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中图分类号：D925.2文献标识码：A文章编号：1004-9428（2008）05-0124-07
一、现行职能管辖立法规定及其缺陷
修订后的刑事诉讼法在职能管辖问题上作了一定的调整，突出了检察机关在查处国家（机关）工作人员职务犯罪的重点，但是，由于主体身份细分以及犯罪事实多样化、复杂化，由此带来的职能管辖异议也更加突出，在某些具体罪名的分工上，甚至还没有原有规定容易区分。现行职能管辖立法存在的主要缺陷包括：
第一，《刑事诉讼法》与其他法律规定的不一致。如《刑事诉讼法》第18条第二款将“国家工作人员的渎职犯罪”确定为检察机关管辖，而《刑法》第九章所规定的渎职罪仅限于国家机关工作人员，即渎职罪的主体范围，刑事诉讼法规定的宽，刑法规定的窄。《刑事诉讼法》确定的国家工作人员渎职犯罪既包括《刑法》第九章中国家机关工作人员渎职罪，也包括《刑法》其他章节中国家机关工作人员以外的国家工作人员渎职罪，如《刑法》第165条非法经营同类营业罪，第166条为亲友非法牟利罪，第167条签订、履行合同失职被骗罪等。按理，当刑事诉讼法与刑法在渎职罪的主体上不一致时，也应当按刑事诉讼法来确定管辖。但是“六部门联合规定”第2条却规定：“刑事诉讼法规定人民检察院管辖‘国家工作人员的渎职犯罪’案件，修订后的刑法已将渎职罪的主体修改为国家机关工作人员。根据这一修改，人民检察院管辖的‘渎职犯罪’是指刑法分则第九章规定的渎职罪……刑法分则第三章破坏社会主义市场经济秩序罪中规定的犯罪由公安机关管辖。”由此可见，“六部门联合规定”是以《刑法》来修改《刑事诉讼法》，按《刑法》的规定来划分管辖的，其科学性值得研究。
还有，现行《刑事诉讼法》第18条规定了检察机关管辖的自然人犯罪，但并未对单位犯罪的职能管辖作出特别的规定，因为《刑事诉讼法》先于《刑法》修订，而单位犯罪是1997年《刑法》新增加的一个规定，这样，造成我国现行《刑法》贪污贿赂罪中的五种单位犯罪——单位受贿罪、对单位行贿罪、单位行贿罪、集体私分国有资产罪和集体私分罚没款物罪的管辖不明。
此外，根据《刑法》第98条规定，告诉才处理的案件，如果被害人受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。但是，在《刑事诉讼法》及“两院”的诉讼规则中，则均没有人民检察院代为告诉的规定。《刑事诉讼法》还有关于“反革命案件”的规定，而《刑法》已没有此罪名了。
第二，《刑事诉讼法》内部条文间的矛盾。主要表现在：
一是《刑事诉讼法》第83条规定与第86条规定的矛盾。第83条规定，公安检察机关只要发现有“犯罪事实”或“犯罪嫌疑人”就应当立案；而第86条规定，法院、检察、公安机关只有认为“有犯罪事实”并“需要追究刑事责任”时，才应立案。按第86条的规定，其实已经达到起诉或有罪判决的基本要求了，这样的要求，对绝大部分案件来说，在立案阶段是难以完成的：未经侦查，如何能确定犯罪嫌疑人需要追究刑事责任？因为也有可能属于正当防卫、紧急避险或是精神病人、不负刑事责任的未成年人。
二是《刑事诉讼法》第84条与第86条存在矛盾和重叠。第84条规定：“对于报案、控告、举报，都应当接受，对于不属于自己管辖的，应移送主管机关处理”；第86条规定：“对于报案、控告、举报的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案……”两条文间内容存在重叠之处，又容易引起误解：既然都应当接受，自然必须审查，否则如何知晓是否属于自己管辖？而未经审查，又如何能确定管辖呢？
