的市场导向、加工体系以及资讯取得迅速等优势，正好可弥补大陆科技发展的不足；台湾企业可针对国际市场竞争需要，出资委托大陆科研机构进行技术开发，并依协议分享研究成果与专利权；台湾企业可寻求具有潜力的大陆科技企业或科研机构，合作开发技术与专利，并结合台商的科技商品化与管理能力及商品设计等优势，以开拓市场；台湾企业可组成科技贸易公司，作为大陆科技与产品的代理商，提供必要的交易与技术服务；基于两岸科技优势互补特性，台湾可以科技专项计划引进大陆地区高科技的基础技术，进而改良为产业应用技术。
充分利用两岸科技人才。两岸科技人才总量与结构都存在着较大的差距。如台湾极度缺乏软件人才，每年至少缺1～2万人。大陆软件业所拥有的庞大科技人力资源，在政府和学术单位的扶植下，规模大型化，资本额都在1亿元以上，且学术单位与产业相结合，运用群体力量激发创意，研发技术力强，专业技术人才也充沛、优秀，加之人才费用低廉，台湾的软件业者到大陆以设立研发中心的策略来与大陆合作，聘用大陆的软件人才合作研发新产品、新技术，既可获得人才资源，又可获得大陆软件研发技术和成果。
以技术换市场、市场换技术。大陆市场成长快、空间大。据预测大陆的电脑市场需求量在2002年将成为全球第二或第三大市场。这样诱人的市场规模，两岸可以科技联盟的方式，台湾可以技术资源换取大陆的广阔市场，大陆则以市场换取台湾的技术、资金、管理资源。
2.在大陆建立生产基地，形成两岸垂直与水平相结合的分工模式。
台湾近年来高技术密集型的电子、信息产业大幅度增长，但其主要零配件、设备和主要技术仍依赖进口。同时台湾企业界为了应对全球技术产品竞争日趋激烈的形势，也必须向海外寻找成本低廉的生产基地。大陆近年来科技产业发展迅速，且潜力雄厚，市场广阔。因此，台湾可在大陆建立生产基地，改变早期来料加工模式，来大陆独资建厂，再利用大陆的研发力量进行合作开发并由南向北逐渐深入内地。如广东东莞已成为台商投资建立的资讯硬件的生产基地。同时，进驻大陆的上游零件业厂商愈来愈多，使得在大陆的资讯产业生产链，上下游基础架构十分健全，产销体系亦日趋完善。台湾有识之士认为，台湾资讯业硬件移师大陆生产的比重越来越大，两岸已形成了分工合作模式，合作关系日益密切，且对祖国大陆的生产基地依赖逐渐加深。预测未来，台湾以资讯产业为代表的科技产业以大陆作为主要生产基地将是不可避免的趋势，形成大陆进行生产和研发，台湾直接面对国际市场，研究市场的变化、随时调整生产规模、产品结构这样一种垂直与水平相结合的分工模式。
3.两岸科技合作形式应呈多样化发展。
两岸随着科技交流合作的不断加深，合作的形式也应随之呈现多样化。一是直接投资的合作。目前由于台湾方面的政策限制，直接投资只是“单向”的，即只能是台湾到大陆投资创办科技产业。二是技术服务的合作。事实上，已有不少台商已经在利用大陆的科研机构、科技人才的优势来开发新产品，甚至委托外国厂商开发的软件中许多都是由大陆研究人员完成的。三是合资开发型合作。即在两岸之间寻找合作伙伴，共同出资合办科技产业。四是联合型合作。如台湾华渊资讯生活网已经与大陆四通利方合并成立新浪网，现代科技日新月异，且两岸各有所长，互补性极高，联合开发新技术有得天独厚的条件，因此，这种合作形式应是未来两岸科技合作的主要形式。
4.鼓励台湾企业界积极与大陆学术机构合作。
大陆科技专家和台湾企业家之间的交往，对两岸科技产业的合作具有特别重要的作用，值得共同关注。鉴于台湾基础研究不及大陆的现实，大陆众多且庞大的学术机构，以及丰硕的科研成果极大地吸引着台商的商业目光。因此应鼓励台湾企业界加强与大陆学术机构进行合作研究开发，再将研发成果商品化，然后共享商机。
近来一些台湾企业和大陆的高科技研究单位、科技企业等合作，提出了一些很有发展潜力的项目，如台商红典公司与北京清华大学核能技术研究院的精密陶瓷研究室合作；台湾华邦电子和中国科学院的凯思集团合作，向数字化家用电器的高峰进军等等，这些都给两岸科技界、产业界的合作带来了新的思路。
5.将高科技作为未来合作的重点与方向。
当前世界各国、各地区都在制定面向未来的经济战略，科学技术特别是高科技的发展，已成为关键的因素。面对这样的形势，海峡两岸在科学技术及其产业化上的合作，对于两岸的繁荣具有特殊重要而深远的意义，这也正是两岸经济发展的需要和科技界的期望。两岸科技关系应当突破一般技术上的合作，在科技重点项目的选择上，应将信息技术、生物技术、新材料、新能源作为两岸合作的重点与方向。