猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的序列及多态性研究

猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的序列及多态性研究

涂荣剑[1]2003年在《猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的序列及多态性研究》文中指出猪肉品质改良一直是家畜育种工作者工作的主要目标之一,随着现代人民生活水平的不断提高,生产质优量多的猪肉显得尤为重要。 本研究以与猪脂肪代谢有关的候选基因—解耦联蛋白基因3(UCP3)为研究对象,利用139头大白×梅山资源家系F_2代及321头F_1代资源家系(81头大梅、55头梅山、30头大白、43头长白、46头梅大、35头长大、31头大长),研究了UCP3基因3’编码区及3’调控区的多态性和遗传效应,结果如下: 1、UCP3基因3’编码区的克隆测序及SNP检测---PCR-SSCP分析 根据猪UCP3基因的cDNA序列设计引物,对四个品种猪:大白、梅山、杜洛克、清平猪肌肉样提取总RNA进行反转录和特异性扩增,得到含UCP3基因3’编码区的扩增产物,经克隆及测序,对不同品种猪该区段序列进行比较分析,发现3个突变位点(SNPs),选取其中一个(ORF内第842碱基C→T突变)能引起错义突变(甲硫氨酸→苏氨酸)的位点为标记位点进行标记基因型--性状的关联分析。 (1)利用PCR-SSCP在139头大白×梅山资源家系F_2代及321头F_1代资源家系(81头大梅、55头梅山、30头大白、43头长白、46头梅大、35头长大、31头大长)中进行了UCP3基因3’编码区的该标记位点基因型的分子扫描,发现:UCP3基因表现出3种基因型(AA、AB、BB),结果显示:A等位基因频率在大白×梅山资源家系F_2代、大白×梅山资源家系F_1代个体及大白、长白、大长、长大群体中分布频率较高,其频率范围为0.71-0.87,而B等位基因则分布较低,其频率范围为0.13-0.29;在梅山、梅大两个群体中,B等位基因分布频率相对较高,分别是0.56、0.55。 (2)139头大白×梅山资源家系F_2代个体UCP3基因多态性与遗传效应分析—UCP3基因不同基因型对胴体性状的影响: UCP3基因多态性与猪胸腰椎间膘厚极显着相关(P<0.01),UCP3~(AA)基因型个体胸腰椎间膘厚比UCP3~(AB)基因型个体低14.2%;同时UCP3基因多态性与猪眼肌高度、眼肌面积显着相关(P<0.05),UCP3~(AB)基因型个体眼肌高度、眼肌面积分别比UCP3~(BB)基因型个体高7.8%和11.2%。 在胴体性状方面,UCP3基因主要以加性作用方式发挥作用,眼肌高度、估测瘦肉率加性效应值分别为-0.348(P<0.05),-9.218(P<0.01)。 (3)139头大白×梅山资源家系F_2代个体UCP3基因多态性与遗传效应分析—UCP3基因不同基因型对肉质性状的影响: UCP3基因多态性与失水率、系水率及背最长肌色值显着相关,UCP3~(AA)基因型猪解祸联蛋白基因3(UCP3)的序列及多态性分析个体失水率比UCP3“B基因型个体低4.00,0(P<0.05),其系水率则比ueP3“B基因型个体高8.3%(P<0.05),uCP3n日基因型个体背最长肌色值比ucP3从基因型个体高18.2%(P<0.05):此外,UCP3基因多态性与水分(LD)极显着相关,UCP3AB基因型个体水分比UCP3AA基因型个体低0.65%(P<0.01)。此外,在脂肪含量(LD)方面,UcP3AB基因型猪比uCP3AA基因型个休高8.1%,达建议显着水平(P二0.067)。 在肉质性状方面,UCP3基因主要以加性作用方式发挥作用,显性效应不显着。失水率、系水率及背最长肌色值的加性效应值分别为2.759(P<0.05),一3.759 (P<0 .05),2.012(P<0.05)。 (4)81头大白、梅山资源家系FI代个体UCP3基因多态性与遗传效应分析一UCP3基因不同基因型对朋体性状的影响: 研究表明:UCP3基因多态性与肩部背膘厚相关显着:UCP3从基因型个体肩部背膘厚比UCP3”“基因型个体高11 .3%(P<0.05);除此外,未发现在该家系中UcP3不同基因型与其它性状的相关。2 UCP3基因3’调控区Aval多态性位点的遗传效应分析 利用猪DNA对UCP3基因3’调控区的一碱基变异区段进行PCR扩增,对其扩增产物的Aval酶切位点进行PCR一PFLP分析,并在1 39头大白又梅山参考家系FZ代个体中进行多态性扫描和遗传效应分析,结果表明:该多态位点的不同基因型与猪胭体及肉质性状相关均不显着。并且该位点基因除在水分性状(LD)中的加性效应值显着外:一0.388(P<0.05),其它性状的加性、显性效应也都不显着。 本实验结果表明:UCP3基因3’编码区突变位点的多态性与猪胭体性状:胸腰椎间膘厚、眼肌高度、眼肌面积及肉质性状:失水率、系水率、背最长肌色值和水分(LD)相关显着,同时与脂肪含量(LD)的相关达建议显着水平;并且,该基因片段以加性效应为主,有利于在育种过程中的遗传固定。因此,建议是否将此标记基因在猪标记辅助选择一肉质品质及胭休品质改良中加以应用。

