(广西医科大学附属肿瘤医院 广西 南宁 530021)
【摘要】目的:通过多个数据库分析miR-486的表达情况,探究miR-486对肺鳞癌的诊断和预后意义。方法:通过dbDEMC 2.0分析miR-486在TCGA数据库中的表达情况,运用GEO2R分析miR-486在GEO数据库肺鳞癌中表达情况,KM法分析miR-486的表达对肺鳞癌预后的影响,ROC曲线分析miR-486对肺鳞癌的诊断价值。结果:miR-486在肺鳞癌中低表达,生存分析显示低表达与肺鳞癌患者预后不良相关,ROC曲线显示miR-486对肺鳞癌的诊断效果良好。结论:miR-486可以作为肺鳞癌的诊断和预后标志物。
【关键词】miR-486;诊断;预后;肺鳞癌
【中图分类号】R734.2 【文献标识码】A 【文章编号】2095-1752(2019)36-0056-02
肺癌是一种高发病率和死亡率的恶性肿瘤,其五年生存率不足30%。肺癌包括小细胞肺癌和非小细胞肺癌,其中80%是非小细胞肺癌,肺鳞癌是非小细胞肺癌中的一种,目前缺乏对肺鳞癌的诊断和预后标志物[1]。既往的研究发现microRNA可以作肿瘤的生物标志物,并对肺鳞癌的发生发展及治疗有影响[2]。为此,我们基于dbDEMC 2.0数据库和GEO数据库对miR-486在肺鳞癌中的表达情况进行分析,探讨其对肺鳞癌的诊断和预后价值。
1.资料与方法
1.1 dbDEMC 2.0数据库
dbDEMC 2.0数据库(http://www.picb.ac.cn/dbDEMC/index.html)包括了TCGA和GEO数据库中36种肿瘤的miRNA表达数据,可以通过热图对miRNA的差异表达情况可视化,给miRNA标志物的研究提供便利。
1.2 GEO数据库
GEO数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。下载肺鳞癌数据GSE16025(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE16025)和GSE51853(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51853)。
1.3 miRNA靶基因通路预测
运用DIANA-miRPath v2.0(www.microrna.gr/miRPathv2)对靶基因通路进行分析。DIANA-miRPath v2.0数据库对DIANA-microT-CDS和DIANA-TarBase v6.0预测出来的靶基因进行富集分析,可以用热图显示分析结果。
1.4 统计学分析
数据采用SPSS20.0统计软件进行分析,计数资料采用率(%)表示,进行χ2检验,计量资料采用(x-±s)表示,进行t检验,P<0.05为差异具有统计学意义。
2.结果
2.1 miR-486在dbDEMC 2.0数据库中的表达
在dbDEMC 2.0数据库中分析miR-486在不同肿瘤中的表达情况,结果如图1所示,miR-486在多种肿瘤中表达下调,其中包括乳腺癌(BRCA),肝细胞癌(LIHC),宫颈癌(CECA),胃癌(GSCA),头颈癌(HNSC),肺癌(LUCA),肉瘤(SCRA),口腔鳞状细胞癌(OSCA),卵巢癌(OVCA),结肠直肠癌(CLCA)。其中肺癌中473例肿瘤样本,45例非肿瘤样本。
2.4 miR-486的表达与肺鳞癌预后的关系
对TCGA数据库473例病人的预后情况和miR-486的表达水平的关系进行生存分析,结果显示miR-486表达值与总生存时间相关,高表达患者总生存时间优于低表达组(P=0.044)(图2)。
3.讨论
我们通过分析dbDEMC 2.0和GEO数据库中肺鳞癌病人癌组织和癌旁组织miR-486的表达情况,发现miR-486在肺鳞癌组织中表达下调。结合病人随访数据,显示miR-486低表达提示肺鳞癌的病人预后不良。诊断实验表明miR-486对肺鳞癌的诊断效能高。靶基因预测分析显示miR-486可能调控mTOR,PI3K-Akt和HIF-1等信号通路影响肺鳞癌的发生发展。
以往的研究发现miR-486与多个肿瘤的发生发展相关。miR-486被发现在肝细胞癌病人的组织和血浆中表达下调,并且通过下调p-AMPK/Sirt1信号通路阻断肝癌细胞细胞周期,抑制癌细胞增殖[3]。在乳腺癌中,血清hsa-miR-486-5p被证实可以作为诊断早期乳腺癌的生物标志物,具有较好的临床应用价值[4]。在胃癌的裸鼠实验模型中,miR-486明显抑制裸鼠皮下胃癌细胞移植瘤的生长,机制分析发现通过抑制NRP2的表达发挥作用[5]。在多种肿瘤的研究结果与我们在肺鳞癌的结果一致,提示miR-486是一个肿瘤抑制miRNA。
综上所述,对多个数据库中肺鳞癌癌组织和癌旁组织的miRNA表达谱和随访数据进行分析,发现miR-486在肺鳞癌组织中表达下调,低表达的miR-486与肺鳞癌病人的预后不良相关并对肺鳞癌的诊断效果良好,这些发现有助于对肺鳞癌的诊断和预后预测提供新的思路。
【参考文献】
[1]李伟婷,李永文,张洪兵,李颖,袁茵,宫颢,韦森,刘红雨,陈军.基于TCGA数据库的中央型与周围型肺鳞癌基因表达差异性研究[J].中国肺癌杂志,2019,05:280-288.
[2]罗朋.肺麟癌miRNA差异表达谱的筛选及miR-223-3p抑制肺鳞癌细胞增殖的研究[D].安徽医科大学,2015.
[3]柳德兵,申铭,郑建伟.miR-486-5p通过负向调控AMPK/Sirt1信号通路参与肝细胞性肝癌细胞增殖[J].武汉大学学报(医学版),2019,40(05):694-701.
[4]安学凤,李姝君,俞作仁,韩晶.血清hsa-miR-486-5p在乳腺癌早期诊断中的价值[J].同济大学学报(医学版),2018,39(03):1-6.
[5]张冉冉,连海峰,史宁,胡营滨,李明,刘成霞.miR-486-5p对裸鼠胃癌移植瘤生长的抑制作用[J].中国肿瘤生物治疗杂志,2016,23(01):62-66.
论文作者:陈谦,黄冬琴(通讯作者)
论文发表刊物:《医药前沿》2019年36期
论文发表时间:2020/2/25
标签:肺癌论文; 肿瘤论文; 数据库论文; 细胞论文; 情况论文; 数据库中论文; 基因论文; 《医药前沿》2019年36期论文;