一、建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用（论文文献综述）
吴勤,孟繁平,马雪梅,金波,申力军,吴立兵,楚金东,来文辉,韩晶晶,李扞卫[1]（2015）在《丙型肝炎肝硬化患者HCV基因型与血清白细胞介素17、白细胞介素6及维生素D的关系》文中提出目的探讨不同HCV基因分型与丙型肝炎肝硬化患者血清中白细胞介素（IL）17、IL-6及维生素D的关系。方法选取2012年1-12月解放军第三〇二医院收治的76例丙型肝炎肝硬化患者,根据基因型不同分为1b型47例和2a型29例。采用ELISA法检测患者血清中IL-17、IL-6及维生素D水平。计量资料组间比较采用t检验,计数资料组间比较采用χ2检验,采用Spearman分析血清中IL-17、IL-6及维生素D与基因分型的相关性。结果在Child-Pugh改良分级结果中,1b型患者中A级所占比例相对于2a型差异具有统计学意义（χ2=4.97,P<0.05）;1b型患者的AFP、HCV RNA滴度、IL-17、IL-6、TNFα均高于2a型,差异均有统计学意义（t值分别为21.56、16.51、12.31、10.71、7.23,P值均<0.05）,而IFNγ、25-OH-D、1,25（OH）2D低于2a型,差异均有统计学意义（t值分别为3.98、6.32、4.88,P值均<0.05）;Spearman相关性分析发现,AFP、HCV RNA滴度、IL-6、IL-17与1b型、2a型基因均呈正相关（P值均<0.05）,而IFNγ、TNFα和25-OH-D与1b型、2a型基因呈负相关（P值均<0.05）。结论 1b型患者血清中IL-17、IL-6、AFP及HCV RNA水平均高于2a型患者,而维生素D低于2a型患者,血清中IL-17、IL-6、25-OH-D、AFP及HCV RNA与基因分型有一定的相关性,而1,25（OH）2D则与基因分型无关。
张智辉[2]（2014）在《云南省静脉注射吸毒人群中HCV感染的分子流行病学研究》文中研究指明丙型肝炎（Hepatitis C）是威胁人类身体健康的重要传染病,其病原体是丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）,全球范围内大约有1.7亿人感染了HCV,我国的感染率约为3.2%。HCV感染容易慢性化,慢性丙型肝炎约有20%-30%会在20年内缓慢进展为肝硬化和肝癌,HCV感染成为导致肝癌及终末期肝病的重要原因。HCV的依赖RNA的RNA聚合酶（RdRp）缺乏校对功能,使得RNA在复制过程中错配率极高,最终导致了HCV基因组中核苷酸突变频率极高,为基因分型提供了基础。HCV可分为6个主要基因型,每个基因型又可分为若干亚型,HCV基因型的不同直接影响HCV的致病力和患者对药物治疗的反应性。在静脉注射吸毒人群中HCV的感染比例极高（15.6%-98.7%）,云南省地处中国西南边陲,与缅甸、老挝、越南三国接壤,紧邻世界最大的鸦片种植地“金三角”,是毒品运输入中国内地的重要节点,具有大量的吸毒人员。相关调查显示云南省静脉注射吸毒人群HCV的感染率接近80%。本研究从昆明市疾病预防控制中心获得了100份2012年1月至5月期间收集于云南不同地区吸毒人员的HCV阳性血清样本,通过RT-PCR扩增得到HCV C/E1区段,经过T-A克隆和测序,确定了云南省共分布8个亚型的HCV（la,1b、3a、3b、6a、6n、6u、6v）。主要流行的基因型为6型（47%）,其次为3型（41%）及1型（12%）。在亚型分布中,6n亚型（30%）及3b亚型（29%）为主要流行的亚型,占到样品总数的59%。本研究通过对比云南省与其他地区静脉注射吸毒人群HCV基因型分布情况后发现,云南省HCV基因型分布情况与中国南部的情况相似,而与中国东部地区有明显区别。通过对比本次研究的结果与早前云南省相关研究的结果,发现在五年时间内云南省静脉注射吸毒人群中6型HCV比例由25%上升为47%,其中6a亚型由5%上升为15%,6n亚型由11.2%上升为30%,而3a亚型及1b亚型的频率下降接近50%。本研究的结果进一步佐证了HCV的基因型及基因亚型受到贩毒路线的影响这一推论,并发现云南省静脉注射吸毒人群中HCV基因型及基因亚型相较之前有了明显的变化,6a及6n亚型可能由缅甸和越南通过贩毒路线传入云南。
张晋会,王微[3]（2012）在《丙型肝炎病毒基因分型研究进展及临床意义》文中进行了进一步梳理丙型肝炎是经血或血制品传播的急慢性肝炎类疾病,可转化为肝硬化或肝癌。其致病因子丙型肝炎病毒是一种高异质性RNA病毒,可根据其基因变程度的不同分为多个基因型与亚型,其基因分型与地理分布,病情进展及干扰素的治疗效果有关,近年来发展出了多种检测基因分型的方法。本文就近年来丙型肝炎基因分型的各种检测方法作一比较并综述了基因分型的临床意义,为临床对各种检测方法的选择提供一定的依据。
