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百年来对新疆伊斯兰教的研究，可分为4个阶段：1.清代的伊斯兰教研究；2.民国时期的伊斯兰教研究；3.新中国成立之后的伊斯兰教研究；4.改革开放以来的伊斯兰教研究。
一、清代的伊斯兰教研究
清朝统一新疆之后，结束了政教合一的封建农奴制的和卓政权，保持了新疆境内政治局面、社会秩序的稳定。特别是在民族、宗教问题上，清政府从“修其教还易其俗，齐其政不易其俗”的基本政策出发，根据新疆的历史与统一后的现状，对伊斯兰教制订了一系列政策。一方面尊重各族穆斯林的宗教信仰、风俗习惯；另一方面，清政府又利用黑山派与白山派的对立，使其互相牵制，对企图进行谋逆叛乱的非法宗教活动实行查禁。同时根据不同地区情况实行不同的行政体制，逐步实行政教分离。在法律方面通过利导进行改革，以限制伊斯兰教的作用。特别值得一提的是，新疆苏非主义对我国内地伊斯兰教产生的重大影响，使伊斯兰教学术与文化生活方面的交流更为密切。新疆与内地伊斯兰教使用的经典得到进一步流通，本世纪初德国东方学者马丁·哈特曼曾对新疆维吾尔地区伊斯兰教使用的经典进行调查，记载了喀什噶尔与叶尔羌地区的25部（22种）伊斯兰教原文经典目录（转引自[日]佐口透著、凌颂纯译：《18～19世纪新疆社会史研究》下，第653～654页），其中与内地相同的经典共计19部（16种），占哈特曼所记经典目录的绝大部分。特别是苏非派的两部重要作品——鲁米的《麦斯乃武》与伊玛目热巴尼(1564～1624)所著《买克吐巴提》。后者系伊斯兰教神秘主义书信集，著名的神秘主义经典，在中亚、西亚、南亚、新疆及内地伊斯兰教神秘派中颇具影响。还被一些地方的苏非派奉为纲领性的著作。代表这一时代的重要作品有：《东方五史》，新疆塔城塔塔尔族伊斯兰学者库尔班·阿里·哈立德著。该书论述了新疆、中亚地区维吾尔、哈萨克、蒙古、回、乌孜别克、柯尔克孜等民族的简史、族源、宗教信仰、经济文化生活、风俗习惯及天文地理和当时的民族关系：《伊米德史》，主要内容：清代末朝新疆库车农民暴动始末；阿古柏入侵新疆；在各族人民支持下，清军击溃阿古柏，维护了祖国的完整；南疆六城维吾尔族族源、宗教信仰等情况。《安宁史》，重要的历史著作，为《伊米德史》的姊妹篇。《伊米德史》和本书皆为新疆维吾尔族历史学家毛拉·穆萨·赛拉米所著。《在中国土地上的圣战》，作者新疆伊犁维吾尔族诗人、历史学家毛拉·比拉勒·本·毛拉·优素福。该书详细的记述了1864年，新疆伊犁地区维吾尔族、回族民众反抗清朝统治的起因及其全过程。成书于1875～1876年。作者亲自参加了这一战争。其他作品还有：《阿帕克和加传》（毛拉热依木·尼买吐拉抄录）。《依达耶提传》（大和卓传），毛拉牙合甫·乌买尔肉孜（1882～1883年）著。
清代至清末研究伊斯兰教资料的基本情况，还散见于官方史书和各地的地方志书中。《西域图志》、《西陲总统事略》等书中都有记载平定大小和卓的历史过程和信仰伊斯兰教民族各个方面的情况等等，《新疆图志》是清朝末年编纂出版的，该书对于伊斯兰教情况的记载也比较多，这些优秀的作品给后人的影响至今犹存。
二、民国时期的新疆伊斯兰教研究
