吴楠楠[1]2018年在《江苏省部分地区HIV-1亚型及耐药突变的流行病学研究》文中指出研究背景与目的:我国主要流行的HIV-1亚型包括B/B'、01_AE、07_BC和08_BC亚型,在感染人群中所占比例超过90%,不同亚型呈现明显的区域、人群和时间上的差异。高效抗逆转录病毒治疗能提高HIV患者的生存质量,但在一定程度上也加速了耐药株的产生与传播。相关研究表明,亚型与耐药之间呈现一定的相关性且已成为各国艾滋病耐药研究的重点问题。趋化因子CCR5和CXCR4是HIV感染宿主细胞过程中所必须的辅助受体,不同基因型HIV毒株在辅助受体利用上也呈现出不同的特点,近年来也成为艾滋病研究的热点。本研究首先通过Meta分析,系统全面地了解我国HIV-1亚型与耐药之间的流行分布特征,然后以江苏省苏南、苏中、苏北叁个地区HIV-1感染者/AIDS患者为研究对象,开展分子流行病学调查研究,以初步了解江苏省部分地区HIV-1亚型分布及耐药情况,结合HIV/AIDS的随访、治疗等信息,初步探讨基因型与耐药间的关系,并运用软件预测HIV辅助受体的利用情况,这对该省艾滋病疫情的预测和防治都具有重要的指导意义。研究方法:1.Meta分析:计算机检索维普中文科技期刊全文数据库(VIP)、PubMed、Web of Science、CNKI、万方等数据库,收集公开发表的有我国治疗/未治疗人群HIV-1感染者亚型与耐药的研究文献。按纳入与排除标准进行文献的筛选和数据提取,运用FreemanTukey双反正弦变换法对不同病毒亚型的耐药率进行合并计算,并从亚型、地区和人群叁个方面进行亚组分析。应用Stata 12.0软件进行耐药率的合并与分析。2.HIV-1亚型分析:以2016年-2017年江苏省无锡市(苏南)、南通市(苏中)以及盐城市(苏北)叁个市市疾控中心确认和管理的503例HIV-1感染者和AIDS患者为研究对象(包括既往感染者和新发感染者),在知情同意的基础上进行流行病学个案调查和静脉采血,采用nest-PCR方法扩增病毒pol、env、gag基因片段,将扩增成功的阳性产物送至上海生物工程生物科技有限公司测序,使用邻位连接法(Neighbor-Joining)构建系统进化树。综合考虑叁个基因片段的亚型分析结果,最终确定样本亚型。3.HIV-1耐药突变分析:将编辑好的pol基因序列提交至斯坦福大学的HIV Drug Resistance Database(http://hivdb.stanford.edu/)进行基因型耐药分析,找出突变位点,判断耐药程度。4.使用http://coreceptor.bioinf.mpi-inf.mpg.de/Geno2Pheno以及webPSSM:http://fortinbras.us/cgi-bin/fssm/fssm.pl网站在线预测工具,根据env区V3环的基因序列进行辅助受体预测分析,探索江苏省部分HIV/AIDS人群各亚型辅助受体利用状况。5.统计学分析:使用SPSS19.0软件进行统计学分析。定性资料采用率或构成比描述,用χ2检验或Fisher确切概率法或Kruskal-Wallis法进行统计学分析,P<0.05为差异具有统计学意义。研究结果:1.Meta分析结果:最终纳入文献54篇,整体耐药率为16.3%,原发耐药率为9.0%,与耐药相关的亚型主要有CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B/B’和C亚型,在整个人群中,各亚型合并耐药率分别为13.4%、8.2%、15.0%、26.6%、33.3%;各亚型原发耐药率分别为7.8%、5.3%、11.5%、15.6%、25.1%。亚组分析结果显示,处理和区域亚组组内差异均具有统计学意义(P<0.05);各亚型原发耐药率在区域上的分布呈现不同的趋势,CRF01_AE及C亚型在华北地区原发耐药率最高,CRF_BC及B/B’亚型在西南地区原发耐药率较高。2.503例研究对象中,共453例成功获得基因分型,包括CRF01_AE(45.5%,206/453)、CRF07_BC(19.9%,90/453)、CRF67_01B(7.7%,35/453)、CRF08_BC(4.4%,20/453)、CRF68_01B(3.1%,14/453)、B(6.4%,29/453)、CRF_BC(1.3%,6/453)、C(0.7%,3/453)、CRF02_AG(0.4%,2/453)以及CRF55_01B、CRF59_01B、A1、A6各1例。CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B亚型为江苏省前四个最主要的基因型,占79.7%;不同的亚型在性别、年龄、婚姻状况以及同性/异性性传播方面的分布存在统计学差异(P<0.05)。3.共122例发生耐药基因突变,耐药率达24.3%(122/503),未接受抗病毒治疗人群/已接受抗病毒治疗人群耐药率分别为7.3%(6/82)、27.6%(116/421)。K219E/N/Q/R是NRT区发生频率最高的突变位点(14.7%,17/116),其次为M184V/I(13.8%,16/116);在NNRTIs区,V179D/E(20.7%,24/116)、M230I/L(13.8%,16/116)突变位点为主要耐药突变位点;在PR区,M46I/L/V(13.8%,16/116)为主要耐药突变中最常见的突变位点,L24I(11.2%,13/116)为次要突变位点中最常见。K65R、Y115F、M184I/V、M230L、Y181I/L、L100I、L90M等突变位点可引起各类药物中高度耐药。4.治疗人群HIV感染者不同亚型与耐药分布结果显示:在几种主要的亚型中,CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B亚型内各耐药突变位点分布差异有统计学意义(P<0.05),CRF08_BC和B亚型内各耐药位点分布差异没有统计学意义(P>0.05);不同耐药程度在各亚型内的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。5.在成功扩增的340例env序列中,共发现12种不同的V3环顶端四肽类型。CRF01_AE亚型的V3环顶端四肽最为复杂,包括GPGQ、GPGR、GPGH、GPGK、GPGA等10种不同顶端四肽的类型,以GPGQ为主,占75.6%(121/160);B亚型存在3种顶端四肽类型,包括GPGR、GPGQ、GPGK,以GPGR(65.0%,13/20)为主;CRF07_BC流行毒株中存在GPGQ(97.0%)、GPGL(1.5%)、GSGQ(1.5%)叁种顶端四肽。CRF08_BC中存在叁种顶端四肽,包括GPGQ(83.3%)、GPGR(11.1%)、GPRQ(5.6%)。6.340例感染者中,45.6%(155/340)的感染者被预测为CXCR4细胞嗜性。在不同的亚型中,67.6%(108/160)的CRF01_AE毒株被预测为X4毒株,而所有的CRF68_01B亚型均被预测为X4细胞嗜性;B亚型中仅10%(2/20)毒株被预测为X4毒株;C亚型和CRF07_BC亚型毒株均以CCR5细胞嗜性为主。7.CRF68_01B和CRF01_AE显示出了较低的CD4+T淋巴细胞计数,分别为251cell/μl、286cell/μl;B亚型感染者的CD4+T淋巴细胞计数最高(427cell/μl);X4细胞嗜性的感染者CD4+T细胞计数水平均较R5细胞嗜性的感染者CD4+T细胞计数低。