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收支的审计
１、收入的审计。收入是指机关服务中心（机关后勤事业单位）为开展业务活动和其他活动，依法通过各种形式、各个渠道获得的非偿还性资金。后勤事业单位的收入包括财政补助收入、上级补助收入、事业收入、经营收入、附属单位上缴收入和其他收入。后勤事业单位的各项收入应当全部纳入单位预算，统一核算，统一管理。
对财政补助收入、上级补助收入的审计。审计人员首先要被审计单位提供文件，查清国管局有关机关后勤服务费、后勤事业费的预算，包括追加预算；其次审查财政补助收入、上级补助收入总账明细账及有关凭证，查明财政补助收入、上级补助收入的实际拨入金额、银行账号、具体来源；三是与部门“大财务”、机关财务有关资料相核对，查明其来源、金额的真实性，同时也为“大财务”、机关财务的审计提供资料。
对事业收入的审计，难点是如何确定各项收入的合理性。这是由于国家对机关服务中心各项收费没有明确、具体的标准。其次，是机关服务中心与机关的特殊关系，即使相互签订了服务、收费合同，有的也是流于形式。如果以国管局的后勤服务费预算作为标准，由于行政经费挤占事业费现象的普遍性，实际上很难对此进行控制。由于机关服务中心是后勤事业单位，收入中既有机关拨款，又有对外提供产品或劳务得到的收入，在支出方面拥有较大自主权，机关有的不合规支出，有时就以机关服务中心提供服务、支付服务费为由，将有关款项从机关转到机关服务中心进行支出。要控制财政支出中后勤服务费支出，关键是需要有关部门制定明确、具体的收费标准。只有这样，审计处理才有据可凭。
对经营收入、附属单位上交收入、其他收入的审计，主要查明有关的收入是否都已入账。
２、支出的审计。支出指机关服务中心开展业务活动和其他活动发生的各项资金耗费和损失。机关服务中心支出包括事业支出、经营支出、对附属单位补助支出、上缴上级支出。审计人员应检查机关服务中心是否严格执行《国家预算收支科目》等有关财务规章制度规定的开支范围及开支标准。如：职工福利费，享受财政补助的后勤事业单位按每人每月１２元计提使用，不享受财政补助的机关后勤事业单位按职工工资总额的１４％提取使用，工会经费按职工工资总额的２％提取使用；社会保障费用于职工医疗、养老、待业、住房等，按国家有关规定提取；业务招待费按不超过当年单位预算中“公务费”的１％据实列支；其他费用包括职工教育经费等费用，职工教育经费按职工工资总额的１５％提取使用；上缴上级支出指实行收入上缴办法的机关服务中心按照事业收入和经营收入的２％上缴上级单位的支出。机关服务中心的下列支出不得列入成本费用：为购置、建造固定资产和其他资产的支出；对外投资的支出；被没收的财物，支付的滞纳金、罚款、违约金、赔偿金以及各种赞助、捐赠支出；国家法律、法规规定以外的各种付费；国家规定不得列入成本费用的其他支出。在开展非独立核算经营活动中，被审计单位是否根据经营收入与经营支出相配比的原则，正确归集实际发生的各项费用数。
其他内容的审计
１、结余及分配。结余是后勤事业单位年度各项收入和支出相抵后的余额。经营收支结余应当单独反映。机关后勤事业单位的结余，除专项资金按照国家规定结转下一年度继续使用外，可以按不超过结余的４０％提取职工福利基金，剩余部分作为事业基金用于弥补以后年度单位收支差额，或由机关服务中心根据事业发展需要集中或调剂使用。审计人员需要查明结余的计算与分配是否正确。
２、专用基金。专用基金是指后勤事业单位按照规定提取或设置有专门用途的资金，包括修购基金、职工福利基金、医疗基金和其他基金。审计人员需要查明各项基金的提取及使用是否符合规定。
３、往来款项。往来款项包括债权和债务。
债权包括应收票据、应收账款、预付账款、其他应收款。审查重点是其他应收款，查明是否存在违规借出资金、长期拖欠的情况。
债务包括借入款项、应付票据、应付账款、预收账款、其他应付款等。审查重点是其他应付款，查明被审单位是否违规通过其他应付款账户核算按规定应在收入支出账户中核算的内容。
４、固定资产。固定资产的变价收入应当转入修购基金，国家另有规定的除外。后勤事业单位应当定期或者不定期对固定资产盘点清查。年度终了前必须进行一次全面的盘点清查。被审计单位存在的主要问题是购入固定资产不入“固定资产”账，这样做不利于对固定资产的管理，容易造成国有资产的流失。另外是处理固定资产变价收入不入账，形成“小金库”。
延伸审计
为了具体查明有关预算款项的去向及上交款项的来源，有必要选择部分单位进行延伸审计。选择延伸单位需要考虑的因素包括：以前年度审计是否进行了延伸；预算拨款及上交款项的多少；其他有关信息的提示，如群众举报等。