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现代大学制度是现代学校一个重要和具有代表性的组成部分，但人们对其基本内涵、理论基础、实践价值的认识和理解却存在着很大的差异，而且争论的内容往往不在一个层面上。认识的不同导致实践上的差异，有人试图比照现代企业制度建立现代大学制度，有人把现代大学制度与推进教育“市场化”等同起来，认为现代大学制度的核心是运用市场机制运作和“经营”学校。越来越多的事实表明，现代大学制度是一个理论上需要深入探讨，实践上需要更多探索的问题。
现代学校制度作为一个相对性的概念，是在现代教育历史沿革的过程中提出的一个理论框架，更是一个实际问题。现代学校制度问题的提出，实质上是现代学校教育所经历的变迁在制度层面上的反映。现代学校制度是一个在实践中内涵不断得到丰富和发展的动态概念。基于此，无论是从外延还是内涵，对现代学校制度进行统一而确切的界定都是相当困难的。关于“现代学校制度”的制度特征和内涵，比较常见的意见来自两种不同的逻辑：一是从扩大教育资源等经济属性产生的学校治理理念，强调产权问题、自主经营和董事会制度、学校与政府和市场的关系问题等。另一是从学校培养人的教育属性产生的治理问题，强调学校的校本管理、人本管理等内部管理制度，重视学校与政府、社区、学生和家长的关系。其实，现代学校制度的建立就是教育法制化、民主化、开放化的过程。正如众多专家所呼吁的，建立现代学校制度应强调前瞻性和可行性，应注重立足我国国情和教育现实、注重本土化建设。它首先是一种教育制度而非经济制度，由此应该更多地关注教育的本真，即学生的发展问题。现代学校制度应在市场机制、政府权力和公民社会之间寻求一种内在均衡的治理结构，从而有效配置整个社会的教育资源。同时，保障学校教育更好地实现公益性宗旨和社会公正。
作为有着特定功能的社会组织，大学区别于“第一部门”(政府机构)、“第二部门”(企业)，是典型的“第三部门”。政府机关实行严格的科层制、权力本位，以服从、纪律、照章行事为特点；企业则以效率和利润为最大追求。大学组织的特点、管理模式与政府和企业完全不同。
建立现代大学制度，最终是为了更好地发挥高等教育功能。当前，我国高等教育改革的二维坐标，在横向上是规模的扩张，实现高等教育大众化；在纵向上是培养创新人才，向世界一流大学的目标努力。我们判断一所“大学”的属性主要取决于其制度的特定性和现代性。从第三维来看，高等教育的品质在异化，大楼林立，大师稀少。我们已经熟悉什么是“现代企业制度”，但对“现代大学制度”似乎还比较陌生。现代大学制度应该具有相对于组织化社会自我确认特性而言的批判性、相对于重视功利的社会习性而言的创造性与传授知识的超脱性、相对于社会分工专门定势而言的包容性。一个不以赢利为目标、经理没有经营权的企业不是真正的企业，一个没有奠定学术自由的价值、教授不拥有学术权力、不能充分而卓越地履行职能的大学，不可能是现代意义上的大学。
教育是社会政治、经济和文化的纽带，也是现代文明发展演化出来的社会的具体功能。从社会经济发展的角度看，教育满足两种需求，即教育的社会需求和教育的个人需求。教育的社会需求，是在一定的社会历史发展阶段上，基于国家未来经济与社会的发展对劳动力和专门人才的要求而产生的。社会需要教育为各行各业提供所需专业人才和劳动力。需要教育培养出来的人遵守、保护和发展社会的文明和制度。教育提供了社会再生产的合格人才，包含了劳动力所需要的知识、技能和精神。教育的历史，是两者不断融合、相互作用的演化过程。适应社会发展需要的品德和精神的教育，以及一般性的知识教育不产生经济效益，是属于公益性的。技能教育为受教育者带来就业的机会，造就再生产的能力，具有产业性。高等教育产生的科技服务，将知识转化成生产力，更是产业性的表现。当教育主要是作为国民福利事业、政府行为时，教育的公益性是唯一特征。在允许教育作为一种产业以谋求新的发展机制，并且在很大程度上与市场接轨的情况下，公益性作为教育的本质特征不能被否认。但是，诸如教育投资寻利性等特点也应适当体现。两者表现为本质与现象、目的与手段、形式与内容等多元化的、相辅相成的新关系。正是这种统一，才是高等教育可以按产业模式进行运作的认识前提。
教育规律与经济规律并不一致，而一旦将教育看成是“产业”，纳入市场经济的范畴，两者就自然地并且是必然地发生有机的结合或联系。如果学校充分按教育规律办学，有效提高教育质量，培养为社会所欢迎的人才，就为社会的发展做出了积极贡献，实现了教育的公益性，也得到社会的认同。在市场条件下，这种认同常常会制造出教育的“紧缺资源”，由此带来不同程度的“经济效益”，又会进一步推动学校的建设，在更高的层次上实现教育的公益性。反之，教育的公益性就得不到真正的实现。在这里，教育规律是本质性的规律，经济规律是现象性的规律，教育规律是经济规律的决定者，经济规律服从教育规律。当然，教育质量与经济效益之间体现为相辅相成的关系，并不存在着非此即彼的选择。
在市场的背景下，资本的寻利性和教育的公益性之间，的确存在着不同程度的矛盾，但不是对抗性矛盾。至少在理论上可以认为，高质量的教育需要资金的高投入。在政府不能保证高投入的情况下，为了吸引并确保民间资金的大量注入，需要在政策上给予鼓励或倾斜，即允许投资者实现适当、合理的回报。但是，教育肯定不是暴利性产业，即使教育可营利，利润率也不会太高。教育的高收益现象或许是暂时的，一定有客观规律在起作用。让公众产生不满的是教育质量问题，还有贫富差距在教育上的折射。
