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编纂《四库全书存目丛书》是近二百年来中国学术文化史上的空前盛举，更是一项对中国文化发展具有重大贡献的工作。清乾隆时纂修《四库全书》，人们承认这是中国历史上一件浩大的文化工程。《四库全书》收集各类图书3590种（据文渊阁本），与历代史志、艺文志著录的图书相比，这个数学显得有些微不足道，更何况还有大量的清代人著作在流传着。乾隆时为编纂《四库全书》而下诏征集全国各地收藏的图书时，原是“寓禁于征”，目的是查禁当时流传的不利于清王朝统治的书籍，经审查后，列入应禁应毁之列。乾隆虽自称编纂《四库全书》是“为天地立心，为生民立道，为往圣继绝学，为万世开太平”，但说到底，主要目的还是为了维护其封建统治。四库馆臣秉承统治者的意旨，把全国征集来的大量图书，凡是不符合清王朝统治需要及不符合统治阶级价值标准的书，予以禁毁之外，还把大量的书也一概摒弃于《四库全书》之外，不予著录，只存其目，不使流传。列入存目的书有6793种之多，比收入《四库全书》的书几乎多了一倍。大批列入存目的书，也各撰提要一篇，简单地介绍一下，其评价无庸赘述，因为提要既然是“钦定”的，其褒贬自然是按照统治阶级的原则而举出这样那样的说词来说明取舍的理由。
被摒弃于《四库全书》之外的存目之书，有6793种之多，在当时舍书而留其目，今则睹目而书已难求，事隔两个世纪，历经世事沧桑，现在实际流传下来的书，经过编委们的艰苦纂辑工作，也不过四千多种，其中有些濒于失传，甚至已成为孤本，而其中却不乏宝贵的学术资料和历史资料。以史料来说，《四库全书》杂史类著录仅二十二部，而列入存目的则有179部。地理类地方志中，宋元旧志十余种，全部予以著录，明代方志著录六种，清代方志著录各省通志15种，而一百多种府道州县志一概列入存目，这里有多少珍贵的资料被摒于《四库全书》之外！明清人的别集就更不用说了。《四库全书》中明人别集著录238种，列入存目的则有852种，清人别集著录41种，列入存目的有583种，这个情况反映了四库馆臣在编纂工作中“忌讳”之所在。明清之际，流露民族思想的作品甚多，清朝是少数民族入主中原，民族问题是个敏感的问题，宋明时代史事，明清人文集，触及清朝统治者痛处的作品是不罕见的，不能不加以“忌讳”，这虽只是摒弃诸书打入“存目”的原由的一个方面，但其弃置的资料却不在少数。所以为了保存古代典籍，弘扬优秀的传统文化，编纂《四库全书存目丛书》是必要的，而且是要抓紧进行的。
《四库全书存目丛书》从1994年开始编纂工作以来，在编纂出版工作委员会领导下，经编委们共同努力，经、史、子、集各部已次第结稿印行，大功告成，欣喜无量。全书的出版，为学术文化界提供了大批资料，而且是原版影印，尽量采用旧刻旧抄，所辑资料的版本也是可以信赖的。在今天这个跨世纪的时代，我们要建设有中国特色的社会主义，弘扬传统的优秀文化，建设我们的精神文明，正是有中国特色的社会主义的特点之一。如何弘扬传统的优秀文化，就是要大办实事，抢救并妥善保存我们的文化遗产，提供充分的资料，从这一点来看，编纂《四库全书存目丛书》是有重要意义的。现在《四库全书存目丛书》如期完成了，这是学术界文化界一件振奋人心的大好事。《丛书》也将在国内外广为流传，对学术文化的发展，也将起到越来越大的作用。