朱晓光[4]（2012）在《麻疹病毒属6种重要病毒目视化基因芯片检测方法的建立及其初步应用》文中研究指明麻疹病毒属在病毒学分类上位于单负链RNA病毒目，副粘病毒科，副粘病毒亚科。根据国际病毒学委员会第8次分类会议的病毒分类目录，犬瘟热病毒、麻疹病毒、小反刍兽疫病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒和海豚瘟热病毒等六种病毒属于麻疹病毒属，这六种病毒分别在各自的宿主中引起重要的疾病，造成严重的公共卫生危害、社会影响和经济损失。上述病毒宿主范围广泛，致病性强，病死率高，已经引起了研究人员的重视，RT-PCR，实时定量PCR以及免疫学和血清学检测等多种方法被应用于上述病毒检测，但是这些方法多数是检测一种病毒或区分两种病毒，目前没有一种方法能同时检测麻疹病毒属上述六种重要病毒。本文研究目的是建立麻疹病毒属6种重要病毒的快速、准确、灵敏、高通量的基因芯片检测技术平台，同时完成麻疹病毒、犬瘟热病毒、小反刍兽疫病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒等麻疹病毒属病毒的种特异性检测，为疫病临床诊断、人畜传染病防控及反恐怖活动等提供有效的诊断手段。在NCBI网站下载上述病毒基因组序列信息，利用生物学软件对6种病毒下载的序列进行比对，获得每种病毒长度在200bp以上的种保守性特异核苷酸序列，以此作为设计oligo探针的备选序列，利用分子生物学软件PrimerPremier5.0设计特异性好、长度均一、Tm值相近的寡核苷酸探针。待检样品经荧光引物扩增后与基因芯片在优化的条件下杂交，激光扫描荧光信号分布和强度，Genepix软件分析结果；麻疹病毒属种特异性检测基因芯片制备后，用参比样品检验本基因芯片的敏感性、特异性、重复性和稳定性。麻疹病毒属种特异性基因芯片检测方法建立后，对来自吉林、辽宁和黑龙江的38例疑似犬瘟热病毒感染的临床病料进行了检测。在建立麻疹病毒属核酸检测基因芯片基础上，利用生物素-链霉亲和素的结合，引入胶体金显色及银染放大系统，建立麻疹病毒属的目视化基因芯片检测系统，使用目视化基因芯片对东北三省的48例临床病料进行了检测，共检测到38例犬瘟热病毒阳性样品，基因芯片方法和PCR方法的检测符合率为94.7%。本实验主要完成了以下四部分工作一、麻疹病毒属病毒种特异性寡核苷酸探针的设计从NCBI网站的Genome数据库下载麻疹病毒、犬瘟热病毒、小反刍兽疫病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒的基因组序列，从该网站的Oligonucleotide数据库下载上述病毒的核酸序列信息。每种病毒的下载序列分别比对后得到种特异性病毒保守区，在各自保守区内以Primer Premier5.0软件设计种特异性寡核苷酸探针及对应的PCR引物。遵循探针的设计原则，探针长度为25士5mer，TM值为48士5℃，使所有探针具有相近的杂交动力学参数。利用生物信息学技术在线比对，通过与公开发表的所有已知病毒序列进行比较，进行了病毒保守区和寡核苷酸探针的特异性验证，包括病毒属内序列同源性、种间序列的特异性、种内毒株的保守性。经过筛选与验证，从一千余条备选探针中确定了6条麻疹病毒属种特异性鉴定短寡核苷酸探针。二、麻疹病毒属病毒多重PCR扩增方法的建立上述实验确定了各病毒探针，在探针的两端分别设计麻疹病毒属各病毒特异性PCR扩增上下游引物，在上游引物的5′端标记HEX荧光染料，该染料可以被基因芯片扫描仪检测呈现绿色荧光。经优化各病毒引物比例，建立了麻疹病毒属多重PCR扩增方法。以细胞毒、合成模拟毒、质粒和病料为模板，验证了该多重PCR方法的特异性。实验结果显示，所建立的多重反应体系对麻疹病毒、犬瘟热病毒、小反刍兽疫病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒等均能扩增出与预期设计大小一致的特异条带，而对犬副流感病毒、VERO细胞和健康犬组织等无特异扩增，该结果与特异PCR方法检测结果一致。三、麻疹病毒属病毒种特异性基因芯片检测方法的建立及初步应用探针用MG2-610型点样仪通过机械手臂分别以夹缝针接触式点样方式印迹于醛基玻片上，探针浓度为40pmol/μl，点样温度为25℃，点样湿度为70%，点样后经NaBH4封闭。经优化杂交条件，初步建立了麻疹病毒属种水平鉴定基因芯片。