三是《刑事诉讼法》第15条规定的“有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪……”说明立案属于已经追究刑事责任了，否则不存在撤销案件之说。由此可以推导出，人民法院对自诉案件进行立案，说明人民法院已经开始追究被告人的刑事责任了。这样，如果法院在开庭审理前，发现“原告撤回告诉或没有告诉”的，应当撤案处理还是作终止审理呢？如果发现不应当追究被告人刑事责任的，根据《刑事诉讼法》第130条规定，在侦查过程中，应当撤销案件，但根据《刑事诉讼法》第171条规定，则法院应当说服自诉人撤回自诉或者驳回起诉，根本没有撤销案件之说。同时，这样的规定也与《最高人民法院关于执行〈刑事诉讼法〉若干问题的解释》第192条规定相矛盾，该条规定“对于已经立案，经审查缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回起诉或者裁定驳回起诉”，说明法院立案发现依据不足时，不是撤销案件，而是驳回起诉或由自诉人撤回。这一条与法院立案的要求自相矛盾，因为法院对自诉案件，在受理时就应当进行审查，认为有罪证的才能立案，否则不应立案。
四是《刑事诉讼法》第86条规定：“人民法院对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案……”这里，除“控告”外，其实，人民法院均不具备立案的条件，因为缺乏自诉案件的必要条件：“报案”时还不知犯罪嫌疑人为何人；“举报”的主体不是被害人；对自诉案件而言，没有自诉，即使有“自首”，法院也不能立案。
第三，缺乏对管辖错误的救济。现行《刑事诉讼法》没有规定发现职能管辖错误时应如何处理，缺乏救济措施。职能管辖错误收集的证据与刑讯逼供所取得的证据不同，如果将存在管辖错误的案件材料视作违法取得的证据予以排除，则必须考虑以下两个问题：一方面，如何判断管辖是否错误？有的案件检察院审查起诉时改变了侦查时的定性，后一审法院又改了，或二审改了，或再审改了，如何判别对错？另一方面，如果这些证据不能被认定，则案件管辖移送制度就形同虚设，侦查异地协作，侦查一体化等设想都将破灭。如果进一步认为，职能管辖错误为违法行为，则不但原收集的证据材料不能被采信，而且将追究办案人员的刑事责任了，如非法搜查、刑讯逼供、徇私枉法等。
与上述争议密切相关的，还有对立案前所收集证据的认定问题。在刑事案件中，有很多证据是在立案之前收集的，这些证据有的是公安司法机关在初查、调查时收集的，或者是以治安案件形式收集的；有的则是由非公安司法机关收集的，如工商部门查处假冒伪劣商品案件时收集的生产设备、伪劣商品，纪委查处违纪案件时查获的赃款赃物，这些证据往往事后无法再补正，必须予以认定，否则案件就难以进一步深入了，如果检察机关对纪检部门查获的证据不予认定，则不再存在纪检部门向检察院移送案件了。又如，公安机关在审讯犯罪嫌疑人时，犯罪嫌疑人死亡，检察机关接到报案后，组织调查，需要对审讯人员进行询问，对尸体进行检验鉴定，查明死亡原因。如发现系审讯人员刑讯逼供的，则应当立案侦查，那么前期的调查材料是否自然成为证据使用呢？从司法实践需要看，答案应当是肯定的，但如果认可这样做，则立案与不立案又有什么区别呢？未立案时所取得的材料能够作为证据使用，立案后所取得的材料却因为管辖错误而不能作为证据使用，于理不符。
司法实践中常见的职能管辖异议类型有三种。第一，因犯罪主体上的争议引起的职能管辖异议。具体包括四种情况：