民国时期是新疆地区的伊斯兰教发展在中国伊斯兰教史上有着独特的行进轨迹。自16世纪中后期中亚和卓势力进入新疆后，天山南北的兴衰治乱常常同伊斯兰教事务纠缠在一起。从大小和卓叛乱至1949年建国前，在新疆这个广袤的穆斯林区域里，伊斯兰教更是关系到民族发展、社会安定和国家统一的重要因素。尤其是民国时期，一些反动的民族宗教上层借穆斯林群众对军阀统治的不满，炮制所谓“泛伊斯兰主义”、“泛突厥主义”的谬论，煽动宗教与民族情绪，挑动民族仇杀，制造分裂叛乱，投靠帝国主义，把处理伊斯兰教事务变成一个极为敏感的政治问题。在这段新疆社会非常衰败、动荡的时期，新疆仍没有被任何外来势力所分割出去，而是牢牢居于祖国的版图之中，其根源有两条十分重要：一是新疆各族人民在这片生于斯、养于斯的中华大地上，已和祖国各民族同胞形成巨大的凝聚力和向心力；二是有关主政新疆人物和政治势力所执行的维护国家统一的伊斯兰教政策发挥了作用。就在这样特殊的历史时期，新疆伊斯兰教研究和全国一样，在各个方面都呈现出了新的景象。1939年和1945年，新疆阿图什学者毛拉·沙比提阿吉和伊犁学者孜日甫喀里阿吉大毛拉曾先后把《古兰经》译成维吾尔文，但未刊印，仅有手抄本流传，但影响颇大。当时出版的有著名的宗教人士和爱国主义者马良骏先生撰写的《考证回教历史》，张治中于1947年9月4日为此书作序，马良骏强调各宗教的宗旨都应与人为善，希望信仰不同宗教的各族人民和睦相处，这种观点在当时深得人心。他一生著述甚丰，主要有：《历史》、《赛义集锦》、《教典要义大全》、《简明教典要义》、《大杂学》、《清真最要志》等等。还有曾问吾《中国经营西域史》（商务印书馆，1936年），全书约55万字，此书为自汉朝以来中国历代中央政府治理新疆的历史专著。书中对伊斯兰教在各个历史时期的发展和影响有较好的记述；穆罕默德·阿不拉阿吉1948年撰写《和田历史大事记》（维吾尔文手抄稿），运用诗歌形式介绍了突厥诸王的生平、古代突厥部落的历史、和田的形成，以及伊斯兰教传入前后的和田社会历史情况。
1.伊斯兰教在新疆的传入与发展研究的代表作：李晋年先生的《新疆回教考》（《地学杂志》1919年2、3期）；王日蔚先生的《伊斯兰教入新疆考》（上、下）（《禹贡》1935年4卷2期、1937年7卷4期）、《新疆之伊斯兰民族》（《禹贡》1935年3卷11期）；纪颜先生的《回教与回纥》（《西北论衡》1938年6期）；海维谅先生的《新疆回教之发展》（《月华》1935年8期）；关震华先生的《新疆回部王公世系之研究》（《西北问题》1923年1卷1期）；维·拉德洛夫著、贺启明译《新疆回部王公世系之研究》（《天山月刊》1935年1卷4期）；陈学明先生的《新疆宗教之起源》（《新西北月刊》1944年7卷4期）；柏南先生《伊斯兰教在新疆发展之商榷》（《西北论坛》1948年1卷4期）；苏北海先生的《伊斯兰教传入新疆考》（《新疆论丛》1947年2期）。
2.新疆伊斯兰教文化研究方面有：茅盾先生《谈新疆各回教民族的文化工作》（《回教文化》1941年1卷4期）；戈定邦先生《新疆宗教与文化》（《边政公论》1945年4卷1期）；潘路基先生《回教徒翻译事业及其影响》（《现代学报》1947年1卷2期）。
3.有关麻扎与清真寺方面的研究：《哈密地区礼拜寺概况》（《新疆宗教研究资料》第2辑转载）；董文弼先生著《论新疆麻扎》（《新亚细亚》1933年5卷2期）。
三、新中国成立以来的伊斯兰教研究
1949年10月25日《人民日报》发表“毛主席、朱总司令复电新疆回教总教长马良骏”一文，1950年12月2日“政务院关于伊斯兰教的人民在其三大节日屠宰自己食用的牛羊应免征屠宰税并放宽检验标准的通令”发布，1956年12月22日《人民日报》报道“毛主席、朱德副主席接见中国伊斯兰教第二次代表会议代表”等，休现了中国共产党对伊斯兰教及穆斯林民族的政策，它与历代统治阶级歧视伊斯兰教、压迫穆斯林民族的政策已形成鲜明的对比。在新中国，信仰伊斯兰教的各民族真正享受到了宗教信仰自由，在这样宽松的社会环境下，探讨伊斯兰教的学术文章，从数量到质量都比以往有较大的进步和提高。
