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农民收入问题是“三农”问题中长期存在且日益突出的一个问题。能否解决好这个问题，不仅关系到农村经济的发展，农业基础地位的巩固和农民生活水平的提高，而且还关系到整个国民经济的发展。
一、农民收入的现状
（一）农民收入普遍较低，增长缓慢。截止到2001年，我国农村居民家庭人均纯收入只有2366.4元，比1999年的2210元仅仅增加了156.4元，按不变价格计算，实际增长率只有4％左右，大大低于我国经济8％的增长率。而且纯农户的人均纯收入只有2018元，农业生产收入在农民总收入中占的比例呈下降趋势。
（二）农民收入增长速度下降。农民人均收入从1978年的134元提高到2001年2366.4元，扩大了17倍，年增长率约为7.43％，收入水平在总体上有了较大的提高。但是，农民收入增长速度不均衡，呈阶段性下降的趋势。1978—1984年，农民人均纯收入年增长17.7％，1985—1988年为4.9％，1989—1991年的国民经济整顿期间仅为1.9％，1992—2001年为4.6％。特别是自1995年起，农民收入增长率持续下降，1995年农民收入增长29.2％，1996为22.1％，1997年为8.5％，1998年为3.4％，1999年为2.2％，2000年为1.9％。虽然2001年农民收入扭转连续4年增幅下滑的势头，达到4.2％，但这仅仅是恢复性的增长，基础很不牢固，影响农民增收的一些长期性、根本性因素并未消除。
（三）城乡居民收入差距进一步扩大。城镇居民家庭人均可支配收入与农村居民家庭人均纯收入之比，1998年为2.51（5425：2162），1999年为2.65（5854：2210），2000年为2.79（6280：2253），2001年为2.9（6869.9：2366.4），呈不断扩大的趋势。再加上城镇居民享受的社会保障、住房、医疗等福利，二者之间的实际收入差距将变得更大。
二、农民增收困难的制度性因素
当前，农民收入水平低下，增长缓慢和城乡收入差距扩大不是偶然现象，而是有其深刻的制度根源，是受一系列制度体制因素约束的结果。
（一）农村土地制度滞后。我国现行土地制度的一个显著特点就是“公平”：土地分配实行户均制，即将土地分为好中坏三等，按人头和人劳比例搭配平分。这种人人有地种，家家有田包的局面导致农户土地分散化，零碎化，小规模的家庭农业难以利用先进的农业生产技术，生产效率低下；单位土地占有劳动力过多，直接造成农民人均收入下降；土地被限制在以家庭为单位的狭小范围，不能通过合理流动来实现土地资源的合理配置和高效利用，一些无心种地的农户出于安全保障上的考虑不敢完全放弃土地去寻找收入较高的就业机会，兼业式的转移模式限制了农民收入的增加，而种田能手和经营大户又苦于没有连片的大规模土地，无法通过规模经营来实现规模经济。
（二）农村经营制度落后。我国农村现阶段实行的经营制度是家庭联产承包责任制。这一制度在70年代末和80年代初适应当时我国生产力的状况，极大的促进了农村经济的发展，为农民收入的提高作出了巨大贡献。随着市场经济的发展，家庭联产承包责任制下的农户分散经营模式愈来愈暴露出它自身的弱点：首先，在家庭联产承包责任制下，户均耕地面积只有5亩左右，这种土地规模过小的状况使农户应用农业科技达不到规模效益，一些先进的农用机械如播种机、收割机和农业技术如温室大棚、滴灌等在零碎分散的土地上无法使用，既影响了农业生产的效率又限制了农产品品种的多样化和质量的提高；其次，一家一户分散的小规模经营模式在组织、管理、科技、资源运用等方面同社会化大生产不相适应，农户生产各自为政，资金分散，行为短期化，缺乏专业分工的弊端使农业生产投入大、产出小，效益低下；最后，分散经营也不适应大市场交换。