浅谈直扩技术在DNA数据库样本检验中的应用
冯彩红
(山西省阳泉市公安局,山西 阳泉 045000)
【摘要】 直接扩增法在DNA数据库样本检验中扮演着重要的角色,在缩短DNA检验的操作流程、降低检验的成本、提高检验的效率等方面具有重大意义,在数据直接扩增法可以缩短DNA检验的操作流程,提高工作效率,降低检验成本,广泛应用于DNA数据库的建设中。本文将对直扩技术在DNA数据库样本检验中的应用进行探讨分析。
【关键词】 直扩技术;DNA数据库样本;检验
法庭科学DNA数据库在案件侦审中发挥着越来越重要的作用,具体在打拐案件、跨区域流动性作案等案件的侦破中扮演着非常重要的角色。在传统的DNA建库方法中,DNA样本需要进行提取,操作的步骤繁多,易出现差错,且耗资大,资源的利用率较低。虽然近年来DNA数据库建设中较多应用自动化,但是自动化平台昂贵、检验试剂成本较高,不同的地区因为经济条件的不同而在DNA数据库的建设方面发展极不平衡。在目前各种案件数量逐渐增多、DNA数据库发挥着越来越重要作用的大背景下,寻找方法简便、价格低廉、分型准确的建库方法是急需解决的关键问题之一[1-2]。现阶段直接扩增法在DNA的检验中具有较为广泛的应用,其对DNA检验的操作流程进行缩短,可以提高工作效率,降低检验成本,在 DNA 数据库建设中应用价值极高。本文实验用滤纸血痕和口腔拭子作为研究样本,比较了直接扩增法与磁珠法或Chelex-100提取DNA再扩增法的STR分型成功率,以期为DNA数据库建设提供切实可行的新方法。
肖斌还兴奋地说:“浩宇,是不是有人暗恋你呀?居然为你准备早餐?不过,今天我代劳了,我正饿着呢。”我手里捧着书,耳朵却仔细聆听他们的对话,心里恨极了嘴馋的肖斌。
1 材料与方法
1.1 仪器及试剂
本次研究采用的仪器及试剂有:SD 600-DUET打孔机,产自澳大利亚BSD Robotics公司;核酸提取工作站Freedom EVO 150-8,产自美国Tecan公司;9700型PCR扩增仪、ABI3130xl型基因分析仪及混匀仪。PowerPlex16HS试剂盒、PowerPlex16试剂盒、Chelex-100树脂、DNA提取试剂盒。
1.2 实验样本
在实验室已经建库的样本中随机抽取定性滤纸血痕600份,使用棉签的口腔拭子300份。
1.3 方法
1.3.1 直接扩增法
600份滤纸血痕用BSD 600-DUET打孔机按直径1.2 mm取样,300份口腔拭子各剪取棉签头部约芝麻大小,在96孔板凹内放置好检材。每板中有90孔的待测样本,上一板质控检测样本2孔,阳性、阴性对照各1孔,等位基因标准分型物Ladder 2孔。使用PowerPlex16HS试剂盒进行扩增,扩增体系为10 μL,进行28次循环。
1.3.3 Chelex-100法
从直接扩增法的口腔拭子中随机抽取100份,放置在96孔板中,各孔内加入5%Chelex-100120 μL。将整板放入混匀仪,在温度为56℃的条件下孵育半小时,在98℃下变性10 min。取1μL模板DNA,使用Powerplex16试剂盒进行扩增,扩增体系为10 μL,进行30次循环。
所有样本的扩增产物在3130xl遗传分析仪上进行电泳,用Genemapper 3.2对各原始电泳数据进行STR基因分型,并统计峰高。对所得的数据应用SPSS13.0软件进行统计学分析。
父亲在服役的七年时间里,部队经常野营拉练、运输军用物资以及抗洪抢险。父亲和战友们多数时间是在路上度过的。那个年代的路况极差,无数的峭壁,巉岩险阻,坎坷不平,稍有不慎,车毁人亡。
1.3.2 磁珠法
1.4 TR检测及数据分析
从直接扩增法的滤纸血痕中随机抽取200份,将其打孔,直径为3.2 mm,放置在U型板内后将U型板放置在TECAN Freedom EVO 150-8核酸提取工作站中,使用DNA提取试剂盒提取DNA。
(1)还有别的原因么?校内几个人的模型是不同的,你该原谅他们,他们中有的实在是可怜——无聊而又无聊的。
2 结 果
滤纸血痕采用直接扩增法和磁珠法两种方法进行扩增,产物经STR分型检测,结果两种方法均可完整检出,15个基因座,分型的结果相同且明确,具有很好的均衡性。口腔拭子采用直接扩增法和96孔板Chelex-100法两种方法进行扩增,产物经STR分型检测,结果两种方法的分型成功率分别为95%和94%,并无显著性差异(P <0.05)。
是的,直到现在,李莉都不知道许峰经历了什么,现在在干什么,通过父亲事业有成后过的是怎么样的生活。这对于恋人来说,是多么不科学啊,如果继续假装相爱,那是折磨。
3 讨 论
直接扩增法的应用程序简单,仅需打孔、扩增、电泳三步即可完成实验,没有工作站的参与,提升DNA的时间大大缩短。且扩增体系仅为10 μL,建库成本低于常规磁珠法和Chelex-100法,具有较大的经济效益[3-4]。由本次的实验结果可知,血滤纸和口腔拭子通过直接扩增均能获得很好的DNA分型结果,该方法省时省力,可用于DNA数据库建设,在基层实验室的DNA建库尤为适用,在法医学实践中有很好的应用前景。
参考文献
[1] 依赖核酸序列扩增技术检测呼吸道合胞病毒方法的建立[J].检验医学,2016,31(3):168-172.
[2] 广东地区200例正常人耳聋基因突变数据库的建立[J].分子诊断与治疗杂志,2016,8(6):407-412.
[3] 刘 超,冯冬亮,刘长晖.DNA数据库建设中批量样本直接扩增检验法的应用[J].中国法医学杂志,2010,25(2):79-81.
[4] 白 雪,姜成涛,赵兴春,等.DNA TyperTM 15 plus直扩试剂盒在DNA数据库建设中的应用[J].中国法医学杂志,2012,27(5):372-375.
【中图分类号】 R4
【文献标识码】 A
【文章编号】 ISSN.2095-8242.2019.29.125.01
本文编辑:吴 卫
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