1951年9月至1952年5月，由中共中央新疆分局派往南疆的工作组对南疆农村社会进行了调查，邓力群、谷苞两位先生对南疆的瓦哈甫地问题进行了调查，并撰写了《南疆的瓦哈甫地问题》；1951年8月《新疆》杂志发表了《维吾尔居住区宗教田地介绍》。
有关新疆伊斯兰教传入与发展的研究有：苏北海的《一千年来伊斯兰教（回教）在新疆的发展》（《历史教学》1952年9月）；宋大仁《关于“西域”、“回回”和阿维森纳的问题》（《历史研究》1959年12月）。经堂教育方面有：刘御《谈谈新疆兄弟民族经文学校的改革问题》（《西北教育通讯》1951年7月）。但是，从50年代后期开始的极“左”思潮的扩大，无疑给伊斯兰教研究带来了巨大的阻力。
进入60年代，伊斯兰教研究的势头明显减弱，但在1965年以前，仍有一些成果问世。曹启文《新疆宗教势力演变述要》（上、下）（《中国边政》1963年1、2期）。
1966年至1977年，由于“文化大革命”的动乱，伊斯兰教研究在全国范围内处于停顿状态。既是发表和出版的一些有关伊斯兰教方面的文章，也带有较强的极“左”的印记，有的甚至以极“左”和大批判的面目出现，尽管有的论著在当时多次再版，但今天看来某些言词还有伤害民族感情之嫌。可以说，“文革”时期正常的伊斯兰教研究在极“左”思潮最盛的10年，几乎被窒息了，有价值的成果很少。
四、改革开放以来新疆伊斯兰教研究
随着改革开放的发展，新疆伊斯兰教的研究有了前所未有的蓬勃发展。特别是从1980年至1986年，分别在银川、兰州、西宁、西安、乌鲁木齐举行了西北五省（区）伊斯兰教学术研讨会。1987年在北京举行首届伊斯兰教学术研讨会，打破了新疆伊斯兰教长期沉寂的局面。从而对新疆伊斯兰教研究起到了极大的推动和促进作用，标志着新疆伊斯兰教研究进入了一个全新的阶段。
（一）资料的收集、整理、编目、翻译出版
1.零散文字史料的集中和出版（公开或内部印刷）。零散文字史料对新疆伊斯兰教来说主要是官方史书和各地的地方志书中记载，墓碑、礼拜寺碑刻、谱系（家谱和传教谱系）、档案记载和有关报刊的文章等等。这些史料在当时都得到了一定的搜集和整理（特别是唐、宋、元、清各代的史书记载和清代档案、资料已被初步集中）。其中一部分已用不同形式编辑出版。如《清实录新疆资料辑录》，新疆社会科学院历史所编。《中国伊斯兰教史参考资料选编》，李兴华、冯今源编，1911-1949年部分已由宁夏人民出版社分上下两册出版；《西北民族宗教史料文摘》，甘肃图书馆牟实库等编，新疆部分大约75万字分上下两册，已由甘肃省图书馆内部出版。《新疆宗教研究资料》，系新疆社会科学院宗教研究所编审的内部参考资料，其中大部分为有关新疆伊斯兰教史的珍贵原始资料。
2.地方、民间资料通过社会调查的汇集。新疆少数民族文字与外文史料是研究新疆地区伊斯兰教历史的重要文献。伊斯兰教在新疆的传播的史料，有多种文字的记载，如：维吾尔文、哈萨克文、塔塔尔文、察合台文（即老维吾尔文）、突厥文、波斯文、阿拉伯文以及俄文、英文、日文等。虽然，这些文字有些已不再使用，但它记载的文献资料，却为我们研究伊斯兰教的历史发展、文化渊源、相互关系提供了重要的依据。对于新疆伊斯兰教史书的整理和社会调查在1975年就开始了这项工作。当时新疆维吾尔自治区宣传部、文联等单位就组织了“新疆文物史籍临时收集”办公室，联合新疆大学、博物馆、新疆民族所（现新疆社会科学院历史研究所）一些专家，分别到南北疆各地、州、县基层单位，专门搜集了解新疆各少数民族的历史、宗教、文学、艺术等文物史籍情况。这次文物史籍收集工作，是新疆解放以来比较全面的一次。从登记的目录来看，图书总共1357册，其中大约有750余册属于宗教和历史；500余册属于伊斯兰教历史、人物、传记、圣战史以及中亚各国的民族历史。版本有铅印本、石印本、油印本，还有为数不少的手抄本。书的出版年代从公元11、12世纪到近现代，出版地点主要是阿拉伯国家、印度、中亚和新疆各地。主要文字是阿拉伯文、维吾尔文、察合台文、波斯文、土耳其文、塔塔尔文、乌孜别克文、乌尔都文等八九种文字。