研究结论:1.我国不同的HIV-1亚型地区分布较为广泛,各亚型原发耐药率较高,呈现较大差异,需要加强对我国不同亚型耐药毒株的监测,以防止耐药毒株间的重组与传播。2.2016-2017年江苏省部分地区存在多种类型的HIV亚型流行毒株,以CRF01_AE、CRF 07_BC、CRF67_01B和B毒株为优势流行株。此外,多种新型重组体也在当地流行开来。因此,为了防止各亚型毒株间的进一步重组以及耐药毒株间的传播及流行,应进一步强化江苏省地区对HIV感染者及AIDS人群的健康教育与行为干预,继续密切关注该人群尤其是高危人群HIV-1亚型的动态分布。3.尽管江苏省部分地区NNRTIs和PIs原发耐药流行在耐药警戒线以内,但这些地区整体HIV-1耐药毒株的传播流行已处于中度流行状态并且出现了比以往更为严重的状况,需要加强对新发HIV感染者的原发耐药性检测,建议在接受抗病毒治疗之前做耐药位点检测。4.接受抗病毒治疗人群耐药水平较高,但多发生于抗病毒治疗时间超过2年患者,提示江苏省地区目前的抗病毒治疗方案可行,但须加强对该人群的耐药监测,及时调整耐药方案,以防止交叉耐药及耐药毒株间的传播流行。5.2016年-2017年间江苏省部分地区HIV感染者中,V3环顶端四肽发生了新的变化,存在较多类型顶端四肽,在各亚型中,除了B亚型外,GPGQ在各亚型中仍然是最主要的顶端四肽类型;此外,CRF01_AE亚型V3基因发生了新的变异特征。6.不同的HIV亚型的辅助受体利用表现出不一样的特征,CRF01_AE亚型具有较高比例的CXCR4细胞嗜性且具有较低水平的CD4+T细胞计数;X4细胞嗜性的感染者往往具有较低水平CD4+T细胞计数。
张旻[2]2003年在《HIV-1感染者免疫特征与耐药基因研究》文中研究表明前言 艾滋病，即获得性免疫缺陷综合症(AIDS)，由人类免疫缺陷病毒(HIV)引起，主要感染破坏人体的CD4+T淋巴细胞，损害人体免疫系统，并发各种机会性感染，最终导致死亡，是人类最严重的传染病之一。至2002年底，全球有HIV感染者6000余万，其中有叁分之一已死于艾滋病，无一国家可以幸免，我国HIV感染者已达100多万，处于艾滋病快速增长期，流行形势十分严峻。 HIV进入机体后，感染、破坏CD4+T淋巴细胞，而CD4+T淋巴细胞是调节机体免疫反应的关键细胞，病毒不断损伤破坏CD4+T淋巴细胞，导致机体免疫功能紊乱，最终破坏机体免疫系统，引发各种机会性感染，造成死亡。艾滋病治疗的目的就是通过抑制HIV复制来恢复或重建机体免疫功能。在抗HIV感染的免疫过程中，细胞免疫起着决定性的作用。当HIV感染CD4+T淋巴细胞后，CD4+T淋巴细胞产生并释放多种细胞因子，刺激细胞毒性T淋巴细胞(CTL)、淋巴细胞因子激活的杀伤细胞(LAK)、自然杀伤细胞(NK)等多种杀伤细胞分化、增殖，直接杀死HIV感染细胞，或通过CTL、NK分泌多种细胞因子，如IFN-γ、TNF-α进一步刺激其它细胞的增殖、分化。细胞免疫中，细胞因子具有重要的调节作用。正常人体中，辅助T淋巴细胞(Th)分泌Ⅰ型或Ⅱ型细胞因子，分别调节细胞免疫和体液免疫，相互制约，共同维持机体的免疫平衡。Imami等人发现体内细胞因子存在漂移现象，HIV-1感染早期Ⅰ型细胞因子水平较正常对照高，而进入艾滋病期的患者体内以Ⅱ型细胞因子为主，Ghose R等人也证实Ⅰ型细胞因子有利于保护HIV感染者，而Ⅱ型细胞因子则不利于病情的控制。目前国内少有关于细胞因子的研究报道，为了解我国HIV感染者细胞因子变化情况，我们选取了34例HIV感染者对其体内细胞因子水平进行检测。 目前艾滋病治疗主要是抗病毒药物治疗，最有效的方法是高效抗逆转录病毒治疗(HAART)，在HIV复制周期中最关键的两个阶段是HIV RNA的逆转录和病毒蛋白的翻译、加工，HAART治疗就是通过抑制病毒的逆转录酶(RT)和蛋白酶阻止HIV复制，达到清除体内病毒，恢复和重建机体免疫功能的目的。HAART治疗相对于单一药物治疗，增加了对病毒的作用靶点，产生相加或协同的更强的抗病毒能力，并减少了单一用药的剂量，降低了毒副作用，但长期的临床观察发现，皿人RT仍不能彻底清除潜伏于脑组织和淋巴结中的病毒，并且随着HAART的广泛应用，发现HIV－二出现了交叉耐药和多药耐药，据美国和西欧的研究表明，约5—16％的新感染者已感染了HIV－二耐药株。国外研究已证明在治疗前检出耐药变异预示着抗病毒治疗失败或疗效降低，法国的VIRADApp前瞻性研究发现，根据基因型分析结果改进治疗方案的患者治疗6个月后，病毒载量显着低于对照组汗＜o．0门。＊加dero和＊劝血等人发现，＊V－二耐药变异与病毒亚型有很大关系。我国目前还未开展大规模艾滋病临床治疗，少有关于HIV耐药研究的报道，随着我国艾滋病人数日渐增多，临床治疗已刻不容缓，我国HIV感染者的亚型复杂，不能完全照搬国外耐药变异研究经验，因此，建立我国HIV耐药变异分析方法，进行病毒亚型与耐药变异相关研究，开展耐药监测对于我国艾滋病防治具有重要意义。 材料和方法 1．研究对象：所选病例均按《中华人民共和国HIV／AIDS诊断标准入经中国医科大学艾滋病确认实验室确认。 2．流式细胞仪测定 CD4＋T淋巴细胞绝对计数 3．美国 ROche公司 COBAS AMPLOCOR自动载量仪测定血浆病毒载量 4．34例感染者按1993年美国CDC艾滋病监测病例分类及扩大的诊断标准分为A山两组，E LISLISA方法测定＊V－l感染者血浆中IL－12、IFN－Y、IL－10、IL－6水平 5．纯化HIV刁感染者血浆中HIV刁 6．套式PCR扩增HIV－IRNA pci区基因 夕侧弓物： MAW—26：’W’－－H GAA ATG TGG AAA GGA AGG AC RT—21：CTG TAT ’t’mn TGC TAT TAA GTC ’I’IT TGA TGG G 内侧引物： PRO—l：CAG AGC CAA CAG CCC CAC CA ·2· RT—20：CTG CCA Gh CTA GCT CTG CT C 7．纯化PCR扩增产物 8．A扭377全自动DNA测序仪测定HW－二RN A pl区部分基因序列（蛋白酶1—99密码子和逆转录酶二－200密码子） 测序引物：RT－20：CTG CCA Gh CTA GCT CTG Cw C RT—l：171A AAG CCA GGA ATG GAT GG 9．Bi砸dit软件分析测序结果，网上与国际参比序列比对，辨别蛋白酶和逆转录酶耐药基因变异，并与病毒亚型结合分析，病人HIV刁亚型分类参照中国医科大学艾滋病实验室应用HMA方法进行的HIV－lenv区亚型分析。 结 果 ＊与健康对照相比，mV－且感染者血浆IL一12水平显着降低（P＜o．0二），1＊N－Y、IL－ic水平显着升高（P＜o＊二），IL－6水平明显升高（P＜o．05）。 2·A组血浆IF’N－Y水平明显高于 B组，IFN－Y水平降低与疾病进展密切相关（P＜o．05）。 3．
