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自然条件下苗期五看鉴别性别
一看主干与主枝夹角。雄株主干枝较直立向上，分枝夹角为３０度左右；雌株主干分枝下垂平展，夹角为５０度左右。二看落叶时间。雌株落叶早，雄株落叶晚。三看叶形。雌株叶缘缺刻浅，雄株叶缘缺刻深。四看树冠形态。雌株树冠成型早，枝条较粗壮；雄株树冠成型晚，枝条较少且细弱，层次清晰。五看茎干粗细。雌株茎干较矮但粗壮；雄株茎干较高且细弱。
早期试液辨别法
采用溴麝香草酚蓝试剂液鉴别。其具体方法是：每次称取样本叶１克，剪碎成烟丝状，放在洁净试管或锥形瓶容器中，倒入溴麝香草酚蓝试剂５毫升，在２２℃～２６℃温度条件下，观察颜色变化所需时间的长短：若为雄株，溶液２～３分钟后先变成墨绿色，４～６分钟后变成绿色，９～１０分钟后变成黄绿色，２０分钟左右变成黄橙色；若为雌株，由蓝绿色至黄橙色的颜色变化时间约需要２～６小时。这是因为银杏雄株比雌株呼吸强，分解代谢较旺盛，能较好地促使叶片液中的物质分解成有机酸，使其酸性变强，而碱性的蓝绿色溴麝香草酚蓝液遇酸变黄，所以当加入溴麝香草酚蓝液后，若为雄株迅速变黄，若为雌株则由蓝变黄橙的的速度缓慢。与形态鉴别法相比，该试液鉴别方法可靠性强、准确度高。若把两者结合起来，效果会更好。
通过花器鉴别性别
１、看花芽
雄株花芽大、饱满、顶部稍平；雌株花芽瘦尖而小。
２、看花色
雄花初始为草绿色，以后逐渐变为淡黄色；雌球花（即胚珠）长在株柄顶端，外形似火柴梗，呈绿色，有球柄，而且着生于短枝上，每一短枝上有１～８朵雌花，长１．２～４．８厘米，下端细而圆，向上逐渐变宽，呈中凹形，无花被与子房，多数为双胚珠，少数的有３～５个胚珠。区别雄花与雌花，不仅可以此为依据鉴别雄株与雌株，而且也有助于采集雄株花粉以便给雌株授粉，提高银杏的坐果率。
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