基因芯片检测犬瘟热病毒、麻疹病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒、小反刍兽疫病毒和牛瘟病毒的细胞毒和质粒结果均为阳性，而检测犬副流感病毒、VERO细胞和健康犬组织的结果为阴性，证明本基因芯片具有良好的麻疹病毒属种检测特异性。将TCID50为10-4的以犬瘟热病毒细胞毒10倍比稀释，分别用基因芯片和PCR方法梯度检测，基因芯片能检测到10-2TCID50的犬瘟热病毒，检测灵敏度是PCR方法100倍。分别使用同一批次和不同批次的多张芯片检测犬瘟热病毒，结果均为阳性，证明本芯片具有良好的重复性。制备的基因芯片放置1年以上仍然具有良好的检测活性。犬瘟热病毒能够感染犬科、鼬科、浣熊科、大熊猫科、猫科等多种动物，且传染性强、致死率高，对我国家养犬类、宠物、经济动物、野生动物、动物园以及实验动物等危害极大。在基因芯片制备完成后，使用基因芯片对吉林、辽宁和黑龙江等省送检的犬、狐狸和貉子病料进行检测，38例标本中，普通PCR方法和基因芯片方法检测犬瘟热病毒均是阳性结果的为24例，而单独基因芯片方法检测为犬瘟热病毒阳性结果的有2例，两种方法的检测符合率为92.7%。四、麻疹病毒属目视化基因芯片检测方法的建立及其初步应用根据上述实验得到的各病毒种特异性探针，在5’端连接短臂后按照规律的阵列点样在玻璃片上，水合之后形成可以长期保存的芯片。在PCR引物的5’端引入生物素，于胶体金上引入链霉亲和素，利用生物素-链霉亲和素反应使胶体金在点样探针上特异性的结合与聚集，最后利用银染放大信号，形成肉眼可见的结果。该检测平台特异性好，通量高，灵敏度与基因PCR方法相仿，能应用于临床样品，与麻疹病毒属核酸检测基因芯片相互补充，更加适用于基础实验室及临床检测。本实验建立了四步法探针设计方法，建立了麻疹病毒属6种重要病毒探针数据库，制备了能同时检测12份样品、每份样品能同时检测6种病毒的基因芯片。在探针两端设计PCR扩增引物，建立了麻疹病毒属6种重要病毒多重PCR扩增方法，在此基础上，建立了麻疹病毒属种特异性鉴定扫描芯片和目视化芯片技术，并初步应用于犬瘟热病毒临床病料检测，该技术具有良好的灵敏度和特异性，在出现传染病疫情时，结合临床症状及流行病学特征等，可在种水平上快速鉴定上述六种病毒。
苏海霞[5]（2007）在《肝细胞中结合丙型肝炎病毒C区RNA的特异性蛋白分子筛选、鉴定和表达研究》文中指出目的和意义丙型肝炎病毒（HCV）是慢性肝炎和肝癌的主要病原体之一,但对于HCV的复制和致病机制目前还是不甚清楚。宿主细胞中的许多蛋白分子可以通过与HCV RNA基因组的相互作用,调节HCV的翻译、复制和病毒的组装。现有研究发现的HCV RNA结合蛋白,其结合区域主要位于HCV RNA的5’-UTR、3’-UTR和RNA的副链。但是与HCV CORE区（核心区）RNA结合的细胞蛋白却很少有研究报导。本研究拟采用凝胶迁移和紫外交联的实验方法,从人肝癌细胞系HepG2细胞中初步筛选与HCV CORE区RNA结合的细胞蛋白分子,确定其与HCV RNA结合的具体区域,并对RNA结合蛋白进行分离、鉴定。通过研究宿主细胞蛋白与HCV C区RNA的相互作用,将有助于我们对宿主和病毒相互作用的更好理解,从而在细胞蛋白质水平对病毒RNA的翻译、复制和病毒蛋白表达进行调控;并有利于在丙型肝炎的预防和治疗方面提出针对性的措施。方法①采用RT-PCR扩增HCV C区cDNA序列,并构建重组质粒pGEM-HCV;以pGEM-HCV为模板,采用体外转录的方法制备DIG标记和未标记的HCV C-RNA分子;将DIG标记的HCV C-RNA与HepG2细胞蛋白结合,进行凝胶迁移实验;将DIG标记的HCV C-RNA与HepG2细胞蛋白结合,进行紫外交联筛选实验,并采用未标记的HCV C-RNA分子进行竞争性实验;电泳后将RNA/蛋白转移至NC膜,以DIG抗体检测NC膜上的DIG信号,判断是否有细胞蛋白与HCV C-RNA结合。②采用PCR、克隆和体外转录的方法,制备不同长度的HCV C-RNA分子;分别将不同长度的HCV C-RNA分子与细胞蛋白进行结合反应和紫外交联实验,确定HCV C-RNA与细胞蛋白的结合区域;采用抗-DIG和免疫沉淀方法,从RNA和蛋白混合物中,分离与DIG标记的HCV C-RNA分子结合的细胞蛋白;通过SDS-PAGE和NC膜的检测结果的比对,切取目的蛋白条带,进行肽指纹图谱分析鉴定。③提取HepG2细胞总RNA,以RT-PCR方法扩增PGAM-B的全基因片断,与载体pcDNATM3.1/V5-HisA连接,构建真核表达质粒pcDNA-PGAM;以PCR方法扩增pGEM-HCV中HCV核心蛋白基因片断,与载体pcDNA3.0连接,构建真核表达质粒pcDNA-HCV;经酶切和测序鉴定后,将真核表达质粒分别转染HepG2细胞;以免疫细胞化学的方法,在细胞爬片上分别检测细胞中PGAM-His蛋白和HCV核心蛋白的瞬时表达情况。