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党的十七大把提高自主创新能力作为国家发展战略的核心和增强综合国力的关键，要求贯穿到现代化建设的各个方面，摆在了国家战略极其重要的地位。2006年发布的《国家中长期科技发展规划纲要》，明确了2020年前我国科技创新的总体战略和目标、重点任务和政策措施。战略确立之后，关键是如何实践。在社会主义市场经济和经济全球化的条件下，自主创新战略能否全面落实、建设创新型国家的目标能否实现，主要不取决于政府是否加大科技投入和科技项目，而关键取决于是否真正建立促进创新的体制机制和政策环境。
一、为什么说体制机制创新是关键
创新一词，美籍经济学家熊彼特第一次引入此概念并给出了狭义的定义。今天其内涵和外延大大拓展，广义而言，创新是将新思想（创意、发明等）通过路径或系统变革，实现其经济和社会价值的活动。仅科技创新而言，在时间坐标上，包括从研究、开发、中间试验、工业试验、生产、进入市场和服务的全过程；在空间范围上，覆盖大学、科研机构、企业、中介服务机构、金融机构、政府部门等多个方面，除跨科技经济两大领域之外，还涉及教育、军事、法律、文化、行政管理等领域，是各个要素相互关联、相互影响的复杂系统。
自主创新包括四个主要要素：创新资源（人才、机构、条件设施、投入等）、创新战略（思路、规划等）、创新体制机制（包括经济、科技、教育、政府体制等）、创新环境（社会、资本、法律、政策、文化环境等）。
我国在创新资源方面具有一定的实力与优势，蕴藏着巨大潜力。科技人员总量达3800多万人，在校大学生2000多万人，数量居世界第一；R&D（研究开发）人员160多万人，居美国之后位世界第二。经过50多年的努力，已经形成涵盖当今世界各个学科、较为完整的科研体系，科研设备通过近20多年的更新建设，多数接近世界先进水平。科技投入较快增长，去年R&D经费3664亿元，总量居世界第4位，占GDP的比例近1.5%，虽与创新型国家R&D/GDP大于2.5%的指标还有不小差距，但国家有增加科技投入的强大财力支撑，这已不是影响自主创新能力的主要矛盾。从科技成果数量看，这些年增长较快，国际论文发表数量(SCI)在美国之后，与英德日等国并列第二方阵，发明专利申请量跃居世界第4位。
但是，决不可为这些表面数字而乐观，我国创新能力和成果质量，与世界先进水平差距之大、与经济发展需求差距之大仍令人担忧。技术层面，我国大多数的产业、特别是高新技术产业的先进核心和关键技术的自主知识产权数量少。作为制造业大国，不少行业70%以上的先进装备还要依赖进口，许多先进技术还要依赖国外甚至受制于人，这直接影响到产业结构升级和经济竞争力的提升。科研层面，我国在世界科学和技术前沿重大成果不多，重大发现、发明和理论建树等原始性创新成果远落后于世界科技强国，世界级的科学大师和创新领军人才严重缺乏，在很多科研领域，国内优秀人才的数量甚至少于海外华人科技人才（多数出自出国留学人员）。
创新资源和创新能力的反差，成果数量和质量的反差，巨大需求与供给不足的反差，表明我国丰富创新资源的能量尚未充分释放出来，创新的效率不高，突出反射出创新体制和环境的诸多弊端。在体制机制和环境方面与创新型国家的差距甚至大于科技水平的差距，这是制约我国自主创新能力提升的主要问题。
首先，作为技术创新主体的企业，多数创新能力薄弱、动力不足。我国企业拥有自主知识产权企业的数量仅占企业总量的万分之三。这些年虽然上千个政府所属应用型科研机构转制成科技企业，加之一批新兴高技术企业的崛起壮大，增强了企业总体的创新能力，但从整体上讲，规模以上企业拥有研究开发机构的仅有23.6%，其中多数能力和水平较低，虽然全国2/3的R&D人员在企业，但素质和研发能力低者占较大比例。从企业投入看，我国大中型企业B&D投入占销售额的比例平均为0.76%，大大低于创新型国家企业3%-20%的水平。这表明我国多数企业，包括行业骨干企业尚未真正建立以创新为主体的企业制度和经营机制，主要优质创新资源向企业聚集的程度严重不足。