韩扬[3]2013年在《我国部分地区HIV/AIDS初治患者的原发耐药与亚型流行状况及特殊患者的疗效与耐药研究》文中研究指明高效抗逆转录病毒疗法(Highly active antiretroviral therapy, HAART)被认为是现今治疗HIV/AIDS最行之有效的方法。但HIV-1病毒的耐药突变是艾滋病抗病毒治疗的主要障碍,无论是未治疗患者体内HIV-1原发耐药突变还是已接受治疗患者体内的HIV-1继发性耐药突变,都会导致治疗失败,加重患者的病情和艾滋病传播概率；而特殊亚型的HIV-1毒株也会加快疾病的进展。因此,分析HIV-1病毒的原发耐药突变状况和亚型分布的动态变化有助于及时了解HIV病毒的流行病学特征,指导临床的针对性治疗；此外,由于国内用于艾滋病救治的药物还非常欠缺而且分布不均衡,目前国内对合并HBV等其他病毒感染以及一线治疗失败的特殊艾滋病患者群体的耐药和疗效缺乏总体分析和评价,将不利于这些患者的长期可持续性治疗。因此,本论文就上述几部分内容开展了相应的研究。第一部分未治疗患者的HIV-1病毒原发性耐药及亚型/噬性研究第一节：HIV-1病毒的原发性耐药与亚型分析目的：分析我国部分地区近20年来在HIV/AIDS患者中的HIV-1的原发性耐药发生情况,及在这种长时间跨度中流行病毒株亚型的变化情况。方法：以1990-2012年间收治的全国20多个地区的914例未接受抗病毒治疗的成年艾滋病患者为研究对象,通过In-house的RT-PCR加测序的方法检测pol基因的耐药突变,并通过斯坦福大学HIV耐药数据库(http://hivdb.stanford.edu)获得耐药突变位点及耐药分析结果。采用REGA HIV BLAST确定病毒的基因亚型。利用计算生物学比较pol基因中非同义突变/同义突变基因(Ka/Ks)比例,确定不同选择压力之下pol基因耐药突变随时间的动态变化规律。结果：(1)本研究原发耐药检测成功率为82.5%(754/914),其中70.9%的患者是经性途径传播的。20年来平均原发耐药率为4.64%(35/754)左右,其中针对一种药物原发耐药率为3.97%(30/754),针对两种药物的是0.66%(5/754)其中90年代初期最低,后缓慢增加到2004年前后快速增高,近5年则达到较高水平,原发耐药率为8.67%的,显着高于其他叁个时间段：<1995年的1.61%(p=0.01),1996-1999年间的2.0%(p=0.004)和2000-2004年间的4.58%(p=0.013)。(2)针对RT基因的原发耐药比例为68.57%,针对Pro区的占42.86%。其中NRTI发生原发耐药15例次(1.99%),NNRTI有13例次(1.72%),针对PI有12例次(1.59%)。原发耐药率在叁中药物间没有统计学差异(p=0.759)。NNRTIs原发耐药中有10例为高度耐药(10113,76.9%),而NRTIs耐药病例中只有1例为高度耐药(1/15,6.7%),对Pls耐药的病例中有3例为高度耐药(3/12,25.0%)。最常见的NRTI突变位点在TAMs中是K70NR(11.11%)和L210WM(8.33%),非TAMs区是V75IML (13.89%)和V118I(13.89%),多重耐药位点中T69Ins的比例也达到13.89%。针对NNRTI中最常见的突变时K103N(13.89%)%,还有VI79AE(11.11%):和Y181C(11.11%)。针对PI类药物常见的位点有M46I(11.11%), N88D (8.33%)、N83K (8.33%)和A71T(8.33%)。35例原发耐药患者中有34.1%(11/35)来自北京。(3) Ka/Ks比值显示在02-06年及07-10年间,HIV-1pol基因受到较强的正向选择压力,突变率显着上升。Ka/Ks比值较高区域主要分布在pol基因中蛋白酶基因Pro(36-99aa)、逆转录基因RT-1(162-333aa)和RT-thumb (337-406aa)区段,与国内使用的药物相符合。累计Ka/Ks比值动态反映了pol基因突变频率可能在受到国内整体治疗策略和实施方案的影响下的动态变化规律。(4)在754例患者中,主要亚型分布是AE亚型227例(30.13%)、B/B’亚型205例(27.18%)、BC亚型187例(24.82%)为主,叁者占总体亚型的82.13%。在95年前感染的患者60%是B亚型,但到了2010年减低到13%左右(p<0.05)；AE亚型在90年代初期不到1%,目前已经上升到47.3%(p<0.01)。但07/08BC的总体变化稳定在20.8-25.9%之间。(5)共754例患者的亚型分布有地区性的差异,其中各地区中B亚型主要分布在河南(76.4%),还有北京(26.8%)、陕西(35.0%)、上海(21.9%)。AE亚型主要分布在北京(占32.6%)、上海(占37.0%)、广东(占42.1%)、福建(40.4%)、陕西(占40.0%)等地区。07/08_BC亚型主要分布在云南(占58.0%),还有广东(占23.8%)、北京(占24.7%)、福建(占21.7%)等地区。(6)在754例研究对象中,性途径感染520例(占69.0%),其中异性性接触感染314例(占41.7%),同性性接触感染206例(占27.3%)；血液途径传播152例(占20.2%)。CRF01_AE亚型占全部性途径感染的38.8%%,占同性性传播途径感染者的42.7%,占异性性传播途径感染者的36.3%。(7)B亚型、CRF_01AE和07BC/08BC的原发耐药率分别是8.78%(18/205)、5.29%(12/227)和1.07(2/178),叁者间有显着差异(p=0.017)。结论：本研究首次对我国部分地区近20年来的原发耐药情况进行了研究,发现平均原发耐药率为4.64%。从最早的1.61%逐步增高到现在的8.67%,20年间原发耐药率提高了近5倍,且多是针对RT区的耐药突变。计算生物学的Ka/Ks比值动态反映了pol基因突变频率随在药物种类以及国内宏观治疗策略和实施方案影响下的动态变化规律。在非静脉吸毒的初治患者人群中早年以B亚型为主,近期以AE亚型为主,相应的传播途径也由血液途径转为性途径为主。性途径传播的主要亚型是AE亚型,并且亚型分布也随着感染途径的不同呈现地区性差异。第二节：AE亚型病毒及噬性与疾病快速进展的相关性研究目的：研究HIV-1的亚型CRF01_AE作为一个可能的危险因素,其分子流行病学的特点与经性途径感染患者出现疾病快速进展的相关性。方法：本研究收集了来自12个分中心的201例未治疗的患者,采集抗凝血浆进行了HIV-1病毒噬性的分析。噬性的判断是通过v3环的序列测定得到的。共有包括这201例患者在内的235例未治疗的性感染的患者参与研究,并回顾性的评估了可能血清学转阳的时间(EDS)。从EDS到进入艾滋病发病期的平均时间用Kaplan-Meier曲线进行分析。风险比值HR用Cox模型分析完成。结果：在研究患者人群中CRF01_AE亚型占优势(46.0%),特别是在男同性恋者(MSM)组中。进一步分析显示,×4嗜性的比例在CRF01_AE亚型中的比例(45.5%)要显着高于在其他亚型中的比例(CRF07/08_BC,4.3%, B,6.1%, P<0.001)。与非AE亚型的患者相比较,感染了CRF01_AE亚型与患者从EDS快速进展到艾滋病期(4.8年Vs6.4年,P=0.018)密切相关。在多变量模型的分析中,感染CRF01_AE病毒的校正风险比值(AHR)为1.42(95%CI,0.99-2.03, P=0.057),且和病毒载量因素无关。AE亚型的存在也与快速进展到艾滋病严重免疫缺陷的晚期密切相关(AHR,1.81,95%CI为1.03-3.18,P=0.038)。结论：CRFO1_AE亚型在我国性途径传播的HIV感染中占主要优势,感染了AE亚型的病毒与快速进展到艾滋病期以及出现严重的免疫缺陷密切相关。在CRFO1_AE亚型中出现×4噬性的病毒株比例明显高于其他亚型中×4噬性出现的比例。进一步深入研究这些危险因素对今后针对这一类患者的临床治疗方案的制定有显着的意义。