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中国科学院在改革和发展的道路上，已进行了十几年的不懈探索和实践。在科技工作的方方面面，积累了一些带有规律性的认识。科学技术作为社会大系统的一个子系统，它与外部以及它的内部各组成之间，都有着密切的联系，不断发生着相互作用。正确认识并把握好这些相互关系，是制定政策的基础，有利于改革和科技工作健康发展。
一、科技发展与两个战略转变
市场对资源进行分配，它的活动遵循价值规律。依据供求关系的变化，在公平竞争的基础上，快速、灵敏而有效地把有效资源投入到经济效益好的领域或环节，获得最大利润，借此达到资源的合理配置。
应用研究和发展研究要为经济服务。市场是它的归宿和主要出发点。市场经济的建立和市场运作的机制，为应用和发展研究从传统的计划经济体制中解放出来，进入国民经济建设主战场，提供了良好的发展环境。
另一方面，由于自发的市场力量具有追求短期利润、忽视长远利益和整体利益的弊端，因此，那些关系国家长远和整体利益的基础研究、社会公益研究，必须通过国家意志进行宏观调控，并支持其健康发展。
经济建设转移到依靠科技和教育的轨道，是经济发展的必由之路，是现代市场经济发展的趋势和特点，也给科技发展带来了空前的机遇。粗放式的、扩大外延为主的经济增长方式，是对社会资金、人才等稀缺资源的无视和浪费。这一方式的转变，对科技造成了强烈的需求，也会腾出更多的资源支持科技发展。
能否适应两个战略转变下的新形势，关键在于观念更新和机制转变。科技活动作为生产力中最活跃的部分，发展十分迅速。科技领域的生产关系则往往滞后。科技领域生产关系与生产力的这种不适应，使科技界成为社会变革的前沿地带。我们要有强烈的紧迫感，加速改革，以适应形势要求。
二、改革发展中的内部因素与外部环境
在社会急剧变革、迅速发展的时期，发展的不平衡加剧，落后赶上先进，先进转化为落后的现象随处可见。一些曾经很不起眼的社会成分，一旦顺时应势，迅速发展壮大，成为先进力量；而一些不能跟上时代变化的部分，困难加大，甚至生存也陷于困境。外因是变化的条件，内因是变化的根据。各单位的外部环境基本相似，差异不大。造成巨大差异的原因，主要在于内部的凝聚力、创造力、组织力、开拓力的不同。
生存是持续发展的必要基础，但单纯生存不是我们的目的。在竞争激烈的环境下，不进则退，不发展就不能生存。只有发展才能承担科教兴国的大业，只有发展才能使中国科学达到世界最高峰。因此小平同志提出：“发展是硬道理”。
要发展，一是要进行内部调整和改革。要改变一切不适应形势的观念、模式、结构。二是要审时度势，抓住机遇，创造条件，确立正确的战略和目标；三是善于调动一切积极因素，用恰当的机制，组织到确定的方向上去，形成整体有序的力量。
改革必须在稳定的前提下进行。这种稳定是相对的，动态的，有时空条件的。通过正确的宏观调控机制，使系统处于稳而不死，活而不乱的状态，是不断改革的最佳条件。
在内因相同的条件下，外部环境的优劣，对系统的健康发展也很重要。因此，要积极创造条件，改善外部环境，造成有利于改革发展的良好氛围。
三、科学与教育
科学与教育是人类社会进步的产物。它们诞生之后，又成为推动社会前进的支柱力量。二者相互支持，相互依靠，交流协作，共同发展。教育为科研活动培育大批英才，为科学发展提供最重要的人才资源。科学活动以探索自然过程中获得的新认识，不断丰富教育内容，成为教育进步的源泉。
