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（一）农家肥
农家肥是在农村中就地取材的自然肥料，它含有大量的有机质，又含有大量的氮、磷、钾和其他多种营养元素，长期施用能增进土壤的团粒结构，改良土壤性质，提高土壤的保水、保肥能力和通气性，尤其适用于多年生药用植物和根及根茎类药用植物。常见的农家肥料有人粪尿、家畜粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气池肥、饼肥、禽粪和草木灰等，但上述农家肥料必须未经污染，施用时应经过充分发酵腐熟。
（二）绿肥
绿肥为青嫩植物直接翻压或割下堆沤所制成的肥料。豆科绿肥可以固定大气中的氮，富集土壤中的磷和钾。我国绿肥资源丰富，目前已栽培利用和可供栽培利用的绿肥植物就有200多种，是中药材GAP种植中有待开发利用的重要天然肥源。在我国南方各省主要利用冬闲田栽培紫云英、金花菜、箭舌豌豆、肥田萝卜以及蚕豆、豌豆和油菜等作为主要作物的肥源，而北方各省区以串生绿肥居多，种类有箭舌豌豆、草木犀、绿豆等。施用绿肥时由于会产生有机酸，要适量施用石灰以中和这些有机酸。
（三）秆肥
秆肥是重要有机肥源之一，作物秸秆含有相当数量的可为作物所必需的营养元素，在适宜条件下通过土壤微生物或牲畜消化的作用，可使营养元素返回土壤，被药用植物植株所吸收利用，称作秸秆还田。秸秆还田可采取堆沤还田、过腹还田（牲畜粪尿）、直接翻压还田、覆盖还田等多种形式。操作时秸秆要直接翻入土中，注意与土壤充分混合，不要产生根系架空现象，并加入含氮丰富的人畜粪尿，也可用一些氮素化肥，调节还田后的碳氮比为20:1。
（四）商品有机肥
以动植物残体、排泄物、生物废弃物等为原料加工制成的肥料。
（五）腐殖酸粪肥料
腐殖酸是动、植物残体在微生物作用下生成的高分子有机化合物，广泛存在于土壤及泥煤中，以含有腐殖酸的自然资源为主要原料制成，含有氮、磷、钾等营养元素及某些微量元素，有改良土壤性质、优化土壤结构、提高植物营养、刺激植物生长等作用。可作基肥和追肥用，也可以浸种、拌种和蘸根。常见的腐殖酸类肥料，有腐殖酸铵、腐殖酸磷、腐殖酸钾、腐殖酸钠、腐殖酸钙和腐殖酸氮磷等。
（六）微生物类肥料
由特定的微生物菌种生产的活性微生物制剂，具有无毒无害，不污染环境的特点。可通过微生物活动改善药用植物的营养或产生激素，促进植物生长，对减少中药材硝酸盐含量，改善中药材品质有明显效果。目前微生物肥料分为5类：①微生物复合肥。以固氮类细菌、活化钾细菌、活化磷细菌3类有益细菌共生体系为主，互不拮抗，能提高土壤营养供应水平，是生产无污染绿色中药材的理想肥源。②固氮菌肥。能在土壤中和药用植物根际固定氮素，为药用植物植株提供氮素营养。③根瘤菌肥。能提高根际土壤中氮素供应。④磷细菌肥。能把土壤中难溶性磷转化为可利用的有效磷，改善土壤中的磷素营养。⑤磷酸盐菌肥。能将土壤中的云母、长石等含钾的磷酸盐及磷灰石分解，释放出钾素营养。
（七）有机复合肥
有机物质和无机物质混合成化合制剂。例如，经无害化处理后的禽粪便，加入适量锌、锰、硼等微量元素制成的肥料。（八）无机（矿质）肥料
包括矿物钾肥和硫酸钾、矿物磷粉、煅烧磷矿盐、粉状硫肥、石灰石。
（九）叶面肥料
叶面追肥中不得含有化学合成的生长调节剂。允许使用的叶面肥有微量元素肥料，即以铜、铁、锰、锌、硼等微量元素及有益元素配制的肥料。使用此类肥料要注意选择合适的浓度和用量，在确保肥效和药效的情况下，可结合病虫害防治，将肥料与农药混合喷施。
（十）植物生长辅助物质肥料
如用天然有机物提取液或接种有益菌类的发酵液，再添加一些腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素等营养元素配制的肥料。
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