由于我国农村社会化服务体系和市场中介组织不完善，以单个农户为单位的经济主体难以承受市场风险，无力掌握市场动态和信息，竞争能力弱，容易出现增产不增收的局面。农业技术水平落后、生产效率低下和竞争能力不强的现状导致农产品大路货多，名优产品少，初级产品多，加工产品少，农产品需求普遍缺乏弹性，在农产品市场由“绝对短缺”转为“相对过剩”的情况下，价格持续下降，严重制约了农民收入的增长。我国加入WTO以后，面对国际市场竞争，农产品价格肯定要继续下降，如果不解决好上述问题，农民收入的增加将会面临更大的障碍。
（三）税费制度混乱。首先，税费标准混乱。我国的农业税是依据1958年的《农业税条例》进行征收的，经过40多年的变化，土地面积和年产量等主要的税基都发生了显著的变化，导致农业税名不副实；农业特产税由于要在生产和收购两个环节双重征税，再加上适用税率复杂，实际操作中极为不便，很多地方将其异化为“人头税”，“田亩税”；至于车船使用税和屠宰税，由于在实际工作中难以准确统计车船使用数量和屠宰的牲口数量，许多地方按人头违规征税的现象严重；收费方面，农村的“三提五统”应按农民纯收入的5％以内征收，但在实际中税基由纯收入变成了农民承包的土地面积。按田亩或按户摊派。其次，税费征收缺乏约束，近年来，随着乡村管理机构的日益膨胀和冗官冗员的增多，财政支出不断增加。在加上一些乡村干部以权谋私，导致对农民收取税费的范围扩大，种类增多，效额增加
（四）其他相关制度欠缺。首先，农村社会保障制度欠缺。我国现在的农村人口有9亿多，国家由于种种原因基本上没有为他们提供任何形式的社会保障。而城市居民则可以享受诸如医疗卫生，公共变通、失业保越，福利住房等多种社会福利。其次，现行户籍管理制度的障碍。在我国社会的二元经济结构下，农村存在大量剩余劳动力，通过农村劳动力的转移，减少我国农业的劳动力数量，实现农业的规模化产业化经营，是提高农民人均收入的有效措施。但是现行的户籍制度对农民进入城镇严格限制，外来农民在就业、子女教育、医疗等方面遭受歧视性待遇。再加上近年来城市失业人口不断增加，进城寻找工作的农民更是受到地方保护主义限制，影响了农村劳动力的转移和农民收入的提高。
三、增加农民收入的根本途径：制度创新
从上面的分析我们可以看出，增加农民收入的根本途径就是要消除限制农民增收的制度性因素的影响，以制度创新为核心，深化农村政治经济体制改革。
（一）农村土地制度创新。农村土地制度创新主要是要改变当前农村土地分配的户均制格局，实行土地集体所有权、农民土地承包权和土地使用权“三权分离”，促进土地使用权的流转。为农业经营制度、农村税费制度、农村社会保障制度、户籍制度的创新创造条件。首先，农地使用权流转应该严格按照《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定进行。其次要建立农村土地使用权交易市场，明确土地使用权流转的主体是农户或法人组织，客体是土地的使用权。实行土地使用权的商品化柜台交易，通过市场力量实现土地使用权流转，有条件的地方可以建立“土地使用信托服务中心”、“土地流转中介服务公司”等中介组织，便利土地使用权的流转。第三，土地使用权流转应突破社区界限和行政壁垒，向社区外延伸，流转方式应灵活多样，不断创新。流转价格的确定应通过拍卖或自愿协商的方式进行，并由公平性权威性的专门机构最后评估审定，加强土地市场管理，使土地流转逐步走向规范化。最后，土地使用权流转应在自愿的基础上依法确立流转双方的权利义务关系。通过征收土地使用权流转税作为风险基金的来源，在土地转出者、转入者以及管理者之间合理分配收益和风险，解决农民的后顾之忧，最大限度的保障农业、农村和农民的稳定。