一是贪污受贿犯罪中的主体争议。这类主体争议主要是指犯罪嫌疑人本身具有双重身份，既有国家工作人员的身份，又有非国家工作人员的身份，两者之间在法律上不具有直接的关系，但实质上存在内在的委任、委派关系。最典型的就是“红顶商人”贪污受贿行为。如吴某，他既是某市城关镇的党委书记，同时又是该镇下属某集体企业的老总，其在该企业经营过程中收受他人的贿赂、挪用公款等①；又如周某案，周某既是某市供电局的副局长，分管后勤福利，同时又是该局职工以自然人名义出资组建的某民营公司的总裁，供电局又与该公司之间有业务往来，周某在经营公司过程中收受其他业务单位的贿赂。上述两案，虽然内在的关系相近，均由检察院立案管辖，但处理结果却明显不同：前者以受贿罪判处；后者，检察院以受贿罪起诉，法院却以公司企业人员受贿罪判处，而辩方更以管辖异议为由，要求认定无罪。
二是渎职侵权犯罪中的主体争议。前面已经论述，在渎职罪的管辖上，由于刑法第九章渎职罪的犯罪主体，都以国家机关工作人员为限，与刑诉法第2章管辖第18条第2款中的国家工作人员渎职犯罪形成矛盾，而“六部门联合规定”又支持《刑法》的规定，在实践中，常见的给国家和人民利益造成重大损失的是国有资产的流失，而造成国有资产流失的多是国有公司、企业在生产经营中行使管理职能的国家工作人员，纯国家机关工作人员由于不具体掌握国有资产、或虽掌握税收形成的国有资产，但很少对外签订合同，造成公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的情况不多。对于国家工作人员（尤其是国有公司、企业委派到非国有公司、企业单位的人员）代表国家来行使管理公共财产、国家和社会事务的，其渎职造成损失的，由谁管辖，争议较大。有的案件，检察院以玩忽职守罪立案侦查并起诉了，但法院审理后却以国有公司企业人员签订合同失职被骗罪或工程重大责任事故罪认定，如重庆綦江虹桥垮塌案②。
三是共同犯罪中主体争议。实践中，国家工作人员与非国家工作人员勾结共同贪污、受贿、挪用公款的案件很多，对这类犯罪一般均由检察机关立案侦查，但是，对于受委派到非国有企业的国家工作人员与该企业的非国家工作人员勾结共同占有企业财物或收受贿赂的，尤其是非国家工作人员所起的作用较国家工作人员更为明显时，如何确定共犯的身份，就存在较大的争议，导致对案件管辖的异议。
四是同一人以不同身份犯数罪的管辖异议。这类异议主要有两种情形：一是数罪均是利用职务类犯罪，如犯罪嫌嫌疑人由国家机关或国有企事业单位调到非国有公司企业任职，或由非国有企业调到国有企事业单位任职；或者由于企业改制、性质发生变化，导致犯罪嫌疑人主体身份因之改变，其在任职期间，分别利用不同的职务之便犯罪，数罪涉嫌不同机关管辖的；二是数罪分别利用职务类犯罪和普通刑事犯罪，如受贿罪与爆炸罪，受贿罪与交通肇事罪。对于上述管辖异议，涉嫌数罪是分别管辖，还是由其中一家管辖，由哪一家管辖？实践中做法并不统一，虽然“六部门联合规定”第6条作了原则规定，但以主罪划分管辖仍值得商榷，在司法实践中尤其是在立案前“次罪”与“主罪”未必泾渭分明，在立案前根据已有材料可能难以区分次罪与主罪。对此，有学者建议，应当统一由最先接到报案、控告、举报、犯罪嫌疑人自首等立案材料的机关立案侦查，另一个机关积极协助。若是在立案侦查后才发现犯罪嫌疑人还犯有其他机关管辖的罪行的，则再根据“次罪随主罪原则”确定管辖。③ 如山东省济南市人大常委会原主任、党组书记段义和爆炸、受贿、巨额财产来源不明案，在初查后，由有关部门“移交司法机关依法处理”，对于本案的爆炸案，公安机关有必要在第一时间立案侦查。
第二，因事实上的争议引起的职能管辖异议。具体也包括四种情况：