科研与教育在历史发展过程中，曾经有过融合为一体的阶段。当时，科学研究只是少数科学家、发明家（其中许多人本身就是大学教授）个人的活动，科学研究未发展成为独立的社会建制。随着科学的发展和社会的分工，其后出现了专事科学研究的机构。它们的诞生和发展，使科学和教育都出现了蓬勃发展的新阶段。根据大学和研究机构各自的特点，在工作方向上有所侧重和分工，形成了彼此优势互补又相得益彰的新格局。
尽管研究机构和大学的工作有所分工，但由于科学和教育具有内在的密切联系，因此相互支持、密切合作在任何时候都是极其重要的。科研与教育结合的关键点是人才，不在于机构。人才是结合的实质载体，机构是结合运作的依托。要鼓励研究所和高校人员相互兼职，协作科研，包括人员交流、换岗。这些，在基础研究方面尤为必要。关门科研、关门教育，不仅是人力、智力和物力资源的极大浪费，也不利于科研和教育自身的发展。
长期以来，中国科学院的科研人员与大学保持着密切的联系，近年来又有了进一步推动，相继与多所大学签订了合作协议，实施全面合作。这是一条惠及于科技、教育事业的正确道路，必须坚定地走下去，只能加强，不能削弱。
四、两种运行机制
八年前，我们提出了“一院两种运行机制”。这是当时根据不同类型工作应遵循不同发展规律以及我们的国情、院情提出的一种模式，今天看来，仍然有生命力。
科学技术的发展大体上受到两种动力推动。一是人类对未知世界不断探索的强烈欲望，一是经济和社会发展对科技的巨大需求。前一类主要表现为在科学前沿探索的基础研究，后者主要表现为面向国民经济的应用开发工作。在当代，来自于经济需求的推动比任何时候都更强烈。
两类不同工作有不同的价值体系和文化。基础性研究以其对科学进步和社会发展的影响大小判断其价值，而应用开发工作最终要看其在市场上的经济效益。因此，对不同工作应有不同的管理方式和运行机制，有不同的评价激励标准。前者主要遵循科学发展规律，后者遵循经济和市场的运行规律。同时，鉴于科学与技术、科学技术与经济之间既有差别又有内在的相互作用和联系，对“两制”的管理不应割裂。“两制”间交流的对象是人才、信息和资金等要素，其中，人才流动是技术及成果转移的最佳载体。
像任何政策思想一样，我们早就明确指出过，“一院两种运行机制”也是有时空条件的。一、它的应用范围有一定的临界尺度，不能具体化到每个研究所都是两制，更不能一组、一人“两制”；二、它适于当前向市场经济过渡的相当长历史时期，在进入完善的市场经济体制后，也可能产生其他新的管理模式。三、“两制”间的联系，不能狭义地理解为在一个单位内部的循环，它应是面向全社会的，是开放的。
五、三大基地建设
江总书记指示我院，要“建设成为具有国际先进水平的科学研究基地，培养造就高级科技人才的基地和促进我国高新技术产业发展的基地”，不仅为我们指出了奋斗目标，也揭示了在当代综合国力竞争中制胜的基本要素。
综合国力的竞争归根到底是科技和教育的竞争，竞争的胜负决定于以下因素：一是进行科技创新和形成知识产权的能力；二是掌握最新科技成就的人员数量和素质；三是将高技术转化为现实生产力、形成商品占领市场的速度和规模。谁在这方面都占有优势，无疑会是竞争的胜利者。
作为有国际先进水平的科研基地，就应当有很强的科技创新能力；要有强的创新能力，关键在于有大批高素质的人才；科技创新的基本目的，不仅是为了促进科学技术本身的发展，还要促进生产力发展，生产出大批高科技产品占领市场。生产力发展了，经济上去了，又会对科技创新提供强有力的支持。三者之间，联系密切，相辅相成。
