小鼠肝组织DNA的提取及其含量测定论文_黄静

小鼠肝组织DNA的提取及其含量测定论文_黄静

黄静

(安徽医学高等专科学校 安徽合肥 230601)

【中图分类号】R394 【文献标识码】A 【文章编号】1007-8231(2016)03-0232-01

1.实验目的

1.1 掌握从组织细胞中提取DNA的基本原理。

1.2 掌握DNA提取和鉴定的方法。

实验原理:本实验所用的是DNA酚抽提法。可用于多种来源标本的高分子量DNA样品的制备,包括单层培养细胞、悬浮生长细胞、新鲜组织以及血液标本等。

提取DNA的基本思路,DNA 以核蛋白形式存在于细胞核中。利用DNA与RNA、蛋白质和脂质等在物理和化学性质方面的差异,提取DNA,去除其他成分。它是以含EDTA、SDS及无DNA酶的RNA酶的裂解缓冲液裂解细胞,经蛋白酶K处理后,用pH8.0的Tris饱和酚进行抽提,离心分层后,蛋白质因变性位于有机相与水相的界面,而DNA进入水相,再用酚、酚/氯仿抽提除去蛋白质,接着用氯仿抽提以除去 DNA 溶液中微量酚的污染。重复抽提DNA至一定纯度后,根据不同需要进行透析或沉淀处理,获得所需大小范围的高分子量DNA样品。沉淀处理常以乙酸铵为沉淀用盐,用无水乙醇沉淀。

其中EDTA为二价金属离子螯合剂,可以抑制DNA酶的活性,同时降低细胞膜的稳定性。SDS为生物阴离子去垢剂,SDS 可破坏细咆膜、核膜,并使组织蛋白与 DNA 分子分离,并能与脂质和蛋白质结合使他们沉淀,同时还有降解DNA酶的作用。无DNA酶的RNA酶可以有效水解RNA,而避免DNA的消化。蛋白酶K 或链霉蛋白酶 E 均为广谱蛋白酶,其重要特性是能在 SDS 和 EDTA 存在下保持很高的活性。将蛋白质降解成小肽或氨基酸,可以消化DNA酶、DNA上的蛋白质,使 DNA 分子完整地分离出来也有裂解细胞的作用。酚可以使蛋白质变性沉淀,也抑制DNA酶的活性。氯仿可除去微量酚。

实验材料:小鼠

器材:解剖盘、解剖剪、镊子、匀浆器、微量加样枪、烧杯、试管架、EP管、低温高速离心机、紫外分光光度计

试剂:生理盐水、10%的SDS溶液、饱和酚、氯仿:异戊醇(24:1)、无水乙醇、10mmol/L的乙酸铵溶液、1×TE(pH8.0)缓冲液(注:1×TE(pH8.0)缓冲液由10mmol/L(pH=8.0)的Tris-HCl和1mmol/L(pH=8.0)的EDTA 配制而成)。

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操作步骤:(1)小鼠肝匀浆液的制备:①颈椎脱臼法处死小鼠,解剖,取肝脏组织一块于生理盐水中洗脱血液。②将洗脱的肝组织剪碎放入匀浆器中,在加入5ml冷的TE缓冲液,进行充分研磨。制成匀浆液。

(2)提取DNA:①取0.5ml匀浆液加入1.5ml的离心管中,加入10%SDS溶液0.1ml,颠倒混匀后,室温5min。②在上述溶液中加入饱和酚0.25ml,氯仿:异戊醇(24:1)0.25ml,充分混匀,室温放5min,12000rpm离心5min。③小心取上清液约0.4~0.5ml,加入0.5ml氯仿:异戊醇(24:1),混匀,室温放5min,12000rpm离心5min。④取上清液0.2ml,加入0.3体积(即60μl)的NH4Ac,2.5体积(即0.5ml)的无水乙醇充分混匀,12000rpm离心5min,小心倒去溶液,吸干。DNA沉淀加入1.0mlTE缓冲液溶解。

(3)DNA的含量测定

取0.5ml DNA样品加 TE缓冲液至4ml,用TE缓冲液调零,用紫外分光光度计分别测A260nm值和A280nm值。

结果记录与处理:

1、结果记录:

用紫外分光光度计分别测的A260nm值为0.498,A280nm值为0.362

2、结果计算:

A260nm/A280nm=0.498/0.362=1.376

双链DNA样品浓度(μg/ml)=A260nm×稀释倍数×50=199.2μg/ml

结果分析:

DNA的质量鉴定包括浓度分析、纯度鉴定以及大小完整性的分析。浓度分析与纯度鉴定,最简单快速的方法是紫外分光光度计。

1、通过 A260nm/A280nm的比值可以分析其纯度,DNA纯品: A260nm/A280nm=1.8

RNA纯品:A260nm/A280nm=2.0。A260nm/A280nm的比值为1.8是高纯度DNA的标志,高于或低于此值均表示不纯。但比值为1.8时的DNA溶液也不能断定为纯的DNA溶液,可能兼有蛋白质、酚与RNA的污染。其中蛋白质与酚的污染均使比值下降,而RNA的污染则使比值升高,一般情况下,A260nm/A280nm的比值在1.75~1.80之间是可以接受的。但A260nm/A280nm的比值若低于1.75,则表明有显著的蛋白质污染。

经计算此次实验所提取的DNA样品的A260nm/A280nm的比值为1.376明显低于1.75,可见样品中明显有蛋白质污染,可能是由于加入的SDS未能充分混匀,致组蛋白未能与DNA完全分离,可能由于酚未能与提取液混合充分,未能使蛋白质完全沉淀,更有可能是由于在第4步中吸取上清液时,吸到了蛋白质沉淀,造成蛋白污染。

鉴于A260nm/A280nm的比值低于1.75时,明显有蛋白质污染,此时需要加入终浓度为0.5%的SDS,并重复提取DNA步骤中的2~4。

2、通过A260nm值可以定量,核酸在波长260nm的紫外线下,1个OD值的光密度大约相当于50μg/ml的双链DNA、40μg/ml的单链DNA或RNA、20μg/ml的寡核苷酸。但紫外分光光度法只用于测定浓度大于0.25μg/ml的核酸溶液。

双链DNA样品浓度(μg/ml)=A260nm×稀释倍数×50

据此计算出本次实验的DNA样品浓度为199.2μg/ml。

注意事项:

1、对组织标本的高分子量DNA提取时,最好是新鲜标本,需要首先清楚血液和筋膜等纤维结缔组织,并将组织搅切或研磨成粉状,研磨要充分,否则DNA不能够完全释放,以致提取的DNA样品浓度低。

2、经酚抽提、离心分层后,操作应轻柔,以免达不到离心效果,影响抽取DNA样品的浓度。

3、实验所用的器材及试剂应消毒洁净,以免含有DNA酶,将DNA降解。

论文作者:黄静

论文发表刊物:《心理医生》2016年3期

论文发表时间:2016/8/1

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