结果①从1例HCV感染者血清中扩增得到的503bp HCV cDNA序列,构建了重组质粒pGEM-HCV,并进行了PCR、酶切鉴定和测序鉴定。②所得HCV cDNA序列与已知HCV序列（AB092962.1）比较,属于HCV 1型基因C区,仅有两个核苷酸不同,nt 67（23aaK→E）和nt 177（沉默突变）,其余序列均一致。③通过凝胶迁移实验初步检测到,有HepG2细胞蛋白与HCV C-RNA分子结合。④通过紫外交联实验检测到,有多个HepG2细胞蛋白与HCVC-RNA分子在体外发生了结合;随着结合反应体系中细胞蛋白浓度的增加,HCV C-RNA和蛋白的结合量随之增多;未标记HCV C-RNA对DIG标记的HCV C-RNA与HepG2细胞蛋白的结合有竞争性抑制作用。⑤3个不同长度的HCV C-RNA分子（198nt、306nt和503nt）都可与HepG2细胞蛋白在体外发生结合;其中C-RNA 5’端的C198 RNA与细胞蛋白的结合条带,最为清晰和锐利。⑥经免疫沉淀后的蛋白,在NC膜上可以检测到4条明显的兰紫色RNA结合蛋白带;其中以P30蛋白条带最为清晰,蛋白量最多。⑦从SDS-PAGE胶上切取了P30蛋白条带,经肽指纹图谱分析鉴定,P30蛋白为磷酸甘油酸变位酶1（PGAM-B）。⑧从HepG2细胞中,扩增得到了约为760bp的PGAM-B的cDNA全基因片断;所得PGAM-B基因序列与已知PGAM-B基因序列（J04173）进行比较,完全一致。⑨基因序列和蛋白读码框均正确的真核表达质粒pcDNA-PGAM和pcDNA-HCV,分别转染HepG2细胞后,可在细胞爬片上检测到PGAM-His和HCV核心蛋白的瞬时表达。结论①在HepG2细胞中,有多个细胞蛋白分子可以与HCV核心区RNA在体外发生特异性的结合。②HCV C-RNA与HepG2细胞蛋白的结合区域可能位于HCV C区RNA的5’端。③PGAM-B可以与HCV C-RNA在体外发生特异结合,提示PGAM-B可能通过与HCV核心区RNA的相互作用,参与HCV RNA的翻译和复制。④PGAM-B和HCV核心蛋白可以在HepG2细胞中瞬时表达。
高玉红,李峥,台虹[6]（2006）在《丙型肝炎病毒基因分型方法研究进展》文中研究表明丙型肝炎病毒是一个高度异质性的RNA病毒,由于HCV基因型与病程、病情进展和治疗关系密切,本文介绍了HCV基因分型依据以及HCV基因分型系统概况,对HCV基因分型方法及其特点进行了比较,并对其意义作一综述。
王永忠,毛红菊,周国平,吴国祥,赵建龙[7]（2005）在《膜显色DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及临床意义》文中认为目的了解丙型肝炎病毒基因型分布及其临床意义。方法应用逆转录聚合酶链反应（RTPCR）对89例抗HCV阳性血清进行HCVRNA扩增,再应用膜显色DNA芯片技术,对HCV进行基因分型,并对部分标本用基因测序法作对照。结果89份抗HCV阳性血清中,检测出HCVRNA阳性73例。其中,HCV/1b型66例（90.4%）,HCV/1a型1例（1.4%）,2a型3例（4.1%）,3b型3例（4.1%）。13例标本作基因测序分型对照,分型结果完全一致。15例献血员血清中未检出HCVRNA。结论HCV/1b型是江苏常州地区丙肝病毒优势株。膜显色DNA芯片可用于HCVRNA检测及基因分型检测,方法简便、快速、准确,适合临床推广应用及流行病学研究。
肖驰[8]（2005）在《猪繁殖与呼吸道综合征、猪瘟和猪圆环病毒病诊断DNA微阵列的构建及其检测技术研究》文中研究说明本研究首次应用DNA微阵列技术构建了猪繁殖与呼吸疾病综合症病毒（PRRSV）、猪瘟病毒（CSFV）和猪圆环病毒2型（PCV2）检测芯片,建立了PRRS、CSF和PCV2感染基因芯片检测新技术,主要研究内容包括下面三个方面。 1.靶基因克隆、鉴定与分析 对GenBank中报道的PRRSV、CSFV和PCV基因序列进行多重序列对位排列分析（MSA）,应用ArrayDesigner2.0软件针对保守区域设计靶基因。