关于伊斯兰教内不同教派的图书，主要有苏非派，特别是有关依禅派宣传和哲理的书比较多，分布在库车和莎车两县，说明当时这一带依禅派的影响比较深，信徒比较多。这些史料对研究新疆各民族的历史、哲学思想和宗教信仰，具有十分重要的价值。1982年新疆社会科学院组织人力从伊犁等地搜集民族古籍和三区革命的文献，在内容上包括新疆、中亚等地区的历史、宗教，已整理编目的共有358种，伊斯兰教的就有203种。1983年新疆社会科学院宗教研究所调查组赴喀什、和田两地进行了宗教社会学调查，编写了《喀什两村调查》和《喀什个案调查》（内部刊印），在1983年第3期《新疆社会科学研究》上发表了《新疆喀什、和田地区伊斯兰教情况调查》。柯尔克孜族学者安尼瓦尔同志在1983年第2期《民族研究》发表了《对新疆维吾尔自治区伊斯兰教依禅派和瓦哈布派的调查》，他认为，在新疆除了在塔吉克穆斯林中有伊斯玛仪十叶派的影响外，在莎车还有维吾尔穆斯林亦属十二伊玛目派的情况。1985年新疆社会科学院宗教研究所调查由赴伊犁作了为期两个月的宗教社会学调查，主要了解哈萨克族农牧民的伊斯兰教信仰状况，了解哈萨克族群众对党的现行宗教信仰自由政策的态度、反映，考察宗教信仰与社会主义精神文明的关系问题等等（《新疆宗教研究资料》第10辑，1985年）。同年谭吴铁等同志对新疆回族哲合林耶历史通过调查得到了文字和口碑资料（《新疆宗教研究资料》第11辑，1985年）。
3.新疆伊斯兰教书目的编纂。调查整理工作取得了较大的收获，为了使更多的科研人员了解它，新疆社会科学院将各地收集的资料，分类编目，现已译成汉文的有：阿吉·努尔阿吉编的《新疆有关伊斯兰教古籍书索引》共有77条，大部分为手抄本，由新疆社会科学院宗教研究所副译审宝文安从维吾尔文译成汉文，并做了文摘。李进新同志的《新疆部分伊斯兰教书目》是根据自治区文物史籍收集临时办公室汇编的《新疆部分文物史籍目录》所辑，由新疆社会科学院历史研究所哈力达和宗教研究所买买提·赛来同志翻译整理成维吾尔文，再由张宏超同志从维吾尔文译成汉文，共编集了民文27条、汉文79条。
根据调查，南疆各地散藏于民间的契约文书是很多的，早在解放初期，各地党政部门就已注意收集和研究这方面的资料，它对制定和正确贯彻执行党的方针政策，使民主改革顺利进行起到了应有的作用。50年代后期，全国少数民族社会历史调查组新疆分组在南疆各地收集到了一部分契约资料，并进行了研究。60年代初由当时的新疆民族研究所宗教室（即今新疆社会科学院宗教研究所的前身）的同志赴南疆各地进行民族、宗教问题的社会调查并收集史籍。收集的范围主要是喀什、疏附、莎车、叶城、和田、于田、且末等县市。原件约500余件。这批契约多用老维吾尔文书。内容为清代至民国时期新疆喀什噶尔、和阗等地区经伊斯兰教法庭办理的契约文书。是考察该时期南疆政治、经济、宗教、婚姻、寺院管理诸方面情况的第一手资料，尤其是对研究新疆历史上伊斯兰教教法问题具有重要作用和意义。1983年，聘请有关同志从老维吾尔文（即察合台文）译成维吾尔文字，再译成汉文。维吾尔文的翻译者是艾里买提·孜亚，汉文的翻译者是张鸿义、赵国栋，宝文安校对。最后在王守礼同志（已故）初选契约汉文译稿的基础上，又由李进新同志进行加工整理，形成了目前这本名为《新疆维吾尔族契约文书资料选编》的珍贵目录。