第二，科研和人才管理体制一定程度上束缚着创新能量释放。从事国家重点科研、特别是基础研究和前沿技术研究的科技力量主要集中在大学、研究机构。目前的科研和人才管理体制还存在封闭、刚性过强等诸多问题。在课题申请、科技评价等方面的科研工作导向还存在制约创新的弊端，科技人才创新激情和能动性的激励机制尚不完善，人尽其才、优秀人才脱颖而出的环境尚待优化，浮躁、急功近利、弄虚作假等不良学术风气亟须净化，仍缺乏良好的创新文化环境和社会环境。这使得科技人才的创新能力未能充分发挥。
第三，创新体系中的有机联系和互动机制不完善，创新链有缺陷。从科研到转化成市场上的产品或服务，创新过程要经过多个环节，当代科技综合交叉的特点需要多个机构和众多人员的合作，因此创新体系中各要素间有机联系和互动的效果决定着创新的效率，而这恰恰是我国创新体系的“软肋”。产学研结合机制、科技成果转化机制不完善。从整体上讲，以学术或技术为主的科研导向，以引进为主的技术获取方式，使得科研机构与企业的脱节和错位依然存在。评价体系仍需改进，市场导向作用有待加强。科研院所、大学、企业间相互协作、联合攻关的机制仍较薄弱。社会化科技中介服务体系不健全，成为创新链的薄弱环节和技术转移瓶颈。
第四，政府宏观管理分散造成整体创新效率不高。政府虽不是创新的主角，但政府与企业的伙伴关系、政府的资源配置和政策导向、有效的协调等，是影响创新系统效率的关键。我国的科技宏观管理职能实际上分散在多个部门，政出多门，没有一个权威部门能真正统筹起来。总量不足的政府科技投入由若干部门多渠道配置；科研仪器装备和资料重复购置，单位所有难以共享，使用效率低；科技力量分散，中科院、高校、企业、国防和民用科研机构、地方科研机构等各路大军协作集成不够，研究开发工作往往小而全，各自为战，分散重复。在微观活力不足、系统联系不畅的情况下，创新力量的分散，资源配置的分散，工作的低水平重复，宏观统筹协调不力，导致国家创新系统效能失灵，整体创新效率不高。
第五，创新生态环境尚未真正形成。结构优化、关联互动的创新体系，加之有效的法律政策环境、市场和竞争环境，金融环境、教育和文化环境及其其他社会环境，构成了创新生态系统，是创新的良好气候和适宜土壤。创新作为创造性的社会活动，社会生态环境起着决定性作用。创新生态系统形成，可使创新激情和活力竞相迸发，资源激活并优化配置，创新要素间互动、优势集成，创新效率效益提高，创新成果高产并迅速转化成现实生产力和竞争力，真正起到“无心插柳柳成荫”的效果。创新生态环境的基础是较成熟和完善的市场环境。创新国家最显著的特征，是建立和形成了较为完善的创新生态环境。我国的创新生态环境还处于形成的初级阶段，许多功能不全或缺失，如激励创新政策体系特别是相关经济政策不健全，政策执行不力；法律和执法环境有待进一步完善；风险投资、资本市场尚不发育；创新文化亟须发展等。
总之，基于社会主义市场经济体制和创新规律、结合我国的现实国情分析，实现提高自主创新能力、建设创新型国家的目标，关键是突破体制束缚，加快体制机制改革创新和营造创新环境。
二、体制机制创新的几个重点问题
建立符合市场经济和创新规律的中国特色国家创新体系，是制度创新的目标。这涉及科技、经济、教育、行政管理等各方面体制的改革深化，是一个复杂系统工程和长期的过程。体制创新，在微观上要搞活，使科技人才创新激情和才智充分发挥；中观上，加强创新系统中各主体的联系互动、产学研有机结合，创新要素顺畅流动；宏观上，政府要转变职能，搞好创新导向，营造良好环境，统筹协调，提高国家创新效率。分析我国的现状和需求，应抓住重点率先突破。
1.围绕提升技术创新能力深化企业制度改革