第二部分特殊艾滋病患者的疗效评价与耐药分析第一节：HIV-HBV共感染患者的疗效评价与耐药分析目的：研究合并HBV共感染的HIV患者,使用含3TC单药HAART方案与含有3TC+TDF双药HAART方案的针对HIV和HBV病毒的抑制效果,以及共感染患者体内的HBV和HIV在治疗过程中耐药的发生情况。方法：从913例初治的成年艾滋病患者中挑选出HBsAg阳性至少6个月时间的HIV-HBV共感染者共55例。给予3TC+TDF+EFV/NVP或3TC+AZT/d4T+EFV/NVP两种方案治疗96周,分别在基线、12周、48周和96周检测这些患者的HIV-RNA和HBV-DNA的载量。对这些点采集的血浆标本,用Luminex液相芯片技术同时检测共感染者血浆中HIV-1病毒和HBV病毒针对3TC的耐药突变情况。同时用普通sanger测序方法进行比对。用单因素方差分析的重复测量检验(Kruskal-Wallis nonparametric test)来比较CD4计数、HIV-1RNA和HBV DNA在基线和各随访点的统计学差异。结果：接受HAART治疗96周后,共感染患者的CD4细胞的计数在治疗前的基线时为149个/uI,96周治疗后上升到281个/ul。HIV-1RNA载量和HBV-DNA载量均下降到了检测下限(<20拷贝/ML和<201U/ML)。HIV-1RNA在治疗12W时已经显着降低,进一步按照是否含有TDF的方案来分组发现,含有3TC+TDF方案的组中HIV VL下降的速度略低于3TC组。而HBV-DNA的载量在治疗过程中也呈现显着降低,但完全控制的比例较低。有趣的是HBV的载量在3TC+TDF组中被抑制的更快,到治疗48周时,几乎达到100%完全抑制。在10例患者中没有1例出现HBV-DNA反弹,而在3TC单药组有26.7%(12/45)出现了HBV-DNA反弹。HBV针对3TC的rt180和rt204的耐药突变分别为60%和80%左右。在3TC方案组中有1例患者(2.2%,1/45)发生了HIV针对M184V和K103N的耐药突变。结论：本研究首次报道了我国HIV合并HBV感染患者抗病毒治疗2年的疗效和耐药分析。含有3TC或3TC+TDF的HAART方案均能控制HIV和HBV病毒的复制,但仅使用3TC单药治疗HBV的效果比3TC+TDF的效果差,并且长期治疗后易引起HBV针对3TC的耐药突变。第二节二线治疗患者的疗效评价与耐药分析目的：通过建立多中心、前瞻性的队列,开展我国一线治疗失败的耐药患者在使用TDF/3TC/LPVr的二线方案治疗两年时间的疗效和安全性研究。方法：本研究入选条件为一线方案治疗失败的成年患者,病毒载量要求>400拷贝/ml。共有符合条件的患者84人被纳入,进行国家二线方案TDF/3TC/LPVr治疗为期两年。每3个月随访一次,采集基线和每个随访点的CD4+T细胞计数和病毒载量。对每例患者在基线和病毒反弹时采用RT-PCR的方法检测基因型耐药。对病毒学无应答或病毒反弹的患者用HPLC+UV的方法检测了血浆中LPV的药物浓度。对基线和治疗2年时的患者的血肌酐、eGFR和CrCI进行了检测。结果：在基线,84例接受二线方案治疗的患者中分别有47.6%、19.0%和17.9%的患者发生了针对3TC、TDF或者是3TC+TDF的耐药。最常见的耐药是TAMs、 M184V、K103NS以及Y181CI。治疗2年后,CD4细胞计数中位数从基线的191增加到341个/mm3(P<0.001),病毒载量从4.391g下降到低于检测下线(1.60lg)(P<0.001)。共有66.7%的患者在治疗2年后病毒载量低于40cp/ml的检测下线,但同时有11例患者发生了病毒反弹,这其中有72.7%(8/11)的患者血浆LPV的浓度远低于有效药物浓度的下线。治疗2年期间在26.6%的患者中共发生68例次的药物相关不良事件,其中胃肠功能紊乱、肝毒性以及皮疹最为常见。94.1%的不良事件为Ⅰ级或Ⅱ级。检测结果显示血肌酐、eGFR和CrCI等指标在治疗前后有显着性差异(p<0.01)。结论：在为期2年的治疗时间里,对于一线治疗失败的耐药患者,采用二线TDF/3TC/LPVr的方案能有效控制病毒复制；对于那些原本就有针对3TC和TDF耐药的患者,在仅有LPV单药发挥作用的情况下仍能很好的抑制病毒复制。治疗失败的患者中有因为服药依从性差导致的病毒反弹,反映了血药浓度检测能有效地帮助监控患者的服药依从性,有利于合理分析和评估药物方案的临床疗效。
刘红艳[4]2017年在《2016年昭阳区新报告HIV-1阳性人群基因亚型及耐药性研究》文中进行了进一步梳理[目的]了解昭通市昭阳区2016年新报告HIV-1阳性人群基因型、亚型分布特征,为该地区后续HIV-1毒株传播规律和流行趋势的研究提供依据;了解2016年昭阳区新报告HIV-1阳性人群(未经抗病毒治疗)原发耐药毒株流行情况,探索各主要流行亚型与HIV-1耐药发生和流行的关系,为首选治疗方案的制定提供参考,为更好地开展抗病毒治疗提供科学依据。[方法]本研究采用横断面调查方式对2016年云南省昭通市昭阳区境内新报告的HIV-1阳性人群进行流行病学调查,并采集抗凝全血,分离血浆,使用RNA核酸提取试剂盒提取核酸并进行RT-PCR和Nested-PCR扩增HIV-1env和pol基因序列片段,扩增产物送至昆明擎科公司测序,测序结果使用SeqMan软件进行序列拼接和处理;使用MEGA软件进行系统进化树构建和使用SimPlot软件对基因序列进行重组分析;将pol基因序列片段提交至美国斯坦福大学耐药数据库HIV Drug Resistance Database (http://hivdb.stanford.edu/)进行耐药性分析,使用SPSS17.0软件分析HIV-1阳性人群流行病学特征和分子流行病学资料,利用EpiInfo软件制作相关地图。[结果]1. 2016年昭阳区新报告HIV-1阳性者共182人,其中男性115人(63.2%),女性67人(36.8%); 50岁及以上的老年人所占比重最大(42.9%);民族以汉族为主165人(90.6%);婚姻状况以已婚有配偶者为主127人(69.8%),文化程度以小学及以下水平为主(74.7%);感染途径以异性传播为主169人(92.8%);大部分有非婚异性性行为史,其中有非商业、非婚异性性行为史89人(48.9%),商业、非婚异性性行为史45人(24.7%);平均CD4+T淋巴细胞计数为357.2±204.2cells/mm3,另外 46 人(25.3%) CD4+T 淋巴细胞计数在 200cells/mm3以下,确诊报告时已进展为AIDS病人;其中HIV-1新近感染检出率为16.5%(30/182),HIV新近感染者所占比例大。主要集中分布在凤凰街道(18.1%)、太平街道(14.3%)以及洒渔乡(11.5%)和旧圃镇(9.3%)。2.本次研究获得有效目的基因序列157份,HIV-1核酸的提取和扩增成功率为 86.3%;发现 CRF01-AE、CRF01-B、CRF07-BC、CRF08-BC 和其他重组型,以CRF08-BC型为主要流行毒株占72.0% (113/157),其次是CRF07-BC型,占17.2%。不同感染途径中,HIV基因型构成有差异,经异性传播的HIV感染者/AIDS病人(以下简称HIV/AIDS) 75.3%为CRF08-BC型;经注射毒品感染HIV/AIDS 病例中,CRF07-BC 型(40.0%)和 CRF08-BC(40.0%)型所占比例相当;在同性传播的HIV/AIDS病例中,CRF07-BC占60.0%,并检出2例(40.0%)CRF01-B型。