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回顾1949年以来的历史，现在的党政分开，也还远没达到以往曾经实现过或设想过的最佳状态。这说明，在党政分开这个邓小平所说的政治体制改革“第一位”的“关键”问题上，还有许多事情应当做而且可以做。
政治体制改革一波三折，关键在于对“党政分开”存在许多错误理解，“放弃党的领导”，就是最大的错误认识。党政合一，党凌驾于法律之上，就做不到法律面前人人平等，更谈不上建设现代法治国家，
真要把中国建设成一个法治国家，首先就要落实宪法第五条的规定：一切国家机关和武装力量、各政党和各社会团体、各企业事业组织都必须遵守宪法和法律；任何组织或者个人都不得有超越宪法和法律的特权。
行政改革应同党政分开挂钩
党政分开只涉及党的执政方式，不存在否定党的领导的问题。事实证明，只要勇于探索，是能够找到切实可行的解决办法的。例如前些年出现了企业领导体制的“二心”（厂长、书记）之争，最终以厂长、经理与党委书记“一肩挑”的方式基本上得以解决。遗憾的是其他问题并没有展开讨论，反而使人一头雾水。
根据国务院向九届人大一次会议提交的机构改革方案，除国务院办公厅外，国务院组成部门由40个减少为29个，人们在表示热烈欢迎的同时，也流露出内心的忧虑。一位前省长在人大代表团讨论时曾提出疑问：部改成局以后，对于企业会不会比以前管得更死？好在人们很快便得知，这一次机构改革确有不同于以往之处。
由于理论探讨的阙如，这种改革常常发生进退无据的现象，造成思想混乱。省、市等地方党委在90十年代陆续建立了农村工作委员会、经济工作委员会、建设工作委员会、工业工作委员会、外经贸工作委员会、商贸工作委员会、科教文卫工作委员会等新的机构，一部分工作委员会书记还和组织部长、宣传部长、纪检委书记、政法委书记一起参加了党的常委会。
为什么会出现这种“复旧”现象？原因在于：在政府工作中，农业、工业、教科文卫等系统或者叫“口”的存在是一种客观现实，仅仅依靠主管副市长个人是无法协调好一个“口”的工作的，恢复政府委办一级的机构，又被认为是与精简机构相违背的，于是，设立党的工作委员会便自然而然地成为一种替代性选择。如果咬文嚼字，也可以说这些工作委员会没有“与政府机构重叠对口”，因为政府中并无相应的委办机构，但是有关的工委书记和主管副市长却成为“重叠”的了。在工委书记参加党委常委而主管副市长仅为党委委员的情况下，前者便成为“口”的第一把手，后者只能屈居第二把手，但二者之间的职责划分并没有任何法律上的依据，而且市长与各“口”工委书记的关系同样也是模糊不清的。这样一来，党政不分、以党代政的现象只会变本加厉。
更有甚者，有些地方竟然用党的工作委员会来代替一级行政建制的功能。在湖南省，整县改市后的原县政府驻地镇一般被撤销，改设若干个办事处，结果严重影响到城市的规划、建设和管理。有关县级市为了加强对城区的统一领导，先后成立了党的城区工作委员会之类的机构，但毕竟不是一级政府，给社会治安、城市建设、环境保护、计划生育、市场管理等带来许多人为造成的困难。这表明人们长期以来已经形成一种习惯，遇到问题不是通过法治渠道来求得彻底解决，而是轻车熟路地借用以党代政的方法来绕过眼前的种种麻烦和难题。
教授委员会领导下的校长负责制水到渠成
随着行政首长负责制的推行，事业单位中的党组织也势必要像企业党组织一样，逐步转变为保证监督作用。在事业单位中数量最多的便是教育单位——各级各类的学校。
在近一两年逐渐形成气候的教育改革中，高校领导体制问题再次浮出水面。东北师范大学在进行内部管理改革中，实行“重心下移”，最近决定在院（系）成立以学科带头人为主组成的教授委员会。该校规定，教授委员会是研究和决定院（系）改革、建设与发展中的重大事项的决策机构，具体有以下职责：决定院（系）发展规划；决定院（系）的教学、科研组织形式；决定学科建设、专业建设和教师队伍建设方面的重要事项，负责教师和其他系列专业技术人员的聘任；确定院（系）自主支配经费的使用原则；讨论院长（系主任）认为有必要提交决定的其他事项，试行重大事项教授委员会集体决策基础上的院长（系主任）负责制。在试点成功的基础上，下一步将该体制提升至学校一级，实行教授委员会领导下的校长负责制，应当是顺理成章、水到渠成的事。
妥善处理村委会和村党组织关系
1987年的《村民委员会组织法（试行）》规定，农村村民实行自治，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。进入90年代后，中共中央关于批转《全国村级组织建设工作座谈会纪要》的通知（中发〔1990〕19号文件）首次提出：“党支部要加强对村民委员会的领导。”
在实行村民委员会制度初期，党政关系问题还不很突出，因为当时的村委会主任绝大部分是由中共党员担任，但后来情况便出现了变化。如山东省村委会换届选举中，当选的村主任非党员成分逐步增加：1984年非党员比例不到1％，1987年低于5％，1990年则迅速上升为24.8％；该省枣庄市非党员村主任高达70.5％。据中共湖北省委组织部等单位于90年代对111个村的调查，村委会和村党组织关系紧张的有13个，占11.8％。此时，解决党政关系问题便产生了两条不同的思路。