1995年，陈国光同志在原社会科学院宗教研究所伊斯兰教研究室主任王守礼初选的204份契约汉文译稿的基础上编辑了《民国时期南疆地区部分契约文书编目》，发表在《新疆社会科学情报》1995年1期。本编目用伊斯兰教历与公年月日对照（格式为：伊斯兰教历××××年××月××日／公历××××年××月××日）。对人名、地名及其他专有名词做了某些必要的统一。
为了促进新疆伊斯兰教研究工作的进一步发展，使广大伊斯兰教研究者能够掌握全国伊斯兰教的研究情况，新疆社会科学院图书馆桑荣同志编辑了《中国伊斯兰教著述目录索引》一书（内部资料）。
4.资料和翻译与出版的专著。为了促进伊斯兰教研究的进一步深入，新疆社会科学院宗教研究所集中力量，对民文与外文资料进行大量的翻译。出版的有：《拉失德史》作者米儿咱·马黑麻·海答儿(1499～1551)，为叶尔羌汗的亲信。原书系波斯文，汉译书名《中亚蒙兀儿史——拉失德史》，由新疆人民出版社分两册出版；买买提赛来翻译的维吾尔文本《古兰经》；买买提赛来、宝文安个别翻译的维、汉两种文本的《布哈里圣训实录精华》；买买提赛来、秦德茂、田希宝、宝文安译校的维汉文版《穆罕默德传》；在专著方面有阿吉努乐·阿吉、陈国光著《新疆伊斯兰教史》（维吾尔文本），1994年出版；李进新著《新疆伊斯兰汗朝史略》，1999年出版；谭吴铁著《新疆回族伊斯兰教史略》；新疆社会科学院宗教研究所编写的《中国新疆地区伊斯兰教史》。此外，新疆伊斯兰教研究资料成批被译成汉文或维吾尔文的有：《东方五史》；《伊米德史》；《安宁史》；《和卓传》；《萨吐克·布格拉汗》；《伊斯兰教传入和田及反伊斯兰之战》；《大霍加传》；《四伊玛目传》；《阿帕克霍加传》；《热西丁外力传》；《买克吐巴提》；《阿古柏入侵新疆纪略》；《伊斯哈克外力传》等近30本（篇）资料。
（二）有关新疆伊斯兰教专题的研究
1.关于伊斯兰教在新疆的传入、传播与发展问题。伊斯兰教传入新疆的时间，以往有两种不同观点，一种观点认为，公元8世纪初期阿拉伯大将屈底波对中亚的征服从而打开了伊斯兰教向古代新疆传播的大门；第二种观点是以公元10世纪喀喇汗朝统治者萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教作为该教传入新疆的标志。其内容的代表作有：秦惠彬的《大食同唐朝的军事接解以及伊斯兰教的东渐》（《世界宗教研究》1987年第1期）；居乃德·拜克里《喀什艾提卡大清真寺的历史沿革》；陈国光在《伊斯兰教传入新疆的时间》（《新疆社会科学情报》1989年第5期）；高永久《论11世纪初伊斯兰教在于阗的传播问题》（《兰州大学学报》1998年2期）。
在新疆伊斯兰教的传播发展问题上，学术界的研究也比过去深入，有的研究者指出：“伊斯兰教之所以能在新疆取得较大发展的原因。其一，佛教在新疆经历了一千多年的历史，已处于衰落的时期，其他较为落后的宗教形式，不能适应社会经济的发展和统治者需要，逐渐被淘汰。而伊斯兰教却方兴未艾，积极活动，具有较强的生命力和适应性。其二，伊斯兰教更能适应新疆当时社会关系的变化。适合从事贸易和手工业的市民，也适合于游牧民族。同时，蒙古统治者的宗教立场及其政策，客观上促进了新疆伊斯兰教的发展。特别是在察合台后王统治时期，伊斯兰教在新疆形成了一个传播高潮，秃黑鲁·帖木儿汗积极推行伊斯兰教，甚至发展到掀起宗教狂热和进行“圣战”。及至16世纪全部改奉了伊斯兰教。除15世纪进入新疆的瓦剌蒙古信奉喇嘛教外，伊斯兰教成为维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔吉克族、塔塔尔族、乌孜别克族等民族及察合台蒙古人共同信仰的，在新疆占统治地位的宗教。代表作有：李进新的《蒙古统治者与新疆的伊斯兰教》，（《新疆社会科学研究》1984年第2期）；田卫疆的《试探元末时代伊斯兰教在新疆的传播和发展》，（《新疆社会科学研究》1987年第4期）；陈国光的《正确阐明新疆伊斯兰教发展历史》，（《新疆社会经济》1998年第5期）。
