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交叉学科是科学前沿的生长点，是高新技术的发祥地，是我们绝对不能忽视的。早年，自然科学中的数、理、化、天、地、生主要以其自身的特点而独立存在，后来由于相互交叉甚至融合而有新发现，提出新理论，创造新方法，乃至形成新学科，诸如物理化学、天体物理、生物物理、生物化学、数学物理等等，从而大大推进了科学的发展，对人们认识自然界起到十分重要的作用。更重要的交叉是基础科学与应用科学（工程科学技术）的交叉，由于它们的交叉使那些新发现、新理论才能成为改造自然的现实，为人类所用，这是现代文明最主要的推动力。原子能的利用、航天技术的开发等莫不遵循这个规律。当前我国高新技术产业中有代表性的北京大学方正印刷排版系统是一个典型的交叉学科的产物，它不但是自然科学（数学）与技术科学（计算技术）的结合，又是自然科学与人文科学（文字学）的结合，因此，它有很大的创造性和很强的生命力，原因就在于其科技含量很高。有些产品只是模仿别人或在原有技术上进行了小革小改而制造出来的，生命力就不会很强，因其科技含量不高，容易被人模仿，进一步发展的潜力也不大。可见交叉学科的重要性。但是，我国现行体制、组织形式和教育制度不利于交叉学科的发展，主要表现如下。
首先，我国产业部门划分很细，部门分割比较严重，特别是每个部门都有自己管辖的高等学校，在专业与课程设置方面不利于学科的交叉。
最近，国务院在关于“九五”期间深化科技体制改革的决定中明确规定“企业要成为技术开发的主体”，而重要企业主要隶属于各个部门，在部门的坚强的控制下，那些具有不同学科特点的部外单位便很难介入，从而容易形成“单学科的自我（或近亲）繁殖”的局面。这种现象只有通过自由竞争才能改变——是真正的自由竞争而不是以“肥水不流外人田”为指导思想的假竞争。实现自由竞争的先决条件是政企分开、企业有高度自主权。只有如此，企业才会让那些有创新性的研究成果进入开发阶段，成为企业的产品。这样既有利于成果的转化，又会促进产品的更新换代，而且使研究工作者由此受到鼓励，努力在交叉学科中寻找具有创造性的课题。
第二，具有全国最高学术称谓的中国科学院学部和中国工程院学部的设置以及具有管理职能的国家自然科学基金委员会学部的划分，都是以单学科或性质相近的几个学科作为基点的，这就为交叉学科的发展造成了困难。
两院主要任务之一是为政府、地方、各行各业提供咨询，而多数咨询工作是综合性的、跨学部的，学部的存在往往容易形成壁垒，从而难以得出符合实际的正确结论。解决的办法是成立跨学部的专业委员会，像中国工程院的环境委员会，就是把涉及某一环境问题的专家组织起来开展工作；中国科学院学部主席则设立一个跨学部的咨询委员会来处理跨学部的咨询课题。不仅如此，包括中国社会科学院在内的三院的合作与协调也是一个十分重要的问题。如果科学院以认识自然为主，工程院以改造自然为目标，则这些都不可能脱离开社会环境而独立进行，因此人际关系、人才培养、经济条件、社会环境等都是重要考虑因素，这些都是社会科学要考虑的范畴。否则不是事倍功半，便是一事无成。我国在这方面也存在不少问题，不少国家把自然科学和社会科学置于科学院管辖之下，如美国和俄罗斯，而我国文化大革命以后却把它们分开了，形成自然科学、工程技术科学与社会科学三足鼎立之势，给学科交叉造成了困难。因此，必须加强合作，形成相互依存的局面，使科学技术的发展与社会发展相协调，这样才能使自然科学与工程技术的成就成为全社会的财富。
国有自然科学基金委员会六个学部的设立基本上与中国科学院学部的设置是一致的，十年多的经验证明，这种设置对交叉学科的发展是不利的，因而对科技创新也是有妨碍的。
第三，研究开发设施不利于交叉学科的发展。我国研究所、国家重点实验室、部门开放室验室以及国家工程研究中心、国家工程技术研究中心多是以单学科为主的学术机构，不利于学科交叉，因为，在多数情况下，所、室、中心是依单一学科而建立的。解决这个问题的办法一是促进联合，二是提倡人才交流，三是鼓励竞争。通过激烈的竞争促使各学科寻找新的生长点，而交叉学科是有效途径之一。但从实际情况来看，目前并不太乐观，必须制定有效政策，促其实现，否则长期形成的习惯势力和思想意识壁垒是很难打破的。
第四，教育体制也是发展交叉学科的一个重要环节，必须予以重视。建国以来，我国实行的理工分家的教育体制是不利于学科交叉的。
改革开放以后，很多独立的工科院校不但恢复了理科部分，还增加管理与人文科学，这有利于交叉学科的发展，但是这需要有效的组织工作和启发科技工作者的自觉性，否则也是难以完善并提高的。对交叉学科的另一个障碍是我们的考试制度，它不利于培养青少年对事物有广泛的联系，而是死抠书本。我以为，在高中以前应培养学生有广泛的兴趣，即使在大学阶段也不应把知识局限于一个狭小的领域。一个成功者应该是在宽广的知识之上深入他最有优势和最感兴趣的部分，如此，他才能找到交叉学科的生长点，否则除了他所从事的狭小领域之外对什么都不会感兴趣，也就谈不上交叉学科了。
总之，多数科学工作者都承认交叉学科的重要性，但实施起来难度都很大。必须下大力气才会收到显著成效，首先是打破各自为政的习惯，其次是创造有利于发展交叉学科的工作环境和制定有利于发展交叉学科的政策。
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