长期以来，科学院关注的目标是出成果、出人才。毫无疑问，这仍是我们的目标。但仅此是不够的，当前还要特别注意高技术产业化，既要出在科学前沿有影响的学术带头人和学术成果，也要出有驾驭市场经济能力的科技企业家和规模化、国际化、规范化的现代企业。
中国科学院学部是我国科学技术方面的最高咨询机构。作为中国科学院的重要组成部分，它与实体部分虚实结合，相互支持，交相辉映，为我国科技事业发展共同做出了不可磨灭的贡献。实践证明，这种模式有很强生命力，符合中国国情。院士和广大中、青年研究队伍相结合，将能发挥更重要的作用。
六、学科建设与科研工作的市场导向
学科是现代科学发展的产物，也是科学技术发展的标志。丰厚的学科积累是持续地产出高水平成果和杰出科学人才的基础。因此，学科建设对当代科学、教育机构的生存发展至关重要。
科学发展的动力来自于两方面：生产实践的需求驱动和学科前沿的学术带动。当代科技发展的态势以及我国的经济建设为中心的战略任务，要求我们更加重视学科建设的应用任务导向。纯粹从学科学术观点出发去选题，会形成这样的局面：国家、市场急需的工作，我们做不了，我们辛苦研究出来的应用性成果，市场、社会不感兴趣。这种现象必须改变。
在学科建设中，要建立起适应我国国情和当代科技发展趋势的学科布局和学科发展战略。在基础与应用、长远与近期、大科学与小科学、自由选题与重大项目选择与安排上，要有规划、按比例地协调发展，任何偏颇或失误，在不久就会自食苦果，影响科技发展。在这问题上，要切记一些历史的经验。
学科之间的交叉、综合，是当代科技发展的重要趋势。科研管理工作的重要任务之一，就是要因势利导，加强组织，推动科研顺应这一潮流。
七、跟踪、学习与创新、超越
在一定阶段，一定范围内，跟踪学习是完全必要的。站在巨人的肩上，才能看得更远。一切依靠自己从头模索的方式，完全不适应当代开放社会的发展。
但是，跟踪和学习决不能是目的。学习、借鉴的目的，只能是不断创新，超越他人，超越自己。在工业战线上，引进只是起步，引进之后的改造、创新，才是判断引进是否成功的关键。在科技工作中，创新更是生命线，是灵魂。科研的创新标准，看是否获得发明、发现和知识产权。科研论文的数量是评判标准之一，但不是最重要因素。发表了大量论文，不一定能说明科研有成就。
缺乏创新，是我院、我国科技界当前的关键弱点。克服创新障碍是当务之急。缺乏创新的原因有多方面，其中因循守旧，论资排辈，近亲繁殖是重要原因，而在观念上缺乏自信更是重要因素之一。要敢于想前人所未想，做前人所未做，在一次次创新成功实践中去建立自信心。
八、同国际接轨与符合中国国情
科学是没有国界的，科学事业的发展离不开国际间的合作，特别是在当今科学前沿的重大课题上，更是需要世界各国科学家的密切合作。我们的目的是要缩小和消灭与国际先进水平的差距，中国应当对世界科学发展有更多的贡献。要放眼世界，通过国际合作学习发达国家在国际科学前沿的先进经验，培养人才，把我们优秀的科学家推到国际科学前沿去竞争，提高我们科学家在国际科学界的知名度和竞争力。改革开放的形势，为国际交流与合作提供了良好的大环境。在这种形势下，更要注重拓宽国际交流的渠道，形成全方位、多形式的交流格局，并在实践中借鉴国际上的先进经验，为我所用。
在信息化的时代，科学、经济以至许多社会生活，逐步实现同国际接轨，是必然发展的大趋势，这样，才能在各方面参与国际活动，发展自己。中国社会由于改革开放前的封闭造成的不了解外部世界、同国际规范不匹配的许多问题，正在迅速改变。这是十分可喜的进展，当然还有许多工作要做。