一是公款与非公款的争议。这类案件最常见于村级基层组织人员职务犯罪中。立法解释将村级基层组织人员在非法占有土地征用补偿费等七种情形时视为国家工作人员，但是，上级政府将这些款项支付给村基层组织后，该款项往往与其他款项混同，性质会变得难以界定，从而导致管辖异议。如人民政府将20万元土地征用补偿款打入某村账户，而该村账户中原有资金30万元，即账户中共有50万元资金，过了段时间，村级集体开支用了10万元，账户余额为40万元，后村主任与出纳勾结挪用了20万元用于个人经营，此时，要查清村主任与出纳挪用的20万元款项性质就十分困难，由类似情况造成的管辖异议屡见不鲜。
二是委派与委托、聘任争议。国家机关、国有企事业单位人员到非国有公司企业任职，是否存在委派关系是界定其犯罪主体身份的关键。表面上，委派与委托、聘任容易区分，但是，实际情况往往要复杂得多。譬如，某国有公司与一民营企业合资成立一股份制公司，徐某原为国有企业职工，后经股份制公司董事会聘任为总经理，期间收受贿赂。由于徐某去股份制公司工作必然要经原国有公司同意，股份公司董事会中也有国有公司的代表，应属于受国有公司委派，但形式上往往没有委派的手续（事实上也无权委派），而是由股份公司聘任。对此定性，一直存有争议。
三是对偶型犯罪中的管辖争议。受贿罪与行贿罪是最常见的对偶型犯罪，对于涉嫌受贿犯罪、行贿犯罪由检察机关立案管辖，法律有明文规定，但是由于受贿罪与行贿罪的构成要件并不相同，构成受贿罪，并不一定有行贿罪成立，这样，当检察机关在查处受贿罪时，并不能想当然地对行贿人进行立案查处，更不能对不构成行贿罪的行贿人采取必要的强制措施。而有的行贿人正是基于这样的考虑，有意作伪证，帮助受贿人脱罪，检察机关为查明原因，就需要对行贿人进行立案侦查，但伪证罪不属于检察机关管辖，如果让公安机关立案侦查，因为公安机关对受贿案件不了解（有些案件因侦查需要也不宜向外透露具体细节），所以也难以立案查处，即使立案了，也难以根据检察机关需要进行侦查，在办案实践中往往产生很多不便。
四是因查处原罪案件的管辖争议。与对偶型犯罪相似，一些职务犯罪案件是否成立是以其他罪的成立为条件的。例如拆迁户隐瞒事实、使用作废的房产证明，从拆迁办骗得房屋拆迁补偿款，如要查处拆迁办工作人员的玩忽职守行为，则必然要查拆迁户的诈骗案；而该原案的管辖权在公安机关，所以检察机关只能等公安机关查处原案后才能立案查处职务犯罪案，为此有的地方规定检察机关在查处此类案件时，可以一并查处原案，这样虽有利于案件的及时查处，但毕竟与刑事诉讼法职能管辖规定相冲突，有违法之嫌。
第三，法律适用上的争议。一是定性争议引起的管辖异议。如前所述，司法实践中有很多案件在侦查终结之后，甚至在法庭上，对于定性仍有较大的争议，其中一部分就涉及案件立案管辖问题，如侵占与职务侵占、盗窃、诈骗案争议，在此不再赘述，对这些管辖争议在法庭上仍未能当即解决，却要求在立案当初就予以分清，确与司法规律相违背。也有一些案件管辖异议是由于立法本身有特别规定造成的，如《刑法》第253条第2款规定：邮政工作人员私自开拆或者隐匿、毁弃邮件、电报而窃取财物的，依照本法第264条的规定定罪从重处罚。据此，邮政工作人员私自开拆或者隐匿、毁弃邮件、电报而窃取财物的行为，不再以私自开拆或者隐匿、毁弃邮件、电报罪定罪处罚，而是转化为盗窃罪，由公安机关管辖；但从科学性角度审视，此种情形如行为人为国家工作人员时，应构成贪污罪，由检察机关管辖④。二是由于立法修改、司法解释规定有变化，导致案件管辖发生变化。如司法解释规定有变动时，造成主体身份或事实定性改变，所以，不应根据判例来判别管辖是否错误。如根据《刑事诉讼法》第18条的规定，《刑法》第248条规定虐待被监管人案不属于检察院管辖，但1998年“六部门联合规定”出台后，该罪名属于检察机关管辖。又如对于乡镇工商所聘用人员能否构成渎职罪，在司法解释出台前，多不由检察院管辖，在解释出台后，则由检察院管辖。
