1993年12月31日国务院第134号令发布了《中华人民共和国增值税暂行条例》，同年12月25日财政部发布了《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》，两者均从1994年1月1日起实施，增值税作为流转税主体税种之一，其在运行过程中已突显其存在的诸多，具体表现了以下几个方面：
一、在上存在着缺陷。
1、依据《中华人民共和国税收征管法》第35条第6款税务机关有权核定其应纳税款情形之一是指“纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”和第36条“或者外国企业在境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用;不按之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。”上述两条在对增值税日常征管中已显现出法律条款制定时的缺陷，如甲乙两企业为增值税纳税人且为关联企业，甲企业为废旧物资收购企业，又符合免征增值税的一切要件，乙企业为增值税一般纳税人，甲企业通过加价形式即高于无关联的第三方价格销售给乙企业，乙企业依法取得甲企业开具的废旧物资收购专用发票的10%抵扣进项税额，《征管法》第35条第6款和第36条中未列明“计税依据明显偏高，又无正当理由的”情形，在增值税征管过程中找不到法律依据来对甲企业实施查处，对乙企业也未作进项税额转出的相关规定。
2、关于纳税人外出经营活动管理时限的设定容易出问题。根据《征管法》实施细则第21条所称“从事生产、经营的纳税人外出经营，在同一地累计超过180天的，应当在营业地办理税务登记手续。”国税发[2003]47号文又对细则第21条作出解释为“应当是以纳税人在同一县(市)实际经营或提供劳务之日起，在连续的12个月内累计超过180天。”上述的规定在税收实际工作中遭遇尴尬一是与国际惯例不符二是按照公历计算一般半年为181天或182天或184天三是纳税人在累计至179天停业，在第181又开业或复业又只能从头算起，易造成漏管户的发生。
二、总局规范性文件与行政法规相冲突。
根据《征管法》第23条“国家根据税收征收管理的需要，积极推广使用税控装置，纳税人应当按照规定安装，使用税控装置，不得损毁或擅自改动税控装置”，这一条表明了法律赋予税务机关推广使用税控装置的权利，于是国税发(2000)183号规范性文件规定“自2000年1月1日起，企业购置增值税防伪税控系统专用设备和通用设备发生的费用，准予在当期计算缴纳所得税前一次性列支;同时可凭购货所取得的专用发票所注明的税额从增值税销项税额中抵扣”，而《中华人民共和国增值税暂行条例》中第10条第1款规定“购进固定资产”不得从销项税额中抵扣，显而易见，总局规范性文件与行政法规发生了冲突。在税收实际工作中，以“适当减轻企业使用税控系统的负担”来解释，也是对行政法规滞后于征管需要的无奈之举。
三、“三小票”在增值税抵扣设计上的问题。
具体表现在：
1、“运输发票”、“农副产品统一收购专用发票”、“废旧物资统一收购专用发票”均由手工开具，没有全国统一的制式，也没有有效的防伪措施，很容易被虚开和仿制，而且不易分辨真伪，业务的真实性也较难确定，同时还存在着大量的现金交易。
2、在专项检查中，发现“三小票”已从过去单一的商贸企业逐步蔓延到生产型企业，从而导致增值税纳税人由零申报、负申报向低税负正常申报转变，如“铁本”案件，淮安的“2.26”案件，“河南许昌”案件，这些特大案件的发生，不得不引起我们对外部和内部管理以及“三小票”可以抵扣进项税额的反思。
四、企业的库存商品如何处置引发争议。
在税收征管工作中，对企业的库存商品如何处置?基层一线人员普遍感到困惑或棘手，具体表现在：
1、增值税一般纳税人被取消资格后仍然生产经营的，针对其未实现销售的库存商品，有的人认为应按生产型企业6%的征收率、商业企业4%的征收率征收增值税;有的人认为，未实施销售的库存商品，在购进时已被企业依法申请全额抵扣了，应按其适用税率进行进项税额转出补缴增值税，不存在重复缴税的情形，但在实际操作中这一做法又找不到法律依据。
2、针对依法申请注销的库存商品如何处置，有的人认为税务机关在批准其注销之前，应将这部分未实现销售的库存商品应作进项税额转出补缴增值税，有的人认为不应作为进项税额转出，其库存商品任由人处置，就有可能引起恶意注销的情形发生。
3、改变税务机关的纳税人，有的人认为在注销税务表中注明其库存商品，纳税人必须向迁入地税务机关提供此项资料，迁出地税务机关也可向纳税人拟迁入地税务机关网上公布其库存商品，以便迁入地税务机关对其管理。