伍革民, 许晓风, 章熙霞, 张雪娜[2]2007年在《山猪UCP3基因遗传变异及其与胴体、肉质性状的相关研究》文中提出将猪解耦联蛋白3(UCP3)基因作为山猪肉质性状研究的候选基因之一,应用PCR-SSCP技术检测山猪及其杂种猪UCP3基因的多态性,对具有多态性的位点进行测序后,与其他品种猪UCP3基因序列进行比较分析。结果在山猪及其杂种中检测到2种UCP3 PCR-SSCP多态型,测序及比较分析后共找到19处多态位点,其中A型具有独特的4处多态位点。对5个品种猪UCP3基因共有的15处多态位点比较后发现,山猪的B型与长白猪的相应序列相似性最高,15处多态位点中有14处相同(只1567处有一个替换),山猪UCP3的A型与内江猪相应序列相似性最高,15处多态位点中有11处相同。对11个品种猪AυaI的PCR-RFLP基因型分布进行比较,发现山猪与梅山猪、内江猪的分布较一致。利用SAS 6.12软件,对PCR-SSCP不同基因型个体胴体性状与肉质性状进行了显着性检验与多重比较,结果表明UCP3 PCR-SSCP不同基因型间肉质性状差异均不显着,在胴体性状中AA型背膘厚显着低于BB型,因此UCP3有可能作为胴体性状遗传标记用于标记辅助选择。

涂荣剑, 邓昌彦, 熊远[3]2004年在《猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3′侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响》文中提出利用PCR-RFLP技术,分析了猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的3′侧翼区一碱基变异区Ava 位点的多态性在不同猪群体间的基因型分布及其多态性对猪胴体、肉质性状的影响。结果表明:经χ2独立性检验,发现该多态片段3种基因类型在各品种间分布不一致,杜洛克与中国地方猪种淮南猪、二花脸猪、清平猪、八眉猪相比差异极显着(P<0.01),中国地方猪种间比较差异均不显着(P>0.05);采用最小二乘法以及回归法分析了大白×梅山资源家系F2代139头个体的Ava 位点多态性与相应的胴体、肉质性状的连锁关系,未发现该位点对猪胴体、肉质性状的显着性影响。UCP3基因3′侧翼区多态位点基因片段在各猪群间分布类型的不同显示出中国地方猪种与外来猪种相比所具有的种质差异,但该位点是否用作为改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究。

李波, 李华, 李学伟, 于辉[4]2006年在《猪解耦联蛋白3(UCP3)基因的研究进展》文中研究指明解耦联蛋白(uncouplingprotein,UCPs)是一类位于线粒体内膜的质子转运载体蛋白,它们参与机体的能量代谢,可将呼吸链与ATP的产生过程解耦联,使质子化学梯度消失,能量以产热形式散发,增加能量的消耗。目前,在哺乳动物中已发现的解耦联蛋白家族