CRF08-BC型分布在昭阳区除布嘎回族乡外所有乡镇,CRF07-BC型主要分布在太平街道、苏家院乡,CRF01-B型分布在旧圃镇和乐居乡。3.本次研究共获得135份HIV-1pol基因序列,经基因型耐药检测发现39例出现了耐药性突变位点,突变率为28.9%,其中发现32例出现了对PIs、NRTIs以及NNRTIs这叁类抗病毒药物不同程度的耐药,耐药发生率为23.7%,昭阳区原发耐药情况属于高度流行(>15%)。在检出的HIV-1新近感染者中基因型耐药发率较高为35.0% (7/20)。另外,在3类不同的耐药突变中,NNRTs耐药突变率高达93.9%;检出1例病例PR基因区I50V突变造成了对DRV/r低度耐药和LPV/r中度耐药,1例病例RT基因区L100V突变造成对ETR潜在低度耐药,对RPV低度耐药和对EFV、NVP中度耐药。4.本研究中CRF01-AE型毒株未检出基因型耐药,而在CRF01-B型和CRF08-BC型毒株检出耐药发生率分别为100.0%和30.9%,不同HIV-1基因型中耐药检出率不同,差异有统计学意义(Fisher'sχ2=10.5,P=0.017)。另外,研究发现在PR区,所有的耐药突变均发生在CRF08-BC型中,其中第32位点突变率最高27.3% (3/11);在RT区,90.2% (37/41)的耐药突变也发生在CRF08-BC型中,其中第138位点突变率最高为64.9% (24/37), CRF08-BC亚型中出现突变频率明显高于其他亚型。[结论]1.昭阳区HIV/AIDS疫情形势严峻。2016年新报告的HIV/AIDS病例中50岁及以上老年人所占比例较高,异性传播为主要传播途径,大多数HIV感染者确诊报告时已进入AIDS期,新近感染者检出所占比例大;凤凰街道、太平街道及洒渔乡等主城区及城乡结合部为病例主要聚集区。2.昭阳区HIV-1基因型呈现一定程度的多样性。CRF08-BC型毒株为2016年昭阳区新报告HIV-1阳性人群中主要流行毒株,其次为CRF07-BC型毒株,不同感染途径中HIV-1基因型分布有差异。本研究中还发现5例HIV-1基因型重组特征,但还有赖于HIV-1全基因测序后的比对和重组分析加以判断。3.昭阳区新报告的HIV-1阳性人群基因原发耐药突变率和耐药发生率较高,可能在全省乃至全国处于较高水平。pol基因序列的PR区和RT区基因型耐药突变,造成了对PIs、NRTIs、NNRTIs不同程度的耐药。4.不同基因亚型中基因型耐药发生率不同,不同基因突变在不同亚型中发生比例不同。在CRF01-AE毒株中未检出基因型耐药,而CRF01-B型和CRF08-BC型毒株基因耐药发生率高,且CRF08-BC型基因突变的频率高于其他亚型。
焦洋[5]2015年在《HIV-1耐药相关特征性突变位点及复制适应性研究》文中研究说明HIV目前在世界各地广泛传播,抗病毒治疗的开展可以有效的提高患者的生命质量,延长生存寿命,并能达到减少艾滋病传播的目的。但是HIV耐药的出现却严重影响了抗病毒治疗的效果。HIV耐药的产生是一个极其复杂的动态过程,这一过程除了包含多种环境因素外,还与病毒基因相关,是多个位点共同作用的结果。参与耐药发生的病毒基因位点包括耐药相关突变位点和多态性位点,它们通过改变病毒的复制能力,进而达到调整HIV在患者体内的准种分布,实现病毒最优适应性的目的。大多数耐药相关突变位点可以降低病毒的适应性,病毒在进化过程中可能会产生协同突变的多态性位点,补偿耐药位点所造成的病毒适应性下降,但是这一说法还缺少实验证据。本研究通过对我国CRF01_AE亚型、CRF07_BC亚型和B’亚型的HIV序列分析,从生物信息学的角度证明了多态性位点与耐药相关突变位点的协同突变现象。进一步通过体外实验验证这些耐药相关特征性突变位点对于病毒适应性的影响,并对其影响适应性的机制进行初步的探索。该研究对于理解耐药发生的分子基础有重要意义,而且对于改善抗病毒治疗方案,实现对HIV的有效防控提供了重要的基础数据。一、北京市朝阳区2011-2013年男男性行为人群HIV感染情况及耐药基因特征分析本部分通过对北京市朝阳区MSM中未治疗HIV感染者的病毒pol基因分析,获得了该人群的基因亚型分布情况及耐药基因特征,进一步通过比较携带耐药相关突变位点的HIV基因序列与不携带耐药相关突变位点的HIV基因序列,获得了未治疗CRF01_AE亚型中耐药相关突变位点与多态性位点的协同突变现象。研究结果显示,北京市朝阳区MSM处于HIV高流行水平,流行的主要基因亚型依次为CRF01_AE亚型、CRF07_BC亚型和B亚型。该部分的研究人群为未治疗的HIV感染者,其中有25.56%的HIV感染者出现了至少一种相关耐药突变位点。该人群中CRF01_AE亚型中,耐药相关突变位点V179D/E与7个多态性位点(R238K、A272P、T11K、I173K、K174Q、S207Q、S211K)之间具有协同突变关系。二、CRF07_BC亚型和B,亚型耐药相关突变位点与多态性位点的协同突变分析本部分利用R语言技术及相关的软件包CorMut,对CRF07_BC亚型和B’亚型的序列进行分析,获得这两种基因亚型中耐药相关突变位点与多态性位点的协同突变现象。本部分通过比较新疆、四川等地的CRF07 BC亚型中600例未治疗的HIV-1感染病人和344例接受治疗的HIV-1感染病人序列,分析获得了该亚型治疗组中RT区耐药相关突变位点(K103N、M184V、Q197K、G190A、Y181C、L228R、M230L)和多态性位点(A36E、R135I、R277K、L283I、D291E)具有协同突变关系,PR区耐药相关突变位点(L10I)和多态性位点(I132L)之间具有协同突变关系；对600例未治疗的HIV-1感染病人进行分析,获得了未治疗组中RT区耐药相关突变位点(Y188C、K103N、E138G、V108I、L74F)和多态性位点(M16K、K166R、E248V、L283I、E297A、T200M)具有协同突变关系,PR区耐药相关突变位点(L10I)和多态性位点(I64V、A71V)具有协同突变关系。本部分通过比较河南、安徽两地的B’亚型中178例未治疗的HIV-1感染病人和327例接受治疗的HIV-1感染病人序列,分析获得了该亚型治疗组中RT区耐药相关突变位点(Y181C、L210W、M41L、E44A、E203D、H208Y、T215Y、L228R、K65R、Q151M、V75T)和多态性位点(S162C、Q207E、R211K、L214F、I293V)之间具有协同突变关系；对178例未治疗的HIV-1感染病人进行分析,获得了未治疗组中RT区耐药相关突变位点(V106I、M41L、L210W、T215Y、H221Y)与多态性位点(I135V、S68G、I178L、R277K)具有协同突变关系。叁、HIV-1耐药相关特征性突变位点对病毒复制适应性的影响本部分研究中,我们首次建立了HIV-1 CRF07_BC亚型的体外生长竞争实验体系,结合HIV-1 B亚型体外生长竞争实验体系,通过体外实验,研究分析第二部分所发现的CRF07_BC亚型和B’亚型中耐药相关特征性突变位点对于病毒适应性的影响,并通过检测P51蛋白相对含量、逆转录酶活性和蛋白质叁级结构预测的方法,对其改变病毒适应性的机制进行初步的探讨。对于HIV-1 B'亚型未治疗组中所发现的协同突变位点进行研究发现,HIV-1RT区T215Y+I178L协同突变的重组病毒其适应性明显高于T215Y单点突变的重组病毒适应性,而且与之相比P51蛋白相对含量和逆转录酶活性也明显上升。这提示1178L可能通过影响P51蛋白相对含量及逆转录酶活性的方式补偿耐药相关突变位点T215Y所造成的病毒适应性下降。对于HIV-1 B'亚型治疗组中所发现的协同突变位点进行研究发现,在无药环境中,HIV-1 RT区T215Y+R211K协同突变的重组病毒其适应性明显高于T215Y单点突变的重组病毒适应性；在AZT存在的情况下,T215Y+R211K协同突变的重组病毒的适应性要高于野毒株；这提示在治疗患者体内,R211K的出现,可以使病毒适应性上升,这样的现象可能会加速耐药发展的进程。