PRRSV和CSFV采用RT-PCR一步法、PCV采用PCR法扩增共获得了15个靶基因片段,用pMD18-T克隆、筛选获得T/PRRS-PS9、T/U1b、T/E6、T/E8、T/C14P9、T/Y11、T/Y12、T/CSFPS5、T/CSF1、T/Npro、T/Erns、T/HCLVP7、T/PCVCQB7、T/PCV2P6和T/PCVT3等15个靶基因重组质粒,经序列测定、MSA分析结果为: 1) PRRS-PS9（基因收录号:AY775134）、U1b（基因收录号:AY775135）、Y11（基因收录号:AY775133）、Y12（基因收录号:AY775136）和C14P9（基因收录号:AY775132）扩增自PRRSV C14-2,分别为PRRSV美洲型5’UTR、ORF1b、ORF6、ORF7、ORF5基因片段,片段大小分别为174bp、301bp、155bp、176bp、468bp;E6和E8扩增自西班牙PRRS疫苗株VP046,为PRRSV欧洲型ORF6和5’UTR基因片段,长度分别为350 bp和191bp。PRRS靶基因与同型毒株的核苷酸序列一致性在90%以上,个别基因高达100%,与异型毒株则在70%以下,其中C14P9靶基因与国外VR2332参考毒株和主要美洲型弱毒疫苗株的核苷酸序列一致性高达99%左右,而与国内多数分离株的序列一致性在85%左右。 2) 靶基因CSFPS5（基因收录号:AY775139）、CSF1（基因收录号:AY775140）、Npro（基因收录号:AY775138）、Erns（基因收录号:AY775137）扩增自猪瘟临床病料、HCLVP7（基因收录号:AY775141）扩增自猪瘟兔化弱毒疫苗,分别为CSFV 3’UTR、5’UTR、Npro、Erns和E2基因片段,长度分别为133 bp、143 bp、293 bp、301 bp和490bp。MSA分析发现CSF靶基因与瘟疫病毒属1、2、3、4型和待定的5型和6型核苷酸序列一致性分别为:CSFPS5,30-50%、80-100%、40-60%、40-50%、48%、48%;CSF1,60-70%、>95%、80%、64%、68.71%、68.54%;Npro,70-75%、85-100%、75%、35-40%、77%;Erns,55-60%、80-100%、30-35%、50-55%、55.94%、57.96%:HCLVP7,60-65%、>90%、40%、60-65%、64.51%、66.55%。
彭俊文[9]（2004）在《生物芯片技术应用现状及其发展对策研究》文中提出生物芯片（biochip）技术是20世纪90年代中期发展起来的一种具有划时代意义的微量分析技术。它是一门综合了分子生物学、免疫学、半导体微电子、激光、化学染料等学科的新技术。 生物芯片是指采用原位合成或微量点样等方法，将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等等生物样品有序地固化于支持物的表面，组成密集二维分子排列，然后与已标记的待测生物样品中靶分子杂交，通过特定的仪器对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地扫描、检测和收集，最后经计算机分析数据结果，并建立生物学模型。 生物芯片技术是随着人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）的实施而发展起来的，是大规模基因测序和筛选的必然结果。并为”后基因组计划”时期基因功能的研究及现代医学科学及医学诊断学的发展提供了强有力的工具。 对生物芯片研究人员来说，最终的研究目标是对分析的全过程实现全集成，即芯片实验室（laboratory on a chip）。生物芯片最终的意义和目的不在于本身，而在于它极大地提高了人类认识生命本质的能力和手段，为揭示人类这个复杂网络系统打下基础。 本文通过信息检索的途径，主要包括网上搜索、文献查阅以及专家咨询等方式，检索、查阅并分析了大量的国内外有关生物芯片的文献资料，总结了生物芯 摘要片技术产生的历史背景、发展历程，详细讨论了生物芯片的技术原理、分类方式和制备方法，并以基因芯片、蛋白质芯片和微缩实验室芯片为中心，阐述了生物芯片在药物研制方面、在基因诊断和治疗方面、在检测基因表达水平方面、在我国传统医学一中医药学的深人研究和论证方面等诸多领域的应用现状。分析了生物芯片技术的发展趋势和国内外最新的研发进展，指出了现存的一些问题，考察了我国生物芯片技术的现状及当前制定的政策。据此提出了我国在这一研究领域的对策和建议。
