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国务院《关于推进资本市场改革开放和稳定发展的若干意见》的出台，对发展资本市场的税收政策给出了指导思想与发展框架。
要鼓励公众投资
目前我国资本市场的一个主要问题是社会公众对于资本市场的信心不足，投资积极性不高。这主要是因为投资回报率太低，税收政策的不完善不能不说是一个重要原因。对此，《意见》特别指出要“研究制定鼓励社会公众投资的税收政策”。
目前，我国对证券交易所征收的税收主要是印花税、个人所得税和企业所得税。这一税收制度的主要缺陷是：第一，税基过窄，现行税收政策仅对上市股票征收印花税，对未上市的股票、债券、基金的交易以及各类证券的发行没有征收印花税；第二，印花税率总体偏高，且缺乏灵活性；第三，税收优惠政策不公平，导致上市公司与非上市公司及不同上市公司之间存在严重的税负不均。
针对以上缺陷，就需制定更有利的税收政策。如取消印花税，开征独立的证券交易税，征收统一的证券交易税；采用差别比例税率，收益率低的、持有期长的交易宜实行低税率；对专门性证券经营机构实行低税率，促进机构投资者成长。
完善税收征管办法
《意见》明确指出要“完善证券、期货公司的流转税和所得税征收管理办法”。
在流转税方面，我国现行的税收制度在很大程度上是按照企业的部门及行业来划分的，制造企业和商品流通企业在流转环节缴纳增值税，而其他行业则缴纳营业税，这样两类不同性质的企业若要通过资本市场进行收购、兼并联合等资产重组行为，就会遇到新建企业应缴纳何种流转税的问题。由于营业税属于地方税，而增值税属于共享税，因此，如果重组后新企业缴纳增值税，无疑将减少地方财政收入，地方政府和地方税务机关必然会阻挠这种重组。在这一过程中企业主管税务机关的变动产生的衔接问题也需重视。
所得税集中征管
在企业所得税方面，最主要的问题就是我国现行的企业所得税税收归属权和征管权很大程度上按照行政隶属关系划分，即中央企业所得税归中央，地方企业所得税归地方。虽然2001年12月31日国务院发布了《所得税收入分享改革方案》进行改善，但这一制度的全面推行和完善仍需要很长的时间。
企业通过资本市场进行资产重组，必然会打破原有的行政隶属关系。许多省市纷纷出台政策，不允许外省市或中央企业收购兼并本地区企业，这种做法显然会阻碍资本充分自由流动。
针对以上这些情况，《意见》明确指出要“对具备条件的证券、期货公司实行所得税集中征管”。在改革中，需注意协调中央和地方财政对所得税收入的划分问题，而这种问题的解决，不仅仅是资本市场税收政策的问题，而是关系到我们国家整个税收制度的问题，因此，必须由国家税务总局和其他相关部门统筹规划，在各地成功实践经验的基础上逐步推进。