2.新疆伊斯兰教的教派问题。有关新疆伊斯兰教的教派，从新疆伊斯兰教的历史和现状来看，以维吾尔族为主体的新疆信仰伊斯兰教各民族穆斯林主要属于逊尼派，而塔吉克族属于什叶派中的依斯玛仪勒派。此外，苏非主义流派在新疆亦有广泛传布，在维吾尔族被称为“依禅派”，在回族被称为“门宦教派”，而且近现代，新疆一些地方还有瓦哈比派传播。过去因资料缺乏，学术界对这些问题研究不够，近年来通过社会调查和学术交流，在教派问题特别是苏非派问题上有了较大突破。在这方面的代表作有：阿吉努尔·阿吉的《论伊斯兰教神秘主义（苏非主义）的形成传播及其本质》、（《新疆社会科学研究》（1983年第7期）；《伊斯兰教瓦哈比派的形成发展与新疆的传播》，（《民族研究情报资料》1992年2期）。综述新疆伊斯兰教派的，有王守礼的《新疆伊斯兰教派初探》，（《新疆社会科学研究动态》1981年第40期）；杜绍元的《新疆维吾尔族伊斯兰教派简介》，（《新疆宗族研究资料》第10辑）；《喀什、莎车、和田地区伊斯兰教派情况调查》，（《宗教》1987年第1、2期），以及安尼瓦尔的《对新疆维吾尔族伊斯兰教依禅派和瓦哈比的调查》，（《民族研究动态》1983年第2期）。
中国西北地区的教派门宦，同外来苏非主义关系密切，是伊斯兰教神秘主义苏非派同中国西北地区实际结合的产物。陈国光《中亚纳合西班底教团与我国新疆和卓、西北门宦》，《世界宗教研究》1988年第1期；金宜久《苏非派与中国门宦》，《甘肃民族研究》1982年第1、2期；王怀德《苏非派的演变与门宦制度形成的特点》，《世界宗教研究》1984年第2期都是作的这样的探讨。韩中义的《新疆伊斯兰教苏非尊号考释》（《西域研究》1998年4期）和《新疆苏非文献与典籍》（《新疆社会科学信息》1998年5期）。新疆和卓研究，以马汝珩（《略论新疆和卓宗教势力的兴衰》，《宁夏社会科学》1984年2、3期）为代表，陈慧生（《试谈清代的白山派和黑山派之间的斗争及其影响》，《新疆社会科学研究动态》1980年第37期）在有关“和卓时代”的提法上，近年来我国学术界也有所争鸣，1992年《中国社会科学》第4期杂志发表了魏良弢（《西域史上的一个幻影“伊斯兰神圣国家”或“和卓时代”考实》）（《中国社会科学》发表陈国光《论〈幻影〉一文中的幻影——对“西域史上的一个幻影”一文的几点质疑》，以及魏良弢先生的答辩。
甘宁青门宦教派和新疆教派不仅有渊源上（苏非派）联系，两大系统之间也相互关联。陈国光《“回回二十五世到中原”考——关于新疆伊斯兰教神秘主义在内地传布问题》（《世界宗教研究》1985年第3期）、《新疆历史上的伊斯哈克耶——兼论我国哲合林耶门宦的来源》（《世界宗教研究》1987年第1期）。由于回族住居新疆等原因，甘宁青教派门宦也分布新疆，王孟扬《回族教派门宦之产生及其在新疆的分布》；马忠孝《关于新疆回族伊斯兰教主要教派的初步调查》；马品彦《依合瓦尼派及其在新疆的传播》（《新疆宗教研究资料》第15辑）。