李艳华[5]2005年在《猪解耦联蛋白基因(UCP2和UCP3)遗传变异研究》文中认为UCPs基因具有调节ATP产生、维持体温、控制体内超氧自由基(活性氧)的生成、调控脂肪代谢和维持氧化磷酸化平衡等多方面功能。目前,UCP基因家族在畜禽上研究得较少。本研究通过对UCP2和UCP3基因的克隆、测序,得到了UCP2和UCP3基因的全序列,通过对这两个基因分别进行基因组扫描,初步获得了基因的多态信息。通过PCR、PCR-SSCP、PCR-RFLP和测序等方法,对多态性位点在15个猪品种中进行了群体验证并进行基因分型。UCP2基因共验证了12个突变位点,其中包括3个缺失突变和9个单碱基突变,在扫描的外显子中未发现突变;UCP3基因共验证了24个突变位点,其中包括4个缺失突变和20个单碱基突变,在扫描的外显子中发现2个SNPs:T1056G(错义突变)和C1453T(同义突变)。应用转录因子分析软件TFSEARCH vet 1.3分别对UCP2和UCP3基因的非翻译区进行潜在调控元件和蛋白结合位点的预测,结果表明,UCP2基因仅有一处突变G-42A改变了转录因子结合位点;UCP3基因A521G、1830nt缺失、3219nt缺失、C3399A和C3401A几个位点的碱基突变使转录因子的结合情况发生了改变。UCP2和UCP3连锁基因共存在7个缺失位点,对这7个缺失位点进行联合分析表明:UCP基因缺失突变可能对猪的生产性能日增重有一定影响。对UCP3基因的4个引起转录结合位点改变的多态性位点1830nt处16bp缺失、3219nt处6bp缺失、C3399A和C3401A进行单倍型分析,BBAA组合的单倍型H1的转录因子可能对猪的生产性能日增重有一定的促进作用。总之,UCP2和UCP3基因存在极其丰富的变异,其中碱基错义突变和缺失突变的检测及引起转录因子结合位点改变的碱基突变的发现可作为重要的分子遗传标记,为进一步研究UCP基因转录、调控提供了理论依据。

涂荣剑, 邓昌彦, 熊远着[6]2005年在《猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3'侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响》文中认为利用PCR-RFLP技术,分析了猪解耦联蛋白基因3(CUP3)的3’侧翼区一碱基变异区Ava Ⅰ位点的多态性在不同猪群体间的基因型分布及其多态性对猪胴体、肉质性状的影响。结果表明:经x2独立性检验,发现该多态片段3种基因类型在各品种间分布不一致,杜洛克与中国地方猪种淮南猪、二花脸猪、清平猪、八眉猪相比差异极显着(P<0.01),中国地方猪种间比较差异均不显着(P>0.05);采用最小二乘法以及回归法分析了大白×梅山资源家系F2代139头个体的Ava Ⅰ位点多态性与相应的胴体、肉质性状的连锁关系,未发现该位点对猪胴体、肉质性状的显着性影响。UCP3基因3’侧翼区多态位点基因片段在各猪群间分布类型的不同显示出中国地方猪种与外来猪种相比所具有的种质差异,但该位点是否用作为改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究。

参考文献:

[1]. 猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的序列及多态性研究[D]. 涂荣剑. 华中农业大学. 2003

[2]. 山猪UCP3基因遗传变异及其与胴体、肉质性状的相关研究[J]. 伍革民, 许晓风, 章熙霞, 张雪娜. 江苏农业科学. 2007

[3]. 猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3′侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响[J]. 涂荣剑, 邓昌彦, 熊远. 畜牧兽医学报. 2004

[4]. 猪解耦联蛋白3(UCP3)基因的研究进展[J]. 李波, 李华, 李学伟, 于辉. 黑龙江畜牧兽医. 2006

[5]. 猪解耦联蛋白基因(UCP2和UCP3)遗传变异研究[D]. 李艳华. 中国农业大学. 2005

[6]. 猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3'侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响[C]. 涂荣剑, 邓昌彦, 熊远着. 第一届中国养猪生产和疾病控制技术大会——2005中国畜牧兽医学会学术年会论文集. 2005

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