第一条思路是坚持沿着党政分开的道路前进。为了适应实行“海选”后村民委员会相对强势的形势，一些地方开始鼓励村党支部书记出来竞选村委会主任。例如辽宁省梨树县，便有10％的村支书竞选后担任村委会主任。这与实行厂长经理责任制后强势党委书记纷纷转任厂长经理、强势厂长经理则兼任党委书记的趋势是一致的。也就是说，将党的政治领导通过在企事业单位和农村自治组织内部担任领导职务的党员来实现。
第二条思路则是退回到党政不分、以党代政的老路上去。一方面规定村党支部领导村民委员会，一方面为了增强党支部的威望而搞一些新的名堂，山西河曲县的“两票制”便是其中一例。所谓“两票制”的主要内容是：在进行村党支部和支部书记选举时，先由村民投信任票，村民民意测验通过后，再由党员投选举票。这种作法在山西许多地方都在实行。“两票制”让非党员干预党内的事务，在理论上是极端荒谬的，在组织程序上也违背了中共的章程。用混淆党务与政务、党组织与村民自治组织（或者说准政权组织）、党员与非党员的不同权力义务的办法来替代清晰明确的党政分开、各司其职，是绝对没有出路的。
企业家竞争机制：“党管干部”的突破口
国家公务员制度的行政条例几经耽搁后终于出台。对“国家干部”进行合理分解，改变集中统一管理、以党政干部的单一模式管理所有人员的现状，才能形成科学分类、各具特色的管理制度。在企业管理和对其他专业人才的管理上引入竞争机制，为优秀企业家和各种专门人才的脱颖而出创造条件。这就是说，传统的“党管干部”的一揽子体制要从引进企业家的竞争机制入手，率先打开一个缺口。这一干部人事制度的改革，也是解决国有企业困难的一个关键。
长期以来，在主张国有企业改革的经济学家中一直存在着两种不同的见解。以吴敬琏为代表的一派主张在明晰产权的基础上建立现代企业制度以林毅夫为代表的一派则认为，国有企业改革的重点不是改所有制，而是创造一个公平竞争的环境，如果没有一个预算硬约束的公平竞争的环境，就无法实现国有企业的有效率。两派经济学家之间虽然有许多意见分歧，但在按市场规律挑选和管理企业家方面，见解却异乎寻常的一致。
吴敬琏说：在国家参股和持股的公司里，按照《公司法》，公司法人治理结构的建立原则本来是很明确的，召开股东会，选举董事组成董事会，由董事会聘任公司高层经理人员，由高层经理人员负责公司的日常经营。但是，这种现代企业制度的习惯做法，同现行的干部人事制度有矛盾，因而不少大中型企业虽然已经改行公司制，但它们的高层领导甚至中层领导，仍然由组织部门任命。吴敬琏认为，共产党的领导作用应体现在“执政”上，即通过党员参加各级权力机关和政府机构的工作，来贯彻党的纲领路线，企业是经济组织，不是以从事政治活动和政治斗争为目标的政治组织，企业党组织的作用不是决策，而是“监督保证”。至于防止犯罪分子和其他不具有起码资格的人窃据公众公司的重要职务，可以制定相关的法律规定和审查办法，不一定非得采取党管企业家的办法。
林毅夫指出：在发达的市场经济中，有一系列条件使监督企业精英的信息成本和惩罚不合格经理人员的成本降低，使经营者总体上要按照所有者的意旨行事。首先，有一个充分竞争的产品和要素市场，这样，经营者的业绩可以直接由利润水平反映出来，从而对企业经理人员的评价是简便和直截了当的；其次，有一个充分竞争的经理人员就业市场和自由流动的企业家阶层，企业经营能否符合所有者的意愿，与经理人员的升迁、收入直接相连，经营者利润与所有者利润变为一致，从而可以解决企业经理人员积极性问题。显然，“充分竞争的经理人员就业市场和自由流动的企业家阶层”与长期计划经济体制中形成的党管企业干部的办法是水火不相容的。
两派经济学家都很清楚，如果现行的企业用人制度不改变，他们的国有企业改革构思就没有实现的可能性。因为在现行体制下，企业领导干部既不需要对国有资产负责，也不需要对职工负责，只要把自己的任命者应付好了就可以万事大吉。用人问题不解决，国有企业改革的任何灵丹妙药都可能会失去效果。
按市场规律选拔使用企业家，有以下几点是不能回避和拖延的：第一，取消企业的行政级别，以及按行政级别配备管理企业领导干部的旧模式，把企业经营者从笼而统之的干部序列中分离出来。第二，按照《公司法》的有关规定，采用现代企业制度的惯常做法，由董事会全权决定公司高层经理人选，面向全社会聘用企业经营者。第三，承认企业家人力资本的价值及其剩余索取权（即林毅夫所说的经营者利润）。第四，企业经营者实行年薪制。评估和选拔企业家是一件十分困难而且需要花费很大成本的事。根据张维迎的说法，在经营才能难以直接观察的情况下，个人财产可以起到显示个人经营才能的作用。显然，企业家用年薪制明码标价，是形成一个充分竞争的经理人员就业市场和自由流动的企业家阶层的必要条件。
如果上述主流经济学家在企业人事制度改革方面的建议能够被采纳，将意味着在党政分开、政企分开方面又迈出了坚实的一步。