袁瑞[6]2016年在《HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学研究》文中研究说明研究背景与目的：目前我国HIV感染者中流行的HIV-1亚型种类复杂、多样,且流行分布具有明显的时间、地点和人群分布差异。研究表明,HIV-1亚型与艾滋病病程及其耐药突变具有一定的关联。随着我国艾滋病流行模式的转变和抗病毒治疗规模的不断扩大,有必要开展系统全面的HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学调查,从分子水平揭示HIV-1的流行信息和流行趋势。目前性传播已成为我国HIV的主要传播途径,本研究通过Meta分析,在系统全面地了解我国HIV经性传播人群中HIV-1亚型流行分布特征的基础上,开展本次的分子流行病学调查研究,以初步了解无锡市HIV-1亚型及耐药突变的流行分布情况,并结合常规工作中关于HIV/AIDS的流调、随访、治疗等信息,以初步探讨HIV-1感染病程和耐药的可能影响因素,旨在为该市艾滋病的防治工作提供有价值的信息。研究方法：1. Meta分析：检索PubMed、Web of Science、CNKI、CBM、万方等数据库,收集公开发表的有关中国HIV-1亚型的研究文献。按纳入与排除标准进行文献的筛选和数据提取,运用Freeman-Tukey双反正弦变换法对不同病毒亚型的流行率进行合并计算,并从研究时间、研究地点和研究人群叁个方面进行亚组分析。Meta分析软件包括R 3.2.1和SAS 9.3。2.HIV-1亚型分析：以无锡市疾控中心2012～2013年常规CD4监测随访队列中的343例HIV/AIDS患者为研究对象,在知情同意的基础上进行流行病学个案调查和静脉血采集,并采用巢式PCR扩增env和pol区的部分基因片段后送至生物公司测序,根据env和pol的部分基因序列进行病毒亚型分析。3.HIV-1耐药突变分析：将279例研究对象的pol基因序列(覆盖pol区的蛋白酶基因全长及反转录酶1-280位左右的密码子序列)提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库,进行耐药基因突变分析。4.统计学分析：建立Excel数据库,使用SAS 9.3或SPSS 19.0软件进行统计学分析。定性资料采用率或构成比描述,用χ2检验或Fisher确切概率法或Kruskal-Wallis法进行统计学分析,P<0.05为差异具有统计学意义；定量资料采用均数士标准差(x±s)描述。采用重复测量资料的方差分析进行CD4+T淋巴细胞计数变化差异的分析,采用非条件Logistic回归或生存分析进行HIV病程和耐药的影响因素分析。研究结果：1. Meta分析共纳入130篇文献,包括18725例成功分型的样本。CRF01_AE、B、 CRF07_BC、CRF08_BC和C亚型的合并流行率分别为44.54%(95%CI:40.81-48.30)、 18.31%(95%CI:14.71-22.17)、16.45%(95%CI:13.82-19.25)、2.55%(95%CI:1.56-3.73)、 0.37%(95%CI:0.11-0.72)。分层分析发现,B亚型在性传播感染人群中的流行率呈下降趋势,而CRF01_AE、CRF07_BC在性传播感染人群中和CRF08_BC在异性传播感染人群中的流行率呈上升趋势,且不同地区的HIV-1亚型分布呈现明显差异。2.最终有313例研究对象成功进行HIV-1分型,其中CRF01_AE所占比例最高,达49.4%(155/313),其他亚型及流行比例分别为CRF07_BC 16.9%(53/313)、B 12.8% (40/313)、CRF08_BC 9.3%(29/313)、CRF67_01B 3.8%(12/313)、CRF68_01B 1.9% (6/313)、CRF02 AG 0.3%(1/313)、CRF59 01B 0.3%(1/313)、C 0.3%(1/313)和URFs 4.8%(15/313),不同性别、年龄和传播途径间的病毒亚型分布存在统计学差异(P<0.01)。3.279例研究对象中,共发现36例存在耐药基因突变，耐药率为5.0%(14/279)其中床用药人群的耐药率为1.8%(4/220),用药人群的耐药率为16.9%(10/59)，二者存在统计学差异。耐药突变主要包括D30N、L90M、K65R、M184IV、K103N和Y181C等点突变所引起的不同类型抗病毒药物的高度或中度耐药,而其他耐药突变则引起低度或潜在低度耐药。4.病程的影响因素分析发现,HIV-1 CRF07/08_BC毒株感染相对B亚型,病程进展缓慢(OR=0.312,95%CI:0.134～0.728),然而CRF07/08_BC毒株感染者合并耐药突变较B业型毒株感染者合并耐药突变的病程进展更快(OR=12.276,95%CI:2.255～ 66.830);耐药的影响因素分析发现,HIV确诊时年龄是产生耐药的保护因素(OR=0.930, 95%CI:0.909～0.987),即HIV确诊时年龄越小越易发生耐药。研究结论：1.中国HIV-1经性传播人群的亚型分布存在较大的时间变异性和地区差异性,HIV-1的高度变异性给艾滋病的监测、预防和控制带来了极大挑战。2.目前无锡市流行的HIV-1毒株种类复杂多样,为有效控制新的重组毒株的产生与流行,应进一步加强不同高危人群的健康教育和行为干预,并严密监测HIV-1亚型的流行动态。3.相对B亚型,non-B亚型中的CRF07/08_BC感染后病程进展缓慢,然而CRF07/08_BC感染合并耐药突变较B亚型感染合并耐药突变的病程进展更快,其作用机制需给予进一步的探讨。4.该地区HIV-1耐药株的传播尚处于低流行态势,耐药突变主要由已有抗病毒药物的使用所诱发,然而药物间的交叉耐药及耐药株的传播警示该地区应加强HIV-1/AIDS人群的耐药监测。
韩晓旭[7]2006年在《我国部分地区HIV耐药变异和结构基因特征的研究》文中研究说明前言 艾滋病是目前全世界成人死亡最主要的原因之一。然而其防治研究始终未取得根本性突破,主要原因之一就在于HIV基因具有高度变异性。HIV的高度变异性对于HIV—1感染的流行病学、诊断、致病机制、疫苗研制及抗病毒治疗等诸多方面产生重要影响。人们为了明确病毒基因多态性对上述诸方面的影响,围绕HIV—1基因序列已经做了大量研究,内容几乎涉及到HIV所有的结构基因和调节基因。以上研究多是针对欧美国家和B亚型毒株,对其他亚型毒株的研究资料很少;我国这方面的观察研究资料极少。由于我国HIV—1A-G亚型和HIV—2共存,并在传播过程中不断发生突变与重组,使我国流行的HIV有着不同于其他任何国家的特点,无法照搬国外的研究结果,因此,我们急需掌握我国HIV基因变异的基本情况,为进一步的艾滋病防治及疫苗研究打下基础。 抗逆转录病毒药物会使HIV发生耐药性变异。目前美国等发达国家,21%—40%的艾滋病毒原发感染者对至少一种抗艾滋病药物出现明显耐药性。我国抗艾滋病毒药物已逐步实现国产化,越来越多的病人正在或即将接受HAART治疗。可以预测我国在临床大规模用药开始后也会不可避免面临同样的问题。由于不同亚型毒株耐药变异特点不同,而我HIV—1A—G亚型及HIV—2毒株共存的情况,这可能预示我国耐药变异较国外复杂。因此我们必须尽早获得HIV耐药资料,监测人群中耐药毒株的出现,指导临床医生合理选择抗逆转录病毒药物,防止耐药毒株的流行,对我国的艾滋病防治工作具有重要的意义。 方法 1.研究对象
