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一、国有商业企业实行公司制的难点
（一）产权界定难。产权界定是国有商业企业产权改革的关键性问题。我市商业6户公司制试点企业对产权的界定作了有益的尝试，但在实际操作中，试点企业存在的首要问题是国有股比明显过大，国有资产评估后增值偏高，一些已摊销完的低值易耗品，现又重新界定为国有资产，并全额转为国家股。同时，国家股按1:1元折股，而其他股东则要溢价购股，形成同股不同价。相关的房产税、车船税等也随之翻番。如有一公司转制后每年的房产税从原来的10万元增至100万元，月折旧费从原来的25万元增至80万元，全年减少利润600万元。
（二）政企分开难。国有商业企业改为公司制后，政企职能分开虽然取得一定成绩，但仍远远未能摆脱政府的行政隶属关系。公司制企业虽然依照章程设立了股东会，董事会和经理层的法人治理结构，但仍未能真正按照法人治理结构的议事规则办事，一些公司的领导任免和经营运作仍听命于上级主管部门，难以体现股东大会和董事会这最高权力机构和执行机构的作用。再由于现运作的公司制企业，国家股占近80%，是绝对的大股东，代表多，其它股东的发言机会少，实际上为其主管部门随时以大股东的身份干预企业创造了客观条件。
（三）配套改革难。当前突出的问题：一是缴税和分红使企业的负担明显加重。如一公司去年实现利润3327万元，如按承包制计，需上交利润占44.81%；改制后除缴了所得税，国家股参与分红，两项合计占利润72.23%，影响了企业改制的积极性。二是社会保障机制尚未完全建立。现行的社会保障制度，包括失业、养老和医疗保险等，是在产品经济基础上形成的。近年来，养老、医疗及待业保险虽进行了一些改革，但仍不够完善。现行的退休养老金的发放，医疗费的报销及待业职工的部分生活费用仍由企业支付，已成为企业发展的严重负担。特别是商业企业，在职职工与离退休人员的比例是1:0.8，个别企业高达1:3，又如何参与市场竞争？更由于失业的社会保障机制未建立，企业无法辞退富余人员，自主经营便无法实现。三是行政管理体制改革滞后。目前，宏观经济管理体制改革严重滞后于微观企业机制改革。商业行政管理机构改革的方案至今未获上级批复。各局、社、总公司在抓紧精简机构，转变职能的同时，仍持有等待观望态度，影响了企业改革进展。
二、加快转制的对策措施
《公司法》中所规范的公司主要有股份有限公司和有限责任公司两种基本形式，对国有商业企业而言，有限责任公司的适应面更广泛些。在实行公司制中，应着重抓好：
（一）合理评估和界定企业资产。应考虑以下具体情况：一是原企业用留利基金购置的资产和用于福利性的资产不宜全部折成国家股，应根据不同情况，部分或全部列入公积金或公益金；二是对流动资产的潜亏和历史遗留的亏损等，应酌情抵减国有资产的增值；三是将评估后增值部分的50%-100%转作公积金；四是对企业已在费用中摊销和折旧完毕的资产，不再以重置价格列入国有资产；五是国有资产要按同次溢价发行的股票折算为国家股实行同股同价，维护股东权益，有利于公司扩大再生产。
（二）尽快解决国有商业产权的归属问题。目前，我市国有商业自有产权相当少。商业网点的自有房和公房、私侨房各占二分之一，而且房租日益增加至数倍或几十倍。更由于商业网点的逐渐萎缩，必将影响我市的商品流通，给广大消费者的生活带来诸多不便。因此，为有利于商业企业在市场经济中竞争，宜将商业用房以优惠价卖给商业企业，或采取国家出一点，企业出一点的办法赎买，彻底解决国有商业的产权问题。否则，不利于国有商业企业的深层次改革。
（三）加快行政机构改革的步伐。要认真抓紧一商局、二商局、粮食局和服务旅游局筹建国有资产投资经营公司的试点工作，积极探索国有资产营运的有效形式，提高国有资产的经营效益，逐步做到由终极所有权与法人所有权不分的形式，向两权分离的形式转变，让企业享有真正独立的资产控制权、占有权和使用权；要从实物管理、直接管理为主，向价值化、货币化、证券化管理以及控股参股的管理方式转变，要由单一的固定资产管理，向固定资产和流动资产、资产和负债、实物资产和贷币证券资产一体化管理转变，真正把国有资产的经营管理推向市场，理顺产权关系，重塑企业财产的组织形式，大力推进法人公司制的建立。