使企业真正成为技术创新主体、提高企业创新能力，是提高自主创新能力的关键。市场竞争是技术创新的导向和动力。企业要成为技术创新主体，前提是要成为名符其实的市场主体，真正实现政企分开，参与公平竞争。坚持市场化为导向、提高创新能力为中心的企业制度改革，是把围绕传统经营机制的企业制度建设上升到更高层次。要求企业真正把创新能力作为其核心竞争力，把创新活动作为其经营活动的核心，把建立健全研究开发体系作为现代企业制度的重点，形成经营、创新、生产、服务有机联系的创新链。从制度上真正使企业成为研究开发的主体，凝聚人才的主体，创造知识产权的主体，科技投入的主体，管理创新的主体。从机制上，促使企业不断开发新产品、新工艺，采用新的生产组织方式，实施新的市场战略，推行新管理方式和企业文化。国有大中型企业特别是中央企业，应把以制度创新提升技术创新能力作为工作重点，把创新能力建设和创新绩效，列为企业经营业绩考核的重点内容，引导企业克服企业重引进、轻自主创新的急功近利的观念，把研究开发投入作为主要再生产投入大幅增加，把创新人才作为企业第一资源。
创新资源特别是人才总是向创新环境优越的地方流动、聚集。因此使创新资源向企业聚集，主体在企业，关键在于企业制度建设和创新环境的优化。针对我国多数企业研究开发力量普遍薄弱的现状，应从政策上鼓励企业大量吸纳培养科技人才，特别要不惜代价引进创新领军人才。建立创新管理制度和激励机制，吸引并留住人才，激活科技人才瞄准市场全身心创新的激情；另外，鼓励企业利用大学、科研机构优势资源研究开发所需技术，建立各种有效的产学研结合的机制，促进创新要素合理流动和有机结合。
2.围绕提高产业创新能力组建创新联盟
行业创新联盟是产学研结合的有效载体，也是多数创新型国家高效运作的成功模式，目前发达国家创新联盟近万家。行业创新联盟，就是通过有效机制，把相关骨干企业结合起来，并引导有关科研机构、大学加入进来，围绕行业竞争的重大技术需求集成优势资源协同创新，形成资源共享的行业创新平台，加快形成行业整体创新能力。同时，通过创新联盟这一机制，带动各企业自身创新能力的提高。
行业创新联盟形成应遵循以下原则：一是以市场为导向，以攻克、获取成员企业所需的核心和关键技术（多是竞争前技术）为目的；二是利益机制为主要纽带，自愿或有引导的自愿组合而非“拉郎配”，按照规则共同投入资源协作创新；三是共同制定决策、运行规则和知识产权及其他利益分享机制；四是处理好共需技术创新和每个联盟成员特色创新的关系，形成合作竞争的关系；五是中央和地方政府科技计划的实施要向创新联盟倾斜，甚至把行业创新联盟作为承担竞争前产业技术创新的主体，激励创新的优惠政策向其倾斜，引导政府科研机构和大学相关优势科技力量和其他资源向创新联盟集聚，政府少量财政投入引导更多企业和社会增加投入而取得更高创新效益；六是通过中介服务体系建设，促进技术扩散，带动行业内广大中小企业技术进步。
围绕国家重大科技专项的实施，要形成一批产学研结合的创新联盟。实施中可从试点着手逐步向面上扩展，从某区域着手逐步向全国扩展，从围绕国家重大创新项目实施逐步向企业技术需求为主扩展。通过创新联盟的机制，促进企业自主创新机制完善和创新能力提升，带动整体产业创新水平和竞争力提升。
3.面向发展中小创新企业加快创业环境形成
当今最富创新活力和竞争力的是大批活跃在技术领域的新兴企业。这些企业因创新而诞生，以创新为生命力和发展动力源泉，靠创新赢得国际竞争和高速扩张优势，甚至成为某领域霸主。往往这类企业创立，是由科技人才或其他创新人才创办，或从大学、科研机构和企业里分离出来（溢出），在良好的创新生态环境下，一旦进入市场并与风险投资和资本市场及其他要素结合，往往出现爆炸性成长，成为领导创新潮流的骨干企业。当今世界著名跨国公司，如惠普、英特尔、微软、戴尔、雅虎、GOOGLE都是其典型代表。我国最具创新实力和活力的联想、华为、新浪、尚德等企业也是从按其创业模式快速成长起来的大型企业。提高我国在高技术产业的竞争力，必须通过创新加速创业，使更多创新企业竞相创立并成长壮大，形成宏大的创新企业的生力军。
