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近20年来，中国的改革开放事业欣欣向荣，各行各业蓬勃发展。伴随科技体制的深化改革，科技事业处在建国后又一大的发展时期。“科教兴国”与“可持续发展”战略深入人心，成为国家发展的基本国策。然而，面对国际格局的复杂演变、科学技术的严峻挑战以及日益激烈的全球经济竞争趋势，我们不能只看到宏观发展成就的喜人景象，而应更加冷静地思考科技发展中显露出的深层次的矛盾和问题。
一、科技发展呼唤迎接挑战的科技政策
作为一个发展中的大国，我们应当看到，我国科技投入较少，研究水平不高，支撑体系薄弱，特别是在基础研究方面，除个别领域外总体水平不高，竞争力弱，缺少重大创新成果，世界级顶尖科学家不多。还应当看到，长期计划经济下形成的惯性力量，使科技体制深化改革困难重重，相当多的科研单位举步维艰，科技发展的现状与经济的高速发展不协调。
我们即将跨进21世纪的大门，党的十五大的召开，标志着我国步入为实现第三步发展目标的宏伟进程，这将是一个充满机遇和挑战的激动人心的时代。历史进程迫使我们要面对未来，头脑冷静地对国际发展背景下的中国国情进行分析。没有国情分析，就无法制定正确的科技发展战略；没有科技发展战略，就无法制定把握机遇、迎接挑战的科技政策；没有迎接挑战的科技政策，就难以稳步地实现第三步战略目标。
二、科技政策的国家决策过程，应是国家同科技界相互影响、相互作用的过程
制定国家科技政策，是体现国家意志的决策过程，本质上是国家行为。国家制定科技政策，自然要依据国情、国家利益（政治、经济、社会、国防等方面的利益）、国家战略发展目标以及国际发展格局、势态来确定。问题是既然是制定科技政策，最终就必须扎实地落脚于中国的科学和技术的基础上。因而这个决策过程，从系统科学观点上看，又应是国家同科技系统相互作用的过程，也是科技界参与、影响国家决策的过程。国家利益与科技界的利益在客观上和根本上是一致的，然而，国家综揽全局的考虑和意志同科技界的自身需求和意愿在局部和具体方面又会存在矛盾。这个矛盾必需给予高度注意。过去我们政策上出了偏差，正是这个矛盾没处理周全。因此，通过开诚布公的对话、沟通、理解和协调，使两方面产生“谐振”效应，才可能使科技政策成为有源之水，有本之木。1995年英国政府宣布把科研投资重点投向那些能够增强英国产品在市场上竞争力的研究与开发领域（计算机技术、遗传学、新材料三大领域），英国政府对其传统领域的科研投产政策的这一转向，是在同1万名科学家和技术使用者即企业家进行商讨后提出来的。可见，决策成功的关键在于充分发动科技界连同企业家的共同有效参与，充分听取科技界专家学者的真知灼见，甚或逆耳忠言，务需审慎决策，避免先入为主、少数人简单地拍板定案。
三、科学、技术与科技政策
科学和技术是不同的两个范畴，它们认知的对象和方式、形成的成果和价值、功能和作用都是不同的。然而两者却是紧密联系、相互依存、协同发展的。严格来讲，技术的发端早于科学。历史表明，每一次重大的技术进步，都极大地促进了人类的认知活动和科学的发展；反之，每一次科学上的重大发现或重要自然规律的揭示，又都为技术的巨大进步创造了理论前提。科学与技术发展到现代，已成为一个更加紧密的统一系统。因此，各国几乎在制定科学与技术发展政策时，无不把科学技术放在统一框架里全盘考虑。其核心就在于，科学和技术的紧密结合，促其最有效地相互作用，使社会得以最快速和合理的发展。
然而，需要特别注意的是，长期以来将科学与技术模糊为一个笼统概念的思维定式，往往淡化甚至人为地消除了它们之间的本质区别，实际上削弱了对科学理论思维和基础研究的支持。对科学事业投入太少，僵化的机械论的科学与技术观念，以及急功近利的科技政策，不会有利于科学发展和世界级顶尖科学家的成长，在一个较长时期必将显现出巨大的危害。没有深厚科学底蕴的民族，是难以立足于世界民族之林的。
四、科学系统有其特殊的规律，要依据其特点制定科学发展政策
科学发展到今天的现代科学，人们对科学已有了全新的认识。国内外均有学者采用系统理论的观点和方法，将科学抽象为一个极其复杂的、具有独特意义的科学系统进行讨论和认识。李喜先等人认为，科学系统是由相互联系和相互作用的认识要素、知识要素和社会要素有机地结合成特定的结构，从而具有不同于各要素独自具有的新功能、并向新的有序结构进化的融化。其中各要素又以不同的特性、结构和功能分别自成一体，形成相互关联的科学知识子系统、科学认知子系统和科学社会子系统。
日本于1996年制定了为期20年的“脑科学时代”计划，这是一项总投入预计为2万亿日元的大型基础研究计划，从“认识脑”、 “保护脑”和“创造脑”三个方面推进脑的研究，既要揭示脑功能的本质，又着眼于脑疾病的预防和治疗，同时把开发具备人脑特点的高度智能化计算机作为重要应用目标。在知识、人员结构上和科学认知层次上体现了三个子系统的协同和统一。这一大型科学计划实质上构成了具有明确研究目标的科学系统。科学系统作为一个开放的复杂的自组织系统，整体上具有认知功能和各种社会功能，现代则特别突出地表现为各种经济功能。