（二）农业经营组织制度创新。农业经营组织制度创新，就是要改变当前的农户分散经营模式，实现农业的规模化、产业化经营。目前，应该加快农地使用权流转，使土地向种田能手、农业专业户等集中，为实现农业的规模化经营打下基础；要大力发展各种经济联合体，形成新的生产组织方式，以便在更大的范围内组织生产；农业规模化经营的形式应该多样化，因地制宜，可以采用家庭经营型、集体经营型、合作经营型和双层经营型多种形式，并且要不断发展出适合我国农业实际情况的新形式。
农业的产业化经营就是以市场为导向，实行生产、加工、销售一体化经营；龙头企业按照市场需求，与农民签订产销合同，建立生产基地和社会服务体系；产、供、销三者结成风险共担，利益均沾的共同体。我国在农业产业化经营的实践中出现了公司+基地+农户、专业市场+农户、农产联+农户、开发集团+农户等多种经营型式和组织方式。在农业产业化的过程中，应积极发挥大中型工商企业的作用，让其成为龙头企业，实现工商农三大产业的大联合和贸工农一体化，利用龙头企业在资金、技术、信息和管理上的优势加速农产品的市场化、规模化、品牌化，及时根据市场需求的变化调整产品结构以实现农产品的市场效益。农业产业化经营是农业市场化的必然选择，有利于我国农业的现代化，有利于解决“小生产”和“大市场”的矛盾，提高农民的组织程度，有利于先进生产技术的推广，提高农业要素的产出率，是增加农民收入的有效途径。
3、改革农村税费制度。首先。要改变税收征管混乱的局面。以第二轮承包用于农业生产的土地面积作为农业税的计税面积，并需得到农户本人的认可；以1995—1999年5年的农作物平均产量为基础，综合考虑土地的位置。肥力状况、水源条件等因素来确定农业税的计税产量、将地税部门作为农业税的执法主体，代替原来的代收代征制，实现依法治税，规范纳税。其次，建立财权和事权相对称的财税制度，明确乡村和上级政府的财权和事权。一是要建立乡村财政体制，加快政府管理机构改革，减员增效，减少财政支出；二是要明确国家和乡村各自的投资范围，将交通、电力、卫生、教育等事业的投资纳入国家投资范围，改变其完全由农民自办的状况，减轻农民的负担。最后，建立和完善“公平公开、民主监督、责任追究”的农村税费征收和使用机制。一是要重构税费制度框架，严格限制农民负担的水平；二是按事先规定的程序，通过民主集中的方式来审定村级财政收支项目，并严格监督执行过程。三是对于那些巧立名目，横征暴敛的干部，依法给予严肃处理。
4、改革户籍制度。当前应放松对农村人口向城镇转移，落户的限制，取消一切由农民的身份问题带来的对农民的歧视性政策，在就业、工资、住房、医疗、子女入学等各个方面给入城农民平等待遇，为加快农村劳动力的转移创造良好的制度环境。
5、完善农村社会保障体系。针对目前农村社会保障存在水平低，覆盖面小，资金不足和使用不规范的问题，首先应该扩大农村社会保障的覆盖面，在经济发达地区尽可能的建立完善的保障项目，在中等发达地区先解决养老保险和医疗保险问题，再逐步发展其他保障措施，在经济落后地区可以以社会救济方式来实现农村社会保障。其次，完善农村社会保障资金的筹集和管理机制，形成由政府、集体和农民共同负担的多主体资金筹集机制和建立由农民代表、政府官员和有关专家组成的农村社会保障资金委员会，管理和监督社保资金的收支和营运情况，最大限度的发挥资金的社会保障作用。最后，应该加快农村社会保障体系的立法工作。从法律上明确规定农村社会保障的对象、范围、资金的来源、管理和运用以及保障机构的设立等内容，做到农村社会保障有法可依，逐步走上规范化的道路。