毛红菊,顾士民,赵建龙,刘江霞[10]（2003）在《建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用》文中指出目的建立一种简便、快速的以DNA芯片技术为基础的丙型肝炎病毒基因分型检测方法。方法 根据丙型肝炎病毒HCV的基因序列信息设计分型探针,将采用荧光标记的寡核苷酸引物所扩增的丙型肝炎病毒基因产物与结合在芯片上的特异性探针进行快速杂交,通过扫描荧光强度值定性和定量判定结果。结果 应用本法对65例患者血清中的丙型肝炎病毒核酸进行基因分型,对部分标本检测结果与测序法进行对比,吻合率达100％,说明检测结果有很高的特异性。结论 我们所用DNA芯片技术检测HCV RNA及其基因分型,简便、快速、特异性好、灵敏度高、结果判定指标客观,可望在临床推广使用。
二、建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用（论文提纲范文）
（1）丙型肝炎肝硬化患者HCV基因型与血清白细胞介素17、白细胞介素6及维生素D的关系（论文提纲范文）
| 1资料与方法 |
| 2结果 |
| 3讨论 |
（2）云南省静脉注射吸毒人群中HCV感染的分子流行病学研究（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 1. 引言 |
| 1.1 HCV的基因组结构及编码产物 |
| 1.1.1 HCV的基因组结构 |
| 1.1.2 病毒蛋白的结构与功能 |
| 1.2 HCV的传播途径 |
| 1.2.1 血液传播 |
| 1.2.2 性传播 |
| 1.2.3 垂直传播 |
| 1.3 HCV基因分型 |
| 1.3.1 HCV的基因分型系统 |
| 1.3.2 全球HCV的流行与进化 |
| 1.3.3 我国静脉注射吸毒人群中HCV的流行与进化 |
| 1.3.4 HCV基因分型的意义 |
| 1.3.5 HCV基因分型的方法 2. 研究目的及意义 3. 材料和方法 |
| 3.1 血清样品 |
| 3.2 主要试剂及材料 |
| 3.3 主要仪器设备 |
| 3.4 软件 |
| 3.5 引物设计及主要参考序列 4. 实验方法 |
| 4.1 病毒基因组RNA的提取 |
| 4.2 逆转录反应获取HCV cDNA |
| 4.3 分型区段的选择及PCR反应条件摸索 |
| 4.4 PCR扩增HCV C/E1区的部分序列 |
| 4.5 琼脂糖凝胶电泳 |
| 4.6 PCR产物的纯化 |
| 4.7 受体菌DH5a的感受态制备 |
| 4.8 纯化产物于PMD19-T载体的连接 |
| 4.9 转化感受态细胞DH5a |
| 4.10 阳性重组质粒的提取及鉴定 |
| 4.11 数据分析 5. 实验结果 |
| 5.1 HCV分型扩增区段地选择及PCR条件优化 |
| 5.2 阳性样本中HCV RNA的PCR检测 |
| 5.3 HCV C/E1区段的PCR扩增 |
| 5.4 PCR产物胶回收、测序用重组载体PMD19-T的构建与鉴定 |
| 5.5 HCV阳性样本中HCVC/E1区段测序结果 |
| 5.6 云南省静脉吸毒人群中HCV的基因型分布 |
| 5.7 云南省静脉吸毒人群HCV感染亚型的性别及年龄分布 |
| 5.8 云南省静脉吸毒人群中HCV的基因型分布状况与其他地区分布状况的对比 |
| 5.9 云南省静脉吸毒人群中现有HCV的基因型分布状况与早期研究的对比 6. 讨论 7. 小结 参考文献 附录一 HCV阳性样品测序序列 附录二 主要缩略词表 附录三 主要溶液配制方法 致谢 研究生简历 攻读硕士期间发表论文的情况 |
（3）丙型肝炎病毒基因分型研究进展及临床意义（论文提纲范文）
| 引言 |
| 1 HCV基因型的研究现状 |
| 1.1 HCV病毒的分子特征 |
| 1.2 HCV基因型分型 |
| 2 HCV基因型的分型方法 |
| 2.1 测序法 |
| 2.2 型特异性引物扩增法 |
| 2.3 基因芯片法 |
| 2.4 限制性片段长度多态性 |
| 2.5 血清学方法 |
| 3 HCV基因分型的临床意义 |
| 3.1 有助于探讨其分布及传播来源 |
| 3.2 与肝脏损伤及疾病归转的关系 |
| 3.3 对干扰素用药的指导 |
（4）麻疹病毒属6种重要病毒目视化基因芯片检测方法的建立及其初步应用（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 短寡核苷酸探针的设计和生物信息学验证 |
| 一、材料和方法 |
| 二、结果 |
| 三、讨论 |
| 第二部分 麻疹病毒属多重PCR 扩增方法的建立 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果 |
| 三、讨论 |
| 第三部分 麻疹病毒属种特异性基因检测芯片的建立及其初步应用 |
| 一、材料和方法 |
| 二、结果 |
| 三、讨论 |
| 第四部分 麻疹病毒属目视化基因芯片检测方法的建立及其初步应用 |