二、职能管辖立法完善之构想
（一）立法完善之基本原则
刑事诉讼法在确定管辖时主要考虑了以下原则：一是分工合理、明确；二是保证正确处理案件，便于诉讼进行；三是原则性与灵活性相结合。在划分立案管辖时主要依据是公检法机关的性质与职能以及案件的性质与难易程度。⑤ 在修改、完善刑事诉讼法关于职能管辖问题时仍应坚持上述原则，在此基础上，主要还要考虑以下原则：一要坚持继承与完善并举。现行职能管辖规定虽然存在一些缺陷，但是现阶段仍有其合理的方面，如案件分工总体上说还是可行的，立案程序虽然不符合西方多数国家刑事诉讼法体例，但与我国司法传统和文化意识定位又一脉相承，为多数人所容易接受，正如有学者所言：“在我国目前的法制状况下，取消立案程序还不太适宜。因为我国侦查程序的行政色彩浓厚，侦查权配置不合理，缺少司法审查机制，若取消立案程序，其过滤功能将不复存在，大量案件将涌入侦查阶段，必然会对人权造成不可避免的侵犯。”⑥ 二要坚持简便实效，逐步推进。职能管辖既要防止公检法三机关因权力与职责不明而可能出现的互争管辖或互相推诿现象，又要有利于单位和公民直接向有管辖权的公安机关进行报案、控告、举报，要便于公检法机关调查取证，更要便于公民参加诉讼，因此，在管辖规定上要尽可能地让一般公民容易识别，而不能等案件侦查终结了，连专业人员还对管辖争议不清。
需要指出的是，在公检法三机关或公检法私（自诉人）四者关系中，如果明确了案件是否公诉，也就划定了自诉范围，即私人自诉或法院直接受理刑事案件的管辖范围；在公诉案件范围内（或者说排除自诉案件之外），如果明确了检察机关自侦案件的范围，也就明确了公安机关的受案范围。因此，在现行所谓的职能管辖问题上，只要厘清了检察机关的职能管辖问题，也就明确了其他机关、个人的职能管辖问题，但明确公安机关或人民法院中任何一家的职能管辖问题，并不能确定其他方的职能管辖案件范围。
（二）具体立法构想
第一，赋予公安、检察机关必要的调查权。对于报案、控告、举报、自首的，公安机关、检察机关需要进行必要的调查，才能确定是否存在“犯罪事实”，因此，在立案之前，必须肯定公安机关、检察机关有调查权。譬如，有人建议在刑事诉讼法和其他相关法律中规定：“检察机关在发现诉讼活动可能存在侵权违法行为之时，有权进行必要的调查；检察机关有权调阅有关机关的材料，被调查机关必须在检察机关提出调阅要求后3日内提供；被调查机关无法提供时，必须向检察机关书面说明理由；检察机关有权询问有关人员，被调查人员应当予以配合。”⑦ 因此，不管对公安检察机关的调查权具体如何设置，必须在立法中确定调查所取得的材料的证据效力。
第二，赋予犯罪嫌疑人和被告人申请职能管辖异议权。辩护权是犯罪嫌疑人、被告人的基本权利，犯罪嫌疑人和被告人“对司法机关的管辖权提出异议，否认司法机关的管辖权，使司法机关对其的追诉失去法律效力，排除司法机关追诉的实际危害和潜在危险”，是行使防御、辩护权的主要方式之一。因此，刑事诉讼法应规定犯罪嫌疑人、被告人有权对职能管辖异议提出申请。由犯罪嫌疑人、被告人提出职能管辖异议申请的，侦查机关应当用决定书认可管辖权异议或依法决定移送案件，或用决定书驳回异议。对决定不服的，可以要求复议一次，意见不被接受时可以要求上一级机关复核。但复议和复核期间，公安等侦查机关不停止相应的诉讼活动⑧。
