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经济效率与经济效益是两个不同的经济范畴。但在实际中却常常被混为一谈。不搞清楚二者的内涵和关系，就不能抓住经济运行过程存在的主要矛盾，正确评价经济运行状况，得出科学的判断和结论来。
一、经济效率与经济效益的内涵
经济效率研究是经济学的基本问题，即稀缺条件下资源的合理配置问题。一般认为资源配置方式有两种：计划和市场，再细分还应包括企业，尽管其与市场类型相同，但二者在经济组织、功能上的区别，使我们还有分开研究的必要。在资源通过市场配置所需要的交易成本比较大时，资源配置活动就内部化，进入企业，由企业进行，但是当企业配置组织成本大于市场交易的成本时，资源配置就由市场进行。因而经济效率按配置方式主要分三个层次。1、资源的企业配置。就是生产者对生产要素的配置问题。生产者在现有技术条件、生产能力的约束下，合理组织各生产要素，做到人尽其才、物尽其用、财尽其力。在满足自身获利动机的同时，也实现了企业内部生产要素的优化配置。2、资源的市场配置。主要指现有资源和生产如何根据当前社会对最终产品的需求，在不同的部门、产业、区域、技术层次进行配置，达到资源的充分利用，有效利用，从而使社会总供给最大满足社会的有效需求。3、资源的计划配置。这是指政府为使经济有序、协调发展，制定合理的产业政策，正确安排引导积累和消费，用税收杠杆调节收入分配防止贫富悬殊，补救“市场失灵”保护经济环境，使经济可持续发展。总之，经济效率所要解决的根本是资源的配置问题。
经济效益科学的表述是：经济活动中投入与产出的对比关系。需要特别指出的是：1、投入既包括实现耗费的物化劳动和活劳动，也包括固定资产的劳动占用。2、产出须指有效劳动成果。也就是符合社会需要的产品。因而经济效益是投入与产出的价值量比较，反映经济一段运行时期的质量。
二、经济效率与经济效益的关系
经济效率在一定程度上决定经济效益。资源配置方式无论是市场、企业、计划都是由经济规律决定的根本的经济运行规则，必然构成企业生产、市场供求、国家调控的制约。经济效益的实现必然依赖于经济效率内部各层次矛盾的解决。也就是经济效率包含私人劳动与社会劳动的矛盾、生产要素相互替代的矛盾、规模经济与规模不经济矛盾、内部经济与外部经济矛盾以及消费和积累、供给与需求的矛盾等，这些不仅反映经济运行形式上呈现周期性波动，也最终决定投入与产出的比例关系，表明经济运行结果。因而经济效率决定经济效益，经济效益不过是经济效率的部分而已，表象而已。
经济效益也影响经济效率。在市场经济条件下，资源配置主要由竞争的价格决定，由生产要素的流动和替代来实现。在货币选票的支配下资源总是流向那些边际效率高、经济效益好的地方，实现资源的合理配置。于是经济效益影响配置方式的比例结构，促进经济效率改善。但经济效益与经济效率变动往往不一致，如扭曲的价格机制或垄断行为可能损害经济效率而提高经济效益，但伴随它的是经济结构恶化和产品短缺恶果，这也会促使配置方式新的改善。
经济效率与经济效益即有上述联系，也有区别，主要在于经济效益是经济质量的静态描述，在实践中衡量有据可察，内容具体，可操作性强。如工业企业经济效益评价可以通过以下六个指标：产品销售率、资金利税率、成本利润率、以按增加值计算的劳动生产率、流动资产周转次数和增加产值率，这些都容易用统计数据计算。从中我们可以看出微观经济效益还受技术效率的影响，如果一个企业通过技术进步成功营销一种新产品，它就有暂时的超额利润，经济效益相应提高。但竞争的市场机制会很快把这种优势消化殆尽重新回到均衡。而经济效率是动态的过程，其改善主要来源于资源配置途径即市场、企业、计划的自身功能改善，及在资源配置过程中所发挥的作用的大小。而这些改变的动力除了市场本身经济实体对利益追逐的动因外，更多受经济制度、政治体制的影响。换句话说经济效率改变主要来自于上层经济、政治制度的变革。一般而言，一定的经济效率在经过一段时间经济运行之后总能达到一种“帕累托”均衡态，在此状态下，任何生产单位不能增加一种产品的产量而不减少另一种产品的产量；任何经济个体利益的增加都将以损害另一个为代价。
三、经济效率与经济效益之比较
改革开放以来，中国经济发展很快，本质上在于改善了整个经济资源配置方式即经济效率。我们选择的是渐进式改革道路以增量推动为特征，在原国营部门为主旧体制未能大动条件下，在其旁成长起一个市场导向、充满活力以非国有经济为主新体制，这样避免利益受损集团对改革设置障碍带来的效率损失，更近乎于一种人人受益的“帕累托”改进方式。因此，随改革的进行，市场发育，整个经济获得巨大的经济效益，经济高速增长，人民生活显著提高。但当资源配置在改革中达到“帕累托”均衡，由增量推动引起经济效率改善所带来的净收益增量越来越小，一些旧体制下深层次矛盾也暴露出来，亟待经济效率新的改善。
目前存在的现实是：经济增长速度按统计数字仍然很快，但经济效益低下，国民经济素质不高，社会需求总量失衡，产业结构恶化。表现在微观上，部分企业生产与供销脱节，库存增加，产品质量差，成本高，消耗大，大量国有企业严重亏损，不仅没有为社会增加财富，而且在消耗财富，创造负产值和负效益。国有资产严重流失，其资产存量不仅限制了市场经济体制进一步深化，而且已成为经济发展巨大阻碍，到了非调整不可的地步。而改变这种局面还得从改善经济效率入手，调整产业结构，盘活国有企业资产存量。这是解决目前经济困难的出路所在。
改善经济效率就要改变传统的僵化体制，具体内容包括：1、深化企业改革，改善企业配置。积极进行企业制度改革和经营机制创新，使企业成为自主经营、自负盈亏、自我积累、自我发展的经济实体，塑造企业自身的激励机制和约束机制，让内在动力和外在压力迫使其向经济集约型模式发展。同时要把企业资产推向市场，推进企业兼并、破产制度实行，促进资产重组，加强股份制改造，让企业在市场竞争中实现增值和结构优化，减少企业短期化行为。为全社会资产存量活化提供不竭的动力。2、培育健全的市场体系，改善市场配置。首先要完善生产要素市场，使生产要素自由流动可由市场获得，进一步增强金融市场的融资功能，提高经济金融证券化程度，拓宽企业融资方式，加快企业资产的交换和流动。其次建立健全包括失业保险、养老保险、医疗保险制度在内的社会保险体系，积极推进住房制度的改革，以减轻企业人浮于事，办社会的沉重负担，改变国家包办一切的社会福利制度。3、转变政府职能，改善计划配置。就是实现政企分开，政资分开，变政府直接调控企业为间接调控市场。转变政府在企业投资中主体地位。改革财政、税收政策。加强现代商业银行的改造，使价格成为重要的市场信号的同时，建立一套完整的宏观调控体系，让利率、税率、汇率成为引导调节市场的参数，为资产存量调整和流动明确方向。同时国家要制定中长期产业政策，通过这类指导性计划为优化产业结构提供目标，制定健全市场法律体系，规范垄断和不正当竞争行为。治理外部不经济现象，提供公共产品为经济增长创造一个良好的政治经济环境。