李珏[8]2007年在《我国中部农村HIV-1耐药性及分子进化规律研究》文中提出到目前为止，我国已经进行了较大范围HIV-1耐药性的横断面监测，但缺乏深入的队列和进化规律研究，对HIV-1耐药性发生和发展的规律性及耐药毒株的生物学特点还没有足够的认识，在抗病毒药物的使用和临床治疗方面存在着较大的盲目性。本研究通过对河南省部分地区接受规范性抗病毒治疗的患者进行队列研究，阐明抗病毒治疗后HIV—1耐药性的流行状况、揭示耐药突变的发生和演变规律，以及耐药性对抗病毒治疗效果的影响。第一部分我国中部农村HIV-1耐药发生和演变的队列研究从2004年3月开始对河南省某地76名接受免费抗病毒治疗的艾滋病患者进行前瞻性队列研究，该队列的抗病毒治疗方案为两种核苷类逆转录酶抑制剂(AZT+ddI)加一种非核苷类逆转录酶抑制剂(NVP)。治疗期间共随访6次，随访时间2.5年。每次随访均进行抗病毒治疗相关的问卷调查，并采集外周静脉血进行CD4~+T淋巴细胞计数、病毒载量测定和基因型耐药性检测。6次随访共收回调查问卷427份，采集EDTA抗凝血427份。通过随访表的统计分析获得病人的人口统计学特征、药物副反应和服药依从性；通过CD4~+T细胞计数和病毒载量了解患者病毒抑制和免疫功能恢复情况；通过基因型耐药性结果了解耐药突变的特征和对药物的敏感程度。将6次的结果对比研究，阐明HIV-1耐药性的流行情况，揭示HIV-1耐药性的发生和演变规律。主要结果如下：A．在随访过程中，至少对一种药物产生耐药的患者比例高达78.9％。首次发生耐药的时间集中在抗病毒治疗开始后的18个月内。B．研究队列在随访期间对核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)的耐药流行率在6.6～23.7％之间，对非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)的耐药流行率在13.2～42.1％之间。对两类药物耐药的流行率呈总体上升趋势。C．在随访期间共出现17个与NRTIs耐药有关的突变位点。其中包括胸苷类耐药突变(TAMs)：M41L、D67N、K70R、L210W、T215Y、K219Q；Q151M突变复合体：V75I、F77L、F116Y和Q151M；T69S-SS插入突变；因ddI治疗产生的K65E、L74V、M184V/I等突变，以及E44D、V118I等其他次要耐药突变位点。TAMs是导致NRTIs耐药的主要突变位点，在整个治疗过程中呈总体上升趋势。其他突变位点发生频率较低，持续时间较短。与NNRTIs耐药有关的突变位点共有15个。最主要的3个耐药突变位点是：K103N、Y181C和G190A，这3个突变的发生频率较高，并呈持续上升的趋势。D．耐药人群对AZT的耐药以中、高度耐药为主，对ddI以低度耐药为主，对NVP以高度耐药为主。对AZT和ddI耐药的患者同时对NRTIs类中的ABC、d4T、TDF也产生了交叉耐药，携带V184V/I突变的患者对3TC和FTC产生了低度耐药性。对NVP高度耐药的患者对NNRTIs类的其他两种药物DLV和EFV也产生了高度耐药性。28.9％的患者同时对NRTIs和NNRTIs两类药物产生了多重耐药性。E．服药依从性是耐药发生的主要影响因素。依从性和耐药发生率的关系在治疗前、后期呈现出不同的规律。在治疗前期(3～12个月)，依从性和耐药的发生率呈“钟形”曲线关系，即服药依从性好(＞90％)和差(＜50％)的患者耐药发生率均很低，服药依从性中等(75～90％)的患者耐药发生的几率最高。在治疗后期(18～30个月)，依从性差的患者耐药发生率依然较低，而依从性好和中等的患者发生耐药的几率都很高。F．治疗30个月时所有患者的CD4~+T细胞计数均值较治疗3个月时降低了215 cells/ml。病毒载量对数均值下降了0.2 log copies/ml。在整个治疗过程中，对药物敏感患者CD4~+T细胞计数均值与耐药患者没有显着性差异。耐药患者的病毒载量对数均值显着高于敏感患者。G．治疗过程中，耐药患者的平均HIV RT基因离散率显着高于敏感患者和中断治疗患者。携带的耐药突变越多，基因离散率越高。第二部分HIV—1耐药性的选择动力学研究以耐药研究队列中4名服药依从性较好，在治疗初期为野生型毒株，在以后的治疗过程中逐渐发生NRTIs和NNRTIs双重耐药突变的患者为研究对象，对每位患者4～5次随访血浆样本的RT基因进行克隆分析。每个样本挑取150～250个克隆进行序列测定，逐一对每个序列进行分析和整理，将最终获得的855个克隆的序列与斯坦福大学HIV-1耐药数据库进行比对，获得所有克隆序列的基因型耐药性特征。通过对每个患者不同治疗时间所有克隆的基因型特征进行分析研究，阐明NRTIs和NNRTIs类耐药突变发生的选择动力学特征，揭示我国HIV—1耐药毒株进化演变的规律。主要结果如下：A．NRTIs类耐药突变是一个逐级累加的过程。在所选的4例患者中，NRTIs类耐药突变表现出叁种不同的发生演变途径：一是．TAMs-1型，从野生型开始逐个累加TAMs-1的典型耐药突变，先形成以M41L,L210W,T215Y为主的TAMs典型耐药突变组合，之后继续累加次要耐药位点，最终在治疗30个月时形成携带6个TAMs-1的突变形式。二是TAMs-2型，治疗3个月时从D67N，K70R突变开始累加其他耐药突变，治疗24个月时形成D67N,K70R,K219Q的典型TAMs-2突变位点组合。之后继续累加其他突变位点，形成更复杂的TAMs-2突变形式。叁是TAMs-1和TAMs-2融合型：首先在治疗12个月时分别形成M41L，T215Y的TAMs-1突变和D67N，K70R的TAMs-2突变，治疗30个月时二者加合为M41L，T215Y，D67N，K70R的TAMs-1和TAMs-2组合突变形式。B．NNRTIs类耐药突变的演变规律为：最先出现的突变形式往往就是最终的优势种。4例患者包括四种不同的耐药突变演变途径：一是G190A：治疗3个月时出现G190A突变，治疗18个月时发展为G190A，F227L突变组合，之后出现G190A，F227L，P236V叁位点突变。二是Y188C：治疗3个月时即出现Y188C突变并持续至随访结束。叁是V179D，Y181C：治疗3个月时即出现V179D，Y181C突变，随访结束时演变为V179D，Y181C，P236V。四是治疗24个月前为野生型，治疗后期出现以K103N,M230L或K103N,Y181C为主要突变的耐药突变。总之，在长期的抗病毒治疗过程中耐药突变的发生是一个渐变的过程，由简单而复杂。NNRTIs主要突变与NRTIs相比出现早，构成简单而持久。