第三，检察院与公安机关的职能管辖划分。应赋予检察院机动管辖权。应当肯定现行公安机关与检察机关直接受理案件的范围大致是可行的，但是应当加以完善，其中有必要给予检察机关机动管辖权——检察机关有权决定将有管辖异议的案件交由公安机关立案侦查或者自行立案侦查——当然，对该决定不服的可向上级检察院申请复议。因为检察机关又是公诉机关，承担着公诉职能，所以对于检察机关以自己管辖的罪名立案的，均应当允许。如果辩方提出管辖异议，检察机关可以直接决定是否需要将案件移送公安机关处理，认为自行侦查更为有利时，可以自行侦查；这与公诉环节的增诉情形相似，检察机关本身应有监督查办的权力，否则，检察机关的法律监督职能也就会虚置。有人担心这样做，检察机关会乱办案、插手经济纠纷办案，其实这种担心是多余的，实践证明，凭检察机关现在的力量是难以承担很多自侦案件的，同时，检察机关办案是否正确并不具有最终决定权，还必须受法院的制约，如果检察机关办理的案件不构成犯罪，则需承担相应的风险，如承担赔偿的责任。检察院有权纠正公安机关错误管辖，同时承担责任。对于公安机关立案了本应由检察院立案的案件，检察院发现时，有权予以纠正，但是已经收集的证据并不必然无效，公安机关有异议的，可以申请复议或向上级检察机关申请复核，复议、复核决定应当执行；公安机关无正当理由拒不执行检察机关决定的，应当承担违法办案的责任。对本应移送检察院管辖的案件，检察院有权决定由公安机关继续侦查，公安机关继续侦查视为检察机关自行侦查，由检察机关承担相应责任。
第四，公诉与自诉案件的划分。检察院不予公诉的、且有明确被害人的刑事案件，被害人均可以自诉。告诉才处理的案件，立法本来的目的是为了尊重被害人的权利，由被害人选择是否要追究被告人的刑事责任，但是，司法实践表明，很多告诉才处理的案件，被害人自己根本无法取证，难以承担举证责任，即根本没有选择是否起诉的权利；而公安司法机关又以对此类案件无权管辖为由，不予受理立案侦查，导致案件长时间不能结案，甚至导致事态扩大，演变为严重刑事案件。因此，对告诉才处理的案件，不以情节轻重划分管辖，被害人可以选择向人民法院直接起诉，也可以向公安、检察机关告诉并要求立案侦查，公安、检察机关认为符合立案条件的，可以立案侦查，符合起诉条件，可以公诉。但应当规定，公安、检察机关在移送下一环节（包括采用刑拘、逮捕等强制措施）前，应当组织双方调解，调解成功的，作撤案或不起诉处理；调解不成的，再移送下一环节。对告诉才处理的案件，不管是自诉还是公诉，被害人有权随时决定撤回告诉，但撤回后，没有新的事实和证据，不能再次向原机关提出。告诉才处理的，由被害人告诉，如被害人没有能力告诉的，可以由近亲属或所在单位负责人告诉；近亲属或单位告诉后，如果发现被害人自己有能力告诉的，则由被害人决定确认是否告诉及向谁告诉，被害人确认不告诉（反对）的，应撤销案件或不起诉或终止审理。自诉案件和告诉才处理的公诉案件，被告人可以提起“反诉”，程序与一般互为被告的案件相似，但检察院不能成为反诉的被告人。
第五，法院对管辖异议的区别裁定。职能管辖异议真正要解决的是对公安机关、检察院、自诉人启动诉讼的资格问题，而不是法院的受理问题，因此，从法院中立裁判、保障当事人自由充分地行使诉权的角度讲，“对于所有符合条件的起诉，人民法院都应受理”，⑨ 而法院在受理时需审查该案件的起诉人是否符合起诉人的资格条件。例如，检察院将被告人提起诉讼，指控罪名是侮辱罪，而《刑法》规定侮辱罪是告诉才处理的案件，则法院应审查该案件被害人是否向公安或检察机关告诉要求公诉：如果是，则法院应当受理；如果不是，则以检察院不具备起诉人资格为由裁定驳回（或不予受理）；但是如果检察院是以寻衅滋事罪起诉的，则法院应当受理，至于开庭审理中或审理后查明被告人不构成寻衅滋事罪而构成侮辱罪的，则应当听取被害人的意见，如果被害人不同意起诉的，则法院应建议检察院撤回起诉，若检察院不肯撤回起诉的，则法院应当判决被告人不构成寻衅滋事罪（无罪）。