| 一 材料 |
| 二 方法 |
| 三 结果 |
| 四、讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 期间撰写的论文 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（5）肝细胞中结合丙型肝炎病毒C区RNA的特异性蛋白分子筛选、鉴定和表达研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言和文献回顾 |
| 正文 |
| 1 肝细胞中HCV C区RNA结合蛋白的筛选 |
| 1.1 材料与试剂 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.4 讨论 |
| 2 HCV C 区RNA 结合蛋白的分离和鉴定 |
| 2.1 材料和试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 3 HCV C 区 RNA 结合蛋白和 HCV CORE 蛋白的表达 |
| 3.1 材料和试剂 |
| 3.2 方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简历及研究成果 |
| 致谢 |
（6）丙型肝炎病毒基因分型方法研究进展（论文提纲范文）
| HCV基因分型系统 |
| HCV基因分型方法 |
| HCV分型的意义 |
（7）膜显色DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及临床意义（论文提纲范文）
| 资料与方法 |
| 一、一般资料 |
| 二、主要仪器 |
| 三、主要试剂 |
| 四、HCV RNA样本处理及cDNA合成 |
| 五、PCR扩增与芯片杂交 |
| 六、PCR产物测序分型 |
| 七、统计学处理 |
| 结果 |
| 一、 RT-PCR检测结果 |
| 二、HCV RNA荧光定量PCR结果 |
| 三、芯片分型检测结果 |
| 讨论 |
（8）猪繁殖与呼吸道综合征、猪瘟和猪圆环病毒病诊断DNA微阵列的构建及其检测技术研究（论文提纲范文）
| 综述一 猪瘟病毒分子生物学及其检测技术研究进展 |
| 综述二 猪繁殖与呼吸道综合症病毒分子生物学及其检测技术研究进展 |
| 综述三 猪圆环病毒2型病毒分子生物学及其检测技术研究进展 |
| 综述四 基因芯片技术及其对动物传染病检测的研究进展 |
| 前言 |
| 第一章 靶标的克隆、鉴定和分析 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 结论 |
| 第二章 诊断DNA微阵列的构建 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 结论 |
| 第三章 PRRS-CSF-PCV2诊断DNA微阵列检测技术研究 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附表1 本文分析时引用PRRSV毒株 |
| 附表2 本文分析时引用瘟疫病毒属毒株 |
| 附表3 本文分析时引用PCV毒株 |
| 彩图 |
| 附件1 试验试剂配置 |
| 附件2 靶基因测序图 |
| 附件3 在读期间论文成果情况 |
（9）生物芯片技术应用现状及其发展对策研究（论文提纲范文）
| 前言 |
| 第一章 生物芯片技术的产生与发展 |
| 第一节 生物芯片技术产生的背景及其发展历程 |
| 第二节 生物芯片的定义及其分类 |
| 2.1 生物芯片的定义 |
| 2.2 生物芯片的分类 |
| 2.2.1 按载体材料 |
| 2.2.2 按点样方式 |
| 2.2.3 按探针类型 |
| 2.2.4 按功能用途 |
| 2.2.5 其它芯片 |
| 第三节 生物芯片的原理及其制备 |
| 3.1 原理 |
| 3.1.1 DNA配对原理 |
| 3.1.2 微机械技术 |
| 3.2 生物芯片的制备 |
| 3.2.1 四个基本步骤 |
| 3.2.2 基因芯片的制备 |
| 3.2.2.1 光引导聚合技术 |
| 3.2.2.2 压电打印聚合技术 |
| 3.2.2.3 分子印迹原位合成 |
| 3.2.2.4 微矩阵点样 |
| 3.2.2.5 其它方法 |
| 3.2.3 蛋白质芯片的制备 |
| 3.2.4 芯片微缩实验室的制备 |
| 3.2.4.1 基底材料的选择 |
| 3.2.4.2 微刻技术和结合技术 |
| 3.2.4.3 流体控制的力 |
| 3.2.4.4 微尺寸功能区 |
| 3.2.4.5 检测方法 |
| 3.3 生物芯片的使用 |
| 3.3.1 生物芯片的选择 |
| 3.3.2 样品制备 |
| 3.3.2.1 样品量的计算 |
| 3.3.2.2 样品采集规程 |
| 3.3.3 杂交过程 |
| 3.3.4 杂交信号检测 |
| 3.3.4.1 荧光标记检测 |
| 3.3.4.1.1 激光扫描荧光显微镜 |
| 3.3.4.1.2 激光扫描共焦显微镜 |
| 3.3.4.1.3 采用CCD照相的荧光显微镜 |
| 3.3.4.1.4 光纤传感器 |
| 3.3.4.2 生物素标记检测 |
| 3.3.5 结果数据分析与处理 |
| 3.3.5.1 原始数据处理 |
| 3.3.5.2 标准化数据统计学分析 |
| 3.3.5.3 数据的存储与交流 |
| 第二章 生物芯片技术的应用 |
| 第一节 生物芯片在药物研究中的应用 |
| 1.1 药物筛选 |
| 1.2 耐药性研究 |
| 1.2.1 耐药机制 |
| 1.2.2 多药耐药基因表达检测 |
| 1.2.3 病原体耐药性检测 |
| 1.3 药物毒副反应检测 |
| 1.3.1 寻找相关基因 |
| 1.3.2 相关基因功能的研究 |
| 1.4 个性化药物及治疗研究 |
| 第二节 生物芯片在检测基因表达水平中的应用 |
| 2.1 基因表达检测 |
| 2.2 基因差异表达检测 |
| 2.3 DNA测序 |
| 2.4 基因突变和多太性分析 |
| 第三节 生物芯片在基因诊断和疾病治疗中的应用 |
| 第四节 生物芯片在中医药领域中的应用 |
| 第五节 生物芯片与生物信息学研究 |
| 第三章 生物芯片技术发展趋势分析 |
| 第一节 生物芯片最新进展 |
| 第二节 当前生物芯片技术研究中存在的问题 |
| 第三节 生物芯片前景分析 |
| 第四章 我国生物芯片技术概况及发展对策建议 |
| 第一节 我国生物芯片技术的发展及现状 |
| 第二节 我国生物芯片产业亟待解决的问题 |
| 第三节 我国开展生物芯片技术研究的几点建议 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录一 发表文献综述 |
（10）建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 探针设计 |
| 1.3 引物的合成 |
| 1.4 聚合酶链反应 |
| 1.5 芯片制备 |
| 1.6 芯片杂交及扫描 |
| 1.7 序列测定 |
| 2 结果 |
| 2.1 PCR扩增 |
| 2.2 芯片检测基因分型结果 |
| 2.3 DNA测序 |
| 3 讨论 |
四、建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用（论文参考文献）
- [1]丙型肝炎肝硬化患者HCV基因型与血清白细胞介素17、白细胞介素6及维生素D的关系[J]. 吴勤,孟繁平,马雪梅,金波,申力军,吴立兵,楚金东,来文辉,韩晶晶,李扞卫. 临床肝胆病杂志, 2015(11)
- [2]云南省静脉注射吸毒人群中HCV感染的分子流行病学研究[D]. 张智辉. 北京协和医学院, 2014(01)
- [3]丙型肝炎病毒基因分型研究进展及临床意义[J]. 张晋会,王微. 现代生物医学进展, 2012(34)
- [4]麻疹病毒属6种重要病毒目视化基因芯片检测方法的建立及其初步应用[D]. 朱晓光. 中国人民解放军军事医学科学院, 2012(10)
- [5]肝细胞中结合丙型肝炎病毒C区RNA的特异性蛋白分子筛选、鉴定和表达研究[D]. 苏海霞. 第四军医大学, 2007(04)
- [6]丙型肝炎病毒基因分型方法研究进展[J]. 高玉红,李峥,台虹. 国际检验医学杂志, 2006(10)
- [7]膜显色DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及临床意义[J]. 王永忠,毛红菊,周国平,吴国祥,赵建龙. 江苏医药, 2005(06)
- [8]猪繁殖与呼吸道综合征、猪瘟和猪圆环病毒病诊断DNA微阵列的构建及其检测技术研究[D]. 肖驰. 四川农业大学, 2005(08)
- [9]生物芯片技术应用现状及其发展对策研究[D]. 彭俊文. 中国人民解放军军事医学科学院, 2004(04)
- [10]建立DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及其初步应用[J]. 毛红菊,顾士民,赵建龙,刘江霞. 中华实验和临床病毒学杂志, 2003(04)