第叁部分HIV—1耐药性毒株的复制适应性(fitness)研究为了在统一的基因背景下研究耐药突变对病毒复制适应性的影响，本研究首先利用对药物敏感的HIV-1传代株分别诱导3TC耐药株和NVP耐药株。将两耐药毒株分别与野生株在加药和不加药的环境中共同培养，连续培养4代，利用Taqman MGB探针通过实时定量RT-PCR技术检测每代培养物中耐药株和野生株RNA的相对比例，通过该比例随培养时间的变化趋势来评价耐药株和野生株的相对复制适应性。主要结果如下：A．在实验室分别用两种策略诱导成功我国第一株NRTIs耐药株(3TC耐药株)和第一株NNRTIs耐药株(NVP耐药株)。3TC耐药株半数抑制浓度(IC_(50))＞2mM，与野生株相比提高了11万倍以上；NVP耐药株IC_(50)＞1mM，与野生株相比提高了3万倍以上。B．在加药的培养系统中，用等量的耐药株与野生株共同培养4代，从第1代到第4代，3TC耐药株RNA拷贝数占培养系统全部拷贝数的比例从76.2％增加至98.8％，而野生株则从23.8％下降至1.2％；NVP耐药株占培养系统全部拷贝数的比例从62.0％增加至90.5％，野生株则从38.0％下降至9.5％。表明在加药的培养系统中两种耐药株的复制适应性均高于野生株。C．在不加药的培养系统中，用等量的耐药株与野生株共同培养4代，从第1代到第4代，3TC耐药株RNA拷贝数占培养系统全部拷贝数的比例从35.2％下降至5.3％，而野生株则从64.8％上升至94.7％，表明在加药的培养系统中，3TC耐药株的复制能力比野生株弱；NVP耐药株占培养系统全部拷贝数的比例从53.9％增加至75.0％，野生株则从46.1％下降至25.0％。表明在不加药的培养系统中NVP耐药株的复制能力比野生株强。上述结果可以在一定程度上解释第一部分研究中NNRTIs耐药突变流行率较高且持久的现象。第四部分我国HIV—1 B亚型流行株表型耐药性研究表型耐药性检测方法是利用体外药敏分析方法对HIV—1耐药性进行的直接评价。我国目前对HIV-1耐药性的研究普遍采用的是基因型耐药性检测方法，从未对HIV—1临床分离株的表型耐药性进行过研究，也未对基因型耐药性检测结果与表型检测结果的符合程度进行过专门研究。在本研究中，我们选择了8株HIV-1临床分离株，对其基因型和表型耐药性进行了检测。主要结果如下：A．经过表型耐药性检测，待测毒株对AZT的IC_(50)在0.0006～0.1300μmol/l之间，与敏感株相比，IC_(50)的倍数变化在0.1～26.0之间；待测毒株对3TC的IC_(50)在0.0016～0.0390μmol/l之间，与敏感株相比，IC_(50)的倍数变化在0.5～11.5之间；待测毒株对NVP的IC_(50)在0.0104～0.4234μmol/l之间，与敏感株相比，IC_(50)的倍数变化在2.3～94.1之间；待测毒株对IDV的IC_(50)在0.0163～0.1142μmol/l之间，与敏感株相比，IC_(50)的倍数变化在0.8～5.4之间。表明我国部分HIV—1临床分离株已经对核苷类和非核苷类逆转录酶抑制剂产生了耐药性，部分毒株还显示出较高的表型耐药性。B．基因型和表型耐药性检测的结果符合程度较高，可以用基因型检测方法代替表型对我国HIV—1流行株进行耐药性预测。
谢美榕[9]2011年在《福建省HIV-1耐药基因变异现况及MSM HIV-1感染者流行毒株亚型分析研究》文中认为本研究采用基因型耐药性检测的方法,对2008至2010年福建省接受艾滋病抗病毒治疗的患者的CD4+T淋巴细胞计数和病毒载量水平进行监测,评价患者的免疫状态和病毒抑制状况,并对治疗半年以上病毒载量高于1000copies/ml的患者血液样本采用RT-PCR方法扩增pol区蛋白酶和反转录酶基因,扩增阳性片段测序后使用Contig Express软件拼接编辑,序列提交至斯坦福大学HIV耐药数据库获得耐药解释信息。通过对样本的耐药突变位点及频率、耐药种类及程度的分析了解福建省抗病毒治疗人群HIV耐药毒株的发生状况及水平。同时为了解HIV耐药毒株是否发生传播,选择近年研究显示传播性耐药发生的最主要的高危人群——MSM人群为研究对象,参考耐药毒株监测方案,选取2007~2010年福建省艾滋病监测系统发现的尚未开展抗病毒治疗的部分MSM感染者为研究对象,分析原发性耐药基因突变情况。此外,同时研究该人群样本的gag p17-24基因区、env C2-V5或gp41基因区,结合pol基因区序列资料与流行病资料进行研究,阐明HIV-1流行毒株在福建省MSM HIV-1感染人群中的基因亚型分布。治疗病例的病毒载量检测结果显示,福建省艾滋病病人的总体治疗效果良好,2008年至2010年病毒抑制率分别为88.8%(111/125),84.4%(173/205)和90.3%(270/299)。CD4+T淋巴细胞检测结果显示,治疗病例的免疫状态随着治疗时间延长逐渐恢复,但随后由于耐药出现等原因导致的治疗失败,而出现下降趋势。病毒抑制失败病例的基因耐药检测结果显示25例对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)和核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)出现低度以上程度的耐药。4例对部分蛋白酶抑制剂(PIS)中高度耐药。病毒抑制失败病例的耐药率为69.4%(25/36)。相对治疗人群的较高的耐药突变发生率,福建省近期感染且尚未开展抗病毒治疗的MSM HIV-1感染者的耐药基因突变率显着较低。50例研究样本中仅5例出现PIS相关位点突变,仅一例数据库解释为对NFV中度耐药,10例样本出现NNRTIs和NRTIS的耐药相关突变,仅1例解释为对NNRTIs的潜在低度耐药。亚型结果显示,所研究的福建省治疗病人中同时存在B、C两种亚型和CRF01_AE、CRF12_BF2种重组毒株,其中以CRF01_AE亚型为主,占80.6%(29/36)。MSM人群的亚型类别也存在多样化特点,同时存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型,也以CRF01_AE亚型为主,占研究对象的60%(30/50)。叁个基因区系统进化树结构相似。基因距离分析显示env区基因变异显着大于gag和pol区,B亚型毒株基因距离最长,提示B亚型毒株在福建MSM人群中流行时间最长。MSM人群的各区基因离散率相对我省其他一般人群较小,说明HIV-1在福建省MSM人群中的流行时间相对较短,需警惕HIV-1在该人群中快速传播的风险。
王慜杰, 姚均, 蒋岩[10]2007年在《HIV新近感染者耐药的现状与耐药的检测方法》文中认为高效抗逆转录病毒治疗(HAART)给艾滋病病毒(HIV)感染者带来了福音;但耐药毒株的出现很容易导致临床治疗失败。耐药毒株的传播又会引起HIV新近感染者中耐药的发生,在新近感染者中进行耐药检测并了解耐药的现状是十分必要的,能为将来的抗病毒治疗提供指导。
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[9]. 福建省HIV-1耐药基因变异现况及MSM HIV-1感染者流行毒株亚型分析研究[D]. 谢美榕. 福建医科大学. 2011
[10]. HIV新近感染者耐药的现状与耐药的检测方法[J]. 王慜杰, 姚均, 蒋岩. 中国艾滋病性病. 2007
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