判决后，如自诉人不起诉的，则被告人不再被追究刑事责任，如自诉人起诉的，则法院应依法审理判处。相反，如自诉人以盗窃罪向法院起诉，因盗窃罪是属于公诉案件，法院应查明该案检察院是否不予公诉（包括不予立案或同意公安机关不予立案，下同），如果未经检察院审查不予公诉，则法院应以自诉人不符合起诉人资格为由裁定驳回起诉（或不予受理）；但是如果自诉人是以侵占罪起诉的，则法院应当受理，至于审理后，发现该案涉嫌盗窃罪属于公诉案件的，则法院应将案件移送检察机关，建议由检察机关提起公诉，或者向自诉人释明，告知自诉人可以向公安、检察机关报案，由检察机关公诉；此时自诉案件应暂时中止审理，如果检察机关提起公诉，则自诉案件终止审理；如检察机关决定不予公诉的，则自诉人可以以检察机关不予公诉为由向法院自诉，此时自诉罪名可以为盗窃罪，法院可以按盗窃罪审理判处；如果自诉人仍坚持以侵占罪起诉的，则法院应恢复原自诉案件审理，并就低以自诉的罪名予以认定和判决（现实中一般不会出现这样的情形）。
除上述情形外，对于检察机关提起公诉的案件，如果被告人对公安机关或检察机关职能管辖有异议提出申请的，法院应予以驳回，但对于公安、检察机关办案人员取证程序是否合法应进行审查，如是否存在刑讯逼供情形。当然，对于专门管辖错误的，如公安机关立案侦查了应由军队保卫部门管辖的案件，地方检察院提起公诉的，人民法院应当建议检察机关撤回起诉或裁定驳回起诉，由检察机关移送有管辖权的机关处理。
综上，关于职能管辖的立法规定自身存在的缺陷，需要在再次修改《刑事诉讼法》时予以考虑，但应当看到，现实中有很多职能管辖异议并不是《刑事诉讼法》规定本身造成的，而是由相关法律及配套措施没跟上引起的。譬如说，我国《刑法》分则规定的很多犯罪都是情节犯、数额犯，需要达到相当的严重程度才能构成犯罪予以追究，而这些情节、数额要在案发当时查清是有困难的，《刑事诉讼法》在立案阶段既要实现刑事案件的输入功能，又要保证过滤功能，本身就困难重重；又如，《刑法》对于告诉才处理的案件之规定，也值得斟酌。另外，一个重要的方面还在于公安司法机关内部和外部的考核评价制度不尽合理，如，《刑事诉讼法》规定立案后有撤案、不起诉、免除刑事处罚、判处无罪等一系列纠错程序，但是，现实中，有的案件是否立案，取决于破案，能否撤案、不起诉，与信访问题、经济发展、社会稳定有着较大关联。因此，在修改《刑事诉讼法》时，既要吸收、借鉴国外的成熟经验，又必须考虑我国的现实状况，充分注意社会的承受能力和公安司法机关的实际能力。
注释：
① 王延祥、张少林：《刑事管辖常见争议问题析解》[J],《法学》2007年第2期。
② 张智辉：《强化法律监督的制度设计》[C],《中国检察》，第6卷，北京大学出版社2004年版，第383页。
③ 王俊民、潘建安：《刑事案件职能管辖冲突及其解决》[J],《法学》2007年第2期。
④ 肖中华：《论转化犯》[J],《浙江社会科学》2000年第3期。
⑤ 陈光中、徐静村：《刑事诉讼法学》[M],中国政法大学出版社2002年版，第94页。
⑥ 张志：《对完善立案审查程序的探讨》[J],《河南公安高等专科学校学报》2007年第2期。
⑦ 上海市人民检察院第一分院课题组：《法律监督的人权保障功能》[J],《华东政法学院学报》2005年第4期。
⑧ 张处社：《论刑事诉讼管辖权异议》[J],《青海社会科学》2003年第3期。
⑨ 谢佑平：《刑事诉讼国际准则研究》[M],法律出版社2002年版，第41页。
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