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为了规范注册会计师执行内部控制审核业务，明确工作要求，保证执业质量，中国注册会计师协会日前制定了《内部控制审核指导意见》，并发出通知要求各会计师事务所自2002年5月1日起参照执行。
所谓内部控制审核，是指注册会计师接受委托，就被审核单位对特定日期与会计报表相关的内部控制有效性的认定进行审核，并发表审核意见。按照国家有关法规的要求，建立健全内部控制并保持其有效性，是被审核单位的责任；了解、测试和评价内部控制，出具审核报告，是注册会计师的责任。《指导意见》要求注册会计师应当保持应有的职业谨慎，关注内部控制的固有限制，获取充分、适当的证据，将审核风险降低至可接受的水平。
中注协的《内部控制审核指导意见》对注册会计师在内部控制审核时的业务约定书、审核计划、审核程序、审核报告等业务提出了规范性意见。该《指导意见》指出，注册会计师应当在了解被审核单位基本情况的基础上，考虑自身能力和能否保持独立性，初步评估审核风险，确定是否接受委托。如果接受委托，会计师事务所应当与委托人就约定事项达成一致意见，并签订业务约定书。在制定审核计划前，注册会计师应当向被审核单位管理当局获取有关内部控制有效性的书面认定，以及内部控制手册、流程图、调查问卷和备忘录等文件。
该《指导意见》要求，注册会计师应当在了解内部控制各要素的基础上，根据内部控制能否防止和发现会计报表有关认定的重大错报，评价内部控制设计的合理性。对已发现的内部控制重大缺陷，注册会计师应当及时以书面形式与被审核单位进行沟通。在判断某项内部控制缺陷单独或连同其他内部控制缺陷是否为重大缺陷时，注册会计师应当考虑潜在的错误或舞弊可能导致错的金额和性质。注册会计师应当将实施的审核程序及其结果，连同取得的有关资料，形成审核工作底稿。
该《指导意见》强调，注册会计师应当复核与评价审核证据，形成审核意见，出具审核报告。如果注册会计师认为被审核单位内部控制存在重大缺陷，而被审单位未在其书面声明及认定中说明内部控制的重大缺陷及其对实现控制目标的影响，或虽已说明重大缺陷，却认定其内部控制依然有效，注册会计师应当发表否定意见。如果认为期后事项严重影响内部控制的有效性，注册会计师应当视其重要程度，发表保留意见或否定意见；如果不能确定其影响，注册会计师应当发表拒绝表示意见。