3.关于麻扎和麻扎朝拜问题。麻扎和麻扎朝拜本属非伊斯兰教的东西，它是原始宗教和萨满教的遗风。信仰依禅派的维吾尔人则将这一古老的习俗带入伊斯兰教的仪式中。买买提·赛来和马品彦合写的《新疆麻扎和麻扎朝拜》（《世界宗教研究》1986年第4期），用比较丰富的资料，阐述了具有显著地域特色的麻扎和麻扎朝拜的产生、发展情况。王叔凯《维吾尔族伊斯兰教依禅派中的萨满教影响初探》（《中央民族学院学报》1987年4期）。
4.伊斯兰教与新疆社会。新疆是我国伊斯兰教信仰盛行，信徒多的地区，既有以维吾尔族为代表的传统的中亚，新疆系统，又有以回族为代表的内地甘宁青系统，还有信仰什叶派的塔吉克族；按经济类型分，有宗教活动繁杂、宗教财产多、宗教建筑壮观的农业地区，又有宗教活动简易，宗教财产相对少的游牧地区。宗教随其所处客观环境而变化，在这里表现得特别明显。
新疆民族与伊斯兰教关系专门研讨的有：谷苞《维吾尔族与伊斯兰教》（《新疆社会科学研究动态》1979年第4期）；苏北海《伊斯兰教在维吾尔族中发展的特点》（《世界宗教研究》1987年第3期），以及《略论伊斯兰化对维吾尔文明的影响》（《宁夏社会科学》1988年第3期）；《试论伊斯兰教的传播对维吾尔书面语的影响》（《新疆大学学报》1984年第2期）；苏北海《伊斯兰教在哈萨克族中的发展》（《世界宗教研究》1986年第1期）；陈国光《新疆东乡、撒拉、保安族中的伊斯兰教》（《新疆社会科学》维吾尔文版1991年第1期）；《纳赛尔·霍斯曼乌与伊斯兰教在新疆塔吉克族中的传播》（《西北民族研究》1992年第2期）。
在伊斯兰教法的研究方面，有陈国光《新疆历史上伊斯兰教法制的兴衰》（《西域研究》1993年第3期）；《清代新疆维吾尔地区伊斯兰教法问题》（《世界宗教研究》1990年第2期）；《关于清代新疆伊斯兰教民法问题——契约文书研究》（《西域研究》1992年第2期。在对伊斯兰教政策的研究方面，有陈国光《清政府统一新疆前对伊斯兰宗教民族问题的态度与政策》（《西部学坛》1987年第9期）；《清政府统一新疆后对伊斯兰教的政策》（《新疆宗教研究资料》第17辑），此外，苗普生、潘向明等也撰有关于清政府对新疆伊斯兰教政策的论文和《试论杨增新督新的伊斯兰教政策》（《西北史地》1982年第2期）。
5.新疆的伊斯兰文化研究。在新疆伊斯兰教建筑艺术方面，刘致平著，新疆人民出版社1985年出版的《中国伊斯兰教建筑》，以及《新疆维吾尔建筑装饰》一书，对新疆各地清真寺、道堂和麻扎（陵墓）建筑艺术进行了重点介绍。在新疆伊斯兰文化研究方面，丁文楼《略论伊斯兰教对维吾尔文化的影响》（《民族研究》1991年3期）；陈国光《对新疆伊斯兰教教育的历史回溯》（《世界宗教研究》1991年第2期）；阿吉努尔·阿吉《赛义德王朝文化述略》（《新疆社会科学》1990年4期）；桑荣《新疆伊斯兰教的初期文化》（《新疆艺术》1992年第6期）；优素福·纳光舜《中国古代清真寺艺术初探》（《中国穆斯林》1998年1期），均进行过综合性的研究论述。
6.伊斯兰教现实问题研究。1985年，自治区党校组织从事民族、宗教教学与研究的教师下赴南北疆对维吾尔族和回族伊斯兰教主要教派的现状进行了调查；1990年新疆社会科学院宗教研究所两次组成调查组赴南疆进行宗教现实问题调查，针对宗教管理失控，国外敌对势力利用宗教对新疆进行颠覆和渗透，瓦哈比派的发展，党团员干部、教师和青少年信教，维吾尔等少数民族的宗教信仰状况等问题进行了调查。获取了大量的第一手资料，写出了一批有现实意义的论文。对马克思主义的宗教理论，党的宗教政策和社会主义时期宗教的有关问题，特别是民族宗教地区的有关问题，也作了不同程度的宣传介绍与探索，写出了近20篇论文。
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