大学、科研院所是创新型企业的“孵化器”，通过进一步体制“松绑”，强化其创新型企业的“溢出”效能。要在深化管理制度改革中，强化科技成果产业化、创新带动创业的政策导向。按照国家政策，使项目承担者从科技成果转化的收益中获得更高报酬，运用利益驱动机制加快创业。要采用更加柔性、灵活的人事管理制度，鼓励科技人员通过辞职、短期离职、业余兼职等形式从事产业化或创业。
改善和加强创新企业“孵化器”和“苗圃”功能，健全创业的社会化服务体系。国家高新技术开发区、各类创业中心、科技园等，应完善其社会化创新创业平台的功能，提供配套的高效服务，吸引更多的人才带着成果和智慧创办企业，使更多创新企业集聚，健康成长。
加快发展支持创办创新企业的金融体系。推动风险投资事业大发展，积极引入一批高水平的国际风险投资业，引进培养大批从事风险投资的管理、评估等专业人才。发挥好政府创新基金的“种子”资金作用，研究其与社会风险投资配合的机制。尽快开启创业板股票交易市场，拓展技术产权和创新企业产权柜台交易的范围，规范其运行。
4.围绕提高原始创新能力改革科研管理制度
原始创新是技术创新的源泉，是占据国际高端市场的战略制高点。原始创新能力是国家整体创新能力的核心。包括基础研究和前沿技术研究的原始创新，需要国家目标导向和兴趣驱动的双重动力，要求更宽松的创新环境和相对长期稳定的投入机制，使得科学家们能够力戒浮躁，专心、潜心从事研究。
提高原始创新能力，必须深化科技体制改革，优化科研结构布局，同时，改革国家财政支持方式。依据世界科技发展的特点和趋势，改革目前大学、政府科研机构原始创新力量分散、小而全、工作低水平重复的状况，经过科学评估，优化组合现有力量，在国家战略需求、国际前沿、综合交叉学科、战略高技术和前沿技术领域，以国家实验室或国家科研中心形式，形成一批精干的高水平的国家级科研基地。改革政府科技拨款制度，由目前对科研机构以竞争课题为主的资助方式，改为以预算拨款为主、竞争课题为辅的支持方式。政府根据对运行绩效的科学评估，保持对国家科研基地的稳定财政支持。从机制上解决科学家花费较多精力申请政府项目并易引发急功近利的问题，使他们集中精力专注于科研创新。
深化科研机构管理改革，建立现代研究院所制度，从制度上保证科技人才创新激情和才能的充分发挥。政府管理以规划指导和政策调控为主，减少行政干预，赋予国家科研基地更多科研自主权，包括选题、立项、内部资金分配和其他资源配置的自主权。赋予更多管理自主权，实行负责人和科研人员聘任制，实行科研骨干与流动人员结合的人才管理制度，形成以科研带头人为中心的内部组织结构。实现国家科技计划、基地和人才的有机结合，真正形成既使个人创新激情迸发、又能发挥团队优势的高效的创新管理制度。
5.围绕提高国家创新效率改革科技宏观管理
国家宏观科技管理的重点应放在战略、规划和政策制定，科技资源优化配置，社会创新环境营造，国家重大创新项目的组织协调，跨部门、跨地区创新活动的协调，科技人才队伍建设，国家科研基地宏观管理，科学的评价评估体系制定等方面。政府科技行政部门真正把管理职能从过多项目管理和具体事务中解脱出来，能运用市场机制解决的放给市场，有的管理权限下放到其他部门、地方，有些直接下放到科研机构、企业，有些放到社会组织去承担。加强科技宏观管理，还要努力实现权力和责任统一，事权与财权统一，科技政策与经济政策统一。在市场经济体制框架下，形成政府与企业、研究机构的创新伙伴关系，政府转变为创新规则制定者，创新大环境营造者，各创新主体的服务者、促进者和监督者。
三、改善创新环境的几个重点
创新最需要的基本环境是完善的市场环境和公平竞争的社会环境，以及与之适应的金融环境等，这里再强调以下三点：
1.激励政策环境
当前主要是落实国家中长期规划纲要的60条配套政策，完成政策实施细则的制订，使出台政策落实到位，使企业、其他基层单位、个人得到实惠，发挥政策应有效用。
驱动创新的最大动力是市场需求。我国作为创新发展的后发国家，要实现创新能力的超常规提升、技术的跨越，必须利用好我国市场容量大、潜力大、需求增长迅速这一特殊优势，在公平的市场竞争中，善于遵守和科学运用国际规则，借鉴韩国等成功经验，利用政府采购政策这一各国政府普遍使用的杠杆来激励自主创新。特别是政府采购自主创新装备首台首套，定购自主创新产品和装备。范围除政府自身使用的采购品商品、公共产品外，支持鼓励国有控股企业采购自主知识产权产品。
创新政策环境关键是经济科技等政策的协调一致。特别是经济政策，如税收优惠激励政策、引进技术消化吸收政策、进出口政策、激励促进创业的金融政策和股权期权激励政策，要保持协调性、稳定性、连续性，过于频繁的调整对自主创新会产生较大负面影响。同时，增加政策的透明度和可操作性，确保政策落实到位。
2.对外开放环境
在经济科技全球化的大背景下，进一步面向世界开放，是自主创新必需的外部环境。走中国特色自主创新道路，无论是引进消化吸收再创新、原始创新、集成创新，都要在开放的环境中进行，决不要片面理解为自我创新、封闭创新。要充分利用全球创新资源，提升自主创新能力、获得核心和关键技术自主知识产权。
一方面比我们先进的核心、关键技术能引进的可引进，关键是要在高起点上消化吸收再创新，尽快形成自主创新能力和核心竞争力；另一方面，围绕核心技术自主研发，缺乏的配套技术可以利用国外的，以加快集成创新。
积极引进海外优秀创新人才，引进一批急需的优秀创新领军人才和团队，利用国外机构以多种形式帮助创新。利用国外先进科技成果和信息，新思路、新方法和资料信息促进自主创新。
要进一步扩大国家科技计划对外开放的范围，除特殊要求外，国家重点科技发展计划、自然科学基金等都应积极开展对外科技合作与交流；扩大科研机构、高等学校、国家重点实验室等对外科技合作与交流；积极促进企业开展多种形式的对外科技合作，扩大国家高新区、科技企业孵化器等对外合作与交流；积极促进学术团体、民间科技组织与国外科技组织的合作与交流；加大重点领域、关键技术的合作研发，将重点任务纳入双边、多边政府间科技合作协议中，合理分享知识产权及研发成果；促进建立中外合作研究机构或联合实验室，中外合作的企业研发机构，拓展我国重点科研机构与世界一流科研机构合作的范围；积极参与国际大科学计划和大科学工程，启动并组织实施由我国主导的大科学计划和大科学工程；积极参与国际组织及其活动，鼓励我国科技人员到国际组织任职；在推动高新技术及其产品出口，促进科技型企业“走出去”方面取得新突破。
3.创新文化环境
创新文化是创新成功的土壤和气候。创新文化本质是个性文化、民主文化和诚信文化。创新出自于超凡脱俗的气质，离经叛道的勇气，标新立异的思维，锲而不舍的执着。这需要与之适应的创新文化环境。
我们应当反思一下，富有创造能力的中华民族，为何近年来缺乏科技大师和创新帅才？为何一些人在国内学习或工作时十分平凡，经过国外的学习和工作锻炼，成为出类拔萃的创新人才？这说明我们创新文化氛围的稀薄，一些观念、做法客观上存在抑制约束创新精神之处。比如，在人才培养和使用方面，就存在四个抹杀个性和创新的典型现象：一是培育人才过程中的“乖孩子现象”，从家庭到学校，从幼儿园到中学，家长、老师总是期待和教育孩子听话，做规规矩矩的乖孩子，往往使个性、特长创新精神遭到扼制。二是选才时的“木水桶短板现象”，创新人才往往某方面突出，而不少方面则是其短处，大学录取、就业录用不是择其用其特长，往往求全责备，要求面面俱到，其结果是将一些创新人才拒之门外。三是用才时的“球磨机现象”，各种清规戒律、用人导向，把人才的个性与创新精神一起磨损了。四是对待人才的“出头椽子先烂现象”，一旦取得成就，甚至刚露头角，枪打出头鸟，或冷嘲热讽、左右刁难折杀，或以各种荣誉和频繁的社会活动“捧杀”，从此再难以静心创新。我们营造创新文化环境，就是要配合制度创新革除这些弊端。大力弘扬“尊重个性、张扬特长、激励探索、提倡冒尖、鼓励合作、宽容失败”的创新文化。大力倡导学术民主，坚持学术面前人人平等，公平竞争，倡导尊重有真才实学的创新人才，不盲目推崇迷信权威，鼓励各类青年创新人才大胆探索，独辟蹊径。同时，注重加强科技道德和诚信建设，净化学术空气，力戒浮躁，清除学术腐败。努力形成尊重知识、尊重人才、崇尚创新、支持创新的社会氛围。