科学系统的这一系列特性、层次、结构和功能，正是制定科学政策的基础和立足点。当然，国情、国家发展战略需要、经济和市场需求、国际竞争态势，也都是制定改革的依据，但这些都是作为科学系统的外部环境同科学系统发生相互作用的。制定科学政策的实质，就在于把握和确定外部环境（大系统）与科学系统之间最佳的相互作用的力度、规模和机制。
五、针对科学系统中三个相互关联又各具特殊规律的科学子系统制定相应的各有侧重的科学政策
1.科学知识系统是人类认识世界而产生的成果——科学概念、定律、理论、学科等构成的整体，它区别于一般的常识，是系统化、理论化了的以学科知识为骨架的知识体系。因而，要有关于学科布局、学科发展的科学知识政策。
科学知识体系有广泛传播性、累积增殖性、不可垄断性、不可消耗性等特点。广泛传播性为传播知识、培养人才提供基础；累积增殖性即知识的积累、迭加、交融效应，能启迪人类拓展无限的创新思维的可能性；知识的不可垄断、不可消耗的特点，则促使我们采取尽可能的方式、聚敛人类的最新认知成果，更新我们的知识，充实我们的知识底蕴。
知识的传播主要通过初等教育和高等教育来实现，高级科研人材的知识储备只能在高等院校和硕士、博士培养以及研究活动中逐步完成，而知识体系主要由各门学科组成结构。因此，制定教育政策时要重视学科政策，要使学科布局、学科结构、学科发展目标符合当代科学发展趋势，要有预测和把握学科动态发展的能力和敏感的动态调节机制。
2.科学认知系统是人类通过中介认识客观世界的各种认知活动和过程的综合。社会发展到现代科学，人类科学认知活动在广度和深度上达到了空前的高水平。科学认知系统已成为以研究、实验、观察为主要方式的以科学家为主体的研究活动体系，呈现出多学科的整合研究、地域或世界合作的一体、与经济发展和优化生态环境紧密结合、先进技术手段的利用，以及科技投入的日益增强等明显的发展趋势。
与科学知识系统相比，科学认知系统是以现有科学知识为基础，探索客观世界未知奥秘，增加和丰富现有知识的科学认知活动和过程。这是科学系统中最为活跃的要素部分，因而，针对科学认知活动的研究政策自然成为一切科学政策的最为精彩的核心。各发达国家的科技政策以及科技规划、发展战略无不将资金投入和精力最终集中到确定研究目标、研究领域、研究项目、研究计划上来。
在当前，制定研究政策毫无疑问要首先服从国家总的发展战略目标。把握未来国际发展与竞争的态势，吃透国情是制定政策的基础；科学地认识实现第三发展目标关于“中等发达国家”的实质和内涵是确定国家发展阶段和具体目标的基础；制约国民经济高速、持续发展的重大国计民生领域，增强国际竞争力的关键科学技术问题，是科技界连同企业界要优先考虑并勇于承担的核心任务。
因此，制定研究政策时一定要明确，研究活动就其本义来说，它的任务（或功能）主要或首先不是为了发展学科，而是为了解决科学问题，完成专门的科学任务，因此，眼光必须瞄准科学前沿，迎接层出不穷的科学挑战，保障国家发展目标的实现。同时，由于研究活动的自身特点和结果的难以预见性，因而应当充分尊重学术自由、学术民主，给科学家以充分的研究活动自由空间。当然，这不是放任自流，不要管理，科学的研究政策和合理的研究体制将能发挥国家调控和经济杠杆的作用。
3.科学社会系统是人类在科学认知活动与过程中结成的特定的社会关系，在现代社会，日益形成建制化的小社会系统，是一个具有特定目标、结构和行为规范的科学家社会共同体。一般来说，这个共同体是由以科学家为主体的不层次、大大小小的研究群体作为研究组织单元构成的，宏观上则体现为严密有序的功能各异的研究组织结构。在国家、社会外部环境的影响下，形成相适应的组织结构间相互作用机制和整体的运作机制。这样，具有规范运作机制的研究组织结构，即是某个特定情况下的研究体制。
建立新型研究体制，制定相关政策，必然涉及认知活动的主体，即科研人员政策，以及研究组织的结构政策和运行机制政策。目前存在的一些问题，不管目前还是未来，都要从这个角度给予关注和研究。
我国目前的研究组织结构是历史形成的。随着经济体制的改革，科技体制正在发生深刻的变化。原来的有序结构受到巨大冲击，处在一个新结构“分娩”之前的阵痛阶段。无序和混乱几乎不可避免。然而，在国家尚未制定出一个深思熟虑、高屋建瓴的研究组织结构框架政策，尚未建立完善的法规化的运行机制和竞争规则，而国家、社会的科技投入又十分有限的条件下，当前的现实是，研究机构的几乎各个层次，直到研究小组和研究人员都处在一个“谋生存，图发展”的盲目无序的竞争中。今日，这里进行“三大科学基地”建设，明日，那里成立“高等研究中心”，研究机构的各个层次都在竭尽全力，以争出人头地，确立自己的“战略定位”。这种热烈景象，可能正在孕育并掩盖着一种“边界模糊，功能趋同，结构失衡”的危险倾向，这一倾向将为研究结构调整带来新的困难。合理的研究结构应该是有层次、边界清晰、功能不同、各有侧重、相互依存、协同发展的。
有效的运行机制将在合理的研究结构的形成过程中伴随发生，研究机构合理的层次、结构及功能的确定，就为其相互作用、互补和协同构筑了基本框架条件。当然，在这个过程中要逐步形成法规化的规范各自行为、活动、功能等运行规则。此外，特别值得强调的是，从事基础研究的机构要赋予它充分的学术自主权。