与此同时，我们要清醒地认识到，任何国家都有自己的国情、特点，由于文化上、经济上、发展阶段上的差异，使得在科技体制、科技政策上，找不到两个完全相同模式的国家。但是，同国际接轨决不是不分时、空特点的一律照抄、照搬，而是指在科学规律、科学规范的一般原则上的国际认同。我们只有在深刻地、历史地研究国内外情况的基础上，才能作出客观的、符合实际的分析与选择，才能建立并发展出既体现国际先进性、又适合中国国情的现代化科技体制。
九、择优支持与青年人才的成长
如何充分发挥我院科技人员队伍的积极性、主动性和创造性是我们事业成败的关键。目前，职工中蕴涵着巨大的改革热情，这是我们改革取得成功的思想基础，利用好这一笔巨大的无形资产，发挥各级各类人员的积极性，是我们制定政策的立足点。
在中国科学资源相对有限的情况下，要有所为，有所不为，必须精心选择，通过竞争，进行动态的择优支持。鉴于科技队伍的现状和骨干队伍的年龄偏高，当前要努力培养和造就新一代跨世纪学术带头人、管理专家和优秀科技企业家，要努力适应科技发展和人才成长的内在规律，将青年作为人才工作的重点，政策向优秀的拔尖人才倾斜，通过建立合理的竞争激励机制，为优秀年轻人才的成长提供优化的环境和支持，使他们承担重任，在科研和开发工作的实践中逐步成长。
学术带头人是在科研群体中通过竞争脱颖而出的。因此，应当明确择优支持的标准是比业绩、比贡献，严格条件，不降格以求。支持的对象也不是一劳永逸的，而是在竞争的动态过程中不断筛选。“有心栽花花不发，无心插柳柳成行”。择优支持只是创造一个重视人才的环境，但人才成长却有许多其它条件，特别是本人的基本素质。艰苦环境常常更能激励、锻炼优秀的人才，一时未被择优选入的仍有成长的机会。管理专家和科技企业家更是要在市场经济的大潮中锤炼成才。大浪淘沙，真金始现，只有压以重担，推向风口浪尖，青年才能成长，才能接班。
青年人是科学院的未来与希望，他们要取得成绩，就要站在前人的肩上。因此，青年同志要尊重中、老年同志，中、老年同志更要主动地帮助、支持青年同志。总之，要充分调动各级各类人员的积极性，各得其所，各尽所长。
十、思想政治工作与科技业务工作
思想政治工作历来都是我们党的优良传统，在当前和今后，始终是调动人们的积极性，保障实施党的以经济建设为中心的基本路线，实施“科教兴国”战略的一个重要组成部分。在任何一个基层单位，中心工作的开展都是与基层党组织核心作用的发挥紧密相连的，二者职能不同，但目标只有一个。所以基层单位的党政领导都应把工作的出发点和落脚点放在这同一目标上来，真正做到意志统一，行动统一，变“二心”为一心。
思想政治工作的保证作用要到处体现，思想政治工作的方式方法要讲究实效。思想政治工作干部要成为尊重知识、尊重知识分子，执行党的知识分子政策的模范。我们知道，实施“科教兴国”战略的关键是人才。为此，要培养和造就大批德才兼备的优秀科技人才和管理干部，要建设一支跨世纪的宏大的科技队伍。但人才的培养必须是全面的。对科学院来讲，培养的人才不仅在科学技术知识和创新能力上应是高水平的，而且在献身精神、科研道德、团结协作等方面也同样要达到高的水平。在这一关系全局和未来的重要任务中，思想政治工作起着不可替代的重要作用。
为适应建设社会主义市场经济体制的要求，思想政治工作在加强与改进的过程中，还应着力把握好以下几点：一是要始终遵循实事求是的原则；二是要切实注重实效；三是要勇于实践和勇于创新。面对新的环境有两种态度，一种是要环境来适应自己，另一种是努力改变自己，不仅自己去适应新的环境，而且去创造新的、更好的环境。我们应当选择后者，努力去创建适应当前这样一个伟大时代要求的、积极进取、争相创新、又宽松和谐、健康活泼的思想政治环境。