教育不以营利为目的，并不排斥教育有可能，甚或需要营利。这不仅是因为教育的运作需要有一定的经济作为支撑，也因为教育本身需要不断发展，需要不断投入。“教育以营利为目的”和“教育需要营利”是两个截然不同的命题，一种教育行为是否以营利为目的，视其是否将利润作为终极目的，是否唯利是图而不择手段，而不在于在学校运作过程中是否有盈余，是否将其中一部分作为回报来鼓励对教育的投资行为并据此引导社会的投资意向。当然，“教育需要营利”这一命题还需要有一定的“界定”：教育作为实业，不应是产生“暴利”的场所；教育作为实业，所实现的“利润”绝大部分应用于学校各项建设；学校通过良性运作而实现的盈余既是学校的资产，也是社会公共资源，在任何情况下不允许任何人以任何形式“抽调”。
在社会转型的大背景下，教育的公共属性和私利属性客观存在，两者之间关系的处理和运作，决非二元对立。所以，现代大学制度的提出与构建，更多的是基于历史变迁中的公民社会选择、市场选择及政府选择的博弈均衡。套用或者移植现代企业制度于大学制度，显然是刻舟求剑，但可以对现代企业制度进行科学的嫁接。
大学与政府的关系历来是高等学校发展过程中一个非常重要的外部关系。在世界高等教育发展的进程中，大学与政府的关系主要体现在每个国家的教育管理体制上。自从这种关系存在以来，控制与反控制、政府管理与大学自治就始终成为难以平衡的矛盾，尤其是大学自治作为一种理念始终在影响着高等教育的发展。因此，理顺政府与大学的关系，就成为高等教育管理中的一个重要课题。大学与政府的关系并非中国所特有，也非现阶段才出现。它是一个世界性的问题，自近现代高等教育产生之日起就几乎与高校形影相随。尽管各国的国情不同，但两者关系的核心问题是共同的。西方国家的大学一直具有自治、自由的传统，大学与政府间的自治与控制的拉锯战旷日持久。当代的高校系统，已经成为整个社会大系统中的一个有机的子系统。这个子系统自身的存在，越来越直接地依赖于社会母系统提供的资源，依赖于政府在各种社会子系统之间的协调，以保证教育资源供应的正常和丰富。由于这种依赖性的增强，政府也就自然而然地被推到高校与社会关系的协调者与保护者的位置上。在高校对社会依赖性日益增加的同时，社会对高校的依赖性也在增强。“绝对化”的自治自由的消失和“国家化”倾向的增强，大学的活动必须符合国家需要和社会标准已成为一种共识。借鉴国际上高等教育管理的成功经验，政府应致力于与高校形成一种平衡、和谐的关系。政府的管理不应只停留在大学内部的运作和管理上，更不应停留在高校内部的日常事务上，而应着眼于大学系统内外部的宏观关系和高等教育事业的质量标准和方向上。政府的管理不应只是依靠长官意志和行政命令，而应该通过规划与立法、拨款与筹款、评估与监督、制定各级各类高校的设置标准，以及审批新高校等手段，充当高等教育事业的规划者和协调者。
当前，社会文化呈现多元化的趋势，这对建立现代大学制度的影响是多方面的，并进一步影响着政府的决策和市场的需求。中国传统文化中的一些价值观念和基于西方主流文化的大学理念有着根本性矛盾。只有立足于文化和国情，才能真正确立中国的现代教育，担当起人才培养的重任。建立中华民族先进文化目标的实现有待于现代大学制度来保障，先进的文化观念应当在现代大学制度中得以充分体现和应用。在市场经济条件下，工商界既是大学外部环境的组成部分，又是外部市场力量的重要代表。加强大学与工商界的联系与合作，是世界大学发展的共同趋势，对大学、企业、社会均有重要意义。对于大学来说，有利于提高教育质量，培养具有较强实际工作能力、创新能力的高级人才，有利于体制改革，提高应变能力和适应能力，有利于改善学校的办学条件，弥补教育经费的不足。对于社会来说，有利于加快科学技术转化为生产力的进程，促进社会经济发展的协调与平衡。经济全球化和高等学校的扩招，使得人才结构性失衡问题越来越明显，有必要对高等学校办学的形式结构进行调整。为此，应使各种形式的大学在教育质量上得到切实保证，做好多样化的大学办学形式之间的贯通工作，构建与社会主义市场体制和教育内在规律相适应的、不同类型教育相互衔接的教育体制。
现代大学制度的核心，是在政府的宏观调控下，大学面向社会，依法自主办学，实行民主管理。现代大学制度的建设必须符合大学的学术文化组织特性，遵循学术发展规律，有利于管理的科学、民主和效率。在我国，要按照教育法和高等教育法的要求，坚持从中国的国情和学校发展的实际出发，创建具有中国特色的现代大学制度。这是一个系统工程，而建立学校内部治理制度是核心问题。应以委员会制度为基本框架，建立科学、民主、高效的决策体制。在西方大学和我国近代大学发展过程中形成的“教授治校”传统，是现代大学制度的核心内容。目前，许多高校开始实行扁平化管理，把管理重心下移，以学院作为一个行政管理实体，全面负责教学、科研、人事等各项工作，协调学科建设和发展。同时，建立以同行评议为基础的学术评审制度。现代大学制度改革的一个核心问题，是实现大学管理由行政主导向学术主导的演变，形成一套相对透明、公正、合理且严格的教师聘任、晋升、考核的规则。由此，应坚持正当程序原则，实施民主管理，加大师生的办学参与权，增强学校发展的凝聚力，形成组织共同的价值、信念和目标，使师生的参与